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    The database and ontology of Chemical Entities of Biological Interest

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ChEBI Foire Aux Questions

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  1. Qu'est que ChEBI?
  2. Quelles classes de composés sont couvertes par ChEBI?
  3. D'ou proviennent les données de ChEBI?
  4. Qu'est ce qu'un 'Nom ChEBI'?
  5. Qu'est ce qu'un 'ChEBI ID'?
  6. Qu'est ce qu'un 'Nom IUPAC'?
  7. Comment ChEBI gère les noms de composés comportant des caractères spéciaux (tels que des lettres grecques ou en italique)?
  8. Pourquoi y a t-il parfois un lien vers 'more structures' dans une fiche ChEBI?
  9. La structure d'un composé est trop complexe pour être visualiser de manière satisfaisante depuis les pages ChEBI. Comment puis-je agrandir l'image?
  10. Comment sauvegarder ou transférer une structure chimique?
  11. Qu'est ce qu'un Identifiant Chimique International IUPAC?
  12. Qu'est ce que SMILES?
  13. Comment les données de ChEBI sont elles vérifiées?
  14. Comment puis-je contribuer a ChEBI?
  15. Quelle est la fréquence des mises à jour de ChEBI?
  16. Pourquoi ChEBI utilise le nom de la forme acide comme 'Nom ChEBI' alors que parmi les synonymes se trouvent les anions associés?
  17. Quelle est la molécule représentée sur le logo de ChEBI?
  18. Comment se fait-il que certains synonymes et formules soient parfaitement détaillés, avec italique, lettres grecques , exposant et indices alors que d'autres ne le sont pas?
  19. Comment citer ChEBI dans un article?
  20. Vous affirmez que les ChEBI ID sont stables, mais comment se fait-il que les identifiants de certaines entités aient été modifiés lors de la dernière mis à jour?

Reponses

  1. Qu'est que ChEBI?

  2. ChEBI signifie 'Chemical Entities of Biological Interest'. Il s’agit d’une ressource publique des entités moléculaires, avec un accent plus particulier sur les composés chimiques de ‘petite taille’. Le terme d’entité moléculaire réfère à n’importe quelle structure identifiable (atome, molécule, ion, pair d’ions, radical, complexe, conformer etc..) en tant qu’entité distincte et individualisée.


  3. Quelles classes de composés sont couvertes par ChEBI?

  4. Tous les composés ou entités moléculaires représentés dans ChEBI sont soit naturels, soit synthétiques et interviennent dans des processus chimiques se déroulant au sein d’être vivants. Cependant, seules les molécules non directement codées par les génomes sont représentées dans ChEBI. Donc, d’une manière generale, acides nucléiques, protéines et peptides dérivés de protéines par clivage sont absents.


  5. D'ou proviennent les données de ChEBI?

  6. 1. IntEnz - Il s’agit d’une copie de la Nomenclature des Enzymes, issue des recommandations de la NC-IUBMB sur la nomenclature et la classification des réactions catalysées par des enzymes.

    2. KEGG LIGAND - il s’agit de la division ‘Compound’ de la base de données ‘Encyclopédie de Kyoto des Gènes et des Génomes’, subdivision LIGAND. Cette base de données renferme une collection de structures de composés biochimiques.

    La liste complète des sources de données primaires peut être consultée dans le guide d’utilisation.


  7. Qu'est ce qu'un 'Nom ChEBI'?

  8. Le nom ChEBI associé à une entité est le nom dont nous recommendons l’utilisation dans le contexte de la communauté des biologistes. Il s’agit généralement du nom usuel mais dans certains cas, ce nom a pu être modifié afin d’en améliorer la compréhension, d’éliminer toute ambiguité ou encore de se conformer au mieux aux recommandations de nomenclature édictées par l’IUPAC.


  9. Qu'est ce qu'un 'ChEBI ID'?

  10. L’identifiant ChEBI est unique et stable pour chacune des entités et peut donc être utilisé comme référence par des tiers. Il n’a aucune signification particulière.


  11. Qu'est ce qu'un 'Nom IUPAC'?

  12. Il s’agit du nom attribué à une entité chimique par application des recommendations de nomenclature de l’Union Internationale de Chimie Pure et Appliquée. Dans la majorité des cas, le nom IUPAC d’une entité moléculaire est unique.


  13. Comment ChEBI gère les noms de composés comportant des caractères spéciaux (tels que des lettres grecques ou en italique)?

  14. L’ensemble des données de ChEBI sont représentées en XML. Toutefois, le moteur de recherche animant ChEBI peut ignorer les balises XML. Ainsi, pour trouver le composé 3α-hydroxy-5α-pregnane, il convient de saisir le nom 3alpha-hydroxy-5alpha-pregnane dans le champ de requête. Pour davantage d’information, consulter les pages d’aides de la recherche avancée et l’utilisation de métacaractères.


  15. Pourquoi y a t-il parfois un lien vers 'more structures' dans une fiche ChEBI?

  16. Le plus souvent, une seule structure chimique ne suffit pas à représenter toute la complexité d’une entité chimique donnée. Dans ces cas, les annotateurs de ChEBI sont à même d’ajouter autant de structures qu’il est nécessaire afin d’assurer la description complète d’une entité. Lorsque les liens sont présents, il suffit de cliquer ceux-ci pour se voir offrir l’information complémentaire à disposition.


