Dbfetch
ID CR847946; SV 7; linear; genomic DNA; STD; VRT; 149000 BP. XX AC CR847946; XX DT 08-OCT-2004 (Rel. 81, Created) DT 12-JUL-2005 (Rel. 84, Last updated, Version 8) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-274N1 in linkage group 18 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-149000 RA Phillimore B.; RT ; RL Submitted (12-JUL-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; b6ec8623f318d5d4ed2507b9c3120865. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-274N1 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..149000 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="18" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-274N1" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 149000 BP; 48632 A; 26123 C; 26179 G; 48066 T; 0 other; gaattcagta catagaaatg acacaccatg agcctcaaac attgtttcct tattcttata 60 aaaatcatat tttacaaaag actatagaaa aataaatgaa tcaaaacaca acacataaca 120 ctctgtattg ttaatattaa ttaattaact tttaatttaa cattaataca agtttaacac 180 agctaattat atttcccatg tgactcttaa tgtggaaatg gaaaaggcaa gacacgcacc 240 atctgatctc atctcatctt atcccatcac tgctcctcag aataacaaca aatacaggaa 300 atgcagaatg tgaattgaat atgcttggaa ggttgttcac attattttac catgaattat 360 atattgtaaa aatataattg tgtgttgaat gtttaataag ttgctaacat gaagtagcat 420 gctactaata tgtttcaaca ttttgctata gcacaaatta gcacttgtta acctgaagct 480 atcatatgtt agcacattta aaatgatgtt agcacattta aaatgttgtt aggattattt 540 aacatgctgt ttaaatgaat tgtaggatct cagggtccta ctaacatgat tagcgctatt 600 atgctaataa ttctataaga tgctagcatt ttaaagcaca caacaaatat acattcacct 660 gttaacatgt tttaacattt tgcaatagca taaatctgca tgtttctaat atagttaaaa 720 aatgctaact tgaagccatg tttaacatgt cactagcatt aattagcatg ctgcttaaac 780 taattgtagg atctcagggt cttactaaca tgataagcac tcttatgcta ataattctat 840 aaaatgttaa catttaaagc acacaactac tatattttat ctgttgttaa catgttttaa 900 tagtgtgaga tgaaaagtta atgttttaac atgttgctat agcataaatt agcatgtttc 960 taatatggtt aacaaattgc taacttgaag ctagcatatg ttaacatata acatgctgct 1020 taaatgaatt gtaggatctc aggatcttac ttacattatt accactagta tgctaataat 1080 tctataaaat gtttgcattt ttaagcacac aactaacata gtttagcttt tagcatacca 1140 gaatgctagt attttgctag gttaaatatt ttctgagtga agtacaatgc aaaacactga 1200 gaataatatc cattcctttc ttccttcctt ctgattataa tcatattaat tagaaggcat 1260 gtttaaaaat taaatctgaa catatttgac taaaaaaaat attaataaaa ggtgcatact 1320 tgactttctg tcccactatt atacaaattt tctgactaaa acggatttat aatataaata 1380 tttgctctgg attttttccc tctatttttt ctcacttcag tgcactatat ctgatgtacc 1440 acataaatct gcatatttat agacaatagt tctgattaat catttcacat cagctcagtg 1500 tttaaatgag atttccagat acttagacac cttggcttta gtttcattaa aacagctcag 1560 ggctgatgag aacgacctct gctacgctgt ccttgcctga ttttcacatc acagtcaaga 1620 