EMBL-EBI > Goldman Group

PANDIT Home | Browse PANDIT | Help on PANDIT | Release notes | Pfam



PANDIT Homepage
pan•dit
PANDIT
Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF00513 alignment
(29 sequences with 588 aa)


VL2_PCPV1/5-456 R-.-PRRRKRASATQLYQTCKASGTCPPDIIAKVEQNTLADKILKWGSLGVFFGGLGIGTGSGTGGRTGYVPVQT----APRPAIPFGPTARPPIIVD-----------TVGPSDSSIVSLVEDST.....---.......------IINSAASDFVPPIRE---GFEISTSET...TTPAILDVS----VTTHN-TTSTSIFKNPAFAEPSIVQSQP-SVEASGHVLTSTY--TSTISSHS.........---VEDIPLDTFIVSSS..DS-NPASSTPVPTPVARPRLG..-LYSKALQQ-VQVTNPAFLSSPQR--..LITFDNPAYEGED.-ISLQFQHNT.-IHNPPDDAFMDIVRLHRPAITS-RRGIVRFSRIGQRGSMYTRSGKHIGGRVHFYTDISPISAAA..-..-EELEMQPLVAAAQDDS--------.--.---GLFDVYVDP----TPGPV-----....-AVQNMSYP----S--STSFVRSSMFTTKWGNTTVPLSLPSNIFAQPGPDIIF.-----PAAP.-GVPPYNPVIPSLPITPIFISGS----QFYLHPSLYLAR.-KRRKRVSL
VL2_HPV13/5-456 R-.-ARRRKRASATQLYQTCKASGTCPPDVIPKVEQNTLADKILKWGSLGVFFGGLGIGTGSGTGGRTGYVPVGS----TPRPAISTGPTARPPIVVD-----------TVGPTDPSIVSLVEESA.....---.......------IINSGVPDPLPPVHG---GFEITTSQS...ATPAILDVS----VTTQN-TTSTSIFRNPVFSEPSITQSQP-SIESGAHVFIS----PSTISPHS.........---TEDIPLDTFIVSSS..DS-NPASSTPVPATVARPRLG..-LYSRALHQ-VQVTDPAFLSSPQR--..LITFDNPTYEGED.-ISLQFAHNT.-IHEPPDEAFMDIIRLHRPAITS-RRGLVRFSRIGQRGSMYTRSGKHIGGRVHFFKDISPISAAA..-..-EEIELHPLVAAAQDHS--------.--.---GLFDIYAEP----DPDPV-----....-AVNTSGSL----SSASTPFAQSSLSSAPWGNTTVPLSLPGDIFIQPGPDITF.-----PTAP.-TVTPYNPVTPALPTGPVFITAS----GFYLYPTWYFTR.-KRRKRVSL
VL2_HPV11/4-448 R-.-ARRRKRASATQLYQTCKATGTCPPDVIPKVEHTTIADQILKWGSLGVFFGGLGIGTGAGSGGRAGYIPLGS----SPKPAITGGPAARPPVLVE-----------PVAPSDPSIVSLIEESA.....---.......------IINAGAPEVVPPTQG---GFTITSSES...TTPAILDVS----VTNH---TTTSVFQNPLFTEPSVIQPQP-PVEASGHILIS----APTITSQH.........---VEDIPLDTFVVSSS..DS-GPTSSTPLPRAFPRPRVG..-LYSRALQQ-VQVTDPAFLSTPQR--..LVTYDNPVYEGED.-VSLQFTHES.-IHNAPDEAFMDIIRLHRPAITS-RRGLVRFSRIGQRGSMYTRSGQHIGARIHYFQDISPVTQAA..-..-EEIELHPLVAAENDT---------.--.-----FDIYAEP-F--DPIPD-----....-PVQHSVT-------QSYLTSTPNTLSQSWGNTTVPLSIPSDWFVQSGPDITF.-----PTAS.-MGTPFSPVTPALPTGPVFITGS----DFYLHPTWYFAR.-RRRKRIPL
