EMBL-EBI > Goldman Group

PANDIT Home | Browse PANDIT | Help on PANDIT | Release notes | Pfam



PANDIT Homepage
pan•dit
PANDIT
Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF00508 alignment
(19 sequences with 618 bp)


VE2_PAPVE/3-205 ATGAGTGCAGCCAGCGATCATTTACTTGCAGCGCAAGAAACACAGATGCAATGCATTGAGAAAGATAGTCGCCTGTTACAGGATCATGCATGCTATTGGGGGGCAGTAAGAAGGGAAAAACTGTTATTATATGCAGCGAGAACAAAGGGGTTAAAAACAATTGGGTGTGTGCCTGTGCCTCCTTGTTCTGTTACTGCAGAGCAAGCGAAGCAAGCAATATGCATGCAATTGATTGTGGAGGAATTACTGCACAGTCCATGGGCCAAAGAACCATGGTCCCTTACAGACCTAAGCTGGGAGAGATATCAGGCTGCCCCAAAAGGGTGTTTGAAAAAAGGCGCCAGAGTGGTGGAAGTGGAGTATGATGGGAACTCTTCTAATAAGACTTGGTATACAGCTTGGAGTACAGTGTACGTGCGCGGAACGGAAGAGGAGGGCTGGGAGACTGCTGTCTGTGCTGCAGACGGACAGGGCATTTATTATTGCGCCGGGATGAGCAGT...AAGGTGTACTTTGAAACCTTTGAAACTGATGCCCGCAGATGGAGCAGG---ACGGGGCACTGGACTGTGAGGGATAAC---GATGTGATATATCATTCAACCTTTGGTGCACCC
VE2_PAPVD/1-202 ATGAGTGCAGCCAAAGAACAGTTACTTGCAGCGCAAGAAACGCAAATGACATTAATTGAAAAAGATAGCACAGATTTGAAAGATCACATAGACTCTTGGGGTCCGGTCAGGAGAGAGCATGGTTTGCTTTATGCTGCCAGACACAAAGGCTTGATTTGGCTCGGTTTGAACCCTGTGCCACCATGCTCTGTGAAGTGCTTAGAAGCTCGGCAAGCAATTGAGATGCAGCTTCTGGGGAACAGCTTAAAGGAGAGCCCATGGTGCAATGAGCCATGGTCACTGTGTGACTTAAGCTGGGGACGCTATCAAGCGCCTCCAGCAGAAACTTTGAAAAAAGGCGCCAGACTGGTTGAAGTGGAGTATGATGGGAGCTCCACTAATAAAACTTGGTATACCGCTTGGAATTCATTGTACTTGCGCAAACCGGATGAGGAGGGCTGGGAGACGGCGACTGGTGGTGCAGACGCAGACGGTCTCTTCTATACTACCATGTCCGGTACA...CGGGTTTATTATGAGCTCTTTGAAAGAGATGCAGCCAGATACAGCACT---ACAGGGACTTGGACTGTGAGGGATAAC---GATCGTACTTATCACTCACATTCT---GCGCCC
VE2_HPV63/1-203 ATGGAAAGCCTCAACAACCGCTTAGACTGGCTACAAGAGCAGCTTCTAACTCTATATGAGAAAGACAGTAAAGATATTGAAGATCAGATAATGCAGTGGAATCTACTTAGACAGGAACAAGTGTTATTCCACTATGCCCGAAAAAAGGGAATAATGCGACTTGGCCTGCAAGTTGTGCCTTCCCTTGCAGCTTCCCAGGATAAAGCAAAAACAGCTATAGAAATGACTCTTTATCTTAGTGGCCTCAGAGACTCACAATATGGTTCTGAACAGTGGTCTTTACAAGATACTAGCAGAGAAATCTTTTTAGCACCACCAGATCATACATTCAAAAAGGGAGGGCAAACAATTGAGGTAATCTATGATGAGGATCCCAATAATAGCACCAGACATACTGTATGGCGCCATATATATTATCAAAAC---GGTGATAACAGATGGAGAAAAGCAGCTAGTGATGTAGATGTTCATGGTGTGTTTTATTTAGAATATGATGGTGTC...AAAAACTACTATGTTGACTTTCAAGAAGAGGCCAATCGATATAGCAAA---ACAGGTCGATATACTGTTCAATATGAGGGTAAAAGGTTCACAAATGTTATGTCTCCTGTCAAT