tattttaaaa gatatttaaa tctagataat gtgaagctaa ccttgcccct caaactttcc 1680 tgcattttaa aaagagaatc tctgtgaccc tacaatgcat taaaaaagag aaagaaatct 1740 cccagtagac cagttaattc aaaagtgttt agcatgaatg tttctgatct tttcaaagat 1800 ccacatgaag gagaaaaatc cctttcaatt tatgtaatat atacacttgt tcagtcacag 1860 agatacaagg tcacttgtac tgtgaagaac ttaaatgctt cagagaggcc tcccagtaaa 1920 agaagcttct tttgtgtaat ttaaagggat agatcacatt taaatgataa ctttgtaatc 1980 atttgctcac tcttgacttg ttcaaaagcc tgcaactatt gatttccata ggtttttgtt 2040 ttttcctact atggatggat ggatggatag atagaaaaca atgtcataac acactaatat 2100 caggttagat ttagctcgct agcatctgag gataattatg ttgccttaag aaagtagtat 2160 tatttcatct tcttagacca attctatctc ctcctgatgc tttacaagcc ccaaatttgg 2220 ccaacagcag tgttctgcat tagattttgt tgctaagtca agttgacata cttaaagttt 2280 tccaataaag aatttttaga ataaattagc atgtttctaa tatggttaac aaattgctaa 2340 cttgaagcta gcatatatta gtacatttaa catttgctag cattaattat aatgctgcta 2400 aaatggattg taggatctca gggtcttact aatttgttta gcgctgttat gctaataaat 2460 ctataaaatg ttagcatttt taagcacaca actgacagtt tagcagttgt taacattatc 2520 ttacaatgct aacattttgc taggttaaat atttttgcac attttatttt ttctctgagt 2580 gaagcacaat gtaaaacatg cagaataata tagattcctt ttgtccttcc ttttaatcac 2640 aatcataaaa agcatattaa ttagaacaat ttaatctgga cttatttgat taaaaagatt 2700 attaataaaa aaagtgtata cttgactttc tgatccacta atttacaaat tttctgacta 2760 tatatatata tatatatata tatatatata tacataattt atatatatat atatatatat 2820 atttgcactg gattgttgat cccctttttt ctctcatttc agacaatatc tgaaagaaac 2880 cagtaggaaa tcattaacca gtaagaaata tgcatttaat gtgaattagc ataatccatt 2940 tttaataaac tgattcccca cacataaagt gctaatgata tagtctgact gtcagtattt 3000 aaatgcaatg tggtgggtca atttctcttc agggtgggcg agaagaaaaa ggtctaatca 3060 tagcttgcct gtagaaaaaa aaagtatgtc tgcagtgtaa ggtccctaga tggtgattca 3120 ttgcaagaga cgtgtcatta tctttccaga tgttcaacac actctcatgc ataaaaaaag 3180 gaagcagtgt gacaaatgat gttggcttgc aagattaata actatcagat aaaaataatg 3240 gattaattat tatgatgtgg ctgacaagga aagaaaagat ttatactctg aattagaaaa 3300 atgaaaatct aacagatgga tcagccatga tataaaagtg ctaaaatcat cacctggagc 3360 aaaactgcat tgcttgtact ttttttcccc ataaatcaag ggatttaatg aacttttttc 3420 taaaattcct cacagacaga ataaaaggag taaaacaaac tttatatctt caagtaacag 3480 taaagagctg tgcacattaa tggagtttta taaaacgatt atttgaagaa tgactagcaa 3540 aacacagttg gtgaggtgac agaacaatgt gatttctatg tctctgtgag tagcaaatgg 3600 ataatacaaa caaaagttgt ttagaatgag aatctgaaaa gataattttt aaaacttcta 3660 gaacttcaga cataaaactt aaaaaaaaaa aaaaacattt ctagacttca gacaaatgca 3720 tacagttgaa tttagaatta ttaacccccc tgaattatta gcccactgtt gatttttccc 3780 caatttctat ttaacggagg gaagattttt ttccaacaca tttctaaaca taatagtttt 3840 aataactcat ttctaataac tgatttattt tatctttggc aagatgacag taaatgttat 3900 