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EMBL-EBI Web 服务

简介

EMBL-EBI 通过Web服务技术提供生物信息数据和分析工具的编程式访问。

Web服务是一种集成和交互操作技术,确保不同客户端和服务端软件的协同工作。该技术建立在以下开放的标准:

  • REST (Representational state transfer): 表述性状态转移式软件架构风格。
  • SOAP (Simple Object Access Protocol): 简单对象访问协议, 一种基于XML的可扩展消息信封格式的数据交换协议。
  • WSDL (Web Services Description Language): 一个XML格式文档,用以描述Web服务端口访问方式和使用协议的细节。

请同时参考Web服务技术简介与程序式访问教程.

提交指引(重要)

  • 为保证大多数用户能同时使用我们的Web服务,我们实施了公平共享政策。
  • 该政策允许用户每次提交不超过30条的工作请求,并要求用户在获取前30条结果后再提交后续工作请求。
  • 我们有可能屏蔽一次性提交过多工作请求的用户, 这很可能影响到该用户所在单位(整个网络或其B/C类子网络)对EMBL-EBI Web服务的使用。
  • 请用户提交真实的电子邮件地址。 如果你使用了假邮件地址,我们将无法与你取得联系,这很可能导致: a)你提交工作请求的终止; b)你或所在单位的IP地址被列入屏蔽的黑名单。

Web 服务列表

查看所有Web服务,请参考全部 Web 服务列表

蛋白功能分析- Protein Functional Analysis (PFA)

REST 服务 SOAP 服务 简述
InterProScan 5 (REST) InterProScan 5 (SOAP) InterProScan 5: 一种整合多种不同蛋白指纹识别的软件
Phobius (REST) Phobius (SOAP) Phobius:跨膜蛋白拓扑结构和氨基酸信号肽的预测

序列检索 - Sequence Similarity Search (SSS)

利用序列相似性来识别可能的同源序列

REST 服务 SOAP 服务 简述
FASTA (REST) FASTA (SOAP) FASTA软件包:快速蛋白和核酸序列检索。包括 Smith-Waterman算法的局部-局部排比检索(SSEARCH), 全局-局部排比检索(GLSEARCH) 和全局-全局排比检索 (GGSEARCH)
FASTM (REST) FASTM (SOAP) 多肽片段检索工具。包括FASTF, FASTM 和 FASTS (包含在FASTA软件包)
NCBI BLAST (REST) NCBI BLAST (SOAP) NCBI BLAST :蛋白和核酸序列检索
PSI-BLAST (REST) PSI-BLAST (SOAP) 位置相关迭代BLAST (PSI-BLAST),引导模式
PSI-Search (REST) PSI-Search (SOAP) 位置相关迭代SSEARCH ( Smith –Waterman 算法的 PSI-BLAST 策略应用 )
WU-BLAST (REST) WU-BLAST (SOAP) WU-BLAST :蛋白和核酸序列检索

多序列排比- Multiple Sequence Alignment (MSA)

蛋白与核酸的多序列排比

REST 服务 SOAP 服务 简述
Clustal Omega (REST) Clustal Omega (SOAP) Clustal Omega: 快速、大规模的蛋白、 DNA和RNA多序列排比
Kalign (REST) Kalign (SOAP) Kalign:快速精确多序列排比;可处理大量序列
MAFFT (REST) MAFFT (SOAP) MAFFT:快速精确多序列排比;可处理大量序列
MUSCLE (REST) MUSCLE (SOAP) MUSCLE : 利用Log-Expectation方法的多序列排比.
PRANK (REST) PRANK (SOAP) PRANK: 多序列排比
T-Coffee (REST) T-Coffee (SOAP) T-Coffee: 多序列排比

帮助

 
about/zh.txt · Last modified: 2013/10/23 14:41 by wli
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