VL2_HPV07/5-455 R-.-PRRRKRASATQLYQTCKAAGTCPPDVVNKVEQTTVADQILKWGSMGVFFGGLGIGSGSGSGGRAGYVPLSTGSRAIPPKSLAPDVIARPPVVVD-----------TVAPTDPSIVSLIEESS.....---.......------IIQSGAPSPVIPTEG---GFSITSSGT...DVPAILDIS----STNTV-HVTSTTHHNPIFTDPSVVQPIP-PVEASGRIIVS----HSSITTGA.........---AEEIPMDTFVVHS-..---DPLSSTPVPGVSARPKVG..-LYSKALQQ-VEIVDPTFMSTPQR--..LITYDNPVFDNIE.-DTLHFEQPS.-IHNAPDPAFMDIITLHRPALTS-RRGVVRFSRVGQRGTMYTRRGTRIGGRVHFFKDISPIASS-..-..-EEIELHPLVASP------------.--.NNSDLFDVYADI-D--DIDEN-----....-ILYSTIDN----NTPTSTYSLYPGNSTRIANTSIPLATIPDTFLTSGPDIVF.-----PSVP.-AGTPYLPVSPSIPAISVLIRGT----DYYLNPAYYFR-.-KRRKRILA
VL2_HPV52/5-457 R-.STRH-KRASATQLYQTCKASGTCPPDVIPKVEGTTIADQLLKYGSLGVFFGGLGIGTGAGSGGRAGYVPLS----TRPPTSSITTSTIRPPVTVE-----------PIGPLEPSIVSMIEETT.....---.......------FIESGAPAPSIPSAT---GFDVTTSAN...NTPAIINVT----SIGESSVQSVSTHLNPTFTEPSIIQPPA-PAEASGHVLFS----SPTISTHT.........---YEEIPMDTFVTSTD..SS-SVTSSTPIPGSRPTTRLG..-LYSRATQQ-VKVVDPAFMSSPQK--..LVTYNNPVFEGVDtDETIIFDRSQ.-LLPAPDPDFLDIIALHRPALTS-RRGTVRFSRLGNKATLRTRSGKQIGARVHYYHDISPIQP--..AevQEDIELQPLLP----------QSVS.PYtINDGLYDVYADS----LQQPT-----....-FHLP-----------STLSTHNN-TFTVPINSGIDFVYQPTMSIESGPDIPL.-----PSLP.-THTPFVPIAPTAPSTSIIVDGT----DFILHPSYFLLR.-RRRKRFPY
VL2_HPV33/5-458 R-.STRR-KRASATQLYQTCKATGTCPPDVIPKVEGSTIADQILKYGSLGVFFGGLGIGTGSGSGGRTGYVPIG----TDPPTAAIPLQPIRPPVTVD-----------TVGPLDSSIVSLIEETS.....---.......------FIEAGAPAPSIPTPS---GFDVTTSAD...TTPAIINVS----SVGESSIQTISTHLNPTFTEPSVLHPPA-PAEASGHFIFS----SPTVSTQS.........---YENIPMDTFVVSTD..SS-NVTSSTPIPGSRPVARLG..-LYSRNTQQ-VKVVDPAFLTSPHK--..LITYDNPAFESFDpEDTLQFQHSD.-ISPAPDPDFLDIIALHRPAITS-RRHTVRFSRVGQKATLKTRSGKQIGARIHYYQDLSPIVPLDhtVpnEQ-YELQPLHD----------TSTS.SYsINDGLYDVYADD----VDNVH-----....-TPMQ--H-----S-YSTFATTRTSNVSIPLNTG---FDTPVMS---GPDIPS.-----PLFP.-TSSPFVPISPFFPFDTIVVDGA----DFVLHPSYFILR.-RRRKRFPY
VL2_HPV35/5-460 R-.STKRVKRASATQLYRTCKAAGTCPPDVIPKVEGNTVADQILKYGSMAVFFGGLGIGSGSGTGGRSGYVPLG----TTPPTAA-TNIPIRPPVTVESI------PLDTIGPLDSSIVSLVEETS.....---.......------FIESGAPVVTPRVPP-TTGFTITTSTD...TTPAILDV------------TSISTHDNPTFTDPSVLHPPT-PAETSGHFVLS----SSSISTHN.........---YEEIPMDTFIVSTD..SN-NITNSTPIPGSRPTTRLG..-LYSKGTQQ-VKVVDPAFMTSPAK--..LITYDNPAYEGLNpDTTLQFEHED.-ISLAPDPDFMDIIALHRPALTS-RKGTIRYSRVGNKRTMHTRSGKAIGARVHYYQDLSSIT---..-..-EDIELQPLQ-HVPSSL---PHTTV.STsLNDGMFDIYAPI----DTEED-----....-IIFSASS-----N--NTLYTTSNT-AYVPSNTTIPLSSGYDIPITAGPDIVF.-----NSNT.-ITNTVLPVPTG-PIYSIIADGG----DFYLHPSYYLLK.-RRRKRIPY
