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Was ist ChEBI?
ChEBI steht für 'Chemical Entities of Biological
Interest' und ist das Lexikon für chemische Verbindungen des
EBI. Die Bezeichnung "chemische Verbindung" bezieht sich hierbei auf jegliche
Arten von Atomen, Molekülen, Ionen, Ionenpaaren, Radikalen, Radikalionen,
Komplexen und Konformationen.
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Welche Moleküle befinden sich in ChEBI?
Alle ChEBI-Einträge sind entweder das Resultat eines in der freien Natur
vorkommenden, chemischen Vorgangs oder synthetisierte Produkte, welche die in
lebenden Organismen ablaufenden Prozesse beeinflussen (sei dies nun aus
Absicht, wie bei Medikamenten, oder aus Zufall, wie bei Chemikalen aus der
Umwelt). Moleküle, welche direkt durch das Genom kodiert werden finden hingegen
in der Regel keinen Eingang in die ChEBI Datenbank, womit Nukleinsäuren,
Proteine und aus Abspaltung entstandene Peptide per Definitionem
ausgeschlossen sind.
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Welche Datenquellen verwendet ChEBI?
Die ChEBI-Datenbank besteht aus folgenden twee Quellen:
1. IntEnz - Die Integrated relational Enzyme Datenbank des EBI.
IntEnz ist die Stammkopie der Enzyme Nomenclature (Empfehlungen der
NC-IUBMB zur Klassifizierung enzymkatalysierter Reaktionen).
2. KEGG COMPOUND - COMPOUND ist ein Teil der Kyoto Encyclopedia of Genes
and Genomes
LIGAND Datenbank und befasst sich mit biochemischen Verbindungen.
Weiteren Datenquellen werden in Zukunft aufgenommen.
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Was ist ein 'ChEBI Name'?
Der ChEBI Name ist die im biologischen Sprachgebrauch übliche Bezeichnung des
Moleküls und wird von den ChEBI-Kuratoren empfohlen. In den
meisten Fällen ist dies die historisch bedingte, herkömmliche
Bezeichnung, welche aber zum Teil aus Gründen der Klarheit, der
Eindeutigkeit oder der Befolgung von IUPAC-Empfehlungen
entsprechend angepasst wurde.
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Was ist eine 'ChEBI
ID'?
Die ChEBI ID ist ein eindeutiger, konsistenter (d.h. unveränderlicher) Identifikator und
kann somit als Referenz für einen
ChEBI-Eintrag benutzt werden. Sie hat, anders als z.B. ein InChI keinerlei
chemische Bedeutung.
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Was ist ein 'IUPAC Name'?
Der IUPAC Name richtet sich nach den Empfehlungen der
Internationale Union für reine und angewandte Chemie (IUPAC). Ein
IUPAC-Name existiert für die allermeisten ChEBI-Einträge.
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Wie werden in ChEBI
Sonderzeichen (z.B. Kursivschrift oder grichische Buchstaben)
gehandhabt?
Alle Sonderzeichen werden mithilfe von XML kodiert, was jedoch beim
Suchen nach ChEBI-Einträgen ignoriert werden kann. Beispielsweise sind die
Suchausdrücke 3α-hydroxy-5α-pregnane und 3alpha-hydroxy-5alpha-pregnane
äquivalent. Weiter Information über das Suchen von
ChEBI-Einträgen lassen sich der eigens dafür konzipierten Hilfeseite
entnehmen.
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Warum gibt es für einige Moleküle mehrere Strukturen (siehe Link "more
structures")?
Bei einigen Molekülen übersteigt deren strukturelle Komplexität die
Darstellungkraft einer einzigen Strukturansicht. Die ChEBI-Kuratoren können
deshalb nach eigenen Ermessen soviele Strukturen für ein Molekül
erstellen, wie für die ihrer Meinung nach umfassende Darstellung des Moleküls
notwendig sind. Das Aktivieren des Hyperlinks "more structures" zeigt alle
zusätzlichen Strukturen an.
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Die Struktur eines Moleküls ist zu komplex und
unübersichtlich. Wie kann diese vergrössert werden?
Das Aktivieren des "Applet"-Schalters öffnet ein interaktives MarvinView-Applet,
in dem sich eine Strukture beliebig manipulieren lässt. Ein
Doppelklick auf das Applet öffnet ein neues Fenster, welches dann auf
Bildschirmgrösse maximiert werden kann (dies kann auch über das
selektieren von "Window" in der Dropdown-Liste geschehen). Zu den in
der Dropdown-Liste enthaltenen Optionen gehören unter anderem das Verschieben,
Drehen und Kippen der Struktur. Das Betätigen des "Image"-Schalters stellt die
ursprüngliche Ansicht wieder her.
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Wie kann ich eine Struktur auf meiner Festplatte abspeichern?
Direkt unterhalb der Struktur befindet sich ein Link mit der
Aufschrift "Molfile". Dieser öffnet ein File-Dialog mit dem sich das
Molfile einer Struktur auf der Festplatte abspeichern lässt.
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Was ist ein IUPAC
International Chemical Identifier (InChI)?
