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EBI DbfetchID AAFI02000057; SV 1; linear; genomic DNA; WGS; INV; 198879 BP. XX AC AAFI02000057; AAFI02000000; AAFI00000000; XX PR Project:201; XX DT 04-APR-2006 (Rel. 87, Created) DT 05-SEP-2009 (Rel. 102, Last updated, Version 8) XX DE Dictyostelium discoideum AX4 chromosome 4 DDB0232591.02, whole genome DE shotgun sequence. XX KW WGS. XX OS Dictyostelium discoideum AX4 OC Eukaryota; Amoebozoa; Mycetozoa; Dictyosteliida; Dictyostelium. XX RN [1] RP 1-198879 RX DOI; 10.1038/nature03481 RX PUBMED; 15875012. RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Glockner G., Rajandream M.A., Sucgang R., RA Berriman M., Song J., Olsen R., Szafranski K., Xu Q., Tunggal B., RA Kummerfeld S., Madera M., Konfortov B.A., Rivero F., Bankier A.T., RA Lehmann R., Hamlin N., Davies R., Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., RA Saunders D., Sodergren E., Davis P., Kerhornou A., Nie X., Hall N., RA Anjard C., Hemphill L., Bason N., Farbrother P., Desany B., Just E., RA Morio T., Rost R., Churcher C., Cooper J., Haydock S., van Driessche N., RA Cronin A., Goodhead I., Muzny D., Mourier T., Pain A., Lu M., Harper D., RA Lindsay R., Hauser H., James K., Quiles M., Madan Babu M., Saito T., RA Buchrieser C., Wardroper A., Felder M., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Oliver K., Price C., Quail M.A., RA Urushihara H., Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., RA Ma J., Kohara Y., Sharp S., Simmonds M., Spiegler S., Tivey A., Sugano S., RA White B., Walker D., Woodward J., Winckler T., Tanaka Y., Shaulsky G., RA Schleicher M., Weinstock G., Rosenthal A., Cox E.C., Chisholm R.L., RA Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., Dear P.H., RA Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT "The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum"; RL Nature 435(7038):43-57(2005). XX RN [2] RP 1-198879 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (08-OCT-2004) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX RN [3] RP 1-198879 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (22-JAN-2008) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX RN [4] RP 1-198879 RG The Dictyostelium discoideum Sequencing Consortium RA Eichinger L., Pachebat J.A., Gloeckner G., Rajandream M.-A., Sucgang R., RA Song J., Cox E.C., Tunggal B., Szafranski K., Konfortov B.A., RA Farbrother P., Bankier A.T., Lehmann R., Hamlin N., Xu Q., Davies R., RA Gaudet P., Fey P., Pilcher K., Chen G., Saunders D., Sodergren E., RA Davis P., Nie X., Kerhornou A., Hemphill L., Bason N., Berriman M., RA Desany B., Churcher C., Cooper J., van Driessche N., Cronin A., RA Goodhead I., Muzny D., Hall N., Harper D., Lindsay R., Hauser H., James K., RA Quiles M., Buchrieser C., Wardroper A., Thangavelu M., Johnson D., RA Knights A., Loulseged H., Mungall K., Price C., Ma J., Quail M., RA Hernandez J., Rabbinowitsch E., Steffen D., Sanders M., Weinstock G., RA Sharp S., Just E., Shaulsky G., Simmonds M., Tivey A., White B., Walker D., RA Woodward J., Winckler T., Schleicher M., Rosenthal A., Rivero F., RA Chisholm R.L., Gibbs R., Loomis W.F., Platzer M., Kay R.R., Williams J., RA Dear P.H., Noegel A.A., Barrell B., Kuspa A.; RT ; RL Submitted (12-AUG-2009) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases. RL dictyBase, Center for Genetic Medicine, Northwestern University, 303 E RL Chicago Ave, Chicago, IL 60611, USA XX DR EMBL-CON; CM000153. XX CC Each chromosome was individually shotgun cloned and assembled. CC Since the rDNA genes are present on extrachromosomal elements, they CC are not included within this project but are present in GenBank CC Accession Numbers AY171065-AY171067. Similarly, the mitochondrial CC DNA is not included but is present in GenBank Accession Number CC AB000109. CC In August 2009 contig AAFI02000242 was suppressed because it was a CC contaminant, and contigs AAFI02000226 and AAFI02000244 were made CC secondary to contigs AAFI02000006 and AAFI02000262, respectively. CC Assembly Name: dicty_2.7 CC Genome Coverage: 8.3x CC Sequencing Technology: Sanger CC Annotation was updated on the contigs in August 2009. XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..198879 FT /organism="Dictyostelium discoideum AX4" FT /chromosome="4" FT /strain="AX4" FT /mol_type="genomic DNA" FT /db_xref="taxon:352472" FT gene <1851..