VL2_HPV16/5-464 R-.SAKRTKRASATQLYKTCKQAGTCPPDIIPKVEGKTIAEQILQYGSMGVFFGGLGIGTGSGTGGRTGYIPLG----TRPPTATDTLAPVRPPLTVD-----------PVGPSDPSIVSLVEETS.....---.......------FIDAGAPTSVPSIPPDVSGFSITTSTD...TTPAILDIN----NT----VTTVTTHNNPTFTDPSVLQPPT-PAETGGHFTLS----SSTISTHN.........---YEEIPMDTFIVSTN..PN-TVTSSTPIPGSRPVARLG..-LYSRTTQQ-VKVVDPAFVTTPTK--..LITYDNPAYEGIDvDNTLYFSSNDnSINIAPDPDFLDIVALHRPALTS-RRTGIRYSRIGNKQTLRTRSGKSIGAKVHYYYDLSTIDPA-..-..-EEIELQTITPSTYTTT---SHAAS.PTsINNGLYDIYA---------DD-----....-FITDTST-----TPVPSVPSTSLS-GYIPANTTIPFGGAYNIPLVSGPDIPI.-----NITD.-QAPSLIPIVPGSPQYTIIADAG----DFYLHPSYYMLR.-KRRKRLPY
VL2_HPV31/5-457 R-.STKRTKRASATQLYQTCKAAGTCPSDVIPKIEHTTIADQILRYGSMGVFFGGLGIGSGSGTGGRTGYVPLS----TRPSTVSEASIPIRPPVSID-----------PVGPLDPSIVSLVEESG.....---.......------IVDVGAPAPIPHPPT-TSGFDIATTAD...TTPAILDV------------TSVSTHENPTFTDPSVLQPPT-PAETSGHLLLS----SSSISTHN.........---YEEIPMDTFIVSTN..NE-NITSSTPIPGVRRPARLG..-LYSKATQQ-VKVIDPTFLSAPKQ--..LITYENPAYETVNaEESLYFSNTS.-HNIAPDPDFLDIIALHRPALTS-RRNTVRYSRLGNKQTLRTRSGATIGARVHYYYDISSINPAG..-..-ESIEMQPLG----------ASATT.TStLNDGLYDIYADT----DFTVD-----....-TPATHNV-----SPSTAVQSTSAVSAYVPTNTTVPLSTGFDIPIFSGPDVPI.-----EHAP.-TQVFPFPLAPTTPQVSIFVDGG----DFYLHPSYYMLK.-RRRKRVSY
VL2_HPV34/5-464 -RdTHIRRKRASATQLYKTCKQSGTCPPDIIPKVEGNTLADQILKYGSIGVFFGGLGIGSGSGTGGRTGYVPLPT--TTPSRPVEIPLQPTRPPVITS------------VGASDSSIVSLVEESS.....---.......------FIEAGVPGPTSIVPS-SSGFNVTTSVD...STPAIIDVA----TISDTTQVSVSTFNNPTFTDPSVLQPPP-PLEASGRLLFS----NDTVTTHS.........---YENIPLDTFVVTTD..NN-SIVSSTPIPGRHPPARLG..-LYGRAIQQ-VKVVDPAFVTTPTR--..LVTYDNPAFEGLQ.DTTLEFQHSD.-LHNAPDSDFLDIVKLHRPALTA-RKTGIRVSRLGQRATMFTRSGKRIGGRVHFYHDLSPIP---..-..TENIELQPLLPSAS------ATVTD.ANgINDGLYDVLLDN----NVDIT-----....-EVETPTG-----TNTQSVFASEI--STTTANTTIPLNAGLDTHP--GPDIAL.-----PVPT.-AETIFTPTVPVQPSGPIYIYGS----DFILHPSLYVIP.-RKRKRLSY
VL2_HPV42/5-468 R-.SRRR-KRASATQLYQTCKASGTCPPDVIPKVEGTTLADKILQWGSLGVFFGGLGIGTGAGTGGRTGYVPLG----TRPPVIAEPGPAVRPPIAVD-----------TVGPSDPSIVSLLEESS.....---.......------VIDAGITVPDITSHG---GFNITTSTGgpaSTPAILDIS----PPTNTIRVTTTTSTNPLYIDPFTLQPPL-PAEVNGRLLIS----TPTITPHS.........---YEEIPMDTFVVSTD..TT-NTFTSTPIPGPRSSARLG..-LYSRATQQ-RPVTTSAFLTSPAR--..LVTYDNPAYEGLT.EDTLVFEHPS.-IHTAPDPDFMDIVALHRPMLSS-KQGSVRVSRIGQRLSMQTRRGTRFGSRVHFFHDLSPITHS-..-..SETIELQPLSAS---------SVSA.ASnINDGLFDIYVDT-SDVNVTNT-----....-TSSIPMHGFATPRLSTTSFPTLPSMSTHSANTTIPFSFPATVH--VGPDLSV.-----VDHP.-WDSTPTSVMPQ--GNFVMVSGW----DFILHPSYFWR-.-RRRKPVPY