ttgactagat ggttttcaag acacttctat acagcttaaa gtgacagtta aaggcctaac 3960 taggttaatt agtttaacta ggcaggttag ggtaattggg aaagttattg tataatgacg 4020 gtttgttctg ttgatatagc ttaaaggggc taataatatt gtcattaaaa tggagttaaa 4080 aaaacgcttt tattctagct taaataatat tatcagacat actatgaaaa tgtcattgct 4140 ctgttaaaca tcatttggca aatatttaaa aaaaaaatca aaggggggct tgtaattcgt 4200 ttaactgtat acaatagtgt tttactaaac ataagatata catgtagttg cattatacac 4260 tgctttacac ctctgaaagg atgatgactt atccagttta acactacttt ttcatatgca 4320 cccaacacaa tctcacggca attcgtaact ttttcattta gtggctaatt cgtatgaatt 4380 cgtacgatct aattcgtaca atttagtacg atttgcttat cccccaatga cggttggggt 4440 taggggtggg gtcaggtgcc acgcctcctt tttaaaatcg taccatttcg tacgactgaa 4500 ctcgtacgaa ttcgtacgaa ttagccacta aactggcaaa acgtaaaata cttacgtttt 4560 ctcctgagat caggctgtat gcacctcata tatacaatat agtaggaata tagttaagta 4620 aaaaaacagt aggctacctt attttggaat acaatgaagc ttctgaatat taaaaataaa 4680 tacttagaga aagcacagat atttaaaatc aatcaatcaa tagcgcatta ttgtgaaata 4740 tgttgttttg tccagtttgt tgctgaacaa tttgctcatg gagctacagt acattactct 4800 cagaaagtaa ccaagtaagg cgaggcagtg gcgcagtagg tattgctgtc gcctcacagc 4860 aagaaggtcg ctggttcgaa cctcggctca gttggcgttt ctgtgtggag tttgcatgtt 4920 ctcccttcct tcgtgccggt ttttctccgg gtgctccggt ttcccccaca gtccaaagac 4980 accaaacagg tgaattgggt tggctaaatt gtccgtagtg tatgagtgtg tgtgtgtgtg 5040 tgtgtgtgtg gatgtttccc agagatgggt tgcggctgga agggcatcca ctgcgtaaaa 5100 aacttgctga gtaagttggc ggttcatttc actgtggcga caccagatta ataaagagac 5160 taagccaaca agaaaatgaa tgaatgaatg aatgaagtaa ccaagtatga ccttaaatac 5220 gtgtaaaaat ggctgatcta aattataaat gttgtactaa aagtgtttta actggacaca 5280 tgtaagttta ctgagagtta caaaaggcta taaaggtaag gttgtgtata tttagtgaga 5340 aatatattga attgggctga tgctaaccaa cctgagccat gcagtcgtgt tataatactc 5400 aaaattaagt cacaatagaa aaaggttaag aacatacact caaataatgc cattgttcaa 5460 gctacttaat taaaatgagc tgaaacaaca caatgattga gtttctaatt gttaacaact 5520 taaatgtttt atgttaaatc cgaaatttta tgttcaatac ctaaatttgt aaaaaaaaaa 5580 aaaaaaaaaa aaaaacaagt taacttaatt atttcctgtt gtcccaacac aaatcagttg 5640 tgaggattta ttattatttt ttttacagtg tatgtttatg catttgcacg tgttattaat 5700 gaggtggaga tgttgcggtt caaactagca gaataaaatg aataatagca agttgtgtag 5760 aattgcagct gcaaagcttt taaccaacac tagtgggagg tcgcactttc tactagtttt 5820 agagtaatct tttaaagggt cacgaatcac caaaacacat atttttgagc ggttgacagt 5880 catatatgct ccccatgctg ctaaaaacac tattaggaca catatatttc acaaaaaaag 5940 tgaaaattgg ttgtttttgc attatttaga gcaaattcat ttttccggtt caaaacaaat 6000 ttttgaagct ccatctcggc gatcagatcc ttgcatgtat tccagcgtgg tgagtggctg 6060 tgtgtgtgtt gagagtgtgc agcattaatt catgagaaag acttagttca aaccaatcag 6120 cgtgctctat aattatgcaa cttcattaat atgcatgaca gcttcgaagc tacctgttac 6180 