Dbfetch
ID FP015916; SV 6; linear; genomic DNA; STD; VRT; 106178 BP. XX AC FP015916; XX DT 16-OCT-2008 (Rel. 97, Created) DT 24-JAN-2013 (Rel. 115, Last updated, Version 7) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH73-170I24 in linkage group 2 XX KW GAP_CLOSURE; HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-106178 RG Genome Reference Consortium RA Kerry G.; RT ; RL Submitted (22-JAN-2013) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: grc-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; aac8e2b067916d696322b3d5ace06030. DR ENA-CON; KN147465. DR ENA-CON; KZ115043. DR ENA-CON; KZ115780. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000075445; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000108530; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; FP015916.6:1-106178; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000113111; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000179614; danio_rerio. DR GOA; B0R027. DR GOA; B0R028. DR InterPro; IPR000243; Pept_T1A_subB. DR InterPro; IPR001353; Proteasome_sua/b. DR InterPro; IPR016050; Proteasome_bsu_CS. DR InterPro; IPR023333; Proteasome_suB-type. DR InterPro; IPR029055; Ntn_hydrolases_N. DR InterPro; IPR034385; Proteasome_beta11. DR InterPro; IPR037558; Proteasome_beta_5. DR UniProtKB/TrEMBL; B0R027; B0R027_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; B0R028; B0R028_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-990415-215; psmb5. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: grc-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. Where CC this is found the longest good quality representation will be submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of a CC tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible to CC anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH73-170I24 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..106178 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="2" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-73" FT /clone="CH73-170I24" FT /db_xref="taxon:7955" FT misc_feature 92484..92792 FT /note="Sequence from uni-directional dGTP big dye FT terminator reads only." XX SQ Sequence 106178 BP; 33174 A; 19141 C; 19072 G; 34791 T; 0 other; gaattcctgc gctctgtggt caactcggag tcagtctcaa tccagggtga cagctttccc 60 acgataagag tgttccaatc taatgaagaa taaatgaaca ttatattatt acacagatat 120 aatcacaatg tctaagtgtg tgtaattctg taaatgcaat tataggcaat catggaaaaa 180 gaaatgaaga acaagtcagt tatccaatgt atccaaaaga aacttaatga ggaagtgaca 240 ttaaaggggt cttatcataa gatctttaat catttattta gacctctaag gattgcttaa 300 aaggttttag aggcaaaaat agtcttgatt tgggtttcat aagcattctc cagcttcctt 360 ctgaccctta aaatttaata gatctttttt atatctctct tttgaacttt aaatatgact 420 ttacctttaa tccttctggg ctcaggatga ataatatcct tgcattttgc atttcaaatt 480 aacttgccat cacagtgtgg ggtactgaat agtttttagt gatgtgtaaa gcaacagtct 540 tagacctatg ttagtataca caattacacg tatgttaata tacacataca gaataaaaaa 600 atacaaacaa aaaaacacaa cattcattta gagcatgcac aaatacatac ttcgacacat 660 gcaatagaaa gattcatcct tctccagcgt ctgcaccttt tctcttcaaa agtaatgaaa 720 aacatctttc tacttattta aatacagcct tcgatagttt gttgttctag ttacttttgt 780 ttacacagtt ggtgcattcc aaacgggata tacaacccac aatcatggcc accacattaa 840 agtgtacttc caaaatgaag agctcaaaac tggccacttt gaaggggcct tcagattgaa 900 ggattttaaa tgctacaact gatggacact gatgcccgca cagggaagtt gtttggtgtt 960 gaacagcaca tttcattcag aaaggatcat ctctatgctc taatcccttc gaagctgtca 1020 ctccgtgggg taaagcctat aggcataggt atagtaaagg ctcatccaat gaaggcatac 1080 ggttaagcct atgccgagtt tggaacacgc atgtttgtaa gaatggctca tttcagtatt 1140 gactccttgt ggacaaacta atctgtgcaa aaacaattaa aagcttaaag tcatgaaaat 1200 tggccagtta gcatacagta ttagcatact cttctaatgg caaaattcaa gttgtgtaca 1260 gtctacaatt aggctgcaca atatattgtt aagttataat tttctcgata acagtatata 1320 catttgcgca tcacagacat gtacgattaa ttacttttat gcattggttg tttatctaaa 1380 tatagggctt gaaattaaca tctttacttg gtagcactgg tgcacttact aaaaatgtgg 1440 tcacaccagc caaaatgtag tctcatccac caagaattat gtgcagcatt actacaagtt 1500 tcatattaac aaatttgcat ttgaaattat ccttacgatc aaatgaagga ttaaatagaa 1560 cacttaaaat gtgtagattc agtggcaaac actatgactt gttatagtta tccactcttc 1620 atgtgtatca ttaatcagct gtgtcattat ttgtaacttt aggtggtttc taaacaaaat 1680 ctgtcaatat actttttatt ctttcatctt cagcgtttta catattcgcg actgtatctc 1740 tccgtcaccc gaaagcagag agcattgact gaatgattga cagctgatat taaccaatcc 1800 attcacattc atttctagag cttgaagaaa tgaagggcaa gctatgcggg gtttgtttac 1860 tgtagaaagt tgacatgacg actgttttaa atttatacta ctaggcaagg gacgataaca 1920 gtttgcaagg tataccgggg tttagaacag tcaaggtttt aaaaccgtca aaatattttt 1980 ataccgtttc aatgatgtaa ataagactta acgttttacg ttttgtatct acagcagaaa 2040 agatatccaa agatgccatt tcaaatagta aagaaatcag tgtttttgaa accaatgaag 2100 agagcagatg tcaataattc atttgaatta tatagcctga catgtttact gcttttagtt 2160 tttacccaga catttaaaaa taacttattt tagagcagta atcacagcac cgtcaaaccg 2220 tgatattttt atccaaggtt atcataccgt cagaatctta taccggccca tgcctacatg 2280 tggacgcata gccctcgcca tggccgtcga cgatgctgct gtgcaccttt taaaaaaatt 2340 taaccacacg tcccaacgac acgtagcgca agttctgtaa ctggtcggct tggtagtgct 2400 gaagagtgag agcagaggtg agagccacgc aagcctgttg aagcgagtgt ttacaagtgt 2460 ggagtaccat gaaggttgtc atgtgtttag ggtcaaggct gtttgtgttt accttattat 2520 taaagttgtt acatgtccgc tgattccagc cttaaaatga gcgagtttgg ctattcatga 2580 gtatacgggc agccgcattt tagaccattt gaagtctaga aatagaaagt gagggtagac 2640 caatatataa agaataaaaa taatctaatt gcttggaaat gcaggcatgg atacccgttt 2700 cctaaaatat ctgctttggg ttttactcgc agtgttttaa aggctaaaac aggctctgca 2760 ccttgacatg tttttttttc ctgaattaaa atttattaca tcttaataaa ctatttacct 2820 ggttatttta atatcactaa acaaacaaat gattacaaac ataaccaata taaatggcat 2880 ttttaaggta aatgttatat cgtaagaaat attgttatcg caaaacaaca tcccatattg 2940 catatttccc cagaatagtc cagccctagc attcagtacc ttgtgtataa gctaaaactt 3000 gaaattgata ctttaacttt gacatttgtt ttaaaatctg atgttttgca gcttaggttt 3060 taaaaagtac agtatggttt tatagtatat cactttaaat ttatactata gaaccacttc 3120 aagagcctta aaaaccttat gaaaaaaaga ttttttcgca actgactcca ttttaagtgt 3180 gaatattcag atgcagaaaa gagtttgtat aaaatctcac ctctaccaca cagcagcagg 