VL2_HPV32/5-467 R-.SRRR-KRASATQLYQTCKASGTCPPDVIPKIEGRTWADQILKWGSTGVFFGGLGIGTGAGSGGRTGYVPIG----TRPPVVAEPGPAIRPPVVVD-----------TIGPTDPSVISLLEESA.....---.......------VIDSSIPVPTDTSHG---GFNITSSASgpsSTPAVLDIS----PPTNTIRVASTTSHNPVYSDPFTLRPSL-PVEGNGRLLTS----HPTIAPHS.........---YEEIPMDTFVVSTD..TS-NTVTSTPIPGPRPTMRLG..-LYTRVTQQ-RPVATTTFLTSPER--..LVTYDNPAYEGPA.EGTLEFEHPT.-IHEAPDSDFMDIIALHRPVLSA-RQGTVRVSRIGQRASLQTRSGARIGSRVHFFHDISPITRP-..-..SEAIELQPLGSSSTA-----VSTTA.SSaINDGLFDVYVDP----DIPPS-----....-HALPPLR--SPTHVSTVSLTSLGSVPAQTANTTVPLSLPTNIN--VGPDLSP.-----PESP.-PFISTRPVSPS--FDSVMVLGW----DFILHPSYMWR-.-KRRKPVPY
VL2_HPV56/5-455 R-.-ATRRKRASATQLYKTCKLSGTCPEDVVNKIEQKTWADKILQWGSLFTYFGGLGIGTGTGSGGRAGYVPLG----SRPS-TIVDVTPARPPIVVES-----------VGPTDPSIVTLVEESS.....---.......------VIESGAGIPNFTGSG---GFEITSSST...TTPAVLDIT----PTSSTVHVSSTHITNPLFIDPPVIEAPQ-TGEVSGNILIS----TPTSGIHS.........---YEEIPMQTFAV-HG..SGTEPISSTPIPGFRRIAAPR..-LYRKAFQQ-VKVTDPAFLDRPAT--..LVSADNPLFEGTD.-TSLAFS---.PSGVAPDPDFMNIVALHRPAFTT-RRGGVRFSRLGRKATIQTRRGTQIGARVHYYYDISPIAQA-..-..---EEIEMQPLLSANNS--------.--.-FDGLYDIYANI-DDEAPGLS-----....--SQSVATPS----AHLPIKPSTLSFASNTTNVTAPLGNVWETPFYSGPDIVL.-----PTGP.-STWPFVPQSPYDVTHDVYIQGS----SFALWPVYFFR-.RRRRKRIPY
VL2_HPV30/5-454 R-.-ARRRKRASATQLYQTCKQAGTCPSDVINKIEHTTLADKILQWGSLFTFFGNLGIGTGAGSGGRAGYVPLG----TRPT-TVVDASPARPPIVVES-----------VGPTDPSIVTLVEESS.....---.......------VVNAGASFPNFTGTA---GFEVTSSST...TTPAVLDIT----PTTGSVHVSSTHFTNPSFVEPPVIEVPQ-TGEVSGHILVS----TPTSGVHS.........---YEEIPMQTFAV-HG..TGTEPISSTPIPGLRRIAAPR..-LYQRAFQQ-VKVTDPTFLTKPET--..LITVDNPVFEDAD.-TTLTFS---.PSGVAPDPDFLDIVALHRPAFTT-RRGGVRFSRLGTKATMRTRSGKQIGARVHYYYDVSPIAHT-..-..---EEIEMQPLLSANNS--------.--.-FDGLYDIYANL-DDEAPVSS-----....--HLSIATP-----SRLPTNTVPLSFSSQTTNVTIPLGKYWDVPIYSGPDIVL.-----PTGP.-TTWPYAPQAPFDTTHDVVIHGS----TFALWPVYFLR-.RRRRKHVPY
