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EBI DbfetchID AAFI02000174; SV 1; linear; genomic DNA; WGS; INV; 146212 BP. XX AC AAFI02000174; AAFI02000000; AAFI00000000; XX PR Project:201; XX DT 04-APR-2006 (Rel. 87, Created) DT 05-SEP-2009 (Rel. 102, Last updated, Version 8) XX DE Dictyostelium discoideum AX4 chromosome 5 DDB0232785.02, whole genome DE shotgun sequence. XX KW WGS. XX OS Dictyostelium discoideum AX4 OC Eukaryota; Amoebozoa; Mycetozoa; Dictyosteliida; Dictyostelium. XX RN [1] RP 1-146212 RX DOI; 10.1038/nature03481 RX PUBMED; 15875012. RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Glockner G., Rajandream M.A., Sucgang R., RA Berriman M., Song J., Olsen R., Szafranski K., Xu Q., Tunggal B., RA Kummerfeld S., Madera M., Konfortov B.A., Rivero F., Bankier A.T., RA Lehmann R., Hamlin N., Davies R., Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., RA Saunders D., Sodergren E., Davis P., Kerhornou A., Nie X., Hall N., RA Anjard C., Hemphill L., Bason N., Farbrother P., Desany B., Just E., RA Morio T., Rost R., Churcher C., Cooper J., Haydock S., van Driessche N., RA Cronin A., Goodhead I., Muzny D., Mourier T., Pain A., Lu M., Harper D., RA Lindsay R., Hauser H., James K., Quiles M., Madan Babu M., Saito T., RA Buchrieser C., Wardroper A., Felder M., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Oliver K., Price C., Quail M.A., RA Urushihara H., Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., RA Ma J., Kohara Y., Sharp S., Simmonds M., Spiegler S., Tivey A., Sugano S., RA White B., Walker D., Woodward J., Winckler T., Tanaka Y., Shaulsky G., RA Schleicher M., Weinstock G., Rosenthal A., Cox E.C., Chisholm R.L., RA Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., Dear P.H., RA Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT "The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum"; RL Nature 435(7038):43-57(2005). XX RN [2] RP 1-146212 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (08-OCT-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX RN [3] RP 1-146212 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (22-JAN-2008) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX RN [4] RP 1-146212 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (12-AUG-2009) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX DR EMBL-CON; CM000154. XX CC Each chromosome was individually shotgun cloned and assembled. CC Since the rDNA genes are present on extrachromosomal elements, they CC are not included within this project but are present in GenBank CC Accession Numbers AY171065-AY171067. Similarly, the mitochondrial CC DNA is not included but is present in GenBank Accession Number CC AB000109. CC In August 2009 contig AAFI02000242 was suppressed because it was a CC contaminant, and contigs AAFI02000226 and AAFI02000244 were made CC secondary to contigs AAFI02000006 and AAFI02000262, respectively. CC Assembly Name: dicty_2.7 CC Genome Coverage: 8.3x CC Sequencing Technology: Sanger CC Annotation was updated on the contigs in August 2009. XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..146212 FT /organism="Dictyostelium discoideum AX4" FT /chromosome="5" FT /strain="AX4" FT /mol_type="genomic DNA" FT /db_xref="taxon:352472" FT gene complement(<1528..>3340) FT /locus_tag="DDB_G0290965" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0189172" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0252616" FT /old_locus_tag="DDB_0189172" FT /old_locus_tag="DDB_0252616" FT mRNA complement(join(<1528..1697,1783..