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EBI DbfetchID BX927288; SV 6; linear; genomic DNA; STD; VRT; 123980 BP. XX AC BX927288; XX DT 29-JAN-2004 (Rel. 78, Created) DT 13-JAN-2009 (Rel. 99, Last updated, Version 16) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-22O20 in linkage group 18 Contains DE the gene for a novel protein similar to vertebrate DE beta-1,3-glucuronyltransferase 1 (glucuronosyltransferase P) (B3GAT1) and a DE novel gene. XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-123980 RA Leongamornlert D.; RT ; RL Submitted (12-JAN-2009) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR EMBL-CON; CT993854. DR EMBL-CON; FN304709. DR ImaGenes; HUKGB735O2022Q. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC IMPORTANT: This sequence is not the entire insert of clone DKEY-22O20. It CC may be shorter because we sequence overlapping sections only once, except CC for a short overlap. CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. Where CC differences are found these are annotated as variations together with a CC note of the overlapping clone name. Note that the variation annotation may CC not be found in the sequence submission corresponding to the overlapping CC clone, as we submit sequences with only a small overlap. CC CC The true left end of clone DKEY-22O20 is at 1 in this sequence. CC The true left end of clone CH211-194N6 is at 121981 in this sequence. CC The true right end of clone CH211-252L23 is at 18432 in this sequence. CC CC DKEY-22O20 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..123980 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="18" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-22O20" FT /db_xref="taxon:7955" FT misc_feature 1..121980 FT /note="annotated region of clone" FT misc_feature 1 FT /note="Clone_left_end: DKEY-22O20" FT misc_feature 18432 FT /note="Clone_right_end: CH211-252L23" FT mRNA complement(join(74804..74987,76106..76325)) FT /locus_tag="DKEY-22O20.2-001" FT /product="putative novel transcript" FT /note="match: ESTs: Em:BI473831.1" FT CDS join(81759..81870,88111..88619,102918..103214, FT 111153..111239) FT /locus_tag="DKEY-22O20.1-001" FT /standard_name="OTTDARP00000013426" FT /product="novel protein similar to vertebrate FT beta-1,3-glucuronyltransferase 1 (glucuronosyltransferase FT P) (B3GAT1)" FT /note="match: proteins: Sw:O35789 Sw:Q9CW73 Sw:Q9P2W7 FT Tr:Q6PIG8 Tr:Q7T180 Tr:Q96FS7" FT /db_xref="GOA:Q5CB02" FT /db_xref="InterPro:IPR005027" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q5CB02" FT /db_xref="ZFIN:ZDB-GENE-050419-21" FT /protein_id="CAK10730.1" FT /translation="MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSAIAPLLAIRKDDATETRH FT ENGPATDSKEYCSQDKDIVEVVRTEYVYTRPPPWSDVLPTIHVITPTYSRPVQKAELTR FT LANTFLHVPNLHWILVEDSQRRTPLVTRLLRETGLNYTHLNVETPRNYKLRGDTRDPRI FT PRGTMQRNLALRWLRETFNSNSSQAGIVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRKVSVWPVAFV FT GGLRYESPKVNAAGKVYGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAINLRLILIKPQAYFKLRGVKGG FT YQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPNVEI" FT mRNA