Dbfetch
ID CT573294; SV 7; linear; genomic DNA; STD; VRT; 151457 BP. XX AC CT573294; XX DT 25-JAN-2006 (Rel. 86, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 9) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-206F22 in linkage group 1 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-151457 RA Auger K.; RT ; RL Submitted (18-MAY-2007) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 2a89f213225f89b8e0c88b7df441d88a. DR ENA-CON; KZ115720. DR ENA-CON; CT991305. DR BioSample; SAMEA3146246. DR Ensembl-Scaffolds; CT573294.7:1-151457; danio_rerio. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC DKEY-206F22 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..151457 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="1" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-206F22" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 151457 BP; 46524 A; 28015 C; 28509 G; 48409 T; 0 other; aagctttcca ttacaggtca tcatctagag ctatttgtct gactcagatg tgtttttttc 60 atccggcatt gtagtggaca cgggttgttc cgcagtgctg acagtgtttg ctcttccggt 120 ctgcatcttt gttttgtttt gctttgtgat tcagtcccat tcgtcctctt cccagcttgc 180 actggtgcat gaagaatctt tgttgcattg tttaaacatt tccctttttt gtgtgtgtgc 240 agtttcagtt gttgatttgt cgagtaactt gttgcatgtg atgaatattc atgtcagttc 300 tgtgtaaatt atttttgtaa aagtgaatta tttaaaccag aggttctcaa acttttttca 360 ccaagtacca cctcaaaaaa aaaaaaagta ccaccaaaat gaccagtatt caaataaagt 420 aagccaaatt aagcagctac agcactgcac agttctaaaa cgaggcatat tcatgtttgt 480 acaatttgac aacttgacca cgtgactcgc ggagtggcat tctgaaaagt taagatgttt 540 tcaactgggc acgcctggaa tatgcaagtt tgcctgcagt ttctactaat tttgctagcc 600 tgtgggttaa attttgatgc tcaagtgact gagaggtaac tagagaatac agtaattttt 660 ctaaatgaaa gatttttcaa aataaattat tagggatgta acggtatcag aatttcacgg 720 tacggtaata cctcggtatg aatgtcacgg tacggtattt attgaataat ttacaggaaa 780 aaacaaaact tttgaaaata ctccaaaaaa gtgccaaaag tgtcaatgac atacaaatta 840 gccatctatc tgtaagcttt gaaacaggaa cttcaatttt aataacaaaa aattattaaa 900 ccatgtaaaa aaataaagtt tcaatttagt attgttgaaa actcatcaca ttcaacattt 960 aatcacactc agcccatcta cccagatgag agctctgcta gtcggacttc tcatcaagca 1020 tctcccgctg gatctaatct cactatattt attaaacggg atatttcatt tatcttgttg 1080 tctttatcta acgacatatt ccctgacttt gggcattgga atctattact tgttctcagg 1140 taacgtgttt tggctgagcg caaagataag ttaatgatta atgtaaccac gtacattctg 1200 tatattgact gatcgcttgc ctttatttcc tataatgtaa aaacttattg tatgttatac 1260 ttttaaaatg gccattatcg attcttaaaa ctgatactca gcaaaagaga ggctgtgttt 1320 cgtattttca ctgaaattga aaggaggcag ttgttatctg ctccgttttg ttataaatat 1380 ccacacagtg aagatggcgc tcatatatgc agcacgacgc ctcaacatgt ctgctgtctg 1440 agttgctaat attaaaatga aaataggcag ttccttaaat catgtttaca ttttattgtt 1500 gagaaagtga aacaacgaag ccagggtgat gtgaatgaag ttataaagta cactgttccc 1560 tttgaagatt tacccgtgtc ctcggtataa tctgcttttc catatcaaac tgagaagaag 1620 agactgcagc cttgatcaaa cttgcgaagt ctgaacttac acggagataa tgcaggactg 1680 aactgtgcgt gtaaagcagg tcgcacacca gaagcgacgc tcggcggcgc gccgcgcagc 1740 gccacgtatt ttagaattct aatcataggt ttctatcagg atacacacac cggcgccgca 1800 agtcggcggc tgtcggcggc gcccggcgac ggctcaggac gcagttcatt tttcagccgc 1860 gccacagagc gccatctgat tagtttcatg ttaaatatca ttcgaatgtg cgcgtctggt 1920 gtgcgatact ttaatctgtc atgtacgcgc cgtttcgcgg cgcttctggt gtgcgacctg 1980 ctttagagtt ttccagctct tttcatcccc gcttctagca gcacactcca tttccgcatt 2040 actggatctg tagcaacaac agaccgcaag ggatgatggt caagcatggg ctgatggcaa 2100 ttgtagtttt cgttacctcc cgttcgcttc attcgcctga gcaaaatttc tcagaagacc 2160 tatagtttta ccgagtcatg cgacttcggt aatatcgaaa aaaattaata ttgcggtatg 2220 acggtattta caataccgtt acatccctat aaattatcga tcagactcag ataataaata 2280 aaacgtaaat aattaaaaaa attttcccag tactaattga tctatagacc ggtgctggtc 2340 tgtggcacga ggcttgggga ccactgcttt agcgtgtatc tgctctgcaa gcgccacgca 2400 cctctttcta tagttctgca tttttggttt gattttcagc agctgatgat gcgatacact 2460 aaacatttta agcacagtgt gttgatcgaa ggctttaggg aacagccaat gctgatcaca 2520 acggtgttat cgagcacatc aaatgattaa aattgcatta attttttctt tcattactcg 2580 gtgatttctc cgcgtaccac tagaagtaag ccagctagtg gtacatgtac cacagtttga 2640 gaaccactga tttaaaccat ttaaatgatg gaaactgtat gcaccgactt ctttaattag 2700 atgtgaatgt aatatttttt agactaactt ccatgggcat tgcttggcct ttttctactc 2760 agccctccta aaacttttgc gattagctca taaactgtac actaacttat cgcctcagtc 2820 ccctttataa ttgatatgag aatgagcgag agaataaggt gtgtgtttat tgctgaattg 2880 ttgtaatatc tgcttatttg cagttctttg ctatagaaac acttgtgtca cttgtacccc 2940 aatgtcatag aggagcaatt gggtttccta tctactgtcc catctactgt acgttcacct 3000 cataatcaca gctgtttcct ccagcaaaaa aatgtaactc ttaacgaaca tttatctgtt 3060 tttacttact acgaatgtag aaacattgca gtgcatgtgg cattaattat atagcttaca 3120 gtcgtacaca gtaaggatta aacacagtga cagaaccact tagtaaatgt actgatttga 3180 actgttagag tcacggacag agatggaaac atcatgtgtt gtcttgtatt aaaaacatat 3240 ttattattta ttattatgat tcagatcgtg aaatatgtga attagtttgt aggtttaaaa 3300 atatatactt acatttatgc caattaattg accatttcat tatgccgtat tataaataaa 3360 actgcatttt tttcttaata atattaataa taataataat aataataata attaattcat 3420 tcattttctt gtcggcttag tccctttatt aatccggggt caccacagcg gaatgaaccg 3480 ccagcttatc cagcaagttt ttacgcaggg agaacatgca aacttcacac agaaatgcca 3540 actgagcaga ggctcgaacc agcgaccatg ttgctgtgag gtgacagcac tacctactgc 3600 gccactgctt cacccaataa taataataat aataacaata ataataataa taataataat 3660 aataataatt attattatta ttattattat tattattatt attattatta ttattattaa 3720 ttagaaaaaa ggaagtttta tttatttaat acatggaaac aaaaatgtac ttgaatgtag 3780 aaaatggtgt ttgtactaca gtaaacaggt gtgttgagcc cgtttgactc attcagaact 3840 caaatggctg tgcccgccta tacagtacag tggaatactg ctagtttagc ttacaaccct 3900 accatattag acacatttct aaattatgac ttataaatgt aatacgaagc ttataataag 3960 cctataatgt ctaatttttt aaccctataa agagctcaac cctcttaaaa tgaaaatcct 4020 aaaattgccc ctgctgactt cttttgcttg tatattaata ttaaatgtct gaaaacattc 4080 aatattttat ttattgccat tgttttgcaa acaaattctc taaataataa gattctattt 4140 ttttgtttgt tttgtttaat tttgaagaca tattattagt agtttattta aggtttcaac 4200 atttgctgga aatttctgga aaccttccag ttaaacttta tttgggattt attccactgg 4260 aattaactgg aacatttaat tgaaatggtt caaaagagtt ttactcatac ccatcaatat 4320 gatggacacc ttttattaaa ttttaatcta cttcagatga tgactataac actcagaatc 4380 tgcgtgcgca gaaatctgca gatttttagc ccataattaa gtctgtgtat ttacttgtgt 4440 aaatgtgtgt acatttatat ttattcagtt tttaagttaa tttcactttt agtattgcca 4500 tataataata gtagtattaa aatgttcata tgatttaatt acagtacagt ttgtacagta 4560 atatgttctg tcttttagta gatttattaa atgcgagact tgatttgttt actaaataaa 4620 tggctctaat ttgatttgca tcgtaaacat tatattaaat aaaaaaaaat attctttttt 4680 agttcatata ataagttttt agttgtgatt ttcctaaaat cattctgcat aaatccgctg 4740 attttttact aattttctgc agaaatagcc aaaaatgttg gcagattctg tctggcccta 4800 gctataaccg tatctattct ctatacattc attcattcat tttctttttg gcttagtccg 4860 tttattaatc aggggtcgcc acagtggaat gaatcgccaa cttatccagc atacgtttaa 4920 cgcagcagat gtccttacag ttgcaaccca tcactggaaa tcacccatac actctcattc 4980 acacacatac actacacata atttaactta cccaattcac ctattccgca tgtctttaga 5040 ctgtgggtga aaccggagca ctcggaggaa acccacgcca acacggtgag aacatgcaaa 5100 ctccacacag aaatgccaac tggccctgcc ggaactcgaa ccagcaacct tgttgccgtg 5160 aggcgacagc gctacccact cgcccatata cagtataata agagtcaaaa gtttggacag 5220 tttaaaataa aaaaaaaggt tttaaaagaa atctcttatg tttatcatta acatagacat 5280 tttactgaaa ttgctttaaa tgtggttgtg gtggttttaa cccagattat tcttcagtgt 5340 ttattttaag ctattttgat taggtttgca gttatatgtt aatctgcatg tttttaagct 5400 cccagtttat tccttgttaa ttcctatatt ttcctattaa ttctaatata ttgccaataa 5460 ttcccatgga aagttttaca caactgaaca tttcacttaa aaaatattac tttaaaatgg 5520 attcctaatc atttatttcc agagctgttt gtatgtaata aagaagaaat gatctaagcc 5580 atgctcattt atgcatttat acagagccaa aaaatgttgg ttccctttcg agaaagagca 5640 gctaaaagca cacagattag cttacaagag agagtttcag tttcttcttt tccacattct 5700 accacataac actttatctt tgtcttggct tttttttttt ctccactgga aagttggaaa 5760 ataaaaaatg accctttgga cttgtagata aaatgaaaag tcccttttaa ggaatcttct 5820 gccttgagtt tgagccagcg aatctttctc tctgctgtaa atgcgccgct gcagaggctg 5880 caaagttcat cttttagcct ttagttcaaa gacgcttcag cgttcaagtt tataagacaa 5940 cagggcactt ttttcatgtc ccggccccgg aaggctcagc gtgaatcctt gacagattcc 6000 tgctggatgt gcgcagcatg tgagcttatt cacagttcct caaatcaagt gcggcttcaa 6060 gtctttacag ttttaggtta cagttgccgg cgtatcgttg cataaaaaca gtagcgttta 6120 aaatcatgcc cagagcacac aaatacaact tctttctcaa acccagcagt gcatattatt 6180 aaaatgtaaa ttccttcctt ggaggatgtt gtcttaccaa agcagcttgc aagaaagatc 6240 tattattcgg ctgtattgat tccttcagga aacacaatga atgcgtgcac ggaaaaataa 6300 aagcatgcta tcaggacaaa tgtaatggca ttaatggaat agacagaacg tattgtgttt 6360 gtgtgagggt gtgaaggcgt acagattgat catcggcttg aaggccatcg actgcatgga 6420 gcatcttaaa aagttcattt aggccagttg ggagatcgtg agcaaatgtg tattccatcc 6480 atgaccttag acaagtgacc tgctaactat gcgatttcag tgaaaaggtc aagtgtccac 6540 ctgggcattc taagttgtcc gcagcgctgc tgtaatccca gatcagatgt tctgtatgtg 6600 tcaatgtcaa ggtcaaagct cgagttttga aacccttttt cttctagtat tcggtttgct 6660 cactgctctg tatgaattat ttaaaaataa ttgaaactaa atctattgag ttgtcatcta 6720 actaatgaca taatgtgatt gactgtggaa taagagggta gagtgagaag atgtgttttg 6780 tatatgcatg taaaataaag ctatataaat taactaattg acacgtgtga atcatcacct 6840 tctgaatgat ctgaaaacaa aaaaaatggt tttaataagc taatataata ataataataa 6900 taataataat aataatagtt gttattatca ttgatattat tattattatt attcactata 6960 acaacaacaa taacaatgaa aataaatata attattatta gcagtgtgta taaataagct 7020 tgttattgtt attattattg aatatataaa aacattgata tttacagtgt taaaaagcat 7080 tcataattta atgttatgta aaatttatgc atcttatcat attatttata cacttactga 7140 caaaattctt gtcgccaatc ctggttttag gagcaacaaa taataacttg acttctagtt 7200 gatcatttga tatcaggagt ggcttatatg aaaggcaaag gcctctaggt tacacttagt 7260 tcatccaaat aaaatatgat catgtcttga tttttaattg tttaattagg acattctgac 7320 tttgcttaga caaaagtttt gtcgcttaac agaaataatg tacagtatag aatataaagt 7380 catgctgtag tgaaacagaa tcaatattgt gaatgacacc catgagcttg gaggactgca 7440 tccatacatc tctgcaatga ctcaaatcac ttattaataa agtcatcaag attctttgga 7500 ttcatcttca atgccttctc tatcatctta ccccagacat gctctataat gttcatttct 7560 ggtgactggg ctggccaata ctggagcacc ttgtcctact ttgctttcag gagctttgat 7620 gtggaggctg atgtatgagg agcgctatcc tgctgaagaa tttgcccttt cctgtggttt 7680 gtaatgtaat gggcagcaca aatatcttta tctcaggctg atgatgttac catccactct 7740 gcagatctct cgcacgcccc catactgaat gtaaccccaa accataattt ttacttcacc 7800 aaacttgaca gttttctatg agaaacattt tttcccattt aaaactatac gagtgatatg 7860 tcttgtgtat taaagagtct ttgcttgctg gcaacagtgc taccaatatg ttactgtgaa 7920 aatacaatat aagagtgcag acaaacaaaa gagcaataag tgcaggcgaa tatctgttag 7980 actaatgtag aatctgtagt ttctttaaac aaataggtaa acagatagaa cagatctgaa 8040 aaacttgtaa taacatgtcg attattaatg aaaaatacag ttgaagtcaa aataaattat 8100 tattattatt attttaaaat atttcccaaa tgatgttgaa cagagaaact tgaaataaat 8160 tagcatactc tcctcatttt tttctgattt ccagagatgc tgctagtttt gttggaaaga 8220 ctcttggaaa gcttttttta atttatttta gtgacaaact aaatctgtcc tctgtcttgg 8280 aatgggtttc agtcttagaa ggcttcatct ctctgagccc atcctgatta accgagtcca 8340 tgatcaaaaa ttcactctgg gcttatagca gacggattgg gacgactcct actcctctgt 8400 aggctcacat ttgaaattca gtcttttctt ctttctctca