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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF04560 phylogeny
for amino acid alignment


 
(((((((((((((((((((((RPOB_BORBU/1061-1137,(Q9KK59_LEPBI/1123-1199,RPOB_TREPA/1080-1156)),(((((RPOB_RHILO/1288-1364,(RPOB_BARQU/1292-1368,RPOB_BARHE/1292-1368)),RPOB_CAUCR/1280-1356),((RPOB_RICPR/1295-1371,RPOB_RICMA/1295-1371),(RPOB_RICCN/1295-1371,Q9RAA2_9RICK/1295-1371))),((RPOB_NEIMB/1316-1392,RPOB_NEIMA/1316-1392),(((RPOB_XYLFA/1312-1388,(((RPOB_VIBCH/1265-1341,(RPOB_SALTY/1266-1342,RPOB_ECOLI/1266-1342)),(RPOB_SHEVI/1267-1343,(RPOB_PASMU/1266-1342,RPOB_HAEIN/1267-1343))),(RPOB_BUCAI/1266-1342,RPOB_BUCAP/1266-1342))),(RPOB_PSEAE/1281-1357,RPOB_PSEPU/1281-1357)),(RPOB_LEGPN/1292-1368,RPOB_COXBU/1299-1375)))),(RPOB_AQUPY/1377-1453,RPOB_AQUAE/1376-1452))),(RPOB_CHLTR/1174-1250,(RPOB_CHLPN/1174-1250,RPOB_CHLMU/1174-1250))),(((RPOB_THEAQ/1028-1104,RPOB_DEIRA/1088-1164),((((((((RPOBC_HELPJ/1298-1374,Q9XCN5_HELPY/1-77),RPOBC_HELPY/1298-1374),(Q9XCN4_9HELI/1-77,(Q9XCM9_9HELI/1-77,Q9XCN7_9HELI/1-77))),Q9XCN2_HELMU/1-77),(Q9XCN0_9HELI/1-77,((Q9XCM8_WOLSU/1-77,Q9XCN3_9HELI/1-77),Q9XCN6_9HELI/1-77))),Q9XCN1_9HELI/1-77),RPOB_CAMJE/1297-1373),RPOB_THEMA/1177-1253)),((((RPOB_STRCO/1049-1125,((RPOB_MYCTU/1064-1140,(RPOB_MYCLE/1064-1140,RPOB1_MYCSM/1055-1131)),RPOB_AMYMD/1052-1128)),RPOB_CLOAB/1084-1160),((Q9F423_LISGR/949-1025,RPOB_LISMO/1072-1148),(RPOB_BACHD/1072-1148,RPOB_BACSU/1071-1147))),(((RPOB_STRPN/1067-1143,RPOB_STRPY/1067-1143),RPOB_LACLA/1067-1143),(RPOB_STAAU/1072-1148,RPOB_STAAW/1071-1147))))),RPOB_PORCN/1196-1270),RPOB_SPICI/1138-1214),RPOB_MYCPU/1107-1183),((RPOB_MYCGA/1275-1351,(RPOB_MYCGE/1281-1357,RPOB_MYCPN/1282-1358)),RPOB_UREPA/1302-1378)),((((RPOB_OENHO/983-1060,(((RPOB_SPIOL/981-1058,((RPOB_MAIZE/986-1063,RPOB_ORYSA/986-1063),RPOB_WHEAT/987-1064)),RPOB_TOBAC/981-1058),(RPOB_SINAL/989-1066,(RPOB_ARATH/983-1060,RPOB_LOTJA/981-1058)))),RPOB_PINTH/986-1063),RPOB_MARPO/976-1053),(((RPOB_CYACA/981-1057,((((RPOB_SYNY3/983-1059,RPOB_ANASP/1013-1089),RPOB_PORPU/1025-1101),(RPOB_NEPOL/1017-1093,RPOB_MESVI/989-1065)),RPOB_GUITH/978-1054)),RPOB_CYAPA/985-1061),(RPOB_ODOSI/1266-1342,RPOB_HETCA/965-1041)))),(RPOB_ASTLO/993-1069,RPOB_EUGGR/1000-1076)),((((Q9MTD3_TOXGO/959-1036,O97123_TOXGO/959-1036),Q9NJN5_NEOCA/958-1035),RPOB_PLAFA/931-1007),RPOB_CHLVU/1199-1274)),O21237_RECAM/1399-1474),(Q04387_SACKL/622-697,Q9HFH5_PICET/625-702)),RPO2_ASFB7/1143-1235),((O96236_PLAF7/1246-1338,((((((RPB2_CAEEL/1088-1180,RPB2_DROME/1084-1176),(Q9MZ21_PIG/289-381,RPB2_HUMAN/1082-1174)),RPB2_SCHPO/1115-1207),Q27826_EUPOC/1100-1192),(RPB2_ARATH/1087-1179,RPB2_LYCES/1086-1178)),(Q98RY5_GUITH/1112-1204,(Q9UV91_9PEZI/933-1026,RPB2_YEAST/1126-1219)))),((Q9LK40_ARATH/1071-1170,Q9LV32_ARATH/1018-1117),(((Q9BJ42_LEIMA/517-603,Q9N935_9TRYP/1038-1124),(((RPC2_SCHPO/1074-1160,Q9P6E7_NEUCR/1062-1148),RPC2_YEAST/1058-1144),(((Q9FKF1_ARATH/1077-1168,Q27492_CAEEL/1064-1150),(RPC2_HUMAN/1043-1129,Q9CSL3_MOUSE/22-108)),(RPC2_DROME/1047-1133,Q9V649_DROME/1049-1135)))),Q98S96_GUITH/968-1048)))),(Q9YAT8_AERPE/1063-1155,(Q980R1_SULSO/549-641,RPOB_SULAC/1023-1115))),(RPOB1_METTH/509-600,RPOB1_METTW/510-601)),RPOB1_ARCFU/509-601),RPOB1_HALN1/512-604),RPOB_THECE/1027-1119),O59226_PYRHO/1022-1114,Q9V115_PYRAB/1022-1114);
(((((((((((((((((((((RPOB_BORBU/1061-1137:0.14343,(Q9KK59_LEPBI/1123-1199:0.13477,RPOB_TREPA/1080-1156:0.10028):0.07275):0.15911,(((((RPOB_RHILO/1288-1364:0.00000,(RPOB_BARQU/1292-1368:0.00000,RPOB_BARHE/1292-1368:0.00000):0.05237):0.01244,RPOB_CAUCR/1280-1356:0.01349):0.04297,((RPOB_RICPR/1295-1371:0.00000,RPOB_RICMA/1295-1371:0.00000):0.00000,(RPOB_RICCN/1295-1371:0.00000,Q9RAA2_9RICK/1295-1371:0.00000):0.00000):0.19830):0.03805,((RPOB_NEIMB/1316-1392:0.00000,RPOB_NEIMA/1316-1392:0.00000):0.05407,(((RPOB_XYLFA/1312-1388:0.08742,(((RPOB_VIBCH/1265-1341:0.01285,(RPOB_SALTY/1266-1342:0.00000,RPOB_ECOLI/1266-1342:0.00000):0.00000):0.00000,(RPOB_SHEVI/1267-1343:0.05693,(RPOB_PASMU/1266-1342:0.05262,RPOB_HAEIN/1267-1343:0.05456):0.05299):0.03049):0.00625,(RPOB_BUCAI/1266-1342:0.01265,RPOB_BUCAP/1266-1342:0.00000):0.01914):0.03984):0.03209,(RPOB_PSEAE/1281-1357:0.00000,RPOB_PSEPU/1281-1357:0.03835):0.02584):0.02037,(RPOB_LEGPN/1292-1368:0.07734,RPOB_COXBU/1299-1375:0.05129):0.00993):0.07326):0.13454):0.10485,(RPOB_AQUPY/1377-1453:0.03554,RPOB_AQUAE/1376-1452:0.01844):0.17682):0.06742):0.05853,(RPOB_CHLTR/1174-1250:0.00000,(RPOB_CHLPN/1174-1250:0.00000,RPOB_CHLMU/1174-1250:0.00000):0.00000):0.25122):0.06112,(((RPOB_THEAQ/1028-1104:0.04854,RPOB_DEIRA/1088-1164:0.20870):0.07513,((((((((RPOBC_HELPJ/1298-1374:0.00000,Q9XCN5_HELPY/1-77:0.00000):0.00000,RPOBC_HELPY/1298-1374:0.00000):0.05093,(Q9XCN4_9HELI/1-77:0.06878,(Q9XCM9_9HELI/1-77:0.04879,Q9XCN7_9HELI/1-77:0.02339):0.03455):0.03792):0.02952,Q9XCN2_HELMU/1-77:0.07418):0.04643,(Q9XCN0_9HELI/1-77:0.08830,((Q9XCM8_WOLSU/1-77:0.03081,Q9XCN3_9HELI/1-77:0.05212):0.02442,Q9XCN6_9HELI/1-77:0.09728):0.03086):0.01342):0.02598,Q9XCN1_9HELI/1-77:0.04551):0.09524,RPOB_CAMJE/1297-1373:0.15694):0.12051,RPOB_THEMA/1177-1253:0.19040):0.03115):0.07647,((((RPOB_STRCO/1049-1125:0.04000,((RPOB_MYCTU/1064-1140:0.00000,(RPOB_MYCLE/1064-1140:0.00000,RPOB1_MYCSM/1055-1131:0.00000):0.00000):0.01307,RPOB_AMYMD/1052-1128:0.00000):0.05327):0.05828,RPOB_CLOAB/1084-1160:0.06374):0.02115,((Q9F423_LISGR/949-1025:0.02576,RPOB_LISMO/1072-1148:0.00000):0.02748,(RPOB_BACHD/1072-1148:0.00000,RPOB_BACSU/1071-1147:0.06642):0.01131):0.04714):0.05665,(((RPOB_STRPN/1067-1143:0.02650,RPOB_STRPY/1067-1143:0.00000):0.09480,RPOB_LACLA/1067