agtgttcaga cggcagagag acgacgtttt gtgttgccaa agcaagtgaa agaagaagaa 6240 ttgttaggag aaacgggtca tcaatgttgc atttataaat gtgcttcaag gaaggttttg 6300 tttttatgtc ccgctatgag agtgcagcag aaatatattt gtatggagca ttttttccca 6360 aaagcttttc gcatctggaa atgatgaaat cccgatttgc tgctcgtctc tttttaaaaa 6420 agatgctgct tcagttggtg ttgattgtcc tgtctctaca gatttggtaa gtaagcgatc 6480 agtggtctaa tttgtttgtt tagatggcaa agtcagttct tattgtcagc agtactcttt 6540 cagtagataa agacagacct tagccaaaat gatttagtta ctaagtttgc agcacgtcaa 6600 tatccctaca aaattataga ctgaaagatc cactgtaaat gctgctctcc gagtgtaaac 6660 atgtaaacat cacaatcaaa ctactaccgt catgtaggat tttcgccgca ttttgtgata 6720 ggatagtctt tacacactcg gctttctgac actacctacc aagtgcatct cagttaccga 6780 ggaatgcaga tttttatttt tttatttttt tatctattca ccgtgtggta tcaaacattg 6840 cattaaaact acacttttcc agcagctcct cgaattaaat atcttgtttg tcatgggggc 6900 atgcagaaaa tgttcctgaa tgaaagtgcc aaactacagt taaagtccac aaattaataa 6960 tttgtcaaat aatttgatta cttataccca tgtaaacaca gtcactgttt ttctaccgtg 7020 tcggtgtgat tattttgcct atgtgaaaat catcacctgc tcaaatggaa actcccattt 7080 ttatgcaaaa ccttccctct ttccctctcc caatgcttcc acctaaacag agctggacac 7140 acccactttc ctgacctttt tcaaactagt ggagtgaaaa aacaacgttc taagacgggg 7200 gtttcgtggc cctttaagat tctggtaatt acatagagct ctgcatggtc caccacccct 7260 ttatattctt tatatactct ctctttactt tacttttact cttttctcct ttacctccat 7320 ggataaggaa atggtgttgt acgcactcca ctgaagacat cattagccta catatttaat 7380 tttgttcaag tgcaaagatt tgttttaaaa ctatttttaa aatcagttct aattttcagc 7440 aacagaagaa atgaacaata acaacaaagt gtggtcaaaa aatggttata tattagttat 7500 atccaaacac gtgtcatatt tttatgtacc atattgcgat ataaaattac ccaaaaccag 7560 aaaggtggac aagtctaaac ttgtttttat taaaacaaat ataaatattc atataataaa 7620 taatactgct aataataaca acaacaacaa caacattaca ataaaaatgc aaattgtcat 7680 aaataaacta aaaaaaaaaa aaacaaagcc ccccggcatg catgaaggca tggatgtagt 7740 gttattttat atatatttat atagaaaata atatttttgg ataattttaa tcctttattt 7800 atttattttg tttatgtaaa aatatacgtg tattgctgta catcctgcgt gtgttaagca 7860 atgtgtaagc gtttggacct gcatatgcgc ataactaact gctctgcatt ggactttaga 7920 ccagctttta gttggtcaat gtcacagact atttcagctc ttcaaaataa aaatagcaaa 7980 accagcaatg cgccttaaca cacctccttt cagaccagca cacacatgag tccacaaagt 8040 ggtgtaaatg gatttgctgt ttaaacaata caaaattgta tttaaacaaa atgcgagcat 8100 tatgcttgtg ctggcctgaa aatagcaaca aatcatgtca aacacgtctt gcaccttatt 8160 gtgctgggta tatgataggg tccttaatgt ctaaaaaagg tgctgtataa ataaaccttt 8220 acttacttaa aaatgttaaa tgtccttgaa ataaaatcaa taatgattga tagtttgaaa 8280 attagtgtgt tttttgttat tgttttttgt aataatcttc attgttttcc aacaactttt 8340 aaccttgaaa agttagaaaa gaaattatgt ttattaacat ttttaatagt ttaaggtgat 8400 ttattgtctg tgttggtgtt ggacattaca aaaactaaaa ccctgtaata tatagccagt 8460 