VL2_HPV51/5-459 R-.-ARRRKRASVTQLYSTCKAAGTCPPDVVNKVEGTTLADKILQWSGLGIFLGGLGIGTGSGSGGRTGYIPLG----GGGRPGVVDIAPARPPIIIDL-----------WHHTEPSIVNLVEDSS.....---.......------IIQSGSPIPTFTGTD---GFEITSSST...TTPAVLDIT----PSAGTVHVSSTNIENPLYIEPPSIEAPQ-SGEVS-DIYLL----VHYSGTHG.........---YEEIPMEVFASNVS..TGTEPISSTPTPGVSRIAAPR..-LYSKSYTQ-VKVTNPDFISKPST--..FVTFNNPAFEPID.-TSITFEE--.PDAVAPDPDFLDIITLHRPALTS-RRGTVRFSRLGQKATMRTRSGKQIGARVHYYHDIS---RIA..-..-PADELEMQPLLSPSNN--------.--.-YS--YDIYADL-DEAETGFIQPT--....-HTTPMSHSSLSRQLP----SLSSSMSSSYANVTIPFSTTYSVPIHTGPDVVL.-----PTSP.-TVWPYVPHTSIDTKHSIVILGG----DYYLWPYTHLL-.RKRRKRIPY
VL2_HPV26/5-463 R-.-APRRKRASATDLYKTCKAAGTCPPDVIPKIEGSTLADKILQWSGLGIFLGGLGIGTGTGSGGRTGYIPLG----GGGRPSVVDIGPTRPPIIIEP-----------VGPTEPSIVTLVEESS.....---.......------IIQSGAPIPTFSGGN---GFELTTSSA...TTPAVLDIT----PSAGTVHVTSTNIQNPLYIEPP-IDIPQ-AGEASGHIFTT----TSTAGTHS.........---YEEIPMEVFASTNG..TGLEPISSTPIPGIQRVSAPR..-LYSKAYQQ-VKVTDPNFIGNPST--..FVTFDNPAYEPID.-ETLTYAS--.SSTVAPDPDFLDIIALHRPALTS-RKGTVRYSRLGQKATMKTRSGKQIGATVHYYHDISPIQSFA..-..-EHEEIELQPLHTSTHS--------.--.-SAPLFDIYADP-DTVPS-----I--....-HTPRMSYSPTTLPVPRYASNVFSSINTSTTNVTVPLSTSFELPVYSGSDIYT.-----PTSS.-PTWPSLPPPPTTNLPAIVVHGD----NYYLWPYIYLI-.HKRRKRMPY
VL2_HPV39/5-461 R-.-AARRKRASATDLYRTCKQSGTCPPDVVDKVEGTTLADKILQWTSLGIFLGGLGIGTGTGTGGRTGYIPLG----GRPN-TVVDVSPARPPVVIEP-----------VGPSEPSIVQLVEDSS.....---.......------VITSGTPVPTFTGTS---GFEITSSST...TTPAVLDIT----PSSGSVQITSTSYTNPAFTDPSLIEVPQ-TGETSGNIFVS----TPTSGTHG.........---YEEIPMEVFAT-HG..TGTEPISSTPTPGISRVAGPR..-LYSRAHQQ-VRVSNFDFVTHPSS--..FVTFDNPAFEPVD.-TTLTYE---.AADIAPDPDFLDIVRLHRPALTS-RKGTVRFSRLGKKATMVTRRGTQIGAQVHYYHDISSIAPA-..-..-ESIELQPLVHAEPSDA--------.--.-SDALFDIYA-D-VDNNTYLD-----....-TAFNNTRDSGTTYNTGSLPSVASSASTKYANTTIPFSTSWNMPVNTGPDIAL.-----PSTT.-PQLPLVPSGPIDTTYAITIQGS----NYYLLPLLYFF-.LKKRKRIPY
VL2_HPV18/5-453 R-.-AARRKRASVTDLYKTCKQSGTCPPDVVPKVEGTTLADKILQWSSLGIFLGGLGIGTGSGTGGRTGYIPLG----GRSN-TVVDVGPTRPPVVIEP-----------VGPTDPSIVTLIEDSS.....---.......------VVTSGAPRPTFTGTS---GFDITSAGT...TTPAVLDIT----PSSTSVSISTTNFTNPAFSDPSIIEVPQ-TGEVAGNVFVG----TPTSGTHG.........---YEEIPLQTFAS-SG..TGEEPISSTPLPTVRRVAGPR..-LYSRAYQQ-VSVANPEFLTRPSS--..LITYDNPAFEPVD.-TTLTFD---.PRSDVPDSDFMDIIRLHRPALTS-RRGTVRFSRLGQRATMFTRSGTQIGARVHFYHDISPIAPSP..-..-EYIELQPLVSATEDN---------.--.---DLFDIYADD-MDPAVPVP-----....-SRSTTSFA-----FFKYSPTISS--ASSYSNVTVPLTSSWDVPVYTGPDITL.-----PSTT.-SVWPIVSPTAPASTQYIGIHGT----HYYLWPLYYFI-.PKKRKRVPY