join(81759..81870,88111..88619,102918..103214, FT 111153..111256,111425..111628) FT /locus_tag="DKEY-22O20.1-001" FT /product="novel protein similar to vertebrate FT beta-1,3-glucuronyltransferase 1 (glucuronosyltransferase FT P) (B3GAT1)" FT /note="match: ESTs: Em:AL926554.1" XX SQ Sequence 123980 BP; 39867 A; 22534 C; 22397 G; 39182 T; 0 other; aagcttcaca ttttcactca gccaaacagc ataatgaaga cctgaagtgg aatctgaata 60 aagcatgtca gtctgtgaac gagaatacat ctgtaaaata aacatgtggg agaatacaca 120 tgaatgcatg atcacagaaa gacagagaaa gatcgccttt agcggcgtag tacaacctag 180 ttaacatgac tgaaacgctt aaatgtgaag gactcggcaa catctctcag gagagagaac 240 agctttcatt ttagacttca gaacatgaag taccctgacg gatggatgtc tcttgtagag 300 atcagagcta gactttctta ggttgggaaa gtataatgca caaagcagca attcgcacaa 360 tgtagtggtg ctcgtttcaa atttgcacaa ttatggaagt gcccaatggc acaaaaccga 420 aaccttctcg gctgtcacaa agcgtctctc agctgattgc cgaagtagaa catcacagag 480 gcgagaagaa aagaacaaat gatagggacg ctcttatttt ctagggttct ttagggagca 540 gatgcaggca atctcattta gtgttaaaca ggagacgaga cgtgcctcct cctcctctct 600 cactcccttt cactctttct ttatctctct cgcacatgca aacttgttgg tgtctgatca 660 tgtgggcttt gccggagttg tagagagctg ccactcatcc ggtggctacg agagtgataa 720 aacactcggt ggtaatttca gcgaaaagct tggcagcgca ggggaggact gtggctgaat 780 gcgattgccc cccagatgcc tcttttggaa gatggcagga taggcagcgt gaataaaatg 840 cattgaattt tgagagagtt ggagagagac tgaatttcca caggtgtggt ttccgagttg 900 gatgatattt ggagtgcata ttttaagcca aaattagcat tgtgaatttg ccaaacgaat 960 gatttgtttc ttgattagcg atgttttttg ggagggaggg aaagggggat gagggtggat 1020 ctagagctcg tctttcatct caaaatacaa aaatagacat gcattgctgc tccaattcgg 1080 acacacacac acaagagatg cttctcattt ccagcatatt attaaggcca taatcaactg 1140 ggtctcgcgg tcctcccctt gtccccatgt ggttgtaatt acactgacat gctgacagtg 1200 gctggcaaag tgattttcgc tcccagcaga atgagcacca cctctttaac cgtccagtca 1260 ggtcgctcag ggagccacat gcaatttcca tcctcattca attcaattgc cagagcatgc 1320 taatgggatt tctcattgtt tgcttgactg cttcagtggt agttcttatt tgcaggacgt 1380 cgcctcataa tcacatggcg taatatgtaa atgtgtgtga tcatgtaatg gtacctcaag 1440 aggtcatatt atttgtatta tacattgccg gaatatatgt ttcattcatg actgagtcag 1500 agcgtatggg attcttgtgt tcttcaatag cctaatgtct tggtaatggc taatcttgac 1560 aataattact tgaaaaccac tggaaggatt tgctaactat tagaacatag ttggatacaa 1620 atacagatat tacattagta attaaataat gttttgcagt taagataaat atataaattg 1680 tgatgaaata agttaaaaac aaaaaaatat tttttataaa catactggaa tttaagagtt 1740 tttttacaca tgggcaaaaa aactaacaaa ttaaaactta atgtatacat ttattacagt 1800 tttcagtgat aaattaagta gaaaacaatt ctctttggag tagcaagttc aagtcatttg 1860 ttcaggttga tctaatttgt ttaggtttaa caagtcgaag taatttattt acttttttta 1920 ttatttgttt tactgtttac agtgtacgtg ggggcttatc taaatcaggg gtctcaatat 1980 tgtgcctgac attttctcta aaataattgt atgaaatgtt catttaaacc tttatttatt 2040 aaaaatgata tagttttata tttacttttt aaaaacattc acagattcaa agagaaccac 2100 aggtgaacag ggggattgca aaagaccagc atctgcttta aactggagtg actgaaaatc 2160 tactattcaa aaataaacag acaaatggaa aaatagagca aaacaccctg aatctgttga 2220 aatgtgttga tctgatgaag gttgagtttg cagctggata ttattggtag atcattgaca 2280 ggaacagtga acagttccag agtgcgtctg aagctcatat gcaacattat atggcagaca 2340 tactattaag ccctagctag atcctgctgt atggtcatgc atccattata aaacaccaat 2400 tcggatatat taaatagttc actcaaaatt acacaatgag agactttcac tttacacagt 2460 tcgtgaatga aaaggctgct tttgcggcaa gtttgaagta atcaatcaga aaacaggaga 2520 aagtgcatta cactggtcat tttaatatag cctattaata ataaaatcca aaaatcatag 2580 tataatattg agagttaatt ttaatcttgc ttccaacctg caggatcgct gatgcagtgg 2640 cccaccggtt gagaatccct gatctaaatg aaatgttaaa aggtttttca aatatttgaa 2700 tgtctgttaa tacataaatt aataaataaa atatttatat tacattacat tatattatat 2760 tacatacatt ttttcttata ataaatatta atgtttttat tttacatcaa attatataaa 2820 attacaaatt gtattgtctc atgtcttaat taaaatgtag aggataaaag taaactaaaa 2880 tgataacaca tgcattaaat acacactaat gattaaaaaa tatctataca tatatatttt 2940 acccaaaaag tcattacata cataaagaag tcatttgtaa tgatactgca gatctacaca 3000 acatgcaaaa tgatctaact gctccatttc tccagagggt ctatggtctg ccctgcatac 3060 tgttgaagac ccctgctcta acaacccaca acccacacct taaacatact tgacaatttt 3120 caattgtcta acattataga gtcagttagt tcacaagaga caactttcat tccatttata 3180 gaatatctag agcatgttca gtggaagaga ggcaagtagg tgttcatggg taggtggaat 3240 aaacgcccat atctattttc ctgtttgtac atgcaaatcc aggctatttt agaagttcac 3300 ataaagtatg aagtacttct cttgagtgag atccagcaac ctaattttgc tttgtgaatt 3360 agcatatata ttttaaagag acagttaacc caaaacaaaa cattttgtca acatttactc 3420 tgttaacttg ttccaaacct gtttgacttt cattcttctg atgaacacta aagacaataa 3480 tttaaggaaa tgttggaaac ctgtaagcat tgccttccat agtatttaag gtcaacagtt 3540 agaggttttc agctttcttc aaaatatcgt ctttagtatt taatagaaca aaaacacatt 3600 taaaagtttg gaaccacttg aaggtgactt agggtgcttt cacacctaga cttttgtttc 3660 ggaacctgtc tcatttgccc agttagcgca ttttgtttgc catatgtgaa tatagtaatc 3720 gcgctctgat ccgcgctaaa actatcggtc agagatcgcc agattgaggt ggtctcggct 3780 cgattgaaac gaactctgga gcagatcgat tgtagtgaga aagtgatatg atccgagccc 3840 ggttatcaca gcgttttaat gatatgtaat aggcatttcg gctatatgaa gagagaatta 3900 tgagaaggcc ggaggaattc cagacatccg aaatctcccg caaatgcaca aagatttctg 3960 gatgcccgca aacgaatgat aatctcctgg aaatcacgca tgtccttccc gatccttaaa 4020 tacgtcacgc acccttctca cttctcccca gcgcatccct cctcgctctt cagacacgtc 4080 gcacacacct tgtcaaacac taaaacctca gaaaaaaatg aattgattca caggtgtgaa 4140 agcaccctta atagtaaaca catttttatt ttcggttaaa ctatacattt aagccccaac 4200 taaacaccct catttccttg cttcttctca atttaaatta tttctgtggg caccagatcg 4260 tcacttttgt gtgtacctct gagaatggac tcaggtgatg gccacgcatt cagtattcag 4320 tcagtgtttt gccccgggca gaacacaagg agagaggtag agtaaacaga actgcagtaa 4380 gcaacttcac ccagtgctga aaatgaaccc atgctcctct tttcctgcga ttaattgaat 4440 tcttgcagcc attaaagtga ctaggagagc tgagtgacag ctattgcaga tgaaaaaggc 4500 actgaaaggt ctgaactctt cctgtccatc gcactggcag tgacgttttc tctctttgat 4560 gtgtgcttct tagtgaggat gtgctgcaga tgcctgtgaa ggctgttact ttaaatagcc 4620 ccttaaaagc tactagatac ttttatccat caaaaatgta caaggtatga tgtatagtaa 4680 agtaaaatca ttcttgagat gccattattg tgtcaagtgt ttcactccta gagatcaaat 4740 ggagacttcc ttggatggac agacaggtgg atggatggat ggatggatgg atgggtggat 4800 ggatgggcag atggatcatt tatttacttt aaacaatgat agagctagat agagaaagag 4860 gtagatagag ggtaacactt tagaataact attcgttata actagttaat agttaataaa 4920 ctgttagtta atgagttata aatgacttgt taaataaaag ttgatagttt gtttattatt 4980 tataactgtg ccttatagat agccaaaaga taacttacaa gctgttagtt aagaagttat 5040 aaatgccttg ttaacagtgt tttaacgatt tataactata cctaaaaaaa tggtaataga 5100 tcattaacaa gctgtaagta aattacttac taaagacttg ttaagtatcc gttaatagtt 5160 tatatatgtt attgggacat tattctagtt gcaactattt ttcatttatt aaatgtcagt 5220 aaataagaag cagttgcaac tttagaataa tgtccaaata gcatacacaa tctaataact 5280 aacacttgac taatatatta actcacactt tacagatcag ttgttcatag tttgtctacc 5340 atctaataat tccagtgaat tgttgtagaa cttttctaat aaactacata tttatttatg 5400 ttgttcttat ctttagcaca aaaagtggtt aaagtagcag tagaagtaat aaatcattaa 5460 aatacagtta acaagtcatt tataatttgt taactaatag cttgtaagtt ttcaattggc 5520 tatctataag gcacagttat aaataataaa ctaactatta acaaactgat aacaaattat 5580 taacttttat ttaacaagtc atttgtaatt cattaagtaa cagtttatca aaggacgatt 5640 atagttataa cagatagtta taaataattt acaacagata gttattctaa agtgttacca 5700 aactagaaca ccttttatat ggaacaatgt cctcggtagt ggaaaaaaaa cctcactagg 5760 ggtagagctt cagaaagaac catgaattat tttatggctg aaatgggcaa gttggctgag 5820 cctaaaacct ccaccatttt cccttatttg cttactttct aagcatattt cagttatttt 5880 caatgagaga acacattttt atatagtcta agcagcatga aaaggtgcca agcaggcatg 5940 ggacaataac cggtttcaag gtttaccgcg atttggaaaa atctatgtat taaaacaacc 6000 aaaatatttt gttacactat ttttaaggta tacgtcgttt tttttttttt ttttgtgctg 6060 tgttttttat gtgttgtatg gaaatctgtg tttttgaagc taatgaagat agcagaagtc 6120 atttaatttt tttttttatt aaaatggggg gggggttgtt ttttattaac atattttaaa 6180 agaaattatt tatttttatc caaagttatc atactataag aaacatatac cggcccatgc 6240 ctagtgccga gctctgtgca tttttaaatg tgccaacagc tggagaataa ggcccaatcc 6300 taattctatt acttagccct tccctttacc cctcattttg cacgttcata tgaaggggta 6360 ggagtgccct aattctattt agcttgaagg tgtagggcta aggggaaggg ctcttgaaac 6420 tgagatttat caggaccaca ctctaattca aggggtatga aaattttcca gaatacacta 6480 tccataatgg taacatgact gcaaatggaa agagatgcat attaaatagt attaggattt 6540 tgtcattatt acaaattttt acaataaaca agtttaaaat attcataacc atgtttgtgt 6600 tttattacca atcattaaaa aaatgctaga aataaaaaac tattaatttt gctatctata 6660 atccctaata ttaactcctg tatagcagtc ccacaacatt ttgtcactct atgacacttg 6720 aataccttgt cagaaaagtc cattggctgg gaatgagctt ttttacagtg tctgacataa 6780 tgttaatgtt gttttttgtt taataaataa atatggccac agagtaaatg cacagtacag 6840 ttacgatctt attgccacat tatatcatta tgacaacatg atatccttgc tttgagtgat 6900 tttctgaaga taaatacaaa aaaaatgcaa ctggaataac tacatcagtt gtcgatctca 6960 tattaagcaa gagctcacga tgacatataa tgacgtgtgc aggtgctata gtagtgtctt 7020 atttcttagg ggtaaatttt aaagccattc ccatacacac actgtttcaa cgaccaaggg 7080 gaaggggtag ggtaccaaaa tagaataatc gcacatatgc ctggctggag tagtgtgttt 7140 ttctttgaca gtgggagggt agaccacact ttacctgtta cagcacatta tttaggctga 7200 cttattgagc acagtgtaat taagagcatt atattgcaca cactttgcat gctttaattt 7260 ccaaatattt atttttataa ataaccaccg tgaattgttc tgttagtaat gtgcaccaaa 7320 ctgaaaacat atgtcgaatg attcaatatg aaatgtttca agatgccctt tgggactact 7380 tggatttctg caaaaatttc tgaaaatttc agatgagtca cagcaataga aaaatacggt 7440 ctgcttaaac taatgccaca taaatattgt atgttgttat gtttttatgg aacacaacat 7500 gtaaacattc acagtacagg gtggagaaaa tttgtgaacc cctaggctaa tgacttctac 7560 aagagctaat tggagccagg agtcagctaa actggaatcc aatcaatgtg atgagattgg 7620 atgtgttgat taaagctgcc ctgccctaca aaaacagttt tgactttctt gttctcaaga 7680 agcattgcct gatgtgaact gcatccctga tggatggatg gatggatgga tggatgatca 7740 agatgtgcaa gacaatctgc tcaagttaaa tctgcataag ctacgatgga aacatgttta 7800 ccaaatatat ttcagtatgt gcatcaaaaa agtcaataga ttttgtttta agagatcatg 7860 tgataacaaa aatgggtgaa atgtgacagc attaattgac aaaccagtgg acccaccata 7920 ttgtaaaaca tctaaactat tgtttcggcc aaaatccctc agccaaagtc tgtcatcaaa 7980 ggcattttta cctccagaac tgttttgaga atctgcactc tagagttgtc acaatactgg 8040 aatttgttgc caatcggtgc tggaatttta aaaagtccat ttcccacaaa catttaagtg 8100 ctatagagca cattctaaaa cagtgctgat taaccattgt gttcacttgc tcaacagaaa 8160 aaactgattg gcctagaagg tcatcagttc actgaactca ccactgttta accacagata 8220 cagggacact ggagcatttt aaaggtgcga ttcattggcg aatccctcgt atgtcagctt 8280 atagacaaac cagctgatca acgtgacttt gaaacgctcc agtgtccctg taattgtggt 8340 tacactcagt aaatagcagt gagatcagtg aactgatgac cttcacggcc aatcacagtc 8400 atttctgtta agcatgtgaa cgcaattgca aatcagcgct gtttaagaac gtgctccaca 8460 gtgattaaat gttcgccgga aatggacgtt tttaaaattg cagtatcaaa ttgttatcga 8520 aatctagaat tgtgacaacc ctacagccct cccaaagagg gtctctttgc catctcatct 8580 gcactgtatc tccttagtct tctggggcag aagttactat ataaaaaaag acctactgtg 8640 acttctccta ctgctatgta tcctattgtg tttttaagat ctggccacag tttatcagaa 8700 agtgaaaatg ttgttctctt tgactcattg aatgaaaatt gctctttatt cgcaaatttt 8760 ttatgcaata ttctagtttt gtacatagat ctaaatcttt tgatggtaac aggttataac 8820 ataaataatt aaaagtaatt ctgaaggaat aattaaatcc aatccaccac tagtagggtg 8880 taacaaatga attcagtaat aaaataatat tattataggt accttttata atgcaatcct 8940 ttgctcaacc catgcagagc tgcatagttt tcttttatct ttctgaaata tggtttttgt 9000 aatgcaaaat aacaagggcc cagggttgaa ataatcttta gactatcccc ttttcttagt 9060 gaatggtgca ttcaaagctt tgaccttcac taaaaaggtg aagttagccg tgaggcttta 9120 cagtaatttt tgcaggctta gatcaggctg tccttctaaa tgtccttgag aaggtttgga 9180 gataacctgc ttttcttgtc catttttatt acctgactac tatcccacat ggatcggcat 9240 atcagtttac accatgctat tccaactgtt ctattccact ggcttaacat gtggaaaccc 9300 ttgtaccaga tgagcgaatg cagttcagtc acaggtgtgc cacaacttac accctgacca 9360 aggataccgc ttatatccag atagggctgt tatcagcaca cttgcagccg gcaggcttta 9420 gcaaaccgct cttttttttt tctctgcagg atgtttcaaa agagggttcc ttcaaaggaa 9480 gcaaagagaa agtttaagct ttgggttcaa agatataacc ctaaacatgc cccttgcaca 9540 ctgggttagg tcatgtttag gtgaagaaaa gaaaaacaca taagattttg tgaaattata 9600 gcatcaagtt agatgttctg aatcttgcgg caaatctatc taaggatttg tgcagagttt 9660 ggacacctgt gtcttctgga tttccactgt aactgtgtcg ggtattgaaa acctcctcag 9720 gtggtgctca acaacatgta ttcaatcaca cgtctgcgat gtttcaattt catacagtgc 9780 ataaggtgaa cgctcctcag ccccagaaca atcaaatacc ttctctaaac aaaatgcact 9840 tcagtgagct gcaggagagg ttgagagtcc tattgcgtag cggtccactt cattccagtg 9900 tttcatagtt ttgtaaagaa tcgaaaatgg tctaatcggt ttagattcaa ttatgcacca 9960 atcactccca ccagattcaa gggtctcgca aggtgggacc atagtaaatg agcaaaggat 10020 acaaggatgc ttcaaatctt caacaaactg gaacaaagta gtgacaatat gaaagcagtt 10080 tgtaccagtc catttaataa acattttcac tgtattttgg acctactgct tgttttcaaa 10140 ctgaatgtgt atcattccta tttgtttatc gtgagttaca 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