Über ChEBI

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1. Einleitung

Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) ist ein freies Lexikon über molekulare Entitäten mit Hauptaugenmerk auf chemische Verbindungen. Die Bezeichnung 'molekulare Entität' bezieht sich auf jegliche Arten von Atomen, Molekülen, Ionen, Ionenpaaren, Radikalen, Komplexen, Konformationen usw.

ChEBI bietet zusätzlich eine Ontologie, mit der sich die komplexe Klassifizierung chemischer Verbindungen anhand einer Baumstruktur veranschaulichen lässt.

Die in ChEBI verwendete Nomenklatur, Terminologie und Symbolik entsprechen internationalem Standard und werden von folgenden Gremien empfohlen:

• Internationale Union für reine und angewandte Chemie (IUPAC)
• Nomenklaturkomitee der Internationale Vereinigung für Biochemie und Molekularbiologie (NC-IUBMB)

Moleküle, welche direkt durch das Genom kodiert werden (z.B. Nukleinsäuren, Proteine und aus Abspaltung entstandene Peptide ), finden in der Regel keinen Eingang in die ChEBI Datenbank.

Alle gespeicherten Daten sind weder proprietär, noch wurden sie von einer proprietären Quelle bezogen. Der freie Zugriff auf die Daten ist somit gewährleistet. Zusätzlich lässt sich jedes Datenelement auf seine ursprüngliche Quelle zurückverfolgen.

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2. Quellen

ChEBI entstand aus der Eingliederung einer Vielzahl von externen Daten. Redundanzen wurden entfernt.

Zwei der Hauptquellen von ChEBI sind:

• IntEnz – Die Integrated relational Enzyme Datenbank des EBI. IntEnz ist die Stammkopie der Enzyme Nomenclature (Empfehlungen der NC-IUBMB zur Klassifizierung enzymkatalysierter Reaktionen).

• KEGG COMPOUND – COMPOUND ist ein Teil der Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes LIGAND Datenbank und befasst sich mit biochemischen Verbindungen.

• PDBeChem – Der 'Ligandenchemie'-Service, der per Internet Zugang zum 'Verzeichnis der Liganden und kleinen Gruppen' der PDBe-Datenbank bietet. Entwickelt durch die PDBe-Gruppe am EBI.

• ChEMBL – A database of approximately 500,000 bioactive compounds, their quantitative properties and bioactivities, abstracted from the primary scientific literature. It is part of the ChEMBL resources at the EBI.

Weitere Datenquellen finden sich im Benutzerhandbuch

3. Daten

ChEBI-Datensätze beinhalten folgende Informationen:

• ChEBI Identifikator – die eindeutige ID eines ChEBI-Eintrags

• ChEBI Name – die in der Biochemie übliche Bezeichnung des Moleküls

• ChEBI ASCII Name – entspricht dem ChEBI Namen, jedoch werden Nicht-ASCII-Zeichen entsprechend umgewandelt

• Star rating – A rating based on the level of manual annotation

• Struktur – grafische Darstellung des Moleküls sowie dazugehörige molfiles, InChIs und SMILES

• Formel – Molekularformel

• Ladung

• Masse

• ChEBI Ontologie

  • Eltern- und Kinderknoten
  • Aufklappbare Baumansicht mit der Position des aktuellen Eintrags
  
  

• IUPAC Namen – ein systematischer Name gemäss den Empfehlungen von IUPAC

• INN – Internationaler Nichtproprietärer Name, auch bekannt als generischer Name, vergeben von der Weltgesundheitsorganisation (WHO)

• Synonyme – alternative Namensbezeichnungen mit entsprechender Quellenangabe

• Handelsname – proprietärer oder Handelsname

• Datenbanklinks – Querverweise zu anderen, nicht-proprietären Datenbanken

• Registrierungsnummer – CAS-Nummer, Beilstein-Nummer, Gmelin-Nummer (falls vorhanden)

• Citations – Publications which cite the entity along with hyperlinks to their entries

Eine weiter Seite mit der Bezeichung "Automatic Xrefs" enthält automatisch erzeugte Querverweise auf eine Reihe von biologischen und chemischen Datenbanken.

4. Publikation

Literaturstellen zu ChEBI.

de Matos, P., Alcántara, R., Dekker, A., Ennis, M., Hastings, J., Haug, K., Spiteri, I., Turner, S., and Steinbeck, C. (2009). Chemical entities of biological interest: an update. Nucleic Acids Res. in the press.

Other publications:

Degtyarenko, K., Hastings, J., de Matos, P., and Ennis, M. (2009). ChEBI: an open bioinformatics and cheminformatics resource. Current protocols in bioinformatics / editoral board, Andreas D. Baxevanis ... [et al.], Chapter 14.

Degtyarenko, K., de Matos, P., Ennis, M., Hastings, J., Zbinden, M., McNaught, A., Alcántara, R., Darsow, M., Guedj, M. and Ashburner, M. (2008) ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest. Nucleic Acids Res. 36, D344–D350.

5. Danksagung

	ChEBI is funded by the European Commission under SLING, grant agreement number 226073 (Integrating Activity) within Research Infrastructures of the FP7 Capacities Specific Programme.
	ChEBI is funded by BBSRC, grant agreement number BB/G022747/1 within the "Bioinformatics and biological resources" fund.

• Dieses Projekt wurde durch den FELICS-Grant (Nr. 021902 (RII3)) der Europäischen Union mitfinanziert.
• Das Projekt wurde durch den BioBabel-Grant (no. QLRT-CT-2001-00981) der Europäischen Kommision unterstützt.

Außerdem danken wir für die Bereitstellung folgender Software.