VL2_HPV27/3-455 R-.-AKRRKRASPTDLYRTCKQAGTCPPDIIPRLEQNTLADKILKWGSLGVFFGGLGIGTGSGTGGRTGYIPVG----TRPTTVVDIGVAPKPPVVIEP-----------VGASEPSIVTLVEDSS.....---.......------IINAGASHPTFTGTG---GFEVTTSTV...TDPAVLDIT----PSGTSVQVSSSSFLNPLYTEPAIVEAPQ-TGEVSGHVLVS----TATSGSHG.........---YEEIPMQTFATSGG..SGQEPISSTPLPGVRRVAGPR..-LYSRANQQ-VQVRDPAFLERPAD--..LVTFDNPVYDP-E.-ETIIFQHP-.DFHEPPDPDFLDIVALHRPALTS-RQGTVRFSRLGRRATLRTRSGKQIGARVHFYHDISPVVPD-..-..--ELEMEPLLPPASTVG--------.--.-SDVLYDVYADP-DVLQPLDDYYP--....-AP-RG--------SLANTTVSASSASTLRGSTTAPLSGGVDVPVYTGPDIEP.-----PVVP.-GLGPLIPVAPSLPSSVYIFGG-----DYYLLPSYILWP.-KRRKRVNY
VL2_HPV03/5-464 R-.-ARRRKRASATQLYRTCKAAGTCPPDVIPKVEGTTLADRILQWGSLGVYLGGLGIGTGSGTGGRTGYAPIS----TRPGTVVDVSVPAKPPVVIEP-----------VGPSDPSIVNLLEDSS.....---.......------IINSGSTIPTFTGTD---GFEVISSAT...TTPAVLDIT----PASDNVVVSSTNFSNPAFTEPSLLEVPQ-NGEVSGHILIS----TPTSGTHG.........---YEEIPMETFAS-PG..TGTEPISSTPVPGVSRIAGPR..-LYSKAVTQ-VKVTDPAFLTRPRS--..LMTFDNPVFEPED.-ETIIFERPY.SPSQVPDSDFLDILRLHRPALTS-RRGTVRYSRVGQKLSMRTRSGKGLGARVHYYQDLSPIGPT-..-..-EDIEMEPLIAPASASA--------.--.-YDSLYDVYADV-DDADIGFTSGG--....-RSDTLSRG------RATVSPLSSTLSTKYGNVTIPFVSPVDVPLQPGPDILL.-----PAS-.-AQWPFVPLSPVDTTHYVYIDGG----DFYLWPVTFFLPrRRRRKRVSY
VL2_HPV63/3-504 R-.-VRKR-RAAPQDIYPACKVANNCPPDIQNKIEQTTVADKILQYGSLGIFLGGLGIGTGKGGGGRYGYTPLGDSG---AVRVGGRSTPVRPTVPVETVGPRDILPIDSLDPLGPSVIELEDI--.....---.......---PATTVEVVAEVHPIS-DTPQIPAPTTDESS...-S-AVLHIP-QESPAART--ITRSQYNNPLFRITASADIASGEASASDNIFIDVDTPGQIVGQEIp........LVNFDMGPISTEG--EL..ETEFT-TSTPRTTQVQERPTR..-FYNRRYYEQVPVTAPEFITRPA--S..LVTFENPAFERS-.-VSLIFEQDLeDILNAPDQDFRDIVYLSRPTYSRAPDGRMRLSRLGRRATISTRSGVTIGAQSHFYMDISSISSN-..-..-DGIELQTLGEASGETVVQSSLAASdPIeAEHSFIEPAPSIDSYDIVSLQS----....ETYSDEHLLDMYEPVGSSLQLQISDVRGRPTVIDIPFRPR-RPP--LGPINAG.VDIYSPTAS.VGSPTINPTDLDIPLIIIHLDNS--TGDYDLHPSLRKR-.---RKLVHI
VL2_HPV1A/3-507 R-.-LRRK-RAAPKDIYPSCKISNTCPPDIQNKIEHTTIADKILQYGSLGVFLGGLGIGTARGSGGRIGYTPLGEGG---GVRVATRPTPVRPTIPVETVGPSEIFPIDVVDPTGPAVIPLQDLGR.....---.......-DFPIPTVQVIAEIHPIS-DIPNIVASSTNEGE...-S-AILDVL-RGNATIRT--VSRTQYNNPSFTVASTSNISAGEASTSDIVFVSNGSGDRVVGEDIp........LVELNLGLETDTSSVVQ..ETAFS-SSTPIAERPSFRPSR..-FYNRRLYEQVQVQDPRFVEQPQ--S..MVTFDNPAFEPELdEVSIIFQRDLdALAQTPVPEFRDVVYLSKPTFSREPGGRLRVSRLGKSSTIRTRLGTAIGARTHFFYDLSSIAPE-..-..-DSIELLPLGEHSQTTVISSNLG--.--.-DTAFIQGETAEDDLEVISLETP---....QLYSEEELLDTNESVGENLQLTITNSEGEVSILDLTQSRV-RPP--FGTEDTS.LHVYYPNSS.KGTPIINPEESFTPLVIIALNNS--TGDFELHPSLRKR-.---RKRAYV