Der International Chemical Identifier, auch bekannt unter dem Kürzel
InChI, ist ein aus der Zusammenarbeit von IUPAC und NIST
hervorgegangener, nicht-proprietärer Algorithmus zur
Erstellung von eindeutigen Identifikatoren. Er ist das digitale
Äquivalent zu dem obgenannten IUPAC-Namen. Im Gegensatz zu diesem enthält
jedoch der InChI aufgrund seiner Kompaktheit nur wenige für den
Menschen nützliche Informationen und ist deshalb nur maschinenlesbar (d.h. es
ist keine Handkodierung möglich). Die vielgerühmte Eindeutigkeit des InChIs
rührt daher, dass bei seiner Erstellung Atombindung, Tautomerie, Isotopie,
Stereochemie und elektrische Ladung des Moleküls allesamt mit in die
Berechnung einbezogen werden. InChI's werden dank ihrer Eigenschaften
häufig zur Weitere Informationen über den InChI sind erhältlich
unter http://www.iupac.org/inchi/
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Was ist ein SMILES?
SMILES ist eine von Daylight Chemical Information Systems
entwickelte, einfache aber dennoch umfassende chemische Nomenklatur.
In dieser wird das Valenzmodell (Struktur) eines Moleküls in
einer vereinfachten Zeichenkette wiedergegeben, welche dann häufig beim
Datenaustausch Verwendung findet. Weitere Informationen über SMILES sind
erhältlich unter http://www.daylight.com/smiles/.
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Wie werden die in ChEBI gespeicherten Informationen
überprüft?
Alle ChEBI-Einträge werden einzeln von den Kuratoren überprüft. Dieser
Prozess schliesst unter anderem den Vergleich mit den
Quelldaten sowie die Konsultation einschlägiger Literatur mit ein.
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Ich hätte da eine kleine Anmerkung.
Das ChEBI-Team nimmt Anregungen aller Art gerne entgegen. Speziell
von Interesse sind natürlich chemische Verbindungen, die sich Ihrer Meinung
nach in der Datenbank befinden sollten, bei denen dies jedoch noch nicht der
Fall ist. Sie erreichen uns am einfachsten per Email über den
dafür vorgesehenen Link (Kontakt). Daraufhin wird ein automatisches Bestätigungsmail an Sie versandt und ein
Kurator wird sich umgehend mit Ihnen per Email in Verbindung setzten.
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Wie häufig wird ChEBI aktualisiert?
Die ChEBI-Datenbank und deren Ontologie werden ständig erweitert und mit neuen
Daten bereichert. Die daraus entstehenden Änderungen sowie die Aktualisierung
von Quelldaten werden im monatlichen Turnus veröffentlicht (Release).
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Why does ChEBI seem to use
the name of the free acid as the 'ChEBI name' while listing under 'Synonyms'
the names of its associated anions?
In der ursprünglichen Ontologie (Chemical Ontologie) wurden Säuren und
die konjugierte Basen in dieser Form dargestellt. Die ChEBI-Kuratoren sind bemüht, dies
sukzessive zu korrigieren und sowohl Säuren wie auch deren konjugierte Basen in separate
ChEBI-Einträge aufzutrennen. Dieser Prozess ist, da manuell durchgeführt, sehr
zeitintensiv und wir bitten deshalb unsere geschätzten Benutzer um Verständnis
für ein zeitweiliges Fortbestehen dieser inkonsequenten Klassifikationsweise.
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Um was für ein Molekül handelt es sich beim ChEBI-Logo?
Beim im Logo dargestellten Molekül handelt es sich um Cisplatin [cis-Diammindichloroplatin(
II),
CHEBI:27899], eine anorganische Verbindung die häufig zur Bekämpfung
von Tumoren angewendet wird. Die Wahl dieses Moleküls soll zeigen,
dass in ChEBI nicht nur Metaboliten, sondern auch synthetisch hergestellte
Medikamente .
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Warum werden einige
Synonyme und Formeln mit Sonderzeichen (z.B. kursiv, grichische Buchstaben
etc.) formatiert, während andere in Klartext dargestellt sind?
Synonyme und Formeln werden gemäss ihrer Quelldatenbank formatiert.
Da die verschiedenen Quelldatenbanken unterschiedliche Richtlinien
betreffend Formatierung haben gibt es in ChEBI notwendigerweise keinen
einheitlichen Grundsatz für die Formatierung von Synonymen und Formeln. Im
Gegensatz dazu werden der ChEBI-Name sowie der IUPAC-Name stets mit
Sonderzeichen dargestellt.
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Wie erwähne ich ChEBI in Publikationen?
Wir empfehlen in etwa das Folgende:
de Matos,P., Ennis,M., Darsow,M., Guedj,M., Degtyarenko,K., Apweiler,R. (2006)
ChEBI - Chemical Entities of Biological Interest, Nucleic Acids Res.,
Database Summary Paper 646.
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Wie kommt es, dass sich trotz Zusicherung seitens des
ChEBI-Teams die "stabile" ID einiger Einträge geändert hat?
Diese Änderungen resultieren aus dem Zusammenfügen (Merging) redundanter
Einträgen, welche dann unter einer gemeinsamen ChEBI-ID weiterexistieren.
Es ist jedoch weiterhin möglich, den so entstandenen Eintrag mithilfe der
ursprünglichen ID's zu referenzieren (d.h. sie [die
alten ID's] sind immer noch gültig).
CHEBI:8345 liefert z.B. immer noch den ChEBI-Eintrag
über Kalium(1+) zurück, obwohl als aktueller
Identifikator CHEBI:29103 angegeben wird.