-1143:0.06027):0.08940,(RPOB_STAAU/1072-1148:0.00000,RPOB_STAAW/1071-1147:0.00000):0.08960):0.03031):0.05646):0.04188):0.04655,RPOB_PORCN/1196-1270:0.23776):0.05721,RPOB_SPICI/1138-1214:0.16251):0.05678,RPOB_MYCPU/1107-1183:0.44463):0.08470,((RPOB_MYCGA/1275-1351:0.15874,(RPOB_MYCGE/1281-1357:0.01324,RPOB_MYCPN/1282-1358:0.00000):0.14316):0.04235,RPOB_UREPA/1302-1378:0.22246):0.03423):0.11314,((((RPOB_OENHO/983-1060:0.04051,(((RPOB_SPIOL/981-1058:0.00000,((RPOB_MAIZE/986-1063:0.01094,RPOB_ORYSA/986-1063:0.00598):0.02206,RPOB_WHEAT/987-1064:0.00000):0.17721):0.01305,RPOB_TOBAC/981-1058:0.00000):0.01311,(RPOB_SINAL/989-1066:0.00000,(RPOB_ARATH/983-1060:0.01308,RPOB_LOTJA/981-1058:0.03958):0.00000):0.00000):0.00000):0.17856,RPOB_PINTH/986-1063:0.05566):0.07489,RPOB_MARPO/976-1053:0.02455):0.34502,(((RPOB_CYACA/981-1057:0.14250,((((RPOB_SYNY3/983-1059:0.05256,RPOB_ANASP/1013-1089:0.00000):0.04171,RPOB_PORPU/1025-1101:0.02586):0.01772,(RPOB_NEPOL/1017-1093:0.24446,RPOB_MESVI/989-1065:0.04734):0.07504):0.02351,RPOB_GUITH/978-1054:0.05505):0.01005):0.03546,RPOB_CYAPA/985-1061:0.12314):0.00028,(RPOB_ODOSI/1266-1342:0.15723,RPOB_HETCA/965-1041:0.14543):0.05585):0.07134):0.07613):0.07218,(RPOB_ASTLO/993-1069:0.10912,RPOB_EUGGR/1000-1076:0.22188):0.20324):0.04129,((((Q9MTD3_TOXGO/959-1036:0.00000,O97123_TOXGO/959-1036:0.00000):0.02181,Q9NJN5_NEOCA/958-1035:0.00397):0.47662,RPOB_PLAFA/931-1007:0.18216):0.28550,RPOB_CHLVU/1199-1274:0.41264):0.12423):0.26239,O21237_RECAM/1399-1474:0.35959):0.49229,(Q04387_SACKL/622-697:0.14317,Q9HFH5_PICET/625-702:0.24284):0.63694):0.29500,RPO2_ASFB7/1143-1235:0.94732):0.26292,((O96236_PLAF7/1246-1338:0.22762,((((((RPB2_CAEEL/1088-1180:0.12906,RPB2_DROME/1084-1176:0.06871):0.03186,(Q9MZ21_PIG/289-381:0.01092,RPB2_HUMAN/1082-1174:0.00000):0.16766):0.10049,RPB2_SCHPO/1115-1207:0.21453):0.03370,Q27826_EUPOC/1100-1192:0.24743):0.02764,(RPB2_ARATH/1087-1179:0.00000,RPB2_LYCES/1086-1178:0.03349):0.12077):0.03121,(Q98RY5_GUITH/1112-1204:0.37547,(Q9UV91_9PEZI/933-1026:0.07715,RPB2_YEAST/1126-1219:0.16572):0.15718):0.05834):0.08218):0.01753,((Q9LK40_ARATH/1071-1170:0.02214,Q9LV32_ARATH/1018-1117:0.00000):0.66720,(((Q9BJ42_LEIMA/517-603:0.26562,Q9N935_9TRYP/1038-1124:0.04169):0.42199,(((RPC2_SCHPO/1074-1160:0.09591,Q9P6E7_NEUCR/1062-1148:0.22458):0.04835,RPC2_YEAST/1058-1144:0.13583):0.09367,(((Q9FKF1_ARATH/1077-1168:0.44236,Q27492_CAEEL/1064-1150:0.24791):0.02745,(RPC2_HUMAN/1043-1129:0.01229,Q9CSL3_MOUSE/22-108:0.00000):0.10484):0.03170,(RPC2_DROME/1047-1133:0.00000,Q9V649_DROME/1049-1135:0.00000):0.24298):0.02047):0.10111):0.13381,Q98S96_GUITH/968-1048:0.41652):0.15887):0.19614):0.17901):0.14277,(Q9YAT8_AERPE/1063-1155:0.37180,(Q980R1_SULSO/549-641:0.06677,RPOB_S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