Dbfetch
ID CR847569; SV 14; linear; genomic DNA; STD; VRT; 120175 BP. XX AC CR847569; XX DT 01-OCT-2004 (Rel. 81, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 22) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-195I21 in linkage group 22 Contains DE two novel genes. XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-120175 RA Oliver K.; RT ; RL Submitted (12-JAN-2009) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 44f8f162bb0300594d0f14f97574d41f. DR ENA-CON; CT994364. DR BioSample; SAMEA3146246. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC IMPORTANT: This sequence is not the entire insert of clone CH211-195I21. It CC may be shorter because we sequence overlapping sections only once, except CC for a short overlap. CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. Where CC differences are found these are annotated as variations together with a CC note of the overlapping clone name. Note that the variation annotation may CC not be found in the sequence submission corresponding to the overlapping CC clone, as we submit sequences with only a small overlap. CC CC The true left end of clone DKEY-33L16 is at 118176 in this sequence. CC The true left end of clone CH211-195I21 is at 1 in this sequence. CC CC CH211-195I21 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..120175 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="22" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-195I21" FT /db_xref="taxon:7955" FT misc_feature 1..120175 FT /note="annotated region of clone" FT misc_feature 1 FT /note="Clone_left_end: CH211-195I21" FT mRNA join(<5173..5298,13731..13832,24308..24398,27315..27355, FT 29724..29780,33091..33177,51242..51312,53642..53861, FT 54883..55452) FT /locus_tag="CH211-195I21.1-001" FT /product="novel protein" FT CDS join(<5173..5298,13731..13832,24308..24398,27315..27355, FT 29724..29780,33091..33177,51242..51312,53642..53861, FT 54883..55452) FT /codon_start=1 FT /locus_tag="CH211-195I21.1-001" FT /standard_name="OTTDARP00000017567" FT /product="novel protein" FT /note="match: proteins: Tr:Q3U1T9 Tr:Q4SF31 Tr:Q5T3B9 FT Tr:Q8TBE6" FT /db_xref="GOA:Q1L8F0" FT /db_xref="InterPro:IPR005112" FT /db_xref="InterPro:IPR037516" FT /db_xref="InterPro:IPR040032" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q1L8F0" FT /db_xref="ZFIN:ZDB-GENE-060503-16" FT /protein_id="CAK04303.1" FT /translation="VSSLKSKLKKQSTATGAGVARAFLHAQAALFGSYRDALRYKPGEP FT ITFCEKSFVAHRSSAMRGFLEMAVNLQLFKQFIEGRLAKLNAGRGFTDVYEEEITEGGF FT CKSNSKSYQQWIHTKMAKDHAKRKIRDMKDKITQKDTEEEESPYCEGSPTSTKSLSPRR FT LQRIAYQNLKSSPHTLYPDSYNNDDNASRISSEDSGEVPSYNEDSDESDLELRSEVSQS FT GQMNLLEEILDSLSTSHIEQGRLSAAKSLDFFRSFEDLDYNPKKSFKSPLCSSPAATGC FT EVGNGEPAGWKTGQDDSAVHGKHLPPSPRRQTSSCSLPVHPPPPTEDIPMRNSLPETPT FT IQILFPDMEKATNSADGLLSPEKKHPAARSLSRQKVLSRKTQRPHQEHKTASGQLSVHV FT PWEREKQLLGTGIEGDSSETQEKGLLEEIESMCRISMAFDSNQEFIQNNSSRDKS" FT misc_feature 21393..21478 FT /note="Sequence from uni-directional dGTP big dye FT terminator reads only" FT misc_feature 21479 FT /note="Tandem repeat. Forced join. Gap size estimated to be FT approximately 160bp by restriction digest data" FT misc_feature 21480..21532 FT /note="Single clone region. Assembly consistent with FT restriction digest data" FT misc_feature 24462..24540 FT /note="Sequence from uni-directional dGTP big dye FT terminator reads only" FT misc_feature 40473 FT /note="Tandem repeat. Forced join. Assembly confirmed by FT restriction digest data" FT mRNA complement(join(<85177..85399,85570..85692,86671..86715, FT 87973..88891,89077..89242,91784..92337,94360..