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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF01193 phylogeny
for nucleotide alignment


 
(((((((((((((((((((RPOA_BORBU/25-245,RPOA_BACTN/18-230),((RPOA_TREPA/21-243,RPOA_LEPIN/23-236),RPOA_AQUAE/18-227)),(((RPOA_MYCSP/15-243,RPOA_MYCPU/15-244),RPOA_THEMA/17-232),((RPOA_CLOAB/17-226,RPOA_CLOPE/17-226),RPOA_THETN/17-226))),(((((RPOA_HELPY/20-236,RPOA_CAMJE/21-229),((RPOA_XYLFT/21-232,RPOA_NEIMB/14-232),((RPOA_BUCBP/21-235,((RPOA_VIBCH/21-234,RPOA_HAEIN/21-232),RPOA_SHESP/21-232)),(RPOA_BUCAP/20-233,RPOA_WIGBR/21-231)))),RPOA_RICCN/24-234),((RPOA_UREPA/18-240,(RPOA_MYCPE/18-240,RPOA_MYCGE/19-242)),RPOA_MYCGA/17-237)),((RPOA_STRP3/14-224,RPOA_LACLA/16-224),((RPOA_STAAW/17-226,(RPOA_LISMO/17-226,RPOA_BACHD/17-226)),(RPOA_LACPL/16-226,(((((((RPOA_RALSO/14-229,RPOA_BORPE/15-230),RPOA_PSEPU/21-232),(RPOA_BRUME/23-231,RPOA_CAUCR/22-232)),(RPOA_BIFLO/12-224,(RPOA_CORGL/16-223,RPOA_MYCTU/16-224))),(RPOA_DEIRA/13-221,RPOA_THEAQ/14-227)),RPOA_CHLTE/19-229),Q8GE27_HELMO/17-226)))))),((RPOA_CHLVU/17-272,RPOA_CYACA/18-228),((RPOA_CHLPN/30-255,(((RPOA_SYNEL/13-233,RPOA_SYNP6/13-225),RPOA_SYNY3/14-226),RPOA_ANASP/14-226)),(((RPOA_PYRSA/14-225,RPOA_PORPU/14-225),(RPOA_CYAPA/14-225,RPOA_GUITH/14-225)),((RPOA_SPIMX/22-230,(RPOA_CHAGL/23-231,(((((Q8LVZ8_ELYCA/23-231,((RPOA_CUSRE/23-229,RPOA_ARATH/23-231),RPOA_PHAAN/23-231)),RPOA_PINTH/23-231),RPOA_PSINU/23-231),RPOA_MARPO/23-231),RPOA_MARQU/29-237))),((RPOA_MESVI/19-230,RPOA_ODOSI/14-225),RPOA_NEPOL/12-299)))))),(RPOA_CHLRE/29-324,(((RPOA_EUGST/22-209,RPOA_EUGMY/25-203),RPOA_RECAM/19-221),Q9BAC8_FUCVE/15-225))),(Q8IKB1_PLAF7/439-675,Q8IEN9_PLAF7/258-464)),(RPOL_SULSO/9-85,((((RPOL_METTH/5-80,RPOL_HALN1/7-88),RPOL_METJA/7-93),RPOL_PYRFU/7-87),(RPOL_SULAC/7-85,RPOL_SULTO/10-85)))),(RPOL_METKA/16-101,(((RPC19_CAEEL/57-133,Q9VIZ0_DROME/15-82),(RPA9_MOUSE/36-112,(Q8ILU4_PLAF7/10-87,(RPC19_YEAST/59-133,RPC19_SCHPO/33-107)))),(((((RPB11_YEAST/29-103,RPB11_SCHPO/28-102),((RPB11_CAEEL/28-102,Q8IH32_DROME/29-122),RPB11_MOUSE/29-103)),RPB11_ARATH/29-103),Q9C256_NEUCR/29-103),Q42483_ARATH/6-83)))),((((((((Q8SSL9_ENCCU/40-297,Q9VMX3_DROME/51-328),RPA5_HUMAN/58-338),O08521_CRIGR/55-339),Q9UAY9_CAEEL/66-359),(Q39216_ARATH/90-382,Q8LD68_ARATH/82-374)),RPC5_YEAST/48-330),(Q8I2S6_PLAF7/21-304,((RPOD_METJA/12-184,Q9AW23_GUITH/9-291),Q98S79_GUITH/60-325))),(Q8IHT3_PLAF7/54-325,CNJC_TETTH/14-295))),(RPOD_PYRAE/8-248,(RPOD_AERPE/19-280,(RPOD_SULSO/9-258,(RPOD_SULTO/10-259,RPOD_SULAC/7-258))))),RPOD_PYRFU/14-254),RPOD_ARCFU/13-258),(RPOD_THEVO/10-267,RPOD_METTH/7-259)),Q9U177_LEIMA/118-423),RPOD_METMA/12-261),((Q8MUV1_GIALA/12-301,Q8LAJ1_ARATH/16-298),((((Q8IGG6_DROME/17-104,O97183_DROME/17-262),Q93338_CAEEL/13-269),RPB3_HUMAN/17-261),((Q8SRR5_ENCCU/12-234,(RPB3_SCHPO/15-261,RPB3_YEAST/16-260)),Q9P5U3_NEUCR/24-270)))),RPOD_METKA/17-266),RPOD_HALN1/12-244,RPOD_HALMA/14-255);
(((((((((((((((((((RPOA_BORBU/25-245:0.25762,RPOA_BACTN/18-230:0.37431):0.05511,((RPOA_TREPA/21-243:0.29790,RPOA_LEPIN/23-236:0.23906):0.08081,RPOA_AQUAE/18-227:0.34360):0.09123):0.09773,(((RPOA_MYCSP/15-243:0.22477,RPOA_MYCPU/15-244:0.29952):0.14712,RPOA_THEMA/17-232:0.44686):0.08710,((RPOA_CLOAB/17-226:0.14406,RPOA_CLOPE/17-226:0.13724):0.09504,RPOA_THETN/17-226:0.27405):0.06467):0.04267):0.02489,(((((RPOA_HELPY/20-236:0.38474,RPOA_CAMJE/21-229:0.33408):0.23605,((RPOA_XYLFT/21-232:0.19797,RPOA_NEIMB/14-232:0.30243):0.09546,((RPOA_BUCBP/21-235:0.17159,((RPOA_VIBCH/21-234:0.13440,RPOA_HAEIN/21-232:0.10313):0.06932,RPOA_SHESP/21-232:0.08113):0.09035):0.02156,(RPOA_BUCAP/20-233:0.08892,RPOA_WIGBR/21-231:0.14366):0.06464):0.07620):0.08937):0.04858,RPOA_RICCN/24-234:0.30616):0.06409,((RPOA_UREPA/18-240:0.36969,(RPOA_MYCPE/18-240:0.30828,RPOA_MYCGE/19-242:0.26726):0.07460):0.04802,RPOA_MYCGA/17-237:0.25211):0.12942):0.03660,((RPOA_STRP3/14-224:0.14543,RPOA_LACLA/16-224:0.12521):0.06697,((RPOA_STAAW/17-226:0.12664,(RPOA_LISMO/17-226:0.13974,RPOA_BACHD/17-226:0.14757):0.08549):0.06353,(RPOA_LACPL/16-226:0.14852,(((((((RPOA_RALSO/14-229:0.11646,RPOA_BORPE/15-230:0.04310):0.12807,RPOA_PSEPU/21-232:0.27562):0.09708,(RPOA_BRUME/23-231:0.22303,RPOA_CAUCR/22-232:0.15402):0.07787):0.07052,(RPOA_BIFLO/12-224:0.16114,(RPOA_CORGL/16-223:0.14238,RPOA_MYCTU/16-224:0.12183):0.03396):0.24441):0.04312,(RPOA_DEIRA/13-221:0.17017,RPOA_THEAQ/14-227:0.20093):0.10634):0.08547,RPOA_CHLTE/19-229:0.38702):0.11908,Q8GE27_HELMO/17-226:0.15684):0.20352):0.09090):0.09275):0.14606):0.04353):0.08034,((RPOA_CHLVU/17-272:0.39484,RPOA_CYACA/18-228:0.28024):0.09466,((RPOA_CHLPN/30-255:0.48881,(((RPOA_SYNEL/13-233:0.22163,RPOA_SYNP6/13-225:0.25333):0.09086,RPOA_SYNY3/14-226:0.26939):0.13802,RPOA_ANASP/14-226:0.09863):0.19851):0.04294,(((RPOA_PYRSA/14-225:0.18709,RPOA_PORPU/14-225:0.28255):0.07275,(RPOA_CYAPA/14-225:0.13729,RPOA_GUITH/14-225:0.29808):0.03666):0.01441,((RPOA_SPIMX/22-230:0.39352,(RPOA_CHAGL/23-231:0.27007,(((((Q8LVZ8_ELYCA/23-231:0.08447,((RPOA_CUSRE/23-229:0.06447,RPOA_ARATH/23-231:0.05209):0.02162,RPOA_PHAAN/23-231:0.06296):0.03734):0.03522,RPOA_PINTH/23-231:0.10006):0.07531,RPOA_PSINU/23-231:0.11204):0.02722,RPOA_MARPO/23-231:0.12206):0.07173,RPOA_MARQU/29-237:0.22460):