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EBI DbfetchID BX324154; SV 5; linear; genomic DNA; STD; VRT; 148743 BP. XX AC BX324154; XX DT 18-APR-2003 (Rel. 75, Created) DT 13-JAN-2009 (Rel. 99, Last updated, Version 9) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-65L24 in linkage group 13 Contains DE the b3gat3l gene for beta-1,3-glucuronyltransferase 3 DE (glucuronosyltransferase I), like and a novel gene. XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-148743 RA Kay M.; RT ; RL Submitted (12-JAN-2009) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR EMBL-CON; CT993035. DR EMBL-CON; FN299016. DR EMBL-JOIN; BX294371. DR EMBL-JOIN; BX950184. DR EMBL-JOIN; CR392046. DR ImaGenes; HUKGB735L2465Q. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC IMPORTANT: This sequence is not the entire insert of clone DKEY-65L24. It CC may be shorter because we sequence overlapping sections only once, except CC for a short overlap. CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. Where CC differences are found these are annotated as variations together with a CC note of the overlapping clone name. Note that the variation annotation may CC not be found in the sequence submission corresponding to the overlapping CC clone, as we submit sequences with only a small overlap. CC CC The true left end of clone DKEY-65L24 is at 1 in this sequence. CC The true left end of clone CH211-263B6 is at 146744 in this sequence. CC The true right end of clone CH211-97J6 is at 74938 in this sequence. CC CC DKEY-65L24 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..148743 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="13" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-65L24" FT /db_xref="taxon:7955" FT misc_feature 2001..148743 FT /note="annotated region of clone" FT misc_feature 8528 FT /note="Tandem repeat. Forced join. Gap size estimated to be FT approximately 110bp by restriction digest data" FT misc_feature 31813..31941 FT /note="Sequence from overlapping clone CH211-97J6 FT (BX936414)" FT misc_feature 31913..31941 FT /note="Single clone region" FT mRNA complement(join(126638..127191,BX294371.15:4759..4907, FT BX294371.15:25508..25652,BX294371.15:36956..37781)) FT /gene="b3gat3l" FT /locus_tag="DKEY-65L24.1-001" FT /product="beta-1,3-glucuronyltransferase 3 FT (glucuronosyltransferase I), like" FT /note="match: cDNAs: Em:AJ888971.1 Em:BC078400.1" FT CDS complement(join(127105..127191,BX294371.15:4759..4907, FT BX294371.15:25508..25652,BX294371.15:36956..37525)) FT /gene="b3gat3l" FT /locus_tag="DKEY-65L24.1-001" FT /standard_name="OTTDARP00000020569" FT /product="beta-1,3-glucuronyltransferase 3 FT (glucuronosyltransferase I), like" FT /note="match: proteins: Tr:Q6DBR2.1" FT /db_xref="GOA:Q6DBR2" FT /db_xref="InterPro:IPR005027" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q6DBR2" FT /db_xref="ZFIN:ZDB-GENE-040801-191" FT /protein_id="CAP09491.1" FT /translation="MKSIFYTRFFILLPWILIVIIVIDIDTKRLSVRNTASFYLSRLGN FT VQQRQVVRTTRTSSSSTTASSSGRNATSLPVIYAITPTYSRAVQKAELTRLANTFRQVP FT QFHWIVVEDANSHTELVSRFLARCGVRYTHLNVFTPRRFKRTGMPRATEQRNLALGWIR FT GHRGSKDKGVVFFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVGLVGGRRYERPLVEKGKVVG FT WYTGWKADRPFAIDMAGFAVNLQVILSNPRALFKRRGAKPGMQESDFLKQITKVEDLEP FT KAKNCTQVLVWHTRTEKVNLGNEPKRQQDSVFIEV" FT misc_feature 72938 FT /note="Clone_right_end: CH211-97J6" FT mRNA join(BX950184.7:122521..122808,CR392046.9:20783..20916, FT CR392046.9:28677..28762,CR392046.9:40936..41011, FT CR392046.9:53661..53732,CR392046.9:61201..61281, FT 73604..73682,80959..81086,114190..114415,115009..115325, FT 125426..126485) FT /locus_tag="CH211-103O12.4-001" FT /product="novel protein" FT /note="match: cDNAs: Em:BC071454.1" FT /note="match: ESTs: Em:AL918268.1 Em:BI840811.1 FT Em:BQ131988.1 Em:BU709865.1 Em:CA787302.1 Em:CD590652.1 FT Em:CK126229.1 Em:CR927160.1" FT CDS join(BX950184.7:122691..122808,CR392046.9:20783..20916, FT CR392046.9:28677..28762,CR392046.9:40936..41011, FT CR392046.9:53661..53732,CR392046.9:61201..61281, FT 73604..73682,80959..81086,114190..114415,115009..115325, FT 125426..125560) FT /locus_tag="CH211-103O12.4-001" FT /standard_name="OTTDARP00000020560" FT /product="novel protein" FT /note="match: proteins: Tr:Q4REB4.1 Tr:Q6IQF2.1" FT /db_xref="GOA:A2BIM6" FT /db_xref="InterPro:IPR001164" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:A2BIM6" FT /db_xref="ZFIN:ZDB-GENE-060920-2" FT /protein_id="CAP09492.1" FT /translation="MTTRSEREKAQKLNEQHQAILSKMLREDDNKYCADCEAKGPRWAS FT WNLGVFICIRCAGIHRNLGVHISRVKSVNLDQWTPEQIQSVQSMGNTKARQLYEAHLPE FT NFRRPQTDQAVEFFIRDKYERKKYYDKNSVNGAIKSSDAALPSVSSPSSQAAEKSKLEK FT EREKKKEEKKREKDTDKENKPAVLEKKREDNQIDSRISPKKSAEPAIDLLGLDAPTVGS FT ASSGAGTSSAAPISDDLDIFGPMVSNPLPSNSNSSQVSSSKAAGSAQASSAGGAVAGAT FT GTGSAAPAQGDLDLFSETSGNSKAEDSAKKPLSKDSILSLYGSSTVPQQPAQATAMFMG FT PSQMQFPAQPQGNFQAFPGMGGAMPPTTMMGAVMGQGGAMMGQNTGMMVGMTMPNGFMG FT NAQPGVMGLAPGMMGPQGMVPPQNMYAMQPGQQGQWNMAQINQQMSGMNLNGSGAPMAF FT GQPGAPMGGWVAPPSGQTLSTQLWK" FT polyA_signal 126463..126468 FT polyA_site 126486 FT misc_feature 144744 FT /note="Clone_left_end: CH211-263B6" XX SQ Sequence 148743 BP; 46463 A; 26499 C; 26072 G; 49709 T; 0 other; aagcttatct gagttctgtt gcacggttgt catttattca atcattttct tgtctactta 60 gttcctttaa aaatccaagg ttgccacagc ggaatgaacc gccaacttat ttagcatatt 120 tttacgcagc agatgccctt ccagccgcaa cctatctctg ggaaacatcc acacacacac 180 acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac acacacacac 240 acacacacac acacacacac actcacttat acactacaga caatttagcc tacccaattc 300 acctgtaccg catgtctttg gactgtgggt gaaaccgtag cacccggaaa