3240 tcagatcgtg tttgggctcc aggacgtgac tttgcagggt ccagttcatt ttcccttcga 3300 aaccgcgggt ggaacagcgg catacacagg aaatcaaagc tgtaggacag aattacatgc 3360 attaacacaa gcaggctaga tattgagtat attcactttt attatagtaa atcagctaaa 3420 aatttctaat ttcatcaaac aggacaggtc ttggaatttt ggtcttggaa tttatgtatg 3480 tatgtccctt caatttataa tcatttcata gtttttttaa cctaaaaaca tcctgcttag 3540 tttaattaca agacagaaag ctcaaattac ttgtttataa tacagtgatt ttaaatgtat 3600 tcagctgtca agtgatcagc cattaaaagc tactcaatcc catcagaaaa tggggtcaaa 3660 cctattaaga tgttgctgct agcatctcca acgaccctca gcattaaaaa gcaaccagta 3720 atgtttctaa cacgattatt gtgctaaaat gtatatttca tgtacaatag gaatgaatga 3780 gttcattcaa aatctattaa atataattag acggcgccaa aatatttttt aaaaaccttt 3840 ctagagttgt tgcaaaggct tcaaaacaaa gccatgttaa attttccaaa actgctacac 3900 acccatgttc attacaagta gatctgaaaa agccgctatt agctagcaaa gctcatgtgc 3960 atcacgtgcg gcgacctagc cgggccaact tcaaactgaa cacacttgac ttcatttaag 4020 aataacaccg aaatatcatt cagttgctgc gcatacagct cgctttgctt accctaattt 4080 ggcgaccgca gcgagggtat ccgccacttc aggaacacaa ctcaaatctc tcccgcagga 4140 gaccctgcta cctgcactgc cggacgccat cgttaggaga cgagatggga gggaaaacta 4200 aacagaaaca gaactatgga gaaactgaag tcatgttggc tcaattcaag agcgcaggaa 4260 ctctaggaga caagcgggtg aggatccaaa atggcgtttg ctcgtgaggc agtttctgtt 4320 tctgttgagt ctctcgcgag atttcacaac gaggtcagac tgtggggccg gcagggcaga 4380 cgtgatgctg cagactagaa agagaatcca cgcgctctct gagacgaact ttaatttgtt 4440 ccagtaattt taggggaacg tttaattagt tttaaaggat tgcgtcgttt atgtaataat 4500 cagcttgttt ttatactaca ggattaatta ttataaactc agcagcgata accacgtcaa 4560 cgagttattt taattaaact gtgcactgca tatttccaga ttaaacccgt ggcaaatgga 4620 tttgcgctgg attttttaca aagaaaagaa tatctgtggg ctttactatt gcctgaagtg 4680 gaatagcact cctaaacagc ctgaaccagt tccttccctt ggatcttttc acccaatatc 4740 atttattcat tttcttttca gtttagtccc tttattaatc cagggtcacc acagcggaat 4800 gaatcgccaa cttatcaagc acgcggatgc ccttctagct gcaacaactc atctctggga 4860 aacattcaca cacactcatt ttcacacata caatacggac aatttagcct ccacaattca 4920 cctgtaccgc atgtctttgg actgtggggg aaacaggagc acccggagga aatccacgcg 4980 aatgaaggga gaacatgcaa actccacaca gaaacgccaa ctgacacagc tgaggctcga 5040 accagcgacc ttgctgtgag gcgacagcac cacatattgc gccactgcgt caccccctat 5100 gttagttatg tatgatagct cttgcgttca atgttgtgtt aatatttata aatatgttga 5160 ttcatgtagc atggtggtcc tgcgagacat agcaggactt ttactgtaca tgtgtagcgg 5220 aatgacaata aagctcaact tgactagtgt tgtacatgac actttttcaa tttcctcata 5280 cattttttat atacttttaa cctttttttc tctttcagac aaaaacttat aatgccattt 5340 tttagcagtc gcatctgttt tggaacaaat tttattctta tggataaatc ccttgagatg 5400 tgacgtctca tttccaaggg ggtcccaaat aaagtattga gtgttttatc ccagatagca 5460 ggcagtaatc ggcccgagct cggctgccct ccggcgcctc cggctccgac tcggcatcgg 5520 cgagtgttat ccgggccgag tgcgggccgc agctcgctcg cgcacatgcg gttgtgatgc 5580 ggctgtaaag cactggcccg attccggtca accatatccg gcccgagtct gtctgtagag 5640 tccgggccgc ttctggcaag gactcggctg atggcaactg attaagttct tattttatct 5700 agtaatctgt tagctccacg tttaatgata atttgagaaa atattcatgg tacgatagca 5760 aaaaaaaaaa aaaaaaagaa tatttagcgt ggatggtcgc