>95289)) FT /locus_tag="CH211-195I21.2-001" FT /product="novel protein" FT CDS complement(join(<85177..85399,85570..85692,86671..86715, FT 87973..88891,89077..89242,91784..92337,94360..>95289)) FT /codon_start=3 FT /locus_tag="CH211-195I21.2-001" FT /standard_name="OTTDARP00000017568" FT /product="novel protein" FT /note="match: proteins: Tr:Q4SF34" FT /db_xref="GOA:Q1L8E9" FT /db_xref="InterPro:IPR000152" FT /db_xref="InterPro:IPR000742" FT /db_xref="InterPro:IPR001791" FT /db_xref="InterPro:IPR001881" FT /db_xref="InterPro:IPR013032" FT /db_xref="InterPro:IPR013320" FT /db_xref="InterPro:IPR018097" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:Q1L8E9" FT /db_xref="ZFIN:ZDB-GENE-050208-382" FT /protein_id="CAK04304.1" FT /translation="ALCEQNTTACTTSPCHNGATCEDFLGSYKCICPSESEDGVLYGGR FT NCSEPLTGCEGHECQNGASCIPFLSEGVHGYSCICQPGYTGSYCQTLTVFSFETSRAFL FT HLQTPLLGAETYFNITLSFRTVLENTVLFQRGSGGVTLSLEIQETHLILDLKTDPQPNA FT TSWTLMLPQVVSDGEWHTVEAVLGEGTLLLQLLEPCQGGQNCGTTAQVKIGALELESAL FT LSTFVGGLDEGGSSRSFIGCMRDLLVDSQLMIPEDWLSSSAVNVVQGCSHHDRCLSGPC FT ENHGECVNLWQGYQCKCLRPYVGQNCDEEYITTRFGQEDSTSYAVFTINDEPDSETLHL FT SMFLRTRKDSGLLVLLANSTSDYLQMWLEKGKLTVQVNNLKTVTGERVLNDGERHFVSV FT TIEDGMMTLQNSDHEFEATYVQPVSIQFGDTINVGGLFDVQALTAFGGHFKGCLQDLQL FT NEKKLEFFPIDTSAMSYKPDRVVEVTAGCTSDDTCSKNPCQNGGICFSSWDDFTCNCPP FT NTSGQHCEEVSWCDLNPCPPQAICKALNQGYECISNVTFQENTTLVYQGNGLISRHLTS FT IVFNIRTRKRNAIVLHAESGSEFVTVSLQDGFLVLELLSGPTTSSSLSPVTLHSPRVVA FT DGEWHVIELLMATPGSNSSHWIMVPLDEKDEPTKSDSMTGNLDFLRESVYIMLGGLGPD FT SGSNLIGCLSNVEIGGIVLPYYGQTEVRFPRTQEEMFNKISEEPVQTGCFGEVVCEPNP FT CLHGGICDDHFNLFHCFCLPGWGGDHCELNTNTCASNPCRHGYCSVQDLTYNCTCEDGY FT TGTNCEMKVDACAGHRCANGATCLRGFNMYSCLCTDKFTGPLCNIQIEEVPWYVVVRNI FT PPKLPVSICGDEQQNYTCFNGGNCSDTNMPCDCHPGFSGHWCELELDECRSNPCKNGGY FT CQNMVNRFQCVCEMTFAGETCEVDVSDLYFYMAALFWQNLFQFLSYLILRLDDEPE" FT misc_feature 118176 FT /note="Clone_left_end: DKEY-33L16" XX SQ Sequence 120175 BP; 38765 A; 21412 C; 21046 G; 38952 T; 0 other; gaattcccgt gtgcagcctt ttgtttcatc tgttcttatt tgcccactgg gtaacggctc 60 acgatctcct gagtctgagt ggcattttgc tttctttgat tcttcagaaa tgaagactgt 120 ttaacggatt gtttggggag attgagagaa gtgaggaggg ggagaaaaaa aagagacaac 180 gcatcaacat gaaatattaa tactgcagca actttacata aacataaaag cacttagcca 240 gtgtgaatat ggagatgaca cttgttaatt tacagccgct aaactttcgg agtattcgcc 300 atatcagctg ggaagaaaag atgcatccca acagagacaa gcagaacaaa agacaacaca 360 aataaagctt gttttatatg aaaaatcatt ttcatgttca acaggggaag tccacttctt 420 ttttttatgc acctgttatt ttttttcaga ttttattatt atttttttat gtattttatt 480 tttggctttt catgaagtgt tgttcttagt ctgatattca aaaaaacatc cgaaacagaa 540 acacactttt catttattct tttgtcgcat gttatgaatg tgtgtatata ttttgattgt 600 agtacatata tgtaaagcct gttttgtcaa aggaaaaaaa aaatctgtat taagtcataa 660 atcttcactt ttggagtttt tggcagttca gcaaactacg ctaccagaca aaagtcttgt 720 catcgatgcc agttgttgaa gagcaacaaa tagtaactca acttcatttg gaaaagttgc 780 agactgtaga tttttccaat gaatcatctg ttgaactgta tcccaatgat cacaaatact 840 gcagaagacc tactggaacc cgcatggacc caagatcatg gtttggagtt acattcagta 900 tgggggagtg cgagagatct tcagagtaga tggcaacaac aacagcctga gatattaagt 960 cttttgtgct gcccattaca ttacattaga aaccacagga gagggcