Dbfetch
ID CR855314; SV 5; linear; genomic DNA; STD; VRT; 124067 BP. XX AC CR855314; XX DT 31-OCT-2004 (Rel. 81, Created) DT 25-JAN-2006 (Rel. 86, Last updated, Version 8) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-262O5 in linkage group 15 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-124067 RA Almeida J.; RT ; RL Submitted (24-JAN-2006) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 15db809f009424e42542e8289b19f355. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-262O5 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..124067 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="15" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-262O5" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 124067 BP; 38194 A; 22328 C; 22453 G; 41092 T; 0 other; gaattcagta attaaatatt tcactttgtt gtggttttgc actttgagac acttccttac 60 tatgctcatg ctgggtgttt tatatcttta gtgcttaaaa taatttaaat gtcgtgtatt 120 gtcatgatta cttttaaaat aatgctttag gtgtgtggta taaatgagat gtggcataaa 180 ctgttattat tttgacatta tttaatgtaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaagagtaaa 240 acaatgtctt atgaatgtcc aaaataaaac tgcttaagtg tactcaaaga gtcaagctta 300 aaataggaaa attcttagat gaattagatg ctaatggtct aatctggttc aactatctat 360 gctaagctaa gctaaaagtg ctcttccaaa cctggagatt gactaaatga atttaaatat 420 ggtgaaactc tactgtttaa tgtcggggga gttgtaaaat gagcttattt tcatttattt 480 acagtatttt ttaaatcaag ttcctttaac ccttatgctc tgtataaatt tactacccct 540 ttgtcatgtt agggatgaaa acatcctttt aattaaactg ctttaaaatg caccagataa 600 tttttttttg ctttttttgt gcataaatct gtaaatcgat ctcagccctg atcaaaacta 660 tgaaattgtt tagaaaatta caggactgaa aattacagct ctttaattgt caaattcaca 720 aattatttca ctgattcggt gaaaaaacaa acaaaatgac atattataat ataaaaagta 780 attatggaat ggattgtttt tgacgtttta tcacagtctt ggacatgtga tcggtactaa 840 taacattggc tttgatgcat tgttagattt taatttaact gttggtggct gtttttgccc 900 cattcacttt aattataacc acttttgatg gtgcatacgc agtctttgtt tttgtttact 960 ctatgtagtt cttagagcag agatgcatat tttcattttc taagacacgt taaagtacgc 1020 aagtatgtca aggtcacttt cacacactca aagacacaca tacacacaca ctttaatttg 1080 atgttatact ccatataaaa tccataaact ttttttgcac aggcctgtct aaagagttaa 1140 tggtgccaaa tgatgatcaa cagtaaaaat tgcaaattct gcctctttcc aacaaggaaa 1200 atcacagaca atcaaaaatg catgattata tggtgtcatg gttttgcaat taaaaaatgt 1260 gcttataatg gaagtcaatg ggacaataac agctaccaac agtacattaa ggagaaaaaa 1320 actaaaattt tatcaaaaac attgcaacaa ttgcaatgtt gtttcacatg tccaagactt 1380 tgataaaagg taaaaaaaat ccagtttttc ttaatcacaa ttatttttta tattaataat 1440 atgtcgtttt gtgtgttttt gcaccaaatc tgtgacaata tttatgaatt tggcaattaa 1500 agagttaaaa ttctgtagtt ttctaaacaa tttcagagtt ttgatgagga ctaaggttga 1560 ttaacagatt tatgcaaata aatttgataa aaaatcttta tctgatgctt ttttacagca 1620 gcttaattca gttgatgttt tcatcccgaa cataacaaaa gggtagtaaa tttgcccaga 1680 gtatattgag tattttttaa aaattcaaag cattttctca aaatatgtgg caaaataaga 1740 tttgtcgcca aaaatcattc