aatgtttaga cgcaaacaaa 5820 acaatattat ttataaatag attatacatg tcatctagag aaaaactatg taaaatttgc 5880 tcatttttga gatagcacgc tcctgtgctg actgtttttt ttttaaagca gaagttggtt 5940 tcataataaa cacatgcgtt actaaattcc tgatccaaac tccaatccag acggtggcgg 6000 taatgctcca aaaagctggt tgtcaaccac catggcacga agatcacaag aagaaaaagt 6060 ttggtttttc aaagactcac gtggattccg gtcagaaagg taagcttttt actgtttgtg 6120 tactgtataa ttagcgaatt tagagcttaa aacatttcca cggtgtttgg ttgtaacagc 6180 gtttagtact ttaaaacagt ttgatacgaa atgtaacttg ctttaagaaa cacgactgga 6240 gctaatgtat gctaacgtta acagttacaa acacgtctga aagttccttt tccttttaca 6300 caatgttaga ttgtaacgtg tgtagtacct gaaaactatt ttaattattt taaagaaaca 6360 tgaaacgaat ttgtgtgtat gctaactttg cgttaaagaa agtttctgta gacgaatcca 6420 ttaactaact tggcaaaacg tgttttttcc tgatttaaca ttataaagta ccgtggatgt 6480 tgaaaaaatc attgtacagg cgtatactta tccaacagta ttaattctgt gattatgtgt 6540 aaataaaaac taatcgtttt ggattaataa aatattgttt atcttgttta tgcagttagt 6600 cacgaaaaat gatcgaaact cgactgttta ctattctctt taaattatcc aagagaaata 6660 tattactatg cactttaatt catatttttt agcctatgtg aatcaattat atcttttgtt 6720 caagctgtaa tggtcagtta atgtaaaact gaacgtctta aagcagattt tgatgttttt 6780 ttatgttatt gacagtgata aattctgatt taaatgaatg ggtaacaata tttgttggtt 6840 aagtcttatt gttcttgttt aacaaaggtt agtgagatca ttttgcagca catcacgacc 6900 aaagaagtca atggcacact cttttgaacg tgaataggca tgttatagtt gtgtgctaaa 6960 agtccattat aagctgtaaa ctgctgatat attttcaaca tagattgagc ttttcagaca 7020 ttacattact aattgcttca caaacagctg aaatggttta ttgttattgg ctatcatcaa 7080 acatttttca caatggtagg ttaatcttca tgggtacaga ataatgcatg tgcttgacaa 7140 tcttacaaat ctatgtctca gattcataag gctgtcactc tgcatgaatc tccgaataaa 7200 tcttgtgcaa ccttttgtgc actgattatt tacactatag gtattatatg cattaattaa 7260 ctttgatagt atttcaggat ttgaactttt ctttacggga ggttaacaac aatgtgatgt 7320 tttattatag atgcatatga ggaagctcga ctcaaacatc cacacgcaac tgtgatttct 7380 gactggtaga cagatgagga tgatgatcgc ctgtcataca tctaaagaca gaacaggttt 7440 gtttgcaatt attttaaaca catactgtca acattatgtc attgatctat tacaacctgt 7500 gagttttgcc ctggcactat actaaagtga tgttttgttt tgtaaatgta tctgatcaag 7560 ggacagtata gacacatcta taccgtgatg aagaaaaatt atttggaaca aagaggctgg 7620 ataaaaggca ggtttgaaga tttcagaaat caatgcagca ccacaagtac catcaccatc 7680 aatgactatg ttagaaatct taagaccacc atcaagatgc acagatactg tacattccag 7740 tacaccaggc gtgtccaaac tacggcccgc gaggcttttt ataaatatca atagaatctg 7800 gcccgctata caaaaatgaa cgtaattcaa taaataacca ccgggtgtcg ctattacatg 7860 cattcaatta agcagcagtt cttgttatga tctgtctgtc tgtctgtctg tctgtctaca 7920 cacagttgaa gtctgaatta ttagcccctc attgatttat ttcttctttt ttaaatattt 7980 cccaaatgat gtttaacaga gcaagaacat ttttacagta tgtctgataa tatttttttc 8040 ttttggagaa agacttatgt tttatttcgg ctagaataaa aagcggttaa tttttttatg 8100 aaccatttta aggtcagaat tattagcccc ttaagtcttc agaacaaacc attgttataa 8160 aataacttgc ctaattacct taacttgact agttaacttg attaacctag ttaagccttt 8220 aaatgtcact ttaagctgta tagaagtgtc ttaaaaatat ctagtcaaat attatttact 8280 gtcatcatgg caaagataaa ataaatcagt tattagaaat gagttactaa aactaatatg 8340 tttagaaatg tgtggaaaaa aatgtttaac