VE2_HPV49/1-202 ATGGAGGCACTCAACGCTCGTTTCAATGTACTACAAGAGATGTTAATGGACATTTATGAATCAGGGAAAGAGGATCTTGAAACACAAATAGAACATTGGAAACTGTTAAGACAGGAACAAGCTTTATTATTTTTTGCACGTAAACACAGCATAATGAGACTGGGGTATCAACCCGTACCTCCGATGGCAGTATCTGAAACCAAAGCCAAACAAGCTATTGGCATGATGCTAACTTTGCAAAGCTTGCAAAAGTCTCCTTTTGGAAAAGAAAAGTGGACTTTAGTAAACACAAGTCTTGAAACATACAATGCACCACCAGCACAGTGCTTTAAAAAAGGTCCTTATAATATAGAAGTTATATTTGATGGAGATCCTGAAAATCTAATGGTATATACTGCTTGGAAAGAGATTTATTTTGTAGAC---TCAGATGATATGTGGCAAAAGGTGCAAGGTGAGGTGGATTATGCAGGTGCATATTATAAGGATGGAACT---ATC...AAACAGTATTATGTTACCTTCGCTGATGATGCTGTTAGATATGGGACA---TCTGGACAATATGAAGTCCGCATTAACAACGAAACTGTGTTTGCTCCTGTTACTAGCTCCACC
VE2_HPV09/1-202 ATGGAAACTCTCAGCGCACGTTTCAATGCACTGCAAGAGACTTTAATGGACCTGTATGAATCAGGTCGAGAGGATCTACAAAGTCAGATTGACCACTGGCAGACTTTAAGACAAGAGCAAATACTTTTGCATTATGCCAGGAAAAATGGAGTTATGCGATTGGGGTACCAACCTGTACCTCCGTTGGCTACCAGTGAACAGAAAGCTAAAGATGCTATTGGCATGGTTTTACTATTGCAAAGCCTTCAAAGATCAGCTTATGGACAGGAACCTTGGACACTGGCACAAACTAGTCTTGAGGCGGTACGCAGTCCACCTGCATATGCCTTTAAAAAGGGTCCACAAAATATTGAAGTAGTTTATGATGGAGATCCTGATAATGTTATGAGCTATACTATATGGAACTTTATATATTATCAGACT---GTTAATGATACTTGGGAAAAAGTTCAAGGTCACGTGGATTATTTTGGAGCCTATTACTTTGAAGGGACT---GTA...AAAACATATTATATTAACTTTGACAAAGATGCAGCCAGGTATGGCAGA---ACTGGCGTTTGGGAAGTGCATGTTAACAAGGACATTGTGTTTGCCCCTGTTACTAGCTCTTCG
VE2_HPV05/1-202 ATGGAGAATCTCAGCGAGCGTTTCAATGCTCTGCAAGATCAGCTAATGAACATTTATGAAGCTGCAGAACAAACATTGCAGGCACAAATTAAACATTGGCAAACCTTACGAAAAGAACCTGTATTACTCTACTATGCTAGGGAGAAAGGTGTTACAAGGCTTGGATATCAACCTGTGCCTGTAAAGGCAGTATCAGAAACAAAGGCTAAAGAAGCCATAGCAATGGTGCTGCAGCTTGAGTCACTACAGACATCTGATTTTGCTCATGAGCCATGGACTCTAGTTGATACCAGCATAGAAACATTTAGAAGCGCTCCAGAAGGTCACTTCAAAAAAGGCCCCCTCCCTGTAGAAGTTATTTATGACAATGATCCAGATAATGCCAATTTGTATACAATGTGGACCTATGTGTATTATATGGAT---GCGGATGATAAGTGGCATAAGGCAAGAAGTGGGGTGAATCACATTGGCATTTATTATTTACAAGGAACT---TTT...AAAAACTATTATGTACTGTTTGCTGACGATGCGAAAAGATATGGTACA---ACTGGAGAATGGGAAGTAAAAGTTAATAAGGAAACTGTGTTTGCTCCTGTCACCAGCTCCACG
