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EBI DbfetchID AAFI02000115; SV 1; linear; genomic DNA; WGS; INV; 18575 BP. XX AC AAFI02000115; AAFI02000000; AAFI00000000; XX PR Project:201; XX DT 04-APR-2006 (Rel. 87, Created) DT 05-SEP-2009 (Rel. 102, Last updated, Version 8) XX DE Dictyostelium discoideum AX4 chromosome 5 DDB0232726.02, whole genome DE shotgun sequence. XX KW WGS. XX OS Dictyostelium discoideum AX4 OC Eukaryota; Amoebozoa; Mycetozoa; Dictyosteliida; Dictyostelium. XX RN [1] RP 1-18575 RX DOI; 10.1038/nature03481 RX PUBMED; 15875012. RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Glockner G., Rajandream M.A., Sucgang R., RA Berriman M., Song J., Olsen R., Szafranski K., Xu Q., Tunggal B., RA Kummerfeld S., Madera M., Konfortov B.A., Rivero F., Bankier A.T., RA Lehmann R., Hamlin N., Davies R., Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., RA Saunders D., Sodergren E., Davis P., Kerhornou A., Nie X., Hall N., RA Anjard C., Hemphill L., Bason N., Farbrother P., Desany B., Just E., RA Morio T., Rost R., Churcher C., Cooper J., Haydock S., van Driessche N., RA Cronin A., Goodhead I., Muzny D., Mourier T., Pain A., Lu M., Harper D., RA Lindsay R., Hauser H., James K., Quiles M., Madan Babu M., Saito T., RA Buchrieser C., Wardroper A., Felder M., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Oliver K., Price C., Quail M.A., RA Urushihara H., Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., RA Ma J., Kohara Y., Sharp S., Simmonds M., Spiegler S., Tivey A., Sugano S., RA White B., Walker D., Woodward J., Winckler T., Tanaka Y., Shaulsky G., RA Schleicher M., Weinstock G., Rosenthal A., Cox E.C., Chisholm R.L., RA Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., Dear P.H., RA Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT "The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum"; RL Nature 435(7038):43-57(2005). XX RN [2] RP 1-18575 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (08-OCT-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX RN [3] RP 1-18575 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (22-JAN-2008) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX RN [4] RP 1-18575 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (12-AUG-2009) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX DR EMBL-CON; CM000154. XX CC Each chromosome was individually shotgun cloned and assembled. CC Since the rDNA genes are present on extrachromosomal elements, they CC are not included within this project but are present in GenBank CC Accession Numbers AY171065-AY171067. Similarly, the mitochondrial CC DNA is not included but is present in GenBank Accession Number CC AB000109. CC In August 2009 contig AAFI02000242 was suppressed because it was a CC contaminant, and contigs AAFI02000226 and AAFI02000244 were made CC secondary to contigs AAFI02000006 and AAFI02000262, respectively. CC Assembly Name: dicty_2.7 CC Genome Coverage: 8.3x CC Sequencing Technology: Sanger CC Annotation was updated on the contigs in August 2009. XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..18575 FT /organism="Dictyostelium discoideum AX4" FT /chromosome="5" FT /strain="AX4" FT /mol_type="genomic DNA" FT /db_xref="taxon:352472" FT gene complement(<485..>1397) FT /locus_tag="DDB_G0288539" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0219354" FT /old_locus_tag="DDB_0219354" FT mRNA complement(join(<485..717,833..>1397)) FT /locus_tag="DDB_G0288539" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0219354" FT /old_locus_tag="DDB_0219354" FT /product="hypothetical protein" FT CDS complement(join(485..717,833..1397)) FT /codon_start=1 FT /locus_tag="DDB_G0288539" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0219354" FT /old_locus_tag="DDB_0219354" FT /product="hypothetical protein" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q54IT6" FT /protein_id="EAL63175.1" FT /translation="MEEEEKNNFHNDLKSQINNNNNNNNNNNNNNNNNINCKDNEILKN FT QIMKLNILFNKQSERLKQVYSSLKYNETIKKTNCERLQSLELESHQLKVEVAKKQYDIK FT KLYFQLENIENTKKPSIEQTIQLEFKIKKEFSLLDKELENYNLENQHLEQTKHQIINLI FT 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720 tatttttatt tttattattt ttattatttt taaaagttag ttttactttt tttccatttt 780 tttttatttt tttttttatt atctttattt atttttttta tttattacat acctaaaatc 840 attggatcat caaattcatt attggattga tttccaaatg aataatcaat attgttaaat 900 aaattggaaa ttaaattaat gatttgatgt ttggtttgtt ccaaatgttg attttccaaa 960 ttataatttt ccaattcttt atccaataat gaaaattctt ttttaatttt aaattccaat 1020 tgtatagttt gttcgattga tggtttttta gtgttttcaa tattttccaa ttgaaaatat 1080 aatttcttaa tatcatattg ttttttcgcc acttcaactt ttaattgatg tgattccaac 1140 tctaatgatt gtaatctttc acaatttgtt ttctttatag tttcattata ttttaaactg 1200 gaataaactt gttttaatct ttcactttgt ttattaaata atatatttaa tttcattatt 1260 tgattcttta aaatttcatt atctttacaa tttatattat tattattatt attattatta 1320 ttattattat tattattatt attatttatt tgacttttta aatcattgtg aaaattattc 1380 ttttcttctt cttccatttt cataaattaa ataattcaaa agatagagtg aataaaaaaa 1440 aataataata aaaaaaaaaa taatgtttaa aagactaata gatttaaaat tgtatttata 1500 ctcttttttt ttttattttt attttttcaa ttattaattt tttttttttt ttaattaaaa 1560 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