tctccgttaa atagaaattg gggaaaaaaa 8400 taaacggtgg ctaataattt aggggggcta acaattctga cttcaactgt atttatatat 8460 atatatatac acacacacac acgtgtctgt gtgatgtatt taaaatttgg cccgcaacaa 8520 cgtttgtttt tttgcatctg gccctcggcc caaaaagttt ggacactcct gcagtacacc 8580 tatgaacatt tacagtcttt gttctagtgc agtttgagat caagacagaa cttattgcat 8640 ctcgtgatgt ctttgtaaga attgaagaca tcactaaatt tgttaaggtt taatgcagct 8700 agaaagtaaa gatcaactag agaatatcag cagtgtctaa cccactgatg tatttacaga 8760 ggttgtatga gaataagcta caggttgatt tatgctaatc tgttattttt cttttttagc 8820 acgactgact gaagttttaa aatcatgcaa cgtcataaag cagcagctgg gcctgattct 8880 cacaaagcca aaacagacgt gatgaaattc cagatgtaaa cacatttgac cgtcctttgg 8940 ccaatttgat ttggaaaagc ttgaaaatca actaaaggag cagcccgaac aaatgaagaa 9000 actggtaagt tcaagctctt gctaatttca aagtgtttta agtttatttg ttttttttat 9060 tgtttttttt tttttgcttc gtaggtagcc tacttttttc ctaatttttt ctttttttat 9120 acattagtac ttcttcacta ctaattatct gtttatcttt taatcacaga tggagtgagg 9180 acaaatgtcc ataccacgcc actgataaag aagtggaaaa atgcattaca aggtagctac 9240 aacttgcccc tgacaggggt ggaggaagaa agaagagaaa gctaatgtgt caaatgtcta 9300 aatcactatt ttgttttatt ttttaaacaa cattttaagt gtattaggat gttccctgat 9360 acttgaacaa tttgtttctt tcatttgcat ttatatatat atatatatat gtatatgtgt 9420 atatatatat gtgtgtgtgt gtgtatatat gtatgtatgt atgtatgtat gtatgtatgt 9480 atgtgtgtgc gccaaattat gaagaaacat cttgatacat ttttaataaa cgtaatacaa 9540 ataaaattat aaatataaaa ttgcacaaga cgtgtatata tatgaaatgt ataatcatct 9600 cactcatgtc ttgctgtttg tgcaattgat tttgttcaag tttatttaaa aataagtttg 9660 actttatact tctgcaatta tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata 9720 tatatatatt tttttttttt tttttttttt attattttaa tgttttatta aaaaatgttt 9780 caagatgttt cttcagaatt ctgcagtact tttcacaagt ttgacttgga tattttacgg 9840 attgtcattg gtatttttaa gatgtttctt gctatttctt aaattggttt ctatatttag 9900 gtttatataa aatttagctg tttttttaca aatttttaat tcaagtctat tgggaaaaca 9960 gggttgtttt aaaaacatct gtgtttgtgt gtaattttta gattttttgt ttaaatcttt 10020 ctgtgtgtct ttattgtgtt gttttattgt tgtttttata ttgatattct tgtgcactac 10080 aaattattta taaaatttta gtactatttt tttcttgcaa tcaataaacg tttaacattt 10140 attaattttg tcatttgtct gattattttc gttacagaat atgtatgcag tttgcacttt 10200 attcaaaggt taaacgcagt gcttacactt tgtgtttaca ttatagcctg tgtttgctgt 10260 tatataaata aactaatacc atatatcaag taccaatgta ataccaaaag gttttataag 10320 gtgtataaat acggagtcgc gccagctccg ggccgcagcg cacattaccc tcgcgccgat 10380 tccggcgcgg atgcgcagcg tcggctcgct tacggccgcc gcatctggcc cgcttgattc 10440 gggccggaat cgggcagtga gtccacagtc atccggcccg agtccggcag ccgaagttgg 10500 gccgaggggt aagtctccgg caggcgacaa tctagccgga actggcccga gtgtattttg 10560 ctatctggga taaaagatag taggcctaca tgagtttaag aaaagtctgg gatgcacccc 10620 atttaaacgg cacctgcgct aaaaatcacc ttttggaagc tgtttggtgt aggtataatg 10680 tgtccagtca tattggggtg atataaacac aataagtctt tttttatttt ttatttccag 10740 acgttaaaat aagatccaaa tccctcccat tttgaggccc acctcaacgt gacataggag 10800 tgcggtttcc ctgcccacca aattgactga caaccacatt tgaacatgtc tccgtagtaa 10860 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