>3340)) FT /locus_tag="DDB_G0290965" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0189172" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0252616" FT /old_locus_tag="DDB_0189172" FT /old_locus_tag="DDB_0252616" FT /product="RING zinc finger-containing protein" FT /note="TRAF-type zinc finger-containing protein" FT CDS complement(join(1528..1697,1783..3340)) FT /codon_start=1 FT /locus_tag="DDB_G0290965" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0189172" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0252616" FT /old_locus_tag="DDB_0189172" FT /old_locus_tag="DDB_0252616" FT /product="RING zinc finger-containing protein" FT 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FT Hypothetical 127.0 kDa protein" FT /db_xref="InterPro:IPR013032" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q54F75" FT /protein_id="EAL61953.1" FT /translation="MIRNFFFFFLILLIIIMKLNVNAQQFKFTDLTPSNNSSFTVVDGN FT ICKTTKFFLVEGLQGQTVNTMGDVDFLIGGLIQWTNSSFSLFEFDIQSPRGNSFFQFVA FT NSGTVIDPSIGYFDLNLDCKELNISTLSVDIIQDVIWSTTFKYFSVVKIKNLPENVEFT FT YDSQIVKVYKMGGNLFRIVYNENFYLFQNLNTWSIDFTFSVSNSLKISVPFKNRGNIVT FT NEIYDLKLYPPLGQFVLYSNILSSLLSFRIKSNLQNPVFRLGTLGYYSTPRPILGKPNN FT LTFIATCLPIKANGMDFSLYGQNETQPSFKEFFNFFVNITESPRLQTPNSKLTSIKDNS FT TVGMAMVTSEYNGTEFKFDFNPFQLEYKQTFTITDFPFGFIGGNNEMVKFGFSLPADLM FT SISPLNILNLCMPRCTHKMRGDFEPFIILPDTDVGKLEIQYFTSIYIGNLKFLNRIGIK FT STVSPNLSSVSFLEIKETKYIVLDNGMLVSGTASEGFWEFVTEIKFDFVELSSASIKNT FT IKIVGTKDTRSTYEFGDTVYQIGNEFSKLTYPSINLKSKKVLLILHIKNHYYNYLNDLV FT QVSFLYNDIDITDQSVDNIMFFTFNNIEDYKDLSIGFYLTDEKSLKDIRFENSIFTILN FT PNYKFAVWDQTTNRFRVNFKVPANTLPGNISYALVLDNTNLIDSNYLSNEYQLRATSIK FT VDIYGPIVTKIIKQQNGWVYTIQDEVNGFRDGFLIVKGLLDSSFYNITISMSNLIEGSG FT 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tctgattaaa taaattgttt tttaatttaa ttataaaaaa aaaaaaaatt tagtgaattt 180 ttacactatg tataaacagt gtattttagt gtaaaaattc actgccgttt agaaagcgaa 240 atttcaaaaa aaattcccta caacaacaat gtccaataaa tttagttagt aaaaattcag 300 acagattaat attgccatta tgtaaaagta taatatcaaa taataattaa atcaaaatag 360 ctttaatatt aattatttct ttttttaaaa aaattaatag acgttccata ataatcaatt 420 gattttcaag accagagaaa tccaatgtag cctcgtctga atgcatggcg aatacccatt 480 gtatcctgta agaccaatta attccaatgt ggcttcatct gttgcaaatc gattttcatt 540 tattaactct aataataatc tattaaaaat aaacaaaatt tctttttttt taacatattt 600 taaaattatt tattaatttc taataaattt tatcaaaaaa tatttagtga ataataataa 660 tttaataatc atttatttat aattttaata ttaaaaaaat aatactaatg attaattttt 720 ataataaata aggaataaat tatttaaaaa aaataaaaat tcttatattt taatattttt 780 tatttaaata tttattgtac acccattaat ttttatcatt ttattatagt ttttaataat 840 atataatatc atatattaaa ctatagtttt aaaaaatgag aaattacaat agtattattt 900 cctattaatt gttgtatatt atttaattat aggtttatgt tttaaaaaat gagaaattac 960 aaaagtataa 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ttcatccaaa acattaacca atttacaaat gaactcaaca tttgttcctt 1860 caatactttt acccatcaaa aatattgcaa ttttgtttat tcttgataaa ccattttgat 1920 aaaaagaaag atgaaatata ttttgcagaa tattgcacag tgattgggat tttaaaaaat 1980 tattttgatt aacttggaaa gatggagaat ttaataaact accctttgga ttttttttaa 2040 caatttttga atagtctgaa atgatccatt cgtttttgta tttaagtgca tttaatgata 2100 aaagttggtc attttgtttt tgaagtttat cacaaataat tcttgatagt tcaaattgtt 2160 tattaaggtt ttcttgagtt ttctctaatt gttcaatctt tttaacaagt ttatcacaaa 2220 taatctttga ccgttcatat tctttataaa gattttcttg gtttttctct gatttttcaa 2280 tcgttttaac tagtttatca caaataatct ttgatctatt ctcaccaata attcttgata 2340 attcaaattg tttattaagg ttttcttgag ttttctctaa ttgttcaatc tttttaacat 2400 gtttatcaca aataatcttt gatcgattct cacagataac ctttgattga tcatattctt 2460 tattaaggat ttcttggttc ttctctgatt gttcaatctt tttaacaagt tcatcttgga 2520 tattatgtga ttgaattaat tttgaagata gtttatcaat taatataccc atgaaatatt 2580 gatgatttac attatttaaa tgattttgta actctgatct cttcatttca actttacaac 2640 catattcata 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