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Protein and Associated NucleotideDomains with Inferred Trees

PF00440 phylogeny
for nucleotide alignment


 
(((((((((((P95251_MYCTU/19-65,O07254_MYCTU/13-59),((O28458_ARCFU/8-54,O27135_METTH/17-63),((O86510_STRCO/15-61,Q55363_SYNY3/17-63),(BETI_ECOLI/14-60,BETI_RHIME/14-60)))),((P72624_SYNY3/24-70,O05858_MYCTU/44-90),(((((O66658_AQUAE/15-61,((((O31560_BACSU/17-63,O32228_BACSU/5-50),YHGD_BACSU/9-55),((((YPB3_LACLA/13-59,O53054_LISIV/8-54),O07001_BACSU/12-58),((((PKSA_BACSU/14-57,O33453_PSEPU/19-65),Q9Z601_NOSPU/12-57),((YUXN_BACSU/8-54,YERO_BACSU/8-54),P94423_BACSU/8-54)),Q59213_BACME/8-54)),((YXAF_BACSU/11-58,O34619_BACSU/10-57),(((YWCC_BACSU/17-63,TETC_ECOLI/18-64),((Q9ZN97_ECOLI/22-68,QACR_STAAM/7-53),(O85706_CLOAB/14-60,O67157_AQUAE/7-53))),((((YTTP_BACSU/9-55,Q53772_STAAU/14-60),((Y893_HAEIN/12-58,(BM3R_BACME/11-57,O08335_BACSU/12-58)),((O66635_AQUAE/12-58,P96701_BACSU/12-58),P94548_BACSU/11-57))),(O27815_METTH/18-64,O34643_BACSU/8-54)),(Q59306_CLOPA/8-54,(O67927_AQUAE/18-64,(TTK_HAEIN/36-82,TTK_ECOLI/16-62)))))))),(P73186_SYNY3/47-93,(O67930_AQUAE/8-54,LUXR_VIBHA/21-67)))),UIDR_ECOLI/16-62),O53165_MYCTU/16-62),(Q51516_PSEAE/7-53,Q9Z3X8_9PSED/7-53)),((O53623_MYCTU/19-65,O53119_MYCLE/19-65),P96821_MYCTU/93-139)))),((((((O24739_STRVG/15-61,O66121_STRCO/14-60),Q9ZHP8_STRFR/13-59),AFRP_STRGR/14-60),O86852_STRCO/14-60),(O08306_NOCSI/21-64,((P96812_MYCTU/20-66,P96839_MYCTU/15-61),((O86514_STRCO/19-65,O69500_MYCLE/17-63),O53323_MYCTU/22-68)))),(((((O08377_MYCTU/24-70,O07229_MYCTU/19-65),(((ENVR_ECOLI/16-62,ACRR_ECOLI/16-62),MTRR_NEIGO/15-61),O68442_9RHIZ/15-61)),((O54102_STRCO/20-66,Q9ZFC1_MYCSM/18-64),P95251_MYCTU/223-269)),((Y3439_MYCBO/23-69,O33187_MYCTU/24-70),((O86312_MYCTU/12-57,YBIH_ECOLI/17-62),O07252_MYCTU/11-57))),((((Q53901_STRCO/36-82,O52558_AMYMD/34-80),(((((TER5_ECOLI/9-55,TER4_ECOLI/8-54),TER3_ECOLI/9-55),Q9Z480_9RHIZ/8-54),Y1388_MYCBO/21-67),(O53295_MYCTU/35-80,O87854_STRCO/12-58))),((P95100_MYCTU/26-72,Y790_MYCBO/35-81),YDH1_XANAU/20-66)),((O53310_MYCTU/15-61,Q9Z551_STRCO/18-64),Q9ZGB7_STRCY/16-62))))),(P96222_MYCTU/29-75,(O54185_STRCO/76-120,O69909_STRCO/12-58))),O06169_MYCTU/30-76),P96856_MYCTU/21-67),O53612_MYCTU/19-64),((O53317_MYCTU/26-72,Y1581_MYCBO/25-71),Q51730_PSEFL/22-68)),Q54288_STRHY/25-71),O50423_MYCTU/23-69,P72185_9ACTO/45-91);
(((((((((((P95251_MYCTU/19-65:0.23473,O07254_MYCTU/13-59:0.40917):0.13072,((O28458_ARCFU/8-54:0.39247,O27135_METTH/17-63:0.29185):0.12262,((O86510_STRCO/15-61:0.24848,Q55363_SYNY3/17-63:0.47709):0.10544,(BETI_ECOLI/14-60:0.41344,BETI_RHIME/14-60:0.26694):0.09552):0.11990):0.05953):0.03440,((P72624_SYNY3/24-70:0.45795,O05858_MYCTU/44-90:0.38145):0.09940,(((((O66658_AQUAE/15-61:0.24629,((((O31560_BACSU/17-63:0.36854,O32228_BACSU/5-50:0.42957):0.00416,YHGD_BACSU/9-55:0.35572):0.08624,((((YPB3_LACLA/13-59:0.37082,O53054_LISIV/8-54:0.27562):0.09294,O07001_BACSU/12-58:0.34870):0.01853,((((PKSA_BACSU/14-57:0.30903,O33453_PSEPU/19-65:0.50870):0.12524,Q9Z601_NOSPU/12-57:0.31470):0.15885,((YUXN_BACSU/8-54:0.15280,YERO_BACSU/8-54:0.30531):0.15615,P94423_BACSU/8-54:0.39174):0.05067):0.06101,Q59213_BACME/8-54:0.28471):0.09111):0.05192,((YXAF_BACSU/11-58:0.14092,O34619_BACSU/10-57:0.20627):0.42356,(((YWCC_BACSU/17-63:0.45242,TETC_ECOLI/18-64:0.31284):0.16488,((Q9ZN97_ECOLI/22-68:0.42211,QACR_STAAM/7-53:0.24726):0.05298,(O85706_CLOAB/14-60:0.34019,O67157_AQUAE/7-53:0.26264):0.07989):0.05957):0.03760,((((YTTP_BACSU/9-55:0.31745,Q53772_STAAU/14-60:0.40671):0.10668,((Y893_HAEIN/12-58:0.30130,(BM3R_BACME/11-57:0.18458,O08335_BACSU/12-58:0.25953):0.14430):0.05158,((O66635_AQUAE/12-58:0.24387,P96701_BACSU/12-58:0.30753):0.16259,P94548_BACSU/11-57:0.32069):0.11484):0.06610):0.03544,(O27815_METTH/18-64:0.50795,O34643_BACSU/8-54:0.19926):0.16301):0.09916,(Q59306_CLOPA/8-54:0.12662,(O67927_AQUAE/18-64:0.29256,(TTK_HAEIN/36-82:0.20802,TTK_ECOLI/16-62:0.50431):0.34043):0.14367):0.07608):0.04106):0.08744):0.07970):0.05020):0.11144,(P73186_SYNY3/47-93:0.35322,(O67930_AQUAE/8-54:0.42634,LUXR_VIBHA/21-67:0.58997):0.10268):0.14490):0.10225):0.18034,UIDR_ECOLI/16-62:0.26384):0.19222,O53165_MYCTU/16-62:0.33877):0.07182,(Q51516_PSEAE/7-53:0.07570,Q9Z3X8_9PSED/7-53:0.18486):0.28217):0.07112,((O53623_MYCTU/19-65:0.09208,O53119_MYCLE/19-65:0.26233):0.29864,P96821_MYCTU/93-139:0.30589):0.07389):0.04910):0.04001):0.03486,((((((O24739_STRVG/15-61:0.26618,O66121_STRCO/14-60:0.18208):0.07748,Q9ZHP8_STRFR/13-59:0.17391):0.04492,AFRP_STRGR/14-60:0.24487):0.03798,O86852_STRCO/14-60:0.13342):0.16984,(O08306_NOCSI/21-64:0.23274,((P96812_MYCTU/20-66:0.46433,P96839_MYCTU/15-61:0.22828):0.09139,((O86514_STRCO/19-65:0.20204,O69500_MYCLE/17-63:0.34657):0.07515,O53323_MYCTU/22-68:0.43780):0.07222):0.04382):0.03500):0.04572,(((((O08377_MYCTU/24-70:0.27424,O07229_MYCTU/19-65:0.33765):0.04065,(((ENVR_ECOLI/16-62:0.24353,ACRR_ECOLI/16-62:0.30593):0.12467,MTRR_NEIGO/15-61:0.25508):0.12644,O68442_9RHIZ/15-61:0.38394):0.06783):0.09764,((O54102_STRCO/20-66:0.32986,Q9ZFC1_MYCSM/18-64:0.27663):0.06296,P95251_MYCTU/223-269:0.42704):0.10631):0.09330,((Y3439_MYCBO/23-69:0.25176,O33187_MYCTU/24-70:0.44489):0.13245,((O86312_MYCTU/12-57:0.35159,YBIH_ECOLI/17-62:0.35091):0.07841,O07252_MYCTU/11-57:0.30176):0.10946):0.04081):0.02729,((((Q53901_STRCO/36-82:0.21296,O52558_AMYMD/34-80:0.23745):0.16861,(((((TER5_ECOLI/9-55:0.41779,TER4_ECOLI/8-54:0.13727):0.11878,TER3_ECOLI/9-55:0.22187):0.15520,Q9Z480_9RHIZ/8-54:0.13077):0.10822,Y1388_MYCBO/21-67:0.39566):0.03542,(O53295_MYCTU/35-80:0.42859,O87854_STRCO/12-58:0.27148):0.09904):0.05519):0.11783,((P95100_MYCTU/26-72:0.39083,Y790_MYCBO/35-81:0.34558):0.07539,YDH1_XANAU/20-66:0.50513):0.12054):0.09422,((O53310_MYCTU/15-61:0.30598,Q9Z551_STRCO/18-64:0.31410):0.12814,Q9ZGB7_STRCY/16-62:0.18434):0.05028):0.03146):0.06392):0.05875):0.03578,(P96222_MYCTU/29-75:0.37665,(O54185_STRCO/76-120:0.25094,O69909_STRCO/12-58:0.45857):0.08899):0.17780):0.08484,O06169_MYCTU/30-76:0.36001):0.03828,P96856_MYCTU/21-67:0.33691):0.04940,O53612_MYCTU/19-64:0.36483):0.13943,((O53317_MYCTU/26-72:0.33236,Y1581_MYCBO/25-71:0.29015):0.10638,Q51730_PSEFL/22-68:0.47913):0.11153):0.04404,Q54288_STRHY/25-71:0.25396):0.04668,O50423_MYCTU/23-69:0.33866,P72185_9ACTO/45-91:0.12619);