tgctagctga aacaggaaaa gttatgacca aattaagact 1800 taaaatcacc ccaaagggga cgaaaacatt ccaacagttt aagggttaat attgatagct 1860 tcatagagtt taaagtttaa acatttattt ttcattggcc acattggtac atatctagtt 1920 tatattttgc acctcacact gcctgcatca ctagactaat atataggagg ccagggcaac 1980 tgtcattcat attgtatatt attttgcact gactctactc tctgtttttg acctgcagtg 2040 gctttgcagt tgccagaggg tctgcagatg tttgcctgtg tgatcgctga catcattgag 2100 aggtgggtac aaaatacagc ggctggatgt ccttggttgt aatgtgacag tgtttgagcc 2160 tgcaaaagac ctctgcgctc attaaaaatc tctgtggtta tcatgatacc ccatgctgta 2220 gcccgtatct ggggctcagc acaaaattag acgcaatagc agacacaagc tgactatcac 2280 agtctcgcta gttaatgaca aaaccattat tcttctcaat tacatgttgt tacagtctgc 2340 gcagggcatt cagcatacag aagtacaaat tgtgggccag tgtaggtgaa gaatgagttt 2400 ggtcactcat ttcgcttcca ttgggtgtaa tgctaatgag ggatagcagc taggcttaat 2460 gacaaagtgt gctctgacaa cttatttgta gatattcgtg ttttcttgtt cacaggtgtg 2520 gaaaaatatt ttttagaaat ctattttgaa cttaatttat gcctttgtaa tccagtggtg 2580 taacctttgt tttttgtttg taattcattg aaagtaaaaa tgtttatctg tcttttccgt 2640 cccaacacat caaagaaagt ctgctttgag tcagtgatct taaggtgcca taaaattaaa 2700 ataaattttt tttagatgtt aatatcagtt ttgttagttt ttaggacatc tatactgcac 2760 caaaacagtg acaaaattca tgtttagaag atgtaaaacc aatacaaact tgtaaagtat 2820 gtagtttgtg acttccatct aagtggattt tattcacgcc accttgaact tcaatttgtc 2880 atctaaatca tgaccaatca aattctctat agtatctgac atgccccgcc cctttaagac 2940 tcttttcatt tgcttttcat ttgatgcgct tgaactcaac ctctctctga cagagcaggg 3000 ataataacta cacgctattg gcttaaaaat tcaactttca aagcattcca ccggttcttt 3060 aatatttatg attcattagt gatcactgaa aggtgttttg tcaatgcgat caattaattc 3120 cataacaaca tggcaagtta atagtgattt ctgagcagtg agcataagca gctacaatta 3180 atgaaaaaat gtgctttgag ttccttcaca ccgccattgt ttttgtacat caaatattac 3240 atccaagctg ataattcatt atttagcaaa ctgtaaaaag ctgactgatt ttatcatctg 3300 tgaagcacat taattattta aagaagtctt ttcctttaca atgacaatta ataaatcaag 3360 tctgaattga gtcagtaagt gtagaaatgt gattcatgag agattttgag tactagattg 3420 gaagtagatt agcagctaca tttaagataa aaaacctaat gacatttatg ttcattgtat 3480 tcaccttatt ctccttgcac gagcggcatt tgaatctttt tggcttgaca cttccggtct 3540 cattcacttc cattcatttt taaacattaa aaacagctcg ttatgctgct tgatgttgca 3600 aacttatctt ttcttattat tttactctac tttttatgta tattaatgca aacacttgtc 3660 tgtagagcga gtagtttgat cgttttctgc catttattat tcctagttat ttctcccata 3720 ggcaactgaa tcggaggtcc taaaacaatt gtaaaaagag cgcacttcca cattcaagta 3780 taagatcaca gcatgtcgcg ttcacaggaa aagtacatcc agaacttaat tattcttact 3840 tccagtgccg tttatattga agttgatatt tagctgcacc atattggtgc ttcaaaacat 3900 caaattttta cgaggtgggc cattagccca acgctcaacc cccaacctgg aggaccagga 3960 catacacata tacactaggg ttgtgatgat gaagaaattt ccccaacggt taatcgacat 4020 gtgacaacac cggtaatacc ggtatcaccg tgggggtggg ggtttcctct tttctttctg 4080 cttttaaata gcttataaat gcgtgcgtat aatactttag ttttgcggga attcccaatt 4140 cggcgtcaat tgtttgaata tacgaatgtg aagaatgtta atgtttttaa aactaataag 4200 aaaataaaat