VL2_HPV49/3-521 R-.-ARRTKRDSVTNIYRTCKQAGNCPPDVVNKVEQTTIADQILKFGSTGVFFGGLGIGTGRGTGGSTGYVPIGEGP---AIRVGGTPSVVRPGILPEAIGPADIIPIDTVNPIDPNASSVVPLTD.....-TG.......PDLLPGTIETIAEVNPAP-DIPRVDTSVVTTSR...GSSAVLEVASEPTPPTRTR-ISRTQYHNPSFQILTESTPSLGESALTDHVVVTSGSGGQPIGGVT.......pvEIELQELPSRYTFEIEE..PTPPRRSSTPLRNITQAVGNLrrSLYNRRLTQQVNVQDPLFLQQPSRLV..RFAFDNPVFEEE-.-VTQIFERDVaAVEEPPDRDFLDIAKLSRPLYSETPQGYVRVSRLGNRASIRTRSGATVGAQVHFYTDLSTIDAE-..-..-ESIELSLLGEHSGDATIVQGPV--.--.-ESSFVDLNVQE-LPQVIEVDPEP--....TFHSDDLLLDEQNEDFSGSQLVYG-SGRRSTTFTVPRFSTPRSDTFYVQDLEG.YAVSYPERR.NYPEIIYPQP-DLPTVIIHTADT--SGDFYLHPSLRRR-.--KRKRTYL
VL2_HPV14/3-519 R-.-ARRVKRDSATNIYRTCKQAGTCPPDVINKVESTTIADKILQYGSAGVFFGGLGISTGKGTGGTTGYVPLGEGP---AVRVGGAPTIIRPALVPDTIGPSDIIPVDTLDPVEPTTSSIVPLTD.....STG.......PDLLPGEVETIAEVHPGP-SRPPTDTPVTTSTG...GSSAILEVAPEPTPPSRVR-VTRTQYHNPSFQVITESTPTTGESSLADNILVTSGSGGQTIGGAT.......peLIELQELPSRYSFEIEE..PTPPRRTSTPLQRIQTAIRRR.gGLTNRRLVQQVSVENPLFLTRPSRLV..QFQFDNPAFEEE-.-VTQIFEQDIeDFNEPPDRDFLDVQRLGRPQYSETPAGYLRVSRLGQRRTIRTRSGAQIGSQVHFYRDLSSINTE-..-..-DPIELQLLGQHSGDATIVQGPV--.--.-ESTFVDINVDE-NPLSEDFS-----....-AHSDDLLLDEANEDFSGSQLVVG-NRRSTSSYTVPRFETTRSGSYYAQDTKG.YYVAYPEDRdISMDIIYPTP-ELPVVIIHTYDT--SGDFYLHPSLHKRL.--KRKRKYL
VL2_HPV05/3-518 R-.-AKTVKRDSVTHIYQTCKQAGTCPPDVINKVEQTTVADNILKYGSAGVFFGGLGISTGRGTGGATGYVPLGEGP---GVRVGGTPTVVRPSLVPETIGPVDILPIDTVNPVEPTASSVVPLTE.....STG.......ADLLPGEVETIAEIHPVP-EGPSVDTPVVTTST...GSSAVLEVAPEPIPPTRVR-VSRTQYHNPSFQIITESTPAQGESSLADHVLVTSGSGGQRIGGDI.......tdIIELEEIPSRYTFEIEE..PTPPRRSSTPLPRNQSVGRRRgfSLTNRRLVQQVQVDNPLFLTQPSKLV..RFAFDNPVFEEE-.-VTNIFENDLdVFEEPPDRDFLDVRELGRPQYSTTPAGYVRVSRLGTRATIRTRSGAQIGSQVHFYRDLSSINTE-..-..-DPIELQLLGQHSGDATIVHGPV--.--.-ESTFIDMDISE-NPLSESIE-----....-AYSHDLLLDETVEDFSGSQLVIG-NRRSTNSYTVPRFETTRNGSYYTQDTKG.YYVAYPESR.NNAEIIYPTP-DIPVVIIHPHDS--TGDFYLHPSLHRR-.--KRKRKYL