aaacccattc 360 gaacgcaggg agaacttgca aactcctcac agaaacgcca actgagcaga ggtttgaacc 420 agcgaccttc ttgctgtgag gtgatagcac tacctactgt gcctctgtgt tggcctagca 480 cggttgtgct ccattgattt atttaactac aactgtttat caacaactgt ttattaagtg 540 aaagctttga tgctgattag aacttgaagt ggcgatgagg tcttaaaata ttctgaggtc 600 tttaaaaagt cttaaaaagt tattgaaatt acctttagga ttcctacata taccctgata 660 tgaatgcgtc aaccaattgt cttcagaatt taaacatagc gctctgaggt ttgttacagg 720 ctgtcgtaga ctaactcacc attgtggact gtatgcaaaa gatgaggggc cttctctgaa 780 tgtaagaagg tacactcact agatgactct ggtctacagg gctcttctgg gtctggcgct 840 ttatacttat gttcccttct tcataggtca aaaagccagt atgccctact ctcaagtgaa 900 acttatcatt tgcctgttcc ctgggatcga actcaaataa gaaagcgagc ctttagtcat 960 gccgcccctt catccttaaa tgcacttcgc tctgaactaa atgtctgaat tcatgccaat 1020 taaatcattt cactctatcc tttataacaa acagcagcag tccatttctc aatctgtgtg 1080 tttttaatat attgtaatga ggtatagctg aactactata tttttattat tatctttttt 1140 tttattaatt tttttattta ttttttattc ataagtcgtg tgctgcagac cccttggcca 1200 ggtcagcctt gtaaatgaga tcttgatctc aatgggtttt ttatctggtt aaataaagaa 1260 acgtatatat cagttgaaaa agagccaata gatttctacc atgtcttttt gttggtaatt 1320 tgcgactgtt cctaatgggt gcttgcatag tttaaaaaaa caaattgttt tcagcccttc 1380 aacaagagca gaaggagatt aagagcctct gttttggaat aaattagcaa atgatgaatt 1440 gtgataaatt tggaatgtta aaatattcca tcgaccctgg ttttccaaaa atgttgaaaa 1500 ctttttaatt aaagttttta attgttaaat ttctcatttt atcaagtaca caattaataa 1560 tccttggaga agtgaagtac atgtttgcaa tctgtttgaa cacaggaaat gctataaatc 1620 aactggctac tatagatgca aacacaaatt tggccatggc tgcattctac taaaaacagc 1680 atggcaaaag aattgtgcag tttgattttt ttttaatctt ttttttttca tttaagttgt 1740 ggttgctcaa gatgataagg tgtaaaagag aatagaaaat gcacatcgcc tcctgcttag 1800 atgccaaagg aaaaagtcat attgtagggg tcagggacat tttagaatag cagattgagc 1860 attggttgct gggtgaacag gtgagatcgc gcagttcagg ggctttgaca gttgcatttt 1920 catgctaata gagcaggacc tgctgttggc attatgcatg cgtttaattg aatagttttt 1980 ttttgtgtaa gaagaatgac cctgatcact gcacttaatg aagacaagca cgtgcacctc 2040 gctggtacaa ggctgcttga gtgtttacat ttgtgtgtgg tttgtgctct gcataagact 2100 atgtgtagtg ccggcaggtg attattttcc ctttgtagtc tttgtgaggt aaaatgcata 2160 attaatgcag atgagatatt taaatctggc actaaccagt gtcaaacaca tctttttttc 2220 ctctctcttt tgctgtgttt actactcttg aggagtcggt aagattttca aaatgttttt 2280 gaataaatac gctctgttca ctaaggctac aattacttca tcaaaagtag aacaaaataa 2340 tagcaatcat tggaacattc tacaaaaaac gtatttacat tttcatttat aatcattatc 2400 tttttataaa aataaaaaat aaaaaaaagc atttcacatt tttaaaaagc ttgttgtctg 2460 aaacagccac tagatgccac agcattttgg aatgaaatat ccaattgaac agcatattat 2520 aagtctgtaa aataaactat taaaagtgct gatggttatg atagtgtgtt gtctttcaag 2580 ttgtaactca gctttaatgt gctttttaaa taaataaaaa aagaaagcag ctgcttgctg 2640 ctttcacttc aaaatggcgg aatcacaggg ctgttgcttg gcactgctgt tgcaatggaa 2700 cgttctattg