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• Flat-File Table-Dumps
  Die ChEBI-Daten werden in einer relationalen Datenbank gespeichert und in der Form von Flat-Files zum Herunterladen bereit gestellt wobei als Delimiter das Tabulator-Zeichen verwendet wird. Die Dateien lassen sich mit einem beliebigen Tabellenkalkulationsprogramm bearbeiten oder in eine Datenbank importieren (entweder direkt oder über ein Zusatzprogramm). Die Verzeichnisstruktur entspricht dabei den einzelnen Tabellen oder, in anderen Worten, jedem Flat-File entspricht eine Tabelle in der Datenbank.
• Binäre Table-Dumps (Oracle)
  ChEBI stellt seine Daten auch als binäre Table-Dumps zur Verfügung. Diese können mithilfe des "imp"-Befehls in eine Oracle-Datenbank importiert werden wobei zu beachten gilt, dass sich die Parameterdatei import.par bei dessen Ausführung zusammen mit den Table-Dumps im Import-Verzeichnis befinden sollte. Der vollständige Befehl lautet wie folgt:
  imp database_name/database_password@Instance_name PARFILE=import.par
  
• Generische SQL (Structured Query Language) Table-Dumps
  Dies ist ein generischer, d.h. auf allen mit dem SQL-Standard kompatiblen Datenbanken ausführbarer, SQL-Dump bestehend aus Insert-Befehlsfolgen der SQL-Sprache. Das komprimierte Dateiarchiv generic_dump.zip besteht aus 12 Dateien in denen die Daten jeweils einer Datenbankentabelle in der Form von Insert-Befehlen vorliegen. Zu beachten ist, dass das Skript compounds.sql vor allen anderen ausgeführt werden sollte, da es andernfalls zu Problemen mit den Integritätsbedingungen (constraints) kommen kann. Im selben Dateiarchiv befinden sich zudem Tabellenerstellungsskripte für MySQL und PostgreSQL, welche aufgrund der generischen Eigenschaften der SQL-Sprache für alle damit kompatiblen Datenbanken verwendet werden können.
  
• Ontologie Format (OBO)
  ChEBI stellt die ChEBI Ontologie im OBO-Format in der Version 1.2 bereit. Weitere Informationen über das OBO-Format finden sich auf der OBO-Webseite oder der Gene Ontology-Webseite. Ein zweckmässiges Programm zur Einsicht der OBO-Datei ist z.B. OBO-edit.
  
• SDF-Datei
  ChEBI stellt seine chemischen Strukturen und die zusätzlichen Daten im SDF-Format zur Verfügung. Es stehen zwei Varianten zur Verfügung:
  • Die Datei Chebi_lite.sdf enthält nur die chemische Struktur, die ChEBI-Id und den ChEBI-Namen.
  • Die Datei Chebi_complete.sdf enthält alle chemischen Strukturen und die dazugehörigen Informationen. Beachten Sie, dass hier keine Ontologie-Informationen enthalten sind, da diese keine Strukturen enthalten und deshalb nicht dargestellt werden können.
  Mehr Informationen über das SDF-Format, das in ChEBI genutzt wird, enthält das Entwicklerhandbuch.