>3684 FT /locus_tag="DDB_G0283855" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0218522" FT /old_locus_tag="DDB_0218522" FT mRNA join(<1851..2206,2307..3121,3212..>3684) FT /locus_tag="DDB_G0283855" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0218522" FT /old_locus_tag="DDB_0218522" FT /product="hypothetical protein" FT CDS join(1851..2206,2307..3121,3212..3684) FT /codon_start=1 FT /locus_tag="DDB_G0283855" FT /old_locus_tag="DDBDRAFT_0218522" FT /old_locus_tag="DDB_0218522" FT /product="hypothetical protein" FT /db_xref="GOA:Q54QM5" FT /db_xref="InterPro:IPR015672" FT /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:Q54QM5" FT /protein_id="EAL65542.1" FT /translation="MDTFTIEEIVKFDGGGGGISTINSNNDNIGIPSNTFEMIISTIQH FT FLDRSSSVASTIAVFVLSFILFFMFGWFYFLKILFRDYEVKKVFVQLSFSITFALSLTL FT 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taatatttgc aatgatttca aaaatagttt aagcgcatct 480 cttttttttt ttcaccattt cgatttttat ttgttttttt tttttttttt tttttttttt 540 ttctaaacat catattttct taatttatgt tcaatgaaac aatttgtttt tttttttttt 600 tattattaat ttaattaaat taattatacc attttttttt tttttttcta aagcactaat 660 accaaatttt aatcaatagc caccaatttt aatggattcc aaaattcaaa tctttttttt 720 ttttttttat tttttttttc caaaaaattt tgatttcaat taattatcga agaaaaatcc 780 caattttatt tgttattggt ttaaaatata aaaaaaagtt cggaaccaag tttattaacg 840 actaaaaaaa taaattcaag taatgggtag ataataaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 900 aaaaaaaaaa aaaaaaaaat ttttttaaac cttttccaat tttattttgg ttaaaaaaat 960 tatcccaaaa taaaaagttc cctttgggaa aaaaaaaaaa tccgggaacc ccaaaaccaa 1020 ccaaaaggtt tttttttttt taaaaaaaat ccccaaatta aaaatttaaa aaaaaaaacg 1080 gggcaaaaaa aaaaattttt ttttttttct tttatttaaa agccaatcat tcggttgtta 1140 attaaaaata ataatttagt agggcagaaa cataacccag aggatatatt ttttattttt 1200 tttatttttt tttatttttt ttattttttt ttttatacca attttcaaga atatcttgga 1260 actggaaaaa aaaaaaaaaa aataaaattc aaaaaaaaaa ttcaaaaaaa aaattcaaaa 1320 aataaaaaca atcatagcac cacttcacac agcatcaaat aaattaatta tactttttac 1380 aataaaaacc atgtagaatg acattttagt ataaaccaat taatggtgtc aaatcacccc 1440 ctttctaacg tagcaattgt ctgttcatct gcaaattcaa taaaaagcga aaataaaaaa 1500 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aataaaaata aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaatatct 1560 aaatatcaaa cgattccatt tttaatttat gataaaatag ttttataatt attattatta 1620 ttattttcat ttttttactt tttttatttt cattttattt tatttcattt tttttttttt 1680 attttatttt tacttttttt ggtctttttc ttatttccta aattattatt tttatttttt 1740 tatttttttc tatttttttt tatttttttt taattttttt aattttttta attttttttt 1800 ttttattttt ttttattttt ttatttttga aaaattttaa tatgtaataa atggacacat 1860 ttacaattga agaaatagtg aaatttgatg gtggtggtgg tggtatatca acaattaata 1920 gtaataatga caatattggt ataccaagta atacctttga aatgataata tcaactattc 1980 aacacttttt agatagatca tcatcagtag catcaacgat tgcagtattt gtattatcat 2040 ttatattatt ttttatgttt ggttggtttt atttcttaaa gatattattt agagattatg 2100 aagttaaaaa agtttttgtt caattatcat 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aatttgttat acctcttttt ttatttttta tttttgtaaa ataataatta tctttaattt 194520 ttatttttaa aaatttcttt ttttattcaa ataaaggtgg tgctgagcaa tcaatagtca 194580 ttccttcagc aacttgtaaa tagtagcaat accattgagc tgcaaattga tgatttatca 194640 taattcttct acctgcaata ctataatccc attccattgc ttctttaaat gaataaccta 194700 aatatttcat ggcatatgaa gcaaatacct ctccagttct atcacaacca cattcactat 194760 ttatttatta ttattaataa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaagtta attattttta 194820 ttattattat tattattatt attataatta ttaaataaat atttttacat accaatgaat 194880 atataaaact aaaggtaaat cattttcaga atttaaaata ttacggtaga atgggattct 194940 atatggtaaa ttgtcatgtt gccagtctga taaatttaaa gcccaacttt taacatcatg 195000 ttcaggtaaa aagtttggat cccaaagatc gcccaaagta acatttgtac caaattcacc 195060 aaattgtgga tttgcattaa agaaagtttg ctccaattca atatctgact cttcatcttt 195120 taatccatag ataagtttga tatcgacaat aataaattga ggtggtaatt tgacacctgt 195180 tgttaatgaa ttgtttacca tacattttat taattcttca tatgcaaagt aattttcacc 195240 attaactaat atttttggct cgttacctct gaagatataa 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