agtgtcacct cttggtcatt ttaagctctt tgatacaatt caatggtata 2760 acgcatcctt gatcactgtc agcttcttca tcaaatgatg tcacttcctc taagtcatag 2820 ccttaaaggt gtattacacg cattttatgt taaaattaat gcaaatgtga caggactgat 2880 ggaaacattt gggccattgt acatttattt gtattgtata tttgtagtat ttatttgtgc 2940 aatttattaa taatttcatg tttttaatca attgatgtaa acgataacaa aaacttgcta 3000 tttctgaagt attctttttt ctaaataaca ttttttagca taagaaaact attaaagctg 3060 taggctcaat tgagctgagg acaatgacag ggtttgaaca attgtaaagt atttttaata 3120 aagaaaacaa tctgagaaga gccagcttaa taacacattc ctttacagaa caacacacag 3180 aaatcaacca tcagtccatt taagagattt ttgggatgaa attcttttta ttcactgtat 3240 ttatgttttt atttcagcga cagataatgt atctttctgg tagaatgtcc ccattaacag 3300 caaagcacat tacgatgcac tgctcgagaa accaacatac aataaataga ccaaatttaa 3360 catgaaaata cactaatgct taaaaatttt aattttcttt ttcatatatt tactttttaa 3420 tttttaaaag ttataagata ataataagaa gaagtaaaga acaattttag atatagaaat 3480 agaagttata gctatagaaa acaagagcaa aatataaaat attaaaaatc ttagctatac 3540 aagcaaacag agaaaataaa gtctttttta aacaaaaggc ctgatgcata aaagaggaaa 3600 gagtgtaccc tataggtggt ttgtcaagcc cactcacctg catagaacac atgcaaaatt 3660 acaccatata ttaccagtgt gtgcaagaat gtgcataaat acctaatgca tgttaacaaa 3720 ttgttttact aaaacattat acaaaaccta cattgttttc atttctcata ttttcttttc 3780 tacagatatg actgctactg acacagactt atgcattaaa aatgacttga tctctgtctg 3840 aacatattct gtgttctctt tatttttttt ccccacatta tgcttgatgg agcacaatga 3900 aatgaaagaa atcacagatg gcacaagagg cattttaaaa gttgaattgt atttaacttg 3960 gatcttgata tgtggtgctc agctgaaaac ataaacgggg agatgacacc gttctgcaag 4020 tctgatactc acagttctga ttgagtcgta cacaattcat tggagttctt caggggtttt 4080 tttagaccca aagttaattt cctgttttta aatttatgct ctgattcccg ctttaccaac 4140 cacatttctg cattgtgttt aagatgttag tttgtcatta ataaaattaa ttacatacac 4200 tatcacttca tgatatagtt tgtagcgtct ttaactatca tacatttctt ctctctctta 4260 atctatttta agaataaaaa agtcatccta ctccctaatc ctaacaattt tttgacctta 4320 agagctcttt taagggtttg gttgcaatat gaatcacatt cattttcagt aaaattattt 4380 tgtttattta taataaaaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca 4440 cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacttttc taagaatttc ctaagaactg 4500 tcactaggaa caactctttg cactaaagcc taatttgtac ttcaatgctg aatgattttt 4560 gcatccccag tacatggcca gtaatgttgt ggaaacttta aattttgtat tttgtctgtg 4620 ttttgctcta caataatacc tccaagaaac tattaggatt ctgttttcta tgctctactg 4680 tgttgagttt ctgctgttat aactgtgttc aaactcactc ctattctagg aagagagaag 4740 cagggactac agaacattca atatatttat taatataata agcacaaaac tactctaaag 4800 gagtaatctt tggacatgtt aaacactcca gccactagcc tagcttggct ccagcagctc 4860 acagcctggc ccttggccac acttcttaca gctataccga gctggacaat cggagatctt 4920 gctctctctg tcatcgcatt gtagctccat tttttaaagt gatgtgtgtc agggtatggt 4980 gaaggctaag cgactcagaa ggctaagctg aacccaccac taacactgaa tgcagaagta 5040 