tctccgtctt ttctctctga 8460 accacatcgg cgaaagaaaa cataataaga caaggacaaa gacgccccta cagccaggca 8520 catctcgccc tcttcccagt tttcaagagt tcacacttag ctgatgattg attataagca 8580 agtttggcat gctgtcccgg gagagagccc tgagctcgaa ggttcttgag ccctgggctc 8640 cctcccgttt ggaggaagag aggggagcct cgagctcagg tagatctcga caactcccct 8700 ttttataata gctaaagagt aagattgaag gctattaaaa gatatgctgc attattaaat 8760 tacctgtatt taaatttaga tttaacgatt aacttgttgt acatgttttt ggaatgtggg 8820 aggaaaccgg agaacccggg gaaaacccac gcaagcacgg gaagaacatg caaactacac 8880 acagaaacga cccccggcct gttaaggaac tagaaccggt gacgttcttg ctgtgaggcg 8940 acagtgctag tcactgagcc accgtgctgc cctatcgagg gaaggtgaaa aggtaggggt 9000 ggaagggggg attcttcaaa tcgaagatga ctgtagtgag aaaaccctgg ctctttatag 9060 tggttaggaa tggcctgatt ggtggatcaa gcatgctaat gcagaaccag ctgtgttcaa 9120 tcataatcac gtgctcctct cgaaattagt ttatgaataa acttcacaat gtaaaaacta 9180 gactaatgaa agttcattta tcatcacagc tggttctgtc ttcccctgct tctaatttaa 9240 tcagttgctc ttttatctgt gtcttgtctc ttttatgagt acagagccat gcagtgagtg 9300 acctttgaag acacgcagat ctggggaaaa accttcgctg gtggatccac aggcttcttc 9360 ccacgggaat ctgacacttc aactttcatc tccagcatct cttccaatac acttaaccgg 9420 tgcgtgtact gtgactccat ataaccttgt taccacgcgc gagagtctaa caaacctatt 9480 aaagctcatc ttaattggtt ctaattcaat atatcaaaca tgtcatcgta tcaaacgtct 9540 taatttgtcc ctctgatagc ttaattcttt tacatttaga aattagtcat gcctaaccag 9600 acttttagtc ttgatgcaag tctattagtc atgaagacaa cattggagct tattctacac 9660 gctgatgctt ttatccaaag agacctgcaa atgagacgca gtctcactgt tagactttcc 9720 cacaatctta cagttattta tttactgtaa aaaagcccag taaaatacca cttgcattat 9780 ttacagttca ctactgtaat atgcgctgca 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attctcctgc tcatcctgct gctgattttc ctctttctgt 10680 ttctcttctt cacctcctcc tcatccttta tctccacttt caagtccatc atctcaatgt 10740 cctcctcatt ctcctcactt tccttctctt cttttatcct gctcatctcc ttctcctctt 10800 tcctcctgct ccttctctcc tttttctcct ctttcatcct tctctttctc tttttccttc 10860 catcctcctc ctcaatcttg tccacctcct tctccatcat tgtctcatgt atttcctcct 10920 cttttatctt tctctctttc cctccgtcct cctctttaat cttttcctcc tctttctcca 10980 tcactggctc ctccaccttt tccactttct tccttctcct tctctttttc cttccatcct 11040 cctcctcaat cttgtccacc tccttctcca tcattgtctc atgtatttcc tcctctttta 11100 tctttctctc tttccctccg tcctcctctt taatcttttc ctcctctttc tccatcactg 11160 gctcctccac cttttccact ttcttccttc tccttctctt tttcttgtct ttcacctcct 11220 cctccataat cctgtcctcc ttctcctcct cttgttctct gcaggataag tcagtgtgtg 11280 tcagtgtgat ttctccttta ctgacgtcca tctcgtcctc cacagagcgt ttttcatgaa 11340 tgatgacaga attcacatcc agacagatct caaacgtgga gcagcacaga gagtcatctg 11400 ttacaggaga aatgaagtgg atacatattt tacactgtca ttttcaagat gtctgtgtga 11460 agaatacaat 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