agaaagataa ataattaaat ttcacaaagt ttaaaaaata ttaaacgaat 4260 gaacaaggaa caaatataaa agaaaaactt tcaaaattac attacaaaaa tgacaggttg 4320 acacagtctt taaaaaaaaa taaagaaaca aataaaacac tgtaaattgg catttattcc 4380 cagtgaggtt tacatgttct ttgccaggaa tcctggccaa tatgttgacc atctctggct 4440 taagatggga tcttgtgggg ctcactatgt tccccatcgt gctgaacaca ctctcagatg 4500 agcagctagt tgcgcacacg caaagatact ttttggttac atttgccaac aaggggaaca 4560 tgtttggttt tcttttgttg tcctacctga cttcaatttc ttaatgtatt aattacccta 4620 atgctttata tattaatagc ttagtcctta tgaacaatct gttcataaaa tagccttatt 4680 aacgaatcta taggctattg aagaataaac cgaatatgaa atatgatcct tgcatgatga 4740 tcacaaccaa acaagctagc actcatttta tatataaact ataaataaaa aataaataaa 4800 tgttaagaaa ttaaacatta tgtaaaaaat ctaaagacta caggctaaat aaaagtgcct 4860 cgtcagagct aaacatcacc gcacacgtgt cagtttacag cttctgtaaa gatcagacag 4920 gctatacaga tcacacaatc tcaataaaca acatataaat gtataaattt ttctaaaagt 4980 attgttatgg aatatttata actatatgat cctgcttttt tggttatatc gataccagct 5040 ttgagctctc ttacaagcgc ggttgacaag cgcaggtgtc ttatgtcact gtcagtggtg 5100 gattacacac agcatatcct ggcaagatgt tttatttgtt gccgattggc atgttgttgt 5160 tttttttaaa atacctttta tttttaaaat ccctcaagtt aatgttgtct atcgagtaat 5220 atagtctccc taggagatat tgtagttcaa taacgtggtg cgcagtatat aacggtgaag 5280 cttaaatagg ctgagtatat gtttattaat attaagacac attagtacaa actagccacc 5340 ctttgatttt ttttttcgtt tacgtacatt tttatcaaat gaaaaatgca atgaatagtt 5400 taatttggtt ttcattttat aagaattaat ataattaata ggctacacaa ctcctattgg 5460 ctcgaattgc gttttgacag ataaagcgtg actttctggc tcaaagatat ttgtgcctgt 5520 taatttcagt gtattttgac agatttcgca aaggcttcag ctattctacc tgtcagccgg 5580 taccagcctc agttttgcga cttgacctgt gtggcgtccc gatgtctaaa tgatagcgag 5640 agagagatga gatcagacct cagagtcgat gtgtagccgc acttcactgt tactttatag 5700 cagttattaa tattggctca cctaaattat cttttcattt attaaaagcc gaaatatttc 5760 cagacagacg aagcaacttt cggtttttaa agagagcggc ctcggtgata aaagacgcgc 5820 gcacacacag gttacactct tgtaggcata ttcatctttt atttttttta catgaaatgc 5880 ataaagtgca aaaaagaaga gcctgaactt cgataaaagt gctcacttca gttgccgtga 5940 tggttgcttt gtttctctgc agttggcttg tcaatggcac ggcattacat cattcttttt 6000 ttaataaaaa taagatatta attattaaac attgtgagat aatggttgcg tgatttttaa 6060 aatgagagta tgctttgcat atttattctc acgtgatgaa tgaaatatga cgcattacta 6120 tgttcagatt ttaattatag tgcatgctct ggtcttaagt aaattattac gtttattgta 6180 aatgtgttat tacatttaaa aacaaatgtg aggacggtgt cacggtggaa aagtgatgtc 6240 acggtgttgc gtcttaaaac gggtatcacc gtcaacaccg tctatcgtgg caattctaat 6300 atacactaca gacaagcttc acctattgca caaatctttg aactgttggg gaaaccagag 6360 cacctggagg aaacccacgt gaacatgggg agaacattca aactccacac aaaaatgcta 6420 actgacccag cccgggcttg aaccagcgac cttcttgctg taacgcgaca tcgctacctt 6480 ctgcgccatt gcgcctacat ccagaactaa aaccctttat aaaacattct ataaacatac 6540 tcgttctata aaacataaaa tgggaggttc tgatgtttcc attttcaaga cgagtctcaa 6600 acttgatagg tattttatgt acatttaggt gaatcacttt aatccatgaa