VL2_HPV15/3-533 R-.-ARRVKRASVTDIYRGCKQAGTCPPDVLNKVEQTTIADKILKYGSAAVFFGGLGIGTGRGSGGATGYVPLGEGP---GVRVGGTPTIVRPGVTPELIGPADVIPIDTVTPIDPAAPSIVTITD.....SSA.......VDLLP-ELETIAEIHPVPTDNVDIDTPVVTGGR...DSSAILEVA-DPSPPVRTR-VSRTQYHNPSFQIITESTPLSGESALADHVIVFEGSGGQNIGGSRsaaldaaqeSFEMQTWPSRYSFEIQE..GTPPR-SSTPVQRAVQSLSSLrrALYNRRLTEQVAVTDPLFLGRPSRLV..QFQFDNPTFEEE-.-VTQTFERDVeAFEEPPDRQFLDVVRLGRPTYSETPQGYVRVSRLGRRATIRTRSGAQVGAQVHFYRDLSTIDSE-..-..-A-LEMQLLGEHSGDSTIVQAPM--.--.-ESSFIDINIDEPDSLHVGLQDS-TEaddiDYNSADLLLEDNIEDFSGSHLVFGNTRRSTTTYTVPRFESPRNTGFYIQDVHG.YNVAYPESR.DTTEIILPQS-DTPTVVINFEEA--GGDYYLHPSLKTR-.--KRKRKYL
VL2_HPV09/3-533 R-.-AKRTKRASVTDIYRGCKAAGTCPPDVINKVEHTTIADKILQYGSAGVFFGGLGISTGRGTGGATGYVPLGEGP---GVRVGGTPTIVRPGVIPEIIGPTDLIPLDTVRPIDPTAPSIVTGTD.....-ST.......VDLLPGEIESIAEIHPVPVDNAVVDTPVVTEGRr..GSSAILEVA-DPSPPMRTR-VARTQYHNPAFQIISESTPMSGESSLADHIIVFEGSGGQLVGGPR.esytasseNIELQEFPSRYSFEIDE..GTPPR-TSTPVQRAVQSLSSLrrALYNRRLTEQVAVTDPLFLSRPSRLV..QFQFDNPAFEDE-.-VTQIFERDLsTVEEPPDRQFLDVQRLSRPLYTETPQGYVRVSRLGRRATIRTRSGAQVGAQVHFYRDLSTINTE-..-..-EPIEMQLLGEHSGDSTIVQGPV--.--.-ESSIVDVNIDEPDGLEVGRQETP-SvedvDFNSEDLLLDEGVEDFSGSQLVVG-TRRSTNTLTVPRFETPRDTSFYIQDIQG.YTVSYPESR.QTTDIIFPHP-DTPTVVIHINDT--SGDYYLHPSLQRK-.--KRKRKYL
VL2_HPV04/3-520 S-.-LSRRKRDSVPNLYAKCQLSGNCLPDVKNKVEADTLADRLLRWLGSVIYLGGLGIGTGRGSGGSTGYNPIGAP-----SRVTPSGTLVRPTVPVESLGPSEIIPIDAIDPTTSSVVPLEDLTIpdvtvDSGdtrgigeTTLQPAQVDISTSHDPISDVTGASSHPTIISGEd..NAIAVLDVSPIEPPTKRIALATRGASATPHVSVISGTTEFG--QSSDLNVFVNATFSGDSIGYTE.........--EIPLEPLNPFQEFEI..ESPPK-TSTPRDVLNRAIGRAr.DLYNRRVQQ-IPTRNPALLTQPSRAI..VFGFENPAFDAD-.-ITQTFERDLeQVAAAPDADFADIVTIGRPRFSETDAGQIRVSRLGRRGTIKTRSGVQIGQAVHFYYDLSTIDTA-..-..-DAIELSTLGQHSGEQSIVDAMI--.--.-ESSLIDPFEMP-DPTFTEEQ-----....------QLLDPLTEDFSQSHLVLTSSRRG-TSFTIPTIPPGLGLRIYVDDVGSdLFVSYPESR.VIPAGGLPTEPFVPLEPALLSDI-FSTDFVYRPSLYRK-.--KRKRLEM
VL2_CRPVK/4-480 R-.--SRKRRAAPQDIYPTCKIAGNCPADIQNKFENKTIADKILQYGSLGVFFGGLGISSAGGSGGRLGYTPLS-----GGGGRVIAAAPVRPPITTESVGPLDIVP-EVADPGGPTLVSLHELP-.....---.......------AETPYVSSTNVTGDG--AAEPLPAGHG...-GSQISDVT-----SGTSGTVSRTHINNPVFEAPMTGDQDVSDVHVFAHSESS-ITINQTENTGG.........-ELIEMVPLRHPPRSEGdfRETSFSTSTPIPDRSALRSIN..-VASRRYQQ-VQVENPAFLNRPRELVqfENTFDNPAFVDDE.QLSLLFEQDLdTVVATPDPAFQDVVRLSRPSFTQSRAGRVRVSRLGRTLTMQTRSGKAFGPAKHFYYELSSIAEG-..-..---PEPDILIPESEQ----------.--.-ETSFTDATSKD-TQQEAEVY-----....--ADGSTLETDTSADENLTLVFSDRGRGQGSHVPIPGKSTIGGPVNIGDSKYY.-----TLNP.-GETTSFEADVISPVFIFEGNADG---TYYLEEPLRKK-.--RRKS-IF