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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF01193 phylogeny
for restricted amino acid alignment


 
(((((((((((((((((((((((Q8GE27_HELMO/17-226,(RPOA_CHLTE/19-229,(RPOA_CHLPN/30-255,(((((RPOA_RALSO/14-229,RPOA_BORPE/15-230),(RPOA_NEIMB/14-232,(RPOA_HELPY/20-236,RPOA_CAMJE/21-229))),RPOA_XYLFT/21-232),((RPOA_BUCAP/20-233,RPOA_WIGBR/21-231),((RPOA_HAEIN/21-232,(RPOA_VIBCH/21-234,(RPOA_PSEPU/21-232,RPOA_SHESP/21-232))),RPOA_BUCBP/21-235))),((RPOA_RICCN/24-234,RPOA_CAUCR/22-232),RPOA_BRUME/23-231))))),((RPOA_STRP3/14-224,RPOA_LACLA/16-224),(RPOA_LACPL/16-226,(RPOA_STAAW/17-226,(RPOA_LISMO/17-226,RPOA_BACHD/17-226))))),((RPOA_CLOAB/17-226,RPOA_CLOPE/17-226),RPOA_THETN/17-226)),(((RPOA_UREPA/18-240,RPOA_MYCGE/19-242),RPOA_MYCPE/18-240),RPOA_MYCGA/17-237)),((RPOA_TREPA/21-243,RPOA_LEPIN/23-236),(RPOA_AQUAE/18-227,(RPOA_DEIRA/13-221,RPOA_THEAQ/14-227)))),((RPOA_CORGL/16-223,RPOA_BIFLO/12-224),RPOA_MYCTU/16-224)),((RPOA_MYCSP/15-243,RPOA_MYCPU/15-244),RPOA_THEMA/17-232)),RPOA_BACTN/18-230),RPOA_BORBU/25-245),(((((RPOA_NEPOL/12-299,RPOA_ODOSI/14-225),(RPOA_GUITH/14-225,(RPOA_PYRSA/14-225,RPOA_PORPU/14-225))),(RPOA_CYAPA/14-225,RPOA_MESVI/19-230)),((RPOA_CHLVU/17-272,RPOA_CYACA/18-228),(RPOA_SPIMX/22-230,(RPOA_CHAGL/23-231,((RPOA_MARQU/29-237,(RPOA_MARPO/23-231,RPOA_PSINU/23-231)),(((RPOA_PINTH/23-231,(RPOA_ARATH/23-231,RPOA_CUSRE/23-229)),RPOA_PHAAN/23-231),Q8LVZ8_ELYCA/23-231)))))),(((RPOA_SYNEL/13-233,RPOA_SYNP6/13-225),RPOA_SYNY3/14-226),RPOA_ANASP/14-226))),(Q9BAC8_FUCVE/15-225,RPOA_CHLRE/29-324)),(Q8IEN9_PLAF7/258-464,Q8IKB1_PLAF7/439-675)),((((((RPOL_METTH/5-80,RPOL_HALN1/7-88),RPOL_PYRFU/7-87),RPOL_METJA/7-93),(RPOL_SULSO/9-85,(RPOL_SULAC/7-85,RPOL_SULTO/10-85))),(((RPC19_CAEEL/57-133,Q9VIZ0_DROME/15-82),((RPA9_MOUSE/36-112,(Q8ILU4_PLAF7/10-87,Q42483_ARATH/6-83)),(RPC19_YEAST/59-133,RPC19_SCHPO/33-107))),(Q9C256_NEUCR/29-103,((RPB11_ARATH/29-103,(RPB11_CAEEL/28-102,(RPB11_MOUSE/29-103,Q8IH32_DROME/29-122))),(RPB11_YEAST/29-103,RPB11_SCHPO/28-102))))),RPOL_METKA/16-101)),(RPOA_EUGST/22-209,RPOA_RECAM/19-221)),RPOA_EUGMY/25-203),CNJC_TETTH/14-295),(Q9U177_LEIMA/118-423,((RPOD_ARCFU/13-258,Q8IHT3_PLAF7/54-325),((((Q39216_ARATH/90-382,Q8LD68_ARATH/82-374),(((Q9UAY9_CAEEL/66-359,O08521_CRIGR/55-339),Q9VMX3_DROME/51-328),RPA5_HUMAN/58-338)),RPC5_YEAST/48-330),Q8SSL9_ENCCU/40-297)))),(((Q8I2S6_PLAF7/21-304,(Q8SRR5_ENCCU/12-234,((Q9P5U3_NEUCR/24-270,(RPB3_SCHPO/15-261,RPB3_YEAST/16-260)),(Q93338_CAEEL/13-269,((O97183_DROME/17-262,Q8IGG6_DROME/17-104),RPB3_HUMAN/17-261))))),(Q8MUV1_GIALA/12-301,Q8LAJ1_ARATH/16-298)),((RPOD_METKA/17-266,(RPOD_METMA/12-261,(RPOD_HALN1/12-244,RPOD_HALMA/14-255))),((RPOD_PYRFU/14-254,RPOD_METJA/12-184),RPOD_METTH/7-259)))),(RPOD_THEVO/10-267,RPOD_PYRAE/8-248)),(Q98S79_GUITH/60-325,Q9AW23_GUITH/9-291)),RPOD_AERPE/19-280),RPOD_SULSO/9-258),RPOD_SULTO/10-259,RPOD_SULAC/7-258);