VE2_HPV04/1-203 ATGGAGTCCCTAGTCGCACGTTTCGATGCACTTCAAGAAGCAATTCTGACTCATATTGAGTCACAGGAGAGCACTTTGGAATCCCAAATCCAATATTGGGAAAATATCAGAAAAGAAAATGCTATAATGCATTATGCTCGAAAACAAGGCCTAACCAAATTAGGTCTACAACCACTTCCTACACTAGCAGTAACTGAATACAATGCAAAGCAAGCTATTCAGATACATTTAACTTTGCAATCATTGTTAAAATCTCCCTTTGCATCTGAACGGTGGACATTGACAGATGTTAGTGCAGAACTGATAAATACCTCTCCACAAAACTGTTTAAAAAAGGGAGGTTATGATGTTGCTGTGTGGTTTGATAATGATAGACAGAATGCAATGCTGTACACAAATTGGGACTTTTTATATTATCAAGAT---ATGAATGAACAGTGGCACAAAGTTAAAGGTGAAGTGGATTATGATGGCTTATACTTTACAGACCATACGGGAGAA...AGAGCTTATTTTACATTATTTAGCTCTGATGCTCAAAGATTTAGCAGA---ACTGGACTGTGGACTGTGCATTTTAAAACCCAAGTTATTTCCTCCCCTATTGTTAGCTCTACA
VE2_HPV52/1-201 ATGGAGTCGATACCGGCACGTTTAAATGCAGTGCAGGAAAAAATACTAGATCTATACGAAGCTGATAGTAATGACCTAAACGCACAAATTGAACATTGGAAATTGACTCGAATGGAATGTGTTTTGTTTTACAAAGCAAAGGAACTGGGAATAACTCATATAGGCCACCAGGTGGTGCCACCAATGGCAGTGTCTAAGGCAAAGGCCTGCCAAGCTATTGAACTACAATTGGCATTGGAGGCATTAAACAAAACACAATATAGCACAGATGGATGGACATTACAACAAACAAGTCTAGAAATGTGGCGTGCAGAACCACAAAAATACTTTAAAAAACATGGGTATACAATAACAGTGCAATACGATAATGATAAAAACAATACTATGGATTATACAAACTGGAAGGAAATTTATTTACTTGGTGAGTGTGAA------TGTACAATTGTAGAAGGACAAGTAGATTACTATGGGTTATATTATTGGTGT---GATGGAGAA...AAAATATATTTTGTAAAATTTAGTAACGATGCAAAGCAATATTGTGTA---ACAGGAGTATGGGAAGTACATGTGGGTGGTCAGGTAATTGTTTGTCCTGCATCTGTATCTAGT
VE2_HPV33/1-201 ATGGAGGAAATATCAGCACGTTTAAATGCAGTGCAGGAGAAAATACTAGATCTTTACGAAGCTGATAAAACTGATTTACCATCACAAATTGAACATTGGAAACTGATACGCATGGAGTGTGCTTTATTGTATACAGCCAAACAAATGGGATTTTCACATTTATGCCACCAGGTGGTGCCTTCTTTGTTAGCATCAAAGACCAAAGCATTTCAAGTAATTGAACTACAAATGGCATTAGAGACATTAAGTAAATCACAGTATAGTACAAGCCAATGGACATTGCAACAAACAAGCTTAGAGGTGTGGCTTTGTGAACCACCAAAATGTTTTAAAAAACAAGGAGAAACAGTAACTGTGCAATATGACAATGACAAAAAAAATACAATGGATTATACAAACTGGGGTGAAATATATATTATAGAGGAAGATACA------TGTACTATGGTTACAGGGAAAGTAGATTATATAGGTATGTATTATATACAT---AACTGTGAA...AAGGTATATTTTAAATATTTTAAAGAGGATGCTGCAAAGTATTCTAAA---ACACAAATGTGGGAAGTACATGTGGGTGGTCAGGTAATTGTTTGTCCTACGTCTATATCTAGC