acattttctg ttattttact aacttaaatc tctctatata ttattgcatt tatgcattat 8520 attattttaa aatactaaaa tattaataga agtcacaata ttaaactgta gagttgaatt 8580 tttaacataa aaaagttgat agagcagaga tcaaggtcca ataatgcaat ccacaatcgt 8640 aaataaaaaa aaaaaaacac atgtgaatca caaaatatga aaactgatct taaacagatt 8700 ttaaattcat ttatttattt attttacagt gaatgaaaaa taattgagac atacttgaca 8760 ttaaatagtg gaggaaaaaa gcaaaaaaaa aaaaaaaaag acgtatatgc actaaataaa 8820 gtcacataaa attcacactg tacccaagca aacactattt catgactaaa atgcacccat 8880 gctacagtgc aacctaattt aatcattctc taacagaaaa tatatcttgt agtagtgtgc 8940 tacattcgac ttgactgaaa atcactgtgt ctaccctaca agaaaagacc cataaaatgt 9000 caaaatgagt ttaaagctca aataatcaat tgtgcaaatg tggaattacc ttcccatcga 9060 tttccatcag tgtatcgcac gctgtgttca cacagctctc caacagggga gagaaaacta 9120 cagctttaga tgctgtaatt gaaagcctct cctgtgagaa ctatatgttc cagagggacc 9180 acaaatacat tgaacctgtg aaacaggtgt tgtgatttat aaagggccac caaatgagaa 9240 caactgattt gatgttaggt agagagctag acagacagac agacagacag acagaccaga 9300 gtaatgtttt aatagaggca aaaacctttt cacataataa aactttttgg gattccccaa 9360 tttttattta aaggatagca tatttcttca acacaattct aaatataata gttttaataa 9420 ctcatttcta ataactgatt tattttatca ttgacatgat gacagtaaat aatattttaa 9480 tatatgtttt tcaagacatt tctatacagc ttaaagtgac atttaaaggc ttaattgggt 9540 taattaggtt aactagacag gttagggtaa ttaggcaagt tattgtaaaa tgatggtttg 9600 ttctgtagat tatcgaaaaa agaagcttaa aggggctaat aattttgttt ctaaaatgtc 9660 taaaaaaaat aaaaagtgct tttattctag ctgaaataaa acaaataaga cttactccag 9720 aagaaatatt ttttatcaga catactgcaa caatctctgt tctgttcaac aaattttctt 9780 gtcggcttag tccctttatt aatccggggt 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ttcaatttgc attttctaat ttcctcaaag tattatcagg 10680 ctaaaagcta ctgtatagca cattgtcatg ccagagaagc aattacatga ggaaaaactt 10740 ctaaactcca ttctgtttcc atgcattctc cctgctgaaa gttctagaag gccattgtat 10800 ttgagaggtg cctatttctg actgcctttg gccaaagttg agcagatggc gtgtcggagg 10860 gattgcctgt tggtgtgagt aaatagagaa attcacgttc gattcattca agcagaagag 10920 ctctccacag tcaaccatat tgaatgattt aggattcact gcagtacctt ccccgtaatg 10980 gagcaatttt tggagatttc ataatcccat gccttgcgta cggaaccgac agacaaagga 11040 aatacattct ccattcccat tatttctatt ctctctagcc ccactcttgc agaatttatg 11100 ttcgataatg aggaatttat tgcctgcaaa aggtcatggc gcgtttttac gaaggcagac 11160 ttagcaagag agaagagttt tatttagtga tgtgtgaact tgaaatgacc tcatctaaac 11220 ttccaatatg tatcatgttt actattttct tcagccagtt tatttattta tttttaagta 11280 tattcatcct aaagtaaatt acatttttag gtttaaattt agttgttgtg ctgcaagggc 11340 aacttgtcaa acgtcaaaat tacatcaaaa atgtgtaaaa atgctgattt attttgatgt 11400 caattaacta ccttggtgtc aaaattttat caaattgaca ttggcatcaa aaatagacta 11460 cagaactgtc 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