(((((((((((((((((((((((Q8GE27_HELMO/17-226:0.14093,(RPOA_CHLTE/19-229:0.43160,(RPOA_CHLPN/30-255:0.50026,(((((RPOA_RALSO/14-229:0.09500,RPOA_BORPE/15-230:0.04298):0.10220,(RPOA_NEIMB/14-232:0.17692,(RPOA_HELPY/20-236:0.32228,RPOA_CAMJE/21-229:0.40140):0.48027):0.07598):0.10425,RPOA_XYLFT/21-232:0.21372):0.03640,((RPOA_BUCAP/20-233:0.05903,RPOA_WIGBR/21-231:0.04646):0.01082,((RPOA_HAEIN/21-232:0.05156,(RPOA_VIBCH/21-234:0.05382,(RPOA_PSEPU/21-232:0.12288,RPOA_SHESP/21-232:0.00000):0.03044):0.01546):0.06394,RPOA_BUCBP/21-235:0.13417):0.03370):0.21761):0.20531,((RPOA_RICCN/24-234:0.24353,RPOA_CAUCR/22-232:0.11982):0.08331,RPOA_BRUME/23-231:0.12537):0.09190):0.08622):0.11424):0.07031):0.02327,((RPOA_STRP3/14-224:0.15737,RPOA_LACLA/16-224:0.04945):0.09984,(RPOA_LACPL/16-226:0.04070,(RPOA_STAAW/17-226:0.10531,(RPOA_LISMO/17-226:0.08127,RPOA_BACHD/17-226:0.01525):0.04248):0.05442):0.05878):0.04355):0.06774,((RPOA_CLOAB/17-226:0.07599,RPOA_CLOPE/17-226:0.14306):0.10591,RPOA_THETN/17-226:0.19735):0.08396):0.06090,(((RPOA_UREPA/18-240:0.41000,RPOA_MYCGE/19-242:0.28307):0.07652,RPOA_MYCPE/18-240:0.29634):0.04079,RPOA_MYCGA/17-237:0.37471):0.21362):0.01822,((RPOA_TREPA/21-243:0.34991,RPOA_LEPIN/23-236:0.18549):0.14946,(RPOA_AQUAE/18-227:0.40586,(RPOA_DEIRA/13-221:0.30954,RPOA_THEAQ/14-227:0.09052):0.22413):0.09633):0.06427):0.07808,((RPOA_CORGL/16-223:0.07719,RPOA_BIFLO/12-224:0.11112):0.00665,RPOA_MYCTU/16-224:0.03784):0.43128):0.09866,((RPOA_MYCSP/15-243:0.28783,RPOA_MYCPU/15-244:0.28539):0.41191,RPOA_THEMA/17-232:0.42177):0.11111):0.02856,RPOA_BACTN/18-230:0.35341):0.04152,RPOA_BORBU/25-245:0.37757):0.06794,(((((RPOA_NEPOL/12-299:0.51352,RPOA_ODOSI/14-225:0.46297):0.06184,(RPOA_GUITH/14-225:0.24949,(RPOA_PYRSA/14-225:0.29825,RPOA_PORPU/14-225:0.21482):0.07081):0.03643):0.10120,(RPOA_CYAPA/14-225:0.18737,RPOA_MESVI/19-230:0.36610):0.05357):0.02969,((RPOA_CHLVU/17-272:0.73687,RPOA_CYACA/18-228:0.26051):0.14092,(RPOA_SPIMX/22-230:0.50856,(RPOA_CHAGL/23-231:0.24326,((RPOA_MARQU/29-237:0.20906,(RPOA_MARPO/23-231:0.11794,RPOA_PSINU/23-231:0.13231):0.05909):0.04321,(((RPOA_PINTH/23-231:0.13804,(RPOA_ARATH/23-231:0.03710,RPOA_CUSRE/23-229:0.06262):0.02608):0.01278,RPOA_PHAAN/23-231:0.05072):0.02174,Q8LVZ8_ELYCA/23-231:0.04611):0.09622):0.15288):0.09276):0.23616