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EBI Dbfetch

ID   CR855335; SV 5; linear; genomic DNA; STD; VRT; 51125 BP.
XX
AC   CR855335;
XX
DT   01-NOV-2004 (Rel. 81, Created)
DT   03-FEB-2005 (Rel. 82, Last updated, Version 6)
XX
DE   Zebrafish DNA sequence from clone CH211-171A1 in linkage group 18
XX
KW   HTG.
XX
OS   Danio rerio (zebrafish)
OC   Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
OC   Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes;
OC   Cyprinidae; Danio.
XX
RN   [1]
RP   1-51125
RA   Phillimore B.;
RT   ;
RL   Submitted (03-FEB-2005) to the INSDC.
RL   Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK.
RL   E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests:
RL   clonerequest@sanger.ac.uk
XX
DR   MD5; 6b45973f1da50b68b8d6f0a5bdbce329.
DR   RFAM; RF00436; UnaL2.
XX
CC   -------------- Genome Center
CC   Center: Wellcome Trust Sanger Institute
CC   Center code: SC
CC   Web site: http://www.sanger.ac.uk
CC   Contact: zfish-help@sanger.ac.uk
CC   --------------
CC   
CC   During sequence assembly data is compared from overlapping clones.
CC   Where differences are found these are annotated as variations
CC   together with a note of the overlapping clone name. Note that the
CC   variation annotation may not be found in the sequence submission
CC   corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with
CC   only a small overlap as described above.
CC   
CC   This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions
CC   were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or
CC   covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was
CC   made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats;
CC   all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one
CC   M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except
CC   on the rare occasion of the clone being a YAC.
CC   
CC   The following abbreviations are used to associate primary accession
CC   numbers given in the feature table with their source databases:
CC   Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP;
CC   Information on the WORMPEP database can be found at
CC   http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep
CC   
CC   Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency
CC   over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats.
CC   Where this is found the longest good quality representation will be
CC   submitted.
CC   
CC   Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery
CC   system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr"
CC   were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU).  For
CC   further information see
CC   http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml
CC   
CC   CH211-171A1 is from a CHORI-211 BAC library
CC   VECTOR: pTARBAC2.1
XX
FH   Key             Location/Qualifiers
FH
FT   source          1..51125
FT                   /organism="Danio rerio"
FT                   /mol_type="genomic DNA"
FT                   /clone_lib="CHORI-211"
FT                   /clone="CH211-171A1"
FT                   /db_xref="taxon:7955"