caagtttttc 6660 aaagaggtta tgtaagtttg atcaattgac ttaaaccaat gatttattca aggactggac 6720 tttaaagtca agactcgttg aataacttga ataacgatgt ccgtgaagtg tttttcataa 6780 tacgaaagct tctatagaag tcatagaaca ttgtgtatga gtagccgctt ctttaatatt 6840 atagtgcttc tgcattctta ccgaagccta aaagagtcca catttactat aattgcctga 6900 aacaaaccaa gcaaactcat ctttgccaga gaaagaatgt catgctagta gaaaacaaca 6960 tggggatgag tgaacattga atggatttca tttttgactc catttatttt tttaagagcc 7020 tccttttatg ctgaacaaat cattttctcc tactttctct taggcattca ctataaagaa 7080 tgtttaaatg aagaacatgc attttataaa ataagctact ttagaagtca tttctataat 7140 gatatagtgc cttgtgtcct aactgaaccc taaaaaaagt atgttcacca taattgcctg 7200 aaacaaagca agtggacatt tctttactag agaaagaatg tcagcctagt ttgaaacaac 7260 acaaggataa gtatataatg actaaaattc tttttttttt ttgactctgc tctttctttt 7320 agaaccgtac atctttgtat ttcatttccc ccatactgtg ttgtgagatg aatgttaaac 7380 aaagcaaaaa aagctttttg taacctgaga gaagtctact tttttttgta attgcctgaa 7440 acaaagcaaa tagactcatc tttgctagag aacgtcacac ttgttggaaa aaacatgagg 7500 aaataatgac aggaattcag ttttgactct gcctttttat tgtagagcca taactattta 7560 tgcttaacat ttcatctcct ggggtgaatg ctctacctgt atctttaaag tatgttccta 7620 cttttttcaa ataagcagag tgcttttccg gatgtctgct caatactaat gaaggacctt 7680 ctcggctgtg gagcgatggc ttggcatttg cgttgaggga tatgtttagc cccaggaact 7740 gagcgcagag tgtcacattc ccagaggatt catccgtatt agcagaacat tatgggcctg 7800 aaatggttgt atctcactca gggctgctgg ttcgatttgg aggcgagcgc agagtcagtg 7860 agttgaagcg aacggctttg gatgttttga ttgggtcgtg tggaagtctt gctggctgat 7920 gagagtcccg gttaatacaa atccctctgt ttgatgtagt ttagctgtca gcctttctgc 7980 aattacattc tgtattcatc aactggcttt ttctgtaact catcttcctc tggctcttgt 8040 tctttcagca gtgttgatct tgatgaatgt gattataaac aaggttttct gagggttcct 8100 gttttatata ctgatgacaa gatgggaaat gctgccttgc tgtttactaa agtggcacag 8160 aacaaataat gagcaacaaa taaggcatgt tttgatgtag ttgtattttt ttttgattcc 8220 tcgaacattt tgacaaacat ctcaaagagc acctatgatg aaaatatttt ttttgtaagt 8280 tttttggaca gaactgtgtg tatgtatagt gtgtccacag tgatataagc acaataattc 8340 tcttttttta tttactgacg ttaaaatagg atccaaatcc ctcccatttt gaggccgacc 8400 gcaacgtgat ataggagtgc agtttctccg cccaccgaat taattgacag ccataagaac 8460 aggtctccat agtagtgcat ataatcatat ccacaagaca ggacgtgcgc aaagcaaccg 8520 ggattaaaag ctctgttcag ctctctgtga tcatcaatca tcaacaaatg tgatcaagaa 8580 tgagttttac aaaccttttt aaaaaagggc atgtttgtta tgaattacag cgacttttac 8640 catctttact ttatcaccac atccgcatgt cagtacaatt atataagacg acgattcaat 8700 cccggtttgt cgacattaaa ttaggtttat tttgtacatt aatattacag atgtccatac 8760 agcagtgagg attaacatat attttgtcac atttgccatg caaaaaagcg caaggttaaa 8820 cgtgtggtgt gtctgtatgt ccgctgtgtg tgtgtgtgta aactttttta gaacattgta 8880 ggtgactcat tgttgcagaa ctccacaaca aatacatcaa ataataattg gttattaaga 8940 attatgggaa taatttttac tcagtttttc tcgcaaacgt tacatgagat ctgcttcctt 9000 caagtctgtc actgtgctgt taatttgatg cagctctgtt cagagcagaa cattttaata 9060 ttctaaaagg tattataaat aatctgatgg