):0.07588):0.02717,(((RPOA_SYNEL/13-233:0.23103,RPOA_SYNP6/13-225:0.10338):0.08080,RPOA_SYNY3/14-226:0.26662):0.06494,RPOA_ANASP/14-226:0.05107):0.12214):0.10472):0.08856,(Q9BAC8_FUCVE/15-225:0.64426,RPOA_CHLRE/29-324:1.02609):0.14558):0.11818,(Q8IEN9_PLAF7/258-464:1.20844,Q8IKB1_PLAF7/439-675:1.26067):0.12911):0.13567,((((((RPOL_METTH/5-80:0.50936,RPOL_HALN1/7-88:0.72876):0.16077,RPOL_PYRFU/7-87:0.53233):0.12404,RPOL_METJA/7-93:0.58690):0.15381,(RPOL_SULSO/9-85:0.27482,(RPOL_SULAC/7-85:0.22750,RPOL_SULTO/10-85:0.06805):0.34726):0.19279):0.13570,(((RPC19_CAEEL/57-133:0.56358,Q9VIZ0_DROME/15-82:0.62744):0.33872,((RPA9_MOUSE/36-112:0.34216,(Q8ILU4_PLAF7/10-87:0.39043,Q42483_ARATH/6-83:0.61818):0.23777):0.14331,(RPC19_YEAST/59-133:0.19095,RPC19_SCHPO/33-107:0.12697):0.16994):0.09929):0.34912,(Q9C256_NEUCR/29-103:0.50135,((RPB11_ARATH/29-103:0.43023,(RPB11_CAEEL/28-102:0.27179,(RPB11_MOUSE/29-103:0.09072,Q8IH32_DROME/29-122:0.12892):0.03744):0.10612):0.09738,(RPB11_YEAST/29-103:0.36567,RPB11_SCHPO/28-102:0.38288):0.17188):0.23492):0.20571):0.21164):0.18214,RPOL_METKA/16-101:0.81995):0.07789):0.27864,(RPOA_EUGST/22-209:0.72043,RPOA_RECAM/19-221:0.90402):0.13550):0.08503,RPOA_EUGMY/25-203:0.46814):0.32737,CNJC_TETTH/14-295:0.54471):0.24654,(Q9U177_LEIMA/118-423:0.75237,((RPOD_ARCFU/13-258:0.65887,Q8IHT3_PLAF7/54-325:0.38873):0.06861,((((Q39216_ARATH/90-382:0.21145,Q8LD68_ARATH/82-374:0.09760):0.08269,(((Q9UAY9_CAEEL/66-359:0.32193,O08521_CRIGR/55-339:0.30376):0.05214,Q9VMX3_DROME/51-328:0.26282):0.03292,RPA5_HUMAN/58-338:0.16992):0.12997):0.19894,RPC5_YEAST/48-330:0.34183):0.03514,Q8SSL9_ENCCU/40-297:0.61334):0.15706):0.01805):0.11254):0.03529,(((Q8I2S6_PLAF7/21-304:0.42925,(Q8SRR5_ENCCU/12-234:0.56469,((Q9P5U3_NEUCR/24-270:0.25771,(RPB3_SCHPO/15-261:0.26391,RPB3_YEAST/16-260:0.27499):0.06048):0.09315,(Q93338_CAEEL/13-269:0.33627,((O97183_DROME/17-262:0.00632,Q8IGG6_DROME/17-104:0.59257):0.14121,RPB3_HUMAN/17-261:0.26549):0.05351):0.18056):0.15722):0.11130):0.13946,(Q8MUV1_GIALA/12-301:0.81185,Q8LAJ1_ARATH/16-298:0.27968):0.17074):0.14334,((RPOD_METKA/17-266:0.59185,(RPOD_METMA/12-261:0.40476,(RPOD_HALN1/12-244:0.15912,RPOD_HALMA/14-255:0.20688):0.22936):0.15005):0.23820,((RPOD_PYRFU/14-254:0.45716,RPOD_METJA/12-184:0.59467):0.20742,RPOD_METTH/7-259:0.50060):0.01862):0.16595):0.10215):0.04424,(RPOD_THEVO/10-267:0.69799,RPOD_PYRAE/8-248:0.72558):0.09087):0.18122,(Q98S79_GUITH/60-325:0.75368,Q9AW23_GUITH/9-291:0.55083):0.24746):0.36695,RPOD_AERPE/19-280:0.51612):0.43510,RPOD_SULSO/9-258:0.08550):0.17292,RPOD_SULTO/10-259:0.10665,RPOD_SULAC/7-258:0.13566);