0.05324):0.09038):0.14281,((RPOA_MESVI/19-230:0.19684,RPOA_ODOSI/14-225:0.37290):0.05193,RPOA_NEPOL/12-299:0.44392):0.03813):0.04351):0.02211):0.05528):0.07511):0.04235,(RPOA_CHLRE/29-324:0.51066,(((RPOA_EUGST/22-209:0.48198,RPOA_EUGMY/25-203:0.35552):0.09084,RPOA_RECAM/19-221:0.49605):0.07701,Q9BAC8_FUCVE/15-225:0.35384):0.05021):0.08784):0.12985,(Q8IKB1_PLAF7/439-675:0.47459,Q8IEN9_PLAF7/258-464:0.40997):0.08394):0.16142,(RPOL_SULSO/9-85:0.21934,((((RPOL_METTH/5-80:0.34906,RPOL_HALN1/7-88:0.47750):0.14231,RPOL_METJA/7-93:0.36290):0.11175,RPOL_PYRFU/7-87:0.24719):0.19023,(RPOL_SULAC/7-85:0.25023,RPOL_SULTO/10-85:0.08018):0.19808):0.08245):0.17904):0.08876,(RPOL_METKA/16-101:0.55113,(((RPC19_CAEEL/57-133:0.47937,Q9VIZ0_DROME/15-82:0.46934):0.07099,(RPA9_MOUSE/36-112:0.27576,(Q8ILU4_PLAF7/10-87:0.45870,(RPC19_YEAST/59-133:0.22631,RPC19_SCHPO/33-107:0.21508):0.07238):0.09834):0.08481):0.12211,(((((RPB11_YEAST/29-103:0.30575,RPB11_SCHPO/28-102:0.43849):0.10909,((RPB11_CAEEL/28-102:0.24929,Q8IH32_DROME/29-122:0.17280):0.10800,RPB11_MOUSE/29-103:0.15134):0.10301):0.05096,RPB11_ARATH/29-103:0.35188):0.08050,Q9C256_NEUCR/29-103:0.40153):0.23019,Q42483_ARATH/6-83:0.37794):0.10166):0.09925):0.18539):0.21081,((((((((Q8SSL9_ENCCU/40-297:0.48330,Q9VMX3_DROME/51-328:0.21688):0.09933,RPA5_HUMAN/58-338:0.18186):0.07689,O08521_CRIGR/55-339:0.33506):0.05860,Q9UAY9_CAEEL/66-359:0.27979):0.12782,(Q39216_ARATH/90-382:0.16987,Q8LD68_ARATH/82-374:0.06197):0.13585):0.15031,RPC5_YEAST/48-330:0.29084):0.11241,(Q8I2S6_PLAF7/21-304:0.31942,((RPOD_METJA/12-184:0.32746,Q9AW23_GUITH/9-291:0.37234):0.08387,Q98S79_GUITH/60-325:0.46298):0.02932):0.09244):0.04740,(Q8IHT3_PLAF7/54-325:0.31013,CNJC_TETTH/14-295:0.41933):0.07494):0.08798):0.10380,(RPOD_PYRAE/8-248:0.52366,(RPOD_AERPE/19-280:0.54774,(RPOD_SULSO/9-258:0.15833,(RPOD_SULTO/10-259:0.13268,RPOD_SULAC/7-258:0.19071):0.12513):0.18144):0.16493):0.08799):0.09524,RPOD_PYRFU/14-254:0.37290):0.04766,RPOD_ARCFU/13-258:0.30763):0.17282,(RPOD_THEVO/10-267:0.49617,RPOD_METTH/7-259:0.31578):0.04039):0.09428,Q9U177_LEIMA/118-423:0.70379):0.05726,RPOD_METMA/12-261:0.36284):0.08227,((Q8MUV1_GIALA/12-301:0.57581,Q8LAJ1_ARATH/16-298:0.35107):0.16527,((((Q8IGG6_DROME/17-104:0.36788,O97183_DROME/17-262:0.01449):0.14003,Q93338_CAEEL/13-269:0.40357):0.07234,RPB3_HUMAN/17-261:0.28294):0.10040,((Q8SRR5_ENCCU/12-234:0.59291,(RPB3_SCHPO/15-261:0.34508,RPB3_YEAST/16-260:0.28475):0.06105):0.08227,Q9P5U3_NEUCR/24-270:0.18525):0.09569):0.09746):0.10326):0.16157,RPOD_METKA/17-266:0.37288):0.19473,RPOD_HALN1/12-244:0.16101,RPOD_HALMA/14-255:0.15067);