gtgttttgag ctgaaacttt acagacactc 9120 tggagacaca aaagacttat cttcattttt gaaaaagggg taaaatagat accttagtat 9180 aaaccctcgt ttgaggacca attttcacta ttgttagtgg tttatacctg ccggttttta 9240 tccaatatat tgtccaaaat ttttagttat attaataata gtatatgcaa tatacaaatc 9300 gtagacgtgt aataaactac atttctttta tgcattggtt gtttattaaa atttgaccag 9360 atgtggtctt gttgtcttta ttgccacctt cctagtagtt gctgttctgc tattggcttg 9420 agcgacccaa aggagaaccc agagctgata ataaatacta atgtcagata ttgaggcaag 9480 agaggaaaac gacaacagtc aattagaatc agaatatagg tttgcactcg ttcataaaag 9540 atgaaatttt tgcacattga tagtttttgt gtagtctgtt aactataaca tagatgtatt 9600 ttaatttcat tgataatgag ttattttgaa gcatagctta ttcaagggaa atgttgtttt 9660 attagatact gttatcacaa tactcaacaa aatttttgca gccctactct gcatgatctt 9720 attctacgtt tctaatccta cccaatatct taacctgact acttcccatc taactattaa 9780 taagctgcaa agtaggagtt taaataaata atggtttgtt attagagagt tgtaccttaa 9840 aataaattaa actttaaatt aaataaaatt aattaaattt taaattaaat aaattaattt 9900 ttttagaaat tataaaattc cataactgat tcttttcttt catttgaaat agaaaggtat 9960 tcatttacat ttaaaactct tcctgacatc aaactttctt ttggtttatc ccctttttta 10020 ggggatgcca cagcagaata aaccgccaat tgttctgtga atttatgtat ggacaatgtt 10080 tacaatgctt aaaatagcta ttttgagact ttgcaatata tacaataaat gattagattt 10140 ttttcctcaa atttgattta catattttta tctaattatt ttgactatat atttttctat 10200 gtattgttct tacatagcac tcctcgttat tgtacacggt aaagcaatat gtatcgtagt 10260 atggcaatac agtgtctgaa agtcccaagc aatatcatgg tgtaaggctt ttgacctttt 10320 cttatcactg tccacttacg tgtgtaagaa gcgtttcaag aagcctgtaa ttctctcatg 10380 tatttatttt ttattttatt ttattttatt ttttatattt ctagcctgtc cagcagttat 10440 tgagattgca gtatttcttt attcaagtag atataattga gttttgcaca cctgaattgg 10500 ctatttaatg atgttgcaga atgaacagat ttttcaggga ataaatgaaa aatgttttat 10560 catatagtac agtataacca tcaacgtagt gtctaaataa aaaaaaacaa taatacttgt 10620 tacagttgat gaggcttttg atgtctttca tgcttaagtg tgtgagaggt ttgtgtcaag 10680 acacctttag agcttattac aaataaatta tggcaagcta ttcagcagta ttttaagtaa 10740 tattttgtca ttcaagttga tcacatttgt ttttttttat agctatccag agacatttct 10800 aaatagattt ttttatgaaa tatattttta aaaaaatatc tgcttgtctt taggccttta 10860 tgtattcttt tagtgaaaga atacatggta ctctgcatgg ctttaaatgg tgaagcaata 10920 tgtttcatat aggttgcttt cacctgacgt cattggtgat gcgcaaaatt cagatggagg 10980 gcaggaaatg attcttctgc agaacatcaa aacatcaaaa aaaaaaaaat cagaacatca 11040 aaatgtttct gttttatgtt gtttataatt gtttaaatta gccaaaacaa gagatgattt 11100 tacagacttt caaatgtttt tgctcatata ggggggaaag tttaagtaac tggcttaaaa 11160 acagataaaa aggcggcatg taataaacat ttattcaata catcatccat gtgtacaaac 11220 ttttttttaa acgtaataat ccgtttgaca gcaccaataa aggccaatat aaaaatgtac 11280 aggcctagcg taacttcaag taacgtaatt ttacttatac agtattttcc gcttaagtga 11340 caggcaaata tagtttagtt ttgtagaaag ctcagccctc atcatgctat aaggaaatat 11400 atgtgatatc tccttaggaa atggtataaa tcacaaaaat acggactttc ctctgtctcc 11460 cgttcagttt 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