XX
SQ   Sequence 51125 BP; 17157 A; 8843 C; 8730 G; 16395 T; 0 other;
     gaattcatta tctgttaagc attaacccta catttataaa cattagtaag cagtttataa        60
     ctgcagctac aaatgctcta ttcttgactt ataaccacat ttaaaatgtg cttaataatt       120
     gtattttcat acttagtaaa tgatttattt ttcattacta aattaagtat cgcattattt       180
     acaaaccagt tgtatttaag agtagttgag ggtttttagg atcattcaga atgagttaga       240
     atgagaatta ttagccctcc tgaattgtta gcttttcctg tatattttcc acaatgtctg       300
     tttaacagaa agatttcttc aacacatttc taaacataat agttttaata actcatttct       360
     aataacggat ttcttttatt tttgccatga tgacagtaaa taatatttga ctagatattt       420
     ttcaagatac tagtattcac cttaacgtac aattgaaagg ctttaattgg gctaagtagg       480
     caaattattg tatgaaagtg atttatataa aattataaaa aaatattata aaaaaacaaa       540
     aaaaaaaaaa atatatatat atatatatat atatatagct taagtgggct tataacattg       600
     accctaaaat tgtcttttta aaactaaata aaactgcttt tattctagcc gaaataaaac       660
     aaagactttc cctagaagaa aaaatacagg cattactgtg aaaaatgtat tgctccattt       720
     aacataattt gggaaatata ataaataaat aaataaataa atctgtatga atatttgcac       780
     aatctatttt gttttcaagt ggtttttgag ttgctgatta cagtagaaat atgacatagt       840
     ttgtgaactt gttttttatt tgtgaattta tttcttttaa ttgtacatta agaacataaa       900
     tgttatatct tattgtatgt agtttcaaac aatttatata acatgaagtt tatttttcaa       960
     caattctagg gtccctaact tagtgtgaac aaatgttcat ttccaaagtg aggtgaaatt      1020
     actatgttga gcactacgtt tttttttttt tttttttttt ttgaattcag cggtgaagga      1080
     acctgagcag aagttgattg tagtctgtag ttttaacctc aatgccgatt gcaatttaag      1140
     gtaagcccat caaggcacat ggtcatgaaa cacctcaagc ttcacaaatg aggagctggg      1200
     actcattttc tttaagtcat gaagcatgaa acagcaggat tgtaatacga gttggtcatg      1260
     ccatggtttt ctatatcaga aggggcttgt gtgaccttca gctgagggga aacgagttta      1320
     acctgaggtt gtgagcggat tatggatcgt ggagtttagg atacactctt acaaaaacac      1380
     aacagattgg cataaatggt ttcatgaaga atctttaatg tctatcaaaa acaaaactgt      1440
     atttcaatat gatattattt tttaaataaa atattttttt tacagtgaaa gtctcacaag      1500
     gctcgtgcga atctgacgtg ggattgaagc ggtttgttaa tggaggctga gctttagata      1560
     agatgtttgc ctgcatcatc ctgtagtgtt tattggagag ctgataaact ttgataaaga      1620
     gctgcactgt gatcatatca gctccagaaa cacttgttca gaggattgaa cacgtctgag      1680
     agccagaggg aaaaaacgcc agcaaaacaa ttactcctac ttacattctg cttaatggat      1740
     tttttaacac tgatcgttta tttttaatca ttaaaggatt agttcatgca aacagatcac      1800
     tttctgggat ttaaaatgta gtggaaaatt attttaatac atgacttcag aaaactgaac      1860
     aagggactac ttacattgtg ctgtcaattt ggaaatcctt aaatctataa aatattagat      1920
     tttaaccaaa atagaggggc ttcatggccc tttaaaaact taatttggtt aataaggtaa      1980
     acatggcaag ataggctaaa taggtaaatg gttggattca aatgtagaca aagtgtatta      2040
     aagatgttaa aggttaaaga ctggatgaac aacaatctcc ttctcttaaa ctcagacaaa      2100
     acagaattat tactttttgg gcctatttcc tgtacacagc agatctcaca acttaacctg      2160
     caattagagg gatacaaaat tagcgttagc agtactataa aagatctctg tgtcttatta      2220