caaattgcca ttcagaatct acatgaatac agaaccgggt attcaggaag agacgtttgc 5100 agttgtaaga cagtgaggta gactatcaca tccaaatacc tatatgaagt ccaaatgatt 5160 tgctctcctg tgaatttttg tttgtaaatt tgccaaatga tgtttaacaa agcaaggatt 5220 ttttgcagtt tttcctatca tatttgtttc tcatgaagaa agttgtattt gttattttgg 5280 cttggataaa accattttaa ggtcaatatt attagcccct taaagtgatt ttttttcagt 5340 tgtctacaga acaaaccgtt attatacaat gacttgctta atcacgcttg actaattatt 5400 aacttagtta agcctttaca tcacacttta agctgaaaac tagtatctta aaaaaattgt 5460 agtaaaatat cctgtactgt catcatggca aagataaaag aaatcagtta ttagaaataa 5520 gttattaaaa gtattacgtt gaaactcttc ttaccgttaa acagaaattg gggaaaaata 5580 ttcagaaggg caaataattc tgatttcatc tgcaaatctt aaatcttaca aaagattctt 5640 ttctggggga agcaaaatat agcaactaac ttgctaaatt agtctgaaat gtaaattact 5700 ttatagtaat tacttgttta ttgagctgtt gcataaaagc aatatcacac tagcatcggt 5760 gctgttgtga tgactgcctg cggctgaatt tcaaccaaac aatgaactca agtaaatttc 5820 aatgtttctt caagagtttg gtctcgcctc tttgttgcct catcaaaacg ttgagtcatt 5880 cagcctaaat aagtcttggt agaaccttgc acgtctctct cctcagtctt catttcccac 5940 tcatagtctg catcggaagc gtagatgctg attcactctc cagcctgagg acaccaaata 6000 ataagaaagt cggtcacatg ataatagccg ttcctccctg cacttcctgc ctaatctagg 6060 ctaacaatga ccttgggcct gtgcttatac ctcacacaca caaacacaca cacataaggg 6120 ggatggagtt ctggtttggg gatacagaaa agattgagaa gggagatgga gagagaaatg 6180 aggtttgaga aagatggaga tggagagaga ggaagacaga acaaaaggaa aggaaatgag 6240 aaagagagag agagggatag agtatcgagg gagatgtgtg gatgaaagga aaaggggaag 6300 atggaggaga ggagtaggag ataaaagacg aaaaaggtgt tggtgcaggg cgggagactg 6360 acggatggtg taagactgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg 6420 tgtgtgtgat tctcactggg ccgctcaagc agggaatggg atttcaggat tcactgtcca 6480 ctctgcctaa aggcctgtgt gtgtgagaga gagatagagg agctgttctt gtgtgtttct 6540 ggtgtatgtg ctgtgtaaaa tggctacaaa agctactatg gctgtgtgac ttcaccagtg 6600 gttttatcaa agatggccgc tgagggattt ctgccttccg ggccacacat acacacaggc 6660 tttgaaagtc aacatgaaat ctaaatggac tccatttatt ttcctaatgt ctgttcctgt 6720 tcttgttgta cacaaatcat tcattcattt tatataaatg taaatttttg ctggagtcac 6780 cagacagaag cctaaacaca caccccaaac actcagtttc ttctttcacc atcagtcata 6840 gtcataatat tcatagtaga ttgagccaat tcaccatttt tgcaccaata tctatttatt 6900 attaattttt aaagatctac agtgcatccg gaaagtattc gcttcacttt ttcacatttt 6960 tgatgttaca aattccaaaa tggattgcat taatttattt tctcaaacgt ctacacacaa 7020 gaccctataa tgacaatgtg aaaaaagatt tttttgaaat tgttacaaat ttattaatgt 7080 acagccactt tcaaatctct ccagagatct tcaataggat ttaggtctgg gctctggctg 7140 ggccttacaa agacattcac ggagttattg taaagccctt gttgttgtgc tttgggtctt 7200 tgtcctggaa gatgaaccgt cgccctagtc tgaggtcaag agaactctga agcaggtttt 7260 tattcaggat gtctctgtac attgctgcat ccatctttct ctctatcctg agtagtcttc 7320 cagttcctgc tgctgaaaaa catccccaca 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