VE2_HPV16/1-201 ATGGAGACTCTTTGCCAACGTTTAAATGTGTGTCAGGACAAAATACTAACACATTATGAAAATGATAGTACAGACCTACGTGACCATATAGACTATTGGAAACACATGCGCCTAGAATGTGCTATTTATTACAAGGCCAGAGAAATGGGATTTAAACATATTAACCACCAAGTGGTGCCAACACTGGCTGTATCAAAGAATAAAGCATTACAAGCAATTGAACTGCAACTAACGTTAGAAACAATATATAACTCACAATATAGTAATGAAAAGTGGACATTACAAGACGTTAGCCTTGAAGTGTATTTAACTGCACCAACAGGATGTATAAAAAAACATGGATATACAGTGGAAGTGCAGTTTGATGGAGACATATGCAATACAATGCATTATACAAACTGGACACATATATATATTTGTGAAGAAGCATCA------GTAACTGTGGTAGAGGGTCAAGTTGACTATTATGGTTTATATTATGTTCAT---GAAGGAATA...CGAACATATTTTGTGCAGTTTAAAGATGATGCAGAAAAATATAGTAAA---AATAAAGTATGGGAAGTTCATGCGGGTGGTCAGGTAATATTATGTCCTACATCTGTGTTTAGC
VE2_HPV26/1-201 ATGGAGAACCTTTGCCAGCGTTTAAATGCGTGCCAGGAGAAAATACTAGACTATTATGAACTGGACAGTAATAAATTAACTGATCAAATTGATTATTGGAAACTGGTACGATATGAATGTGCAATATTTTATAAAGCTCGTGAAGGAAACATGCAATGTATAAACCACCAGGTGGTGCCCTCTACTGTTGTGTGTAAACAAAAGGCATGGCAGGCAATTGAAATACATATAGCATTGCAGTCGTTAATAAACACGGACTATAATACAGAAGCTTGGACAATGCGAGACACAAGCTATGAAATGTATATGACAGAACCTAAACATTGTTTTAAAAAAGAAGGAACAACGGTAACAGTGGTATTTGATTGTAATAAGGAAAATACAATGGATTATATTAGGTGGAAATATGTGTATTATAAAACTGATATAGGG------TGGTGTAAAGGTACTGGAGATGTTGATGCAAAAGGGATATATTATACACAA---GGGGCATAT...AAGCAGTATTACGTGGACTTTAAACAAGAGGCGGAAAAATATGGGACA---GGTGTGCAATGGGCTGTACATGTGTGTGGTCAGGTAATCTGTTGTCCTGAATTTGTATCTAGT
VE2_HPV34/2-202 ATGGAGACACTGTGCAAACGTTTAAGTGCGTGTCAGGACGCAATCCTAGAACTGTATGAACGTGATAGTATACATTTAAGTGATCATATTGATCACTGGAAACACGTGCGACTGGAAAATGTATTATTACATAAGGCACGTGAAATGGGACTGCAATCAGTTAACCAACAAGCGGTGCCAAGCCTTGCAGTATCACGATCCAAAGGGCATAATGCAATTGAACTACAATTAGCCCTAGAAAGTTTAAATGAATCAAGCTATAACACAGAAGAATGGACATTACAACAGACAAGTTGGGAACAGTGGGTAACGGACCCAAAACAATGTTTTAAAAAAGGTGGAAAAACAGTAGAAGTTAGATATGACTGTGACAAGGACAACACCATGCAATATGTGGTATGGACATTTGTGTATTATTGGTTGGAAGGCAAG------TGGTATAAAGTGAGTAGCCATGTAGATTATAATGGTATATATTATGAAACACAGGACAATGAA...AAGGTATATTATACACAATTTGACAGAGATGCAAAACGATATGGG---GTTAAAGGAATATGGGATGTATGTATGGGCGGT---AAGGTAATATGTTTTGCTCCTGTATTTAGC
VE2_HPV30/1-201 ATGGAGACTCTATGCCAACGTTTAGATGCGTGCCAGGAGAAAATTCTAGACTGTTTTGAAAACGATAGTAAAAAAATTGAAGACCATATAGTGTACTGGAAAGCTGTACGACATGAAAATGTTGTATTATATAAAGCAAGACAAAATAATATTACTAAACTACGCCACCAGGTGGTGCCATGTTTACAAGTGTGTAAAGCAAAGGCATGTGTTGCTATAGAAATACAAATGGCATTGGAATCATTATATAAAACAGAGTATAAAGTGGAGGAGTGGACATTAAAAGATGTATGTGAAAATATGTGGCATACAGCACCAAAACAGTGTTTTAAAAAAAGTGGAAAACGTATAGAAGTGTGGTTTGATGGGAAAAAAGACAATCGAACTGAATATGTTGTGTGGCAATGGGTGTATTACTGTGGGGACAATGGG------TGGACTAAAGTGCCTTCTGTAGTAGATTACAAAGGTATATATTATGTACAT---GACGGTAAC...AAAGTATATTATACAGACTTTAATGACGAGGCAGTAAAGTATGGGTAT---AAAGGCACATGGGAAGTGCATATGGGAAATGAAAGTATTTATTGTCCCGACTCTGTGTCTAGT
VE2_HPV32/1-202 ATGGAGACACTGGCCAAACGTTTAGATGCGTGCCAGGAACAGTTGTTAGAACTGTATGAGGAAGATAGTAAACATTTAGAAAAACATGTGCAGCACTGGAAGTGTTTACGCATAGAAGCAGCCTTATTATTTAAGGCTCGTGAAATGGGCTATGCACAAGTAGGACATCAAATAGTGCCAGCACTGGAAATATCCAGGGCCAAGGCCCACGTTGCAATTGAAATTCAATTGGCGTTAGAGACATTATTGCAGTCCACATTTGGTACAGAACCATGGACATTGCAAGAGACAAGTTATGAAATGTGGCATGCGGAGCCCAAAAAGTGTTTAAAAAAACAGGGACGCACTGTGGAGGTTGTATTCGATGGAAATCCTGAGAATGCAATGCATTATACAGCATGGACATTTATATACGTGCAAACACTAGATGGCACA---TGGTGTAAAGTATACGGACACGTATGCTATGCAGGACTATACTACATTGTG---GACAACATG...AAACAGTTTTATTGTAACTTTAAAAATGAGGCAAAAAAATATGGGGTA---ACCGGACAATGGGAGGTACATGATGGCACTCAGGTGATTGTTTCTCCTGCATCCATATCTAGC
VE2_HPV11/1-201 ATGGAAGCAATAGCCAAGCGTTTAGATGCGTGCCAGGATCAGTTGTTAGAACTTTATGAAGAAAACAGTATTGATATACACAAACACATTATGCATTGGAAATGCATACGATTGGAAAGTGTATTACTACACAAAGCAAAACAAATGGGCCTGAGCCACATCGGGTTACAAGTAGTACCACCATTAACTGTGTCAGAGACTAAAGGACATAATGCTATTGAAATGCAAATGCATTTAGAATCCTTAGCAAAAACTCAGTATGGTGTGGAACCTTGGACATTACAGGACACCAGTTATGAAATGTGGCTAACACCACCCAAACGGTGCTTTAAAAAACAGGGAAATACTGTGGAGGTAAAATTTGATGGCTGTGAAGACAATGTAATGGAGTATGTGGTATGGACACATATATACCTGCAGGACAACGAC---TCA---TGGGTAAAAGTAACTAGTTCCGTAGATGCCAAGGGCATATATTATACATGT---GGACAATTT...AAAACATATTATGTAAATTTTAATAAAGAGGCACAAAAGTATGGTAGT---ACCAATCATTGGGAAGTATGTTATGGCAGCACAGTTATATGTTCTCCTGCATCTGTATCTAGC
VE2_HPV07/1-201 ATGGAGAAACTAGCCAGGCGCCTAGATTTGTGCCAGGAACAGTTGTTAGAACTTTATGAACAAGACAGCAAACAGCTACAGCACCATATATTGCACTGGAAATATATACGTTATGAAAGTGTAATATATTATACAGCAAGACAAATGGGCATTAAACGTCTGGGCCACCAGGTGGTGCCAAGTTTAGATGTGTCAAAAGCCAAAGCCCATGCAGCAATTGAAATGCAAATGTGTCTAGAATCTTTGCAAACTACTGAATATAACTTAGAGCCATGGACGTTACAGGACACAAGTCAAGAACTATGGCTTGCAGAACCAAAGAAATGTTTTAAAAAAGGAGGAAAGACAGTAGAAGTTAGATTTGACTGTAATGAACATAATGCAATGCATTATACTCTATGGACTGCAGTATATGTACAGGTGGAGGAT---ACA---TGGACAAAGGTTGAAGGCCAGGTGGACCACAGAGGCCTATTTTATACAGTG---CATGGGTGC...ACAACATATTATGTAGACTTTGGAAAGGAAGCACATACATATGGGAAA---ACAAATGACTGGACTGTTATTGTGGGTTCACGCGTTATATGTTCTCCTAGTACTGTCGAAGGG
VE2_HPV27/1-203 ATGGAAACACTAGCGAACCGTTTAGATGCGTGCCAGGAGACGTTGCTAGAACTTTATGAAAAAGATAGCAACAAACTTGAGGATCAGATTAAGCATTGGGCGCAGGTTCGGCTAGAAAATGTCATGCTGTTTAAGGCCCGGGAATGTGGAATGACACGAGTCGGCTGTACAACAGTGCCCGCCCTCACCGTGTCAAAGGCTAAGGCATGTCAGGCCATAGAGGTACAGCTGGCATTACAGACATTGATGCAGAGTGCCTATAGCACGGAGGCATGGACCTTACGAGACACGTGTCTGGAGATGTGGGATGCACCTCCAAAGAAATGCTGGAAAAAGAAAGGACTGTCAGTATTAGTGAAATTTGATGGCAGCAGTGACAGAGACATGATTTATACAGGCTGGCACCACATATATGTGCAGGATGCTAACGATGACACCTGGCACAAGGTTCCAGGGAAGGTGGACGAACTGGGATTATATTATGAGCAC---GATGGTGTG...CGTGTTAATTATGTGGACTTTGGAACTGAGTCCTTGACCTATGGG---GTCACTGGGACGTGGGAGGTGCACGTGGCTGGACGTGTTATTCACCATACATCTGCATCTGTGTCT
VE2_HPV03/1-203 ATGGAAACACTAGCGAACCGTTTAGATGTGTGCCAGGACAAAATACTAGAACTGTATGAAAAGGATAGCGACAAACTTGAGGACCAAATAATGCATTGGCAATTGATGCGGTTAGAGCAAGCTTTGTTGTACAAAGCAAGGGAATGTGGATTAACACACATTGGCCACCAGGTGGTGCCACCTCTTAGTGTAACCAAAGCAAAGGCACGCAGTGCCATTGAAGTGCATGTATCTTTGCAACAATTACAGCACAGTGCACATGCACAAGACCCCTGGACACTGCGAGACACGTCACGGGAAATGTGGGACACAGTTCCCAAGAAGTGCTGGAAAAAAAGAGGTTTAACTGTGGAAGTCAGATATGATGGAGACGAAAACAAAGCAATGTGTTATGTACAATGGAGGGAAATAATTGTGCAGAACTATACAGATGATAACTGGGTGAAGGTGGCAGGACTGGTGTCTCATGAGGGTCTATATTACATGCAC---GAAGGACAG...AAAACTTTTTATGTAAAATTTAAAGATGATGCGCGCGTGTATGGG---GACACAGGAACATGGGACGTACATGTGGGAGGCAAAGTAATTCACCACGATTCATTTGACCCTGTA
VE2_HPV41/4-206 ATGGAGAGACTCCTGGAACGATTAGACTATATACAAGAGCAGATACTGACACTATATGAGAAAGATAGTGTTGACCTAGAGGATCATATAAGGCTATGGAATCTGCTAAGGAGGGAAAATGCAATCTGGTATGTACTCAGACAGGAAGGACACGCAAGGGTCGGCGGCAGAGCGGTGCCGGCAATGACGGTATCGGAAGCCAATGCCAAATTCGCAATAGAAATGCAGATAAAGCTAGAATCACTAAAGGCCAGTCCCTATGCGGCCGAGGGCTGGTCATTGCAAGAAACCACCAAGGAACGGTACTTGGCTGAACCGTCTCGGACATTTAAGAAATTAGGGCAGCCAGTTACCCTAATGTTTGACAATGATCCCGAAAACCTTACAGAAGTTGTATTGTGGAAATGGGTTTATTATATTACACCAACAGATGAA---TGGTATAAAGCTAGAGGTGGCATTGATGACACTGGTATATACTACATTGACCACGAGTCTGTT...AAAATGTACTATGTGAGATTTGACATGGAAGCGGAGAACTTTAGCGAG---ACAGGCACTGTCACCTACCGGCTAGGCAGCGCCCTGGTAAATGTACCTGAACCTGTAACTGTT