     gacatcaatt taacttttga aaaatatata ctccatttca caaaaactgc ttattttcac      2280
     ctgagaaata ttaagaaaag ttaccaaata ttctatccat atcagacaca gaaaagctag      2340
     tccatgcttt tatgacttct aggctggatt actgtaatgc tctgtttgct ggctgccctg      2400
     catcctccat taacaaactt cagctagtac aaaatgcagc tgccagagtt ctgaccaggt      2460
     cttgaaaata tgatcatatc accccaattt tattcttctt acactggctg cctgttaagt      2520
     tttgtattga atttaaaata ttgcttctta cctataaagc tttaactaat ctagctcctg      2580
     tttatctaac caattatctg tctcgctaca atccaactca ctctttaaga tctcaaaact      2640
     cagagtctct ggtagtacct agaatagcaa agtcgagtaa aggaggtcct tctcattttt      2700
     ggcttctaaa ctctggaata gccttcctga taacgtccgt ggctcagaca cactctcgca      2760
     gttcaaaact atattaaaag tctatctttt tagtaaagca tacactcgat gcacaaatgt      2820
     gctccacaca ggtttttgca tcttgtttat attcacctta ttcttcgccg atgagtgggc      2880
     gctgccattt gaatcttttt ggctcgagac ttccggtctc attcacttcc atttattttt      2940
     atacattaaa aactgctcgt ttcactgttt gctgttgcaa actgatattt ccttaatata      3000
     ttattctact tggtctatat agtcatgcaa acatttgttt gtttgtagag taagtagttt      3060
     gaccattaat tattcctagt catttctcca ataggtgtct gaatcggaag ttctaaaaaa      3120
     aaaaatcacg aaaacaggca aacttccgca ttttagaata aggtcaatac actatgaaca      3180
     gcagctacgc taattattct ctttattctc tatttccacc tgggtatact ttttacaagg      3240
     ccctcagaga ctatgcagtg ctactgattc gatccaagac cagtggtgag atgatcccaa      3300
     agtttctata atcctggacc aggccgtatc ctgagcagct gctgtggttg tcatggagga      3360
     gtggagagca agaaactgat tcctgtgacg cacgagtctt gctgatgtcc agcttctcca      3420
     acctcaggcg cctagactgc agctccgcac aagacgtttg gccattggag aaatggtcgt      3480
     gcccaacaga gcttggttcc tctcaaggtt tttttaattc ttcactttcg ccaattagta      3540
     aagttttttc ctcaccgctg tcaccactgg cttgcattgt ttgggacttg tagagctgcg      3600
     catcgatgga tttaatcttc agtgtttaga ttctcagtag tgattattaa accacactga      3660
     actgagctaa actgaactga acttaaactc tgaatactgg actgacatgg tttcaattta      3720
     ctatgatctt ctatgtaaag ctgctttgaa cacaatcaac aatgtacatt gtaaaagcgc      3780
     tatacaaata aaaattaatt gtaatcaaaa caaaatctta aaatgttctt gttttttaag      3840
     acaaaaggaa atcaagtgaa aaaaaagcat tgctctattt aaacctcact tgggaattat      3900
     ttgaaaagta gttgtaattt cacaaaaatt attgagctaa taattgtctt caactacagg      3960
     tttagaatga catcaagatc attgatcagt gtctgttttc acagtgaatt tacaaatgtt      4020
     agcatgacat aaaaatgttt cataccttaa attccttgat gcaatgctgc agacgtatgg      4080
     gcatccctgc ttcggcaaac tgatactcac tcaggctcta taaagtccat ttctcatgat      4140
     ccagtcaatt ccttatggat aaaaatcaag cctggcctca cgaatagcct ccaaattaca      4200
     gcaaaccaca aagccaatgg atctgaaagc agcaactgac acagacttta aaaggcctca      4260
     tcatgactct cagcaacgca cgaagagagg aaggtcacaa gctgaaatca aagctgaata      4320
     ttaggaggaa aatcagtgtg ttaagaagag ataagacagc tccacaaaac acagtcaaca      4380
     gaagactttc atccacactc tcacacacac gtttcaggaa tcctttctaa agcagtctgt      4440
     gggcgaggag atcttcactt cacaggaatg agtgcactga aactctgctt attgactgtg      4500
     tgtctagttt tcctttcacc gggctaaaat tagactaaaa tctacaccga cagaatgaaa      4560
     agaagaagaa gcactctcat gaatcttcag gaaatgattc attgatgact ttcagcttcg      4620
     gcgcctccat tatttccaaa ttctgcagct ttttaaatac tgaaggcgct gtcgtgtttg      4680
     tatttttggt tttctatagt ttaaaaatga cattcgagca ggatctatac aattacatta      4740
     ccagtgaagt ctgtataaaa cctgattttg cttaaaacaa acaaaaaggt taatacaagt      4800
     taaagaaacc acagaataat ttaatcatta aaaccccctt tttccacaat aaaagaaaaa      4860
     aaaggaagaa tttgagatgc tttgcattag cactgtatta gagattgtaa gatcgttatt      4920
     tattaaatca ttgaaaatgt ttaatcattt taaaaacttg atgtattatt gctcataaaa      4980
     catgtttaat ttttaagtac taaaacgact aaacctacaa taaaaataag gcttttgaat      5040
     aattatattt attatttgct tttaatttat ttactttata gccaatttag ctagaaatat      5100
     tattatattt acaaatggta ttataccttt tatttaatag cttataactt actaccacag      5160
     cgtttatata tcatttataa tgtatataca ttataaatga ttatgaagat gatgtgtgtg      5220
     tgtgtgttgg gttttattct acactttcag gttgttttta gatatttctt tatagttttt      5280
     ttttttttta cagttttagt tggaattatt acacggtcct catgtgtact taataattga      5340
     cttttgattg gtcagtcaca acatattaaa gtatgttatt tcaaaataac aaccattgga      5400
     actaataaca caagttcatt taggtaattt ggtaaagttt agattgggta cggctgcgga      5460
     tacatcatat agcattattt ttgtgacact gtataacaat aattaatatt ttcatagtac      5520
     tgtgacagtt ggggagatgg ggtgggggta gacattaaat aaaatacaat ttatttggta      5580
     atttaataaa taaaattagt aatgttcggt acgattactg ttcttacatt gctgtgacgg      5640
     ttgggtttag gtttggggta gacgttaaaa tagtacaatt agtgggaaat ttaataaata      5700
     atataaataa ttttagttaa cttcccgcca caaatatatc cgatctagca acaaccgggt      5760
     aattcggatc atcttgactg tcagtgaata tgttcattcc atatagcttc ttcccactac      5820
     tgttcttgac tgtttggcgc catcttgtga ctgaatgata tgttggttaa tgtaagctac      5880
     attcgggcgt atttttcctt cttcaagctt tacgtttagc ttaagaatta gtaaatgatt      5940
     acatcaattg ataacttttg tttcaagttt taaaggggtg gtccactacg atgtcatatt      6000
     ttaaacttta gttgatgtgc aatgtagaag tgtgaacaaa caacatctct taatgcaata      6060
     cgctcaatgt tcaatgcaaa gatagactta gctcagagtt agcttagcat agcctacagc      6120
     aaacaaattt ggggactaca taaaaataaa tccgggctag taagatcata aacgcttcag      6180
     gttacactca ttcaccatgc gtatacaccc tgcacagcaa tgggacgtgg ccagaggcgc      6240
     tgtaatgtta tagaagagaa agctaaaatg ctgtccaaac gttgctattt acacagagct      6300
     tctaaaggac acaacacaaa aagagaagtg cttacagttt aattttgatt atgttccaga      6360
     gaattataat aaatatatag ctagcatttg acaaaggaga ccttccagaa tctctcccag      6420
     ttcagtactg catttggcta aaaactcctc caacttacga agcagtaggc tacgagctac      6480
     aacctgtaag tgtttttaat ggttaaaatg tatattacat gcacagtttc tagcgttaat      6540
     ggtatgctgt agaagtaagt aaacaaaggt gtaaacaaca aggggtgagc tttttttatg      6600
     tcgctatgca atgactaaat cagctgcgta ttgtgcgaaa gtgttgctgt tgatattagt      6660
     ataattttaa tattttataa taatgcgata atcaagattt gtgaagtcat acagctccag      6720
     ataactcaaa acagcaaccc caagtctctc ctccatcttc aaaagtctct gttgttgtct      6780
     ggacaacaca aacacagcag gcgcctcaac ggaaaccccg cctctgcttt cctttgattg      6840
     tagaacgaaa aagacgcgag tgacgtaaca cgctttatat gttcagttta cttttttcaa      6900
     ctgcatgcgc acggcgcgca agggcaaaaa tgcaaggtgc atcaggcggt taaaatacga      6960
     ggcgcacagg gtgcatatat aagcagcacg taaaaagctg ggtgtgatcg gcccctaatg      7020
     cttgtgctta taggggcgtg acgtagagcc aatccgcgaa tcccagtaca ttatattaac      7080
     tgaccaatca gagcctcttg agggtgggaa ctaagaaata tgacagtcgt tttcatgtta      7140
     gcagagtagc tgtgtataat caaagtacat aaaaaaaaat aatgtgattt ttctacaagt      7200
     aaagcataag cacacattgc tttgcatctt ataaacacaa ctaagcctta aaaatacact      7260
     gtggaccacc cgttaaagta aagtgggaaa atgcagccca tatttaggtg attgttttca      7320
     taggattagc attaaggttg ggtcctgaca ggcttattag cagcctgacc caacattatg      7380
     actttatata actaaattac aataaaagat tgtataatag ataataatca aaacatttat      7440
     gcaatgaaac ctgcctagaa agaagaaaaa aatgagcagt caggaaaact accatgtgga      7500
     gaaagctata aagattataa caagagaact gcacctttta atgattgccg cattttctcc      7560
     attctttttt tgcaacaggc cttcattttg acatggaaaa aaataaacag agacaagaca      7620
     ttttaaactg ctttagcacg gaaagacttt aacagtgcat tcagtacagc attcagaaac      7680
     cagcacacaa ggttctggct ctcaatgtta tgttcgaagt ttgaaatgtg agaaaagtgg      7740
     aggaagcaat tttcattcta atgaatcatc agcacgagga gctccgccgc atgttggtta      7800
     tcagcgattc gctcagacga ctctgctcac tcacaaatca aacacattat tttcattgca      7860
     caccgccatg tttactgcca attaaaagag gcccatctgc aaaaggcaga gagatgaaga      7920
     aaacgaggga gagacagaca gaaaggcctg atgaatatta atgttgcgtg ttacagacct      7980
     ccaggaacac aacctgcatc catccatcat gaccaaaaca atatgcttct tccagacata      8040
     ctcggcctga actgcaaagc tggcaaacag gatacactta atatcaagga gaaagcctgt      8100
     tatatatgga cattcatact ggatagcttt cagtatgttt cttttgggtt tgtatggatc      8160
     atagcctacc aaacaaatac agtattgttt taaccacact gcatatcttc taagcctgtg      8220
     gtctatcttc ggtaagactt tataataact gcacactatg aatcatttat taagcattag      8280
     caaatagtta attaattatt cgtaaagcat tgactacatt gatggatatt acacttaaaa      8340
     aaattatcag accccttagc aaggggggtt ggggtggttc gaaaggccca ccactcactg      8400
     acaatggtcc agaatttgtc ccgtacatga gctcattcgt gttatttttt gctagtgcta      8460
     caccatcata aataatgaaa ataatgcaaa ggctttaaga ccaagccgat tcctctgttg      8520
     gctgtcgctt tgtgacctca gctaatcagt tttggccaat gccaacaaat atatatattt      8580
     ttttacagtc tgacataaga gaagtcatct ttcactactg cattgttttc aaacagagaa      8640
     acattttata agtaactttt atttcaagtc ttggagctta ttcttgaaac agaaaatgac      8700
     caataaaagg tgtgaagcac caaaagcaga ttgtattaaa attgatttaa atactatttt      8760
     gccgattgtt gttatccatg aattttcaaa tatacatttt ttttacaaga ggataaaaaa      8820
     aaattgtaaa gctctacatt atttttttct ttcaaatggt aaaattctga ctgagtcaag      8880
     ttgaatttgc tggccagttt gttatttgcc taataaatgt gaatgggcta cagtttttaa      8940
     aattaaaact tcaacagatt cctatatttt tctaatgata taagatgtat aaatatttaa      9000
     aaaataagta ttatttttca tcactttaaa tcattaggaa agatttttgg tttatcaaaa      9060
     agtgtgttaa tgatgaccat ccaacaagct aatccagcta aaaatactgt ctaaaatgtc      9120
     actatgcagt atttaaatct cccaattaaa tatgaaatag aaaatgaggc gtaactgcaa      9180
     aaaggttccc tttttttgcg acaaaagaac cacctctttc accaggctgg ctacaggcct      9240
     gattatgttt gcatcttgtt caaactactt attcaaaatg aactgaaaca acacaattct      9300
     tgagtttttt tgaggggaaa cttagttgtt ttatgctcac tctacttaaa ttagtaaaaa      9360
     caatcaaaat gtgtgttggg aaatgaagga attgtataaa accaagcatt ttttacagtg      9420
     tagtttgcat attataactc cagctacaat ttctttattc atgacttata agcacaatat      9480
     ttactaatag cattatttac aaagcagtta atttaaagta gtttgtgttt tttaagatca      9540
     tttagaaaga gtaagtaaac gatcaacaaa ctatacaaat taacatatac atatatatat      9600
     atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atattcaata      9660
     ggtcctcgta ctacaggaat tgctgaaggt gcagctgccg tacagtgagg ggtttgcatc      9720
     tttaataatc tactacagtt tgtgttcatt gaacagtaag attgatcaat aaaaccatat      9780
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     tctgggaaat gggcctgggc acagttcgga tagcagtgtg agtatcccct tatattcatg      9960
     atgtcaaaat taaaaaaaaa accttcaaat aatttcacaa ttttactttt tttttttttt     10020
     ttactctatt ttttcatcaa ataaacacaa ttaaactggc cctaaactgt tatagtacag     10080
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     ttaaatcaat tattgtgatg aatgattgca aatattttat taataatcta ttaactcgat     44340
     taatcaaact tcaaattttt gaaaatgtgt ttccacaata ataaaaacta tacttttcaa     44400
     aagttattct tccctcgtga agttttctcc actttaaata ccatctggtg accagcacat     44460
     tttgtgcttt tcccatttgt caccagtatg agatgctgat aaactggtgt cacatttact     44520
     ttcctaaaaa ccagcaagag aaagattctt ttcgaccacc tccagcagat ttactggtga     44580
     acagcagaac agtcatgctg gtttaagctg gtattttcag cagggtagac caaacagaaa     44640
     tctgacactg caaaaatctg cagttcttag aaaaaaaaat aaggggaata atcaatcagc     44700
     cctctggcga attgtatcat tgagcatcat gtagtaacac atcagtatca gtgtatatta     44760
     cagtggcttt tcatcattag acacacactg catttcctgc ggtctcaagg gaaataaaac     44820
     atccaggtga agcaacggag ggtaaaatga gattcaaggc catgaaaagc tctttgaaca     44880
     atcactttct ctctgctctc acaacacgag tcgcttttac cagaagatga cagtacatac     44940
     tacgcaaaat gtatcgcaaa accctttcac tagcttgatt tgtgtcttct cacagcatgt     45000
     gatccctaga gaaacaaaca ccggtccatc catcactttc agtctatgga tcattcagta     45060
     gggttggcgt ttttccatat cattcatgcc tctaacttca tatgaaacgg gaatggaaat     45120
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     gaattatggg gataaatcat aaaggctggc tgtggcgcat gccgtaaggt cctttataaa     45240
     cccacaaatc ttccttcaag tcttaaggtt atctactgta taagcgagtg cgctccaata     45300
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     cacctaaacg ctttgtaata actatatatc atttaaaaaa aaaacaagcc aataaactat     45420
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     atgtcttgta tgcatctgtg acaaacaata tattggatgc gagtatgaac tgctggaaga     45960
     gtgctgtttt aatggaattt gatgccacac gcagtatggt gaaaaaaact ctgcctttct     46020
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     gtttgattag ggtatttaca tatccgtact gcacttcagt aatgcgacta aagtctgcat     46200
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