  17. La structure d'un composé est trop complexe pour être visualiser de manière satisfaisante depuis les pages ChEBI. Comment puis-je agrandir l'image?

  18. En cliquant sur le bouton ‘Applet’, l’application MarvinView est activée et permet de manipuler à volonté la structure moléculaire. Un double clic sur la fenêtre de l’applet ouvre une nouvelle fenêtre qui peut être agrandie et affichée en plein-écran. Plusieurs options sont également disponibles à partir du menu et permettent différents modes de visualisation. Cliquer sur ‘Image’ permet de revenir à l’affichage initial.


  19. Comment sauvegarder ou transférer une structure chimique?

  20. Cliquer sur le lien Molfile situé immédiatement sous l’image de structure permet de sauvegarder le fichier associé.


  21. Qu'est ce qu'un Identifiant Chimique International IUPAC?

  22. Plus connu sous le nom d’identifiant InChI, il s’agit d’un identifiant libre de droit pour les entités chimiques. Cet identifiant peut être utilisé par n’importe quelle source de données, électronique ou papier, permettant ainsi le maillage croisé des ressources. Développé par l’IUPAC, l’identifiant InChI permet d’exprimer les structures chimiques en terme de connectivité atomique, état tautomérique, isotope, stéréochimie et charge électrique de façon à produire une suite de caractères unique, spécifique d’une entité chimique et interprétable par des ordinateurs. Pour plus d’information, consulter le lien http://www.iupac.org/inchi/


  23. Qu'est ce que SMILES?

  24. SMILES représente une nomenclature chimique complète et simple à la fois, développée par la société Daylight Chemical Information Systems, Inc. SMILES utilise un modèle de représentation par valence et ce format est largement utilisé pour échanger des données. Pour plus d’information, consulter le lien http://www.daylight.com/smiles/


  25. Comment les données de ChEBI sont elles vérifiées?

  26. Chacune des fiches ChEBI est évaluée par un des annotateurs de ChEBI avant publication. Le processus de vérification comporte le référencement des sources de données primaires et le cas échéant, la consultation des références bibliographiques originales.


  27. Comment puis-je contribuer a ChEBI?

  28. Pour toute suggestion, contactez nous via le lien indiqué sur la page d’accueil. Vous recevrez un message automatique de notification de réception à la suite de quoi, l’un des membres de l’équipe d’annotation vous contactera dès que possible.


  29. Quelle est la fréquence des mises à jour de ChEBI?

  30. ChEBI travaille continuellement à améliorer l’ontologie et le contenu de la base de données. Toutefois, les mises à jour sont effectuées mensuellement.


  31. Pourquoi ChEBI utilise le nom de la forme acide comme 'Nom ChEBI' alors que parmi les synonymes se trouvent les anions associés?

  32. Il s’agit d’une situation temporaire. En Effet, ChEBI considère les acides comme parents des ions associés. Cependant, pour la plupart des acides, la structure de la Chemical Ontology est insuffisamment développée pour permettre ce type de représentation. Nous travaillons actuellement à améliorer les facettes de l’ontologie afin de combler ces lacunes. Les prochaines mises à jour de ChEBI devraient donc voir une meilleure représentation des relations entre anions et les acides leur donnant lieu.


  33. Quelle est la molécule représentée sur le logo de ChEBI?

  34. Il s’agit du cisplatine [cis-diamminedichloroplatinum(II), ChEBI:27899], un composé inorganique utilisé comme agent anti-tumoral dans un nombre d’indication. Le choix de ce composé n’est pas anodin et vise à insister sur le fait que le champ d’application de ChEBI ne se réduit pas aux seuls métabolites mais couvre également les agents de synthèses.


  35. Comment se fait-il que certains synonymes et formules soient parfaitement détaillés, avec italique, lettres grecques, exposant et indices alors que d'autres ne le sont pas?

  36. ChEBI affiche synonymes et formules tels qu’ils sont décrits dans les sources de données primaires. L’hétérogénéité des modes de représentation dans chacune de ces ressources est reflétée dans ChEBI. En revanche, le nom ChEBI et le (ou les) nom(s) IUPAC sont toujours intégralement formatés.


  37. Comment citer ChEBI dans un article?

  38. Nous recommendons la référence bibliographique suivante:

    de Matos,P., Ennis,M., Darsow,M., Guedj,M., Degtyarenko,K., Apweiler,R. (2006) ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest, Nucleic Acids Res., Database Summary Paper 646.


  39. Vous affirmez que les ChEBI ID sont stables, mais comment se fait-il que les identifiants de certaines entités aient été modifiés lors de la dernière mis à jour?

  40. Dans le but de limiter la redondance de ChEBI, les fiches représentant la même entité moléculaire sont fusionnées pour former une seule fiche dans laquelle un seul identifiant ChEBI est présenté. Cependant, il reste possible d’accéder à cette fiche en utilisant les identifiants d’origine. Ainsi, le lien ChEBI:8345 permet encore d’atteindre potassium(1+) même si celui-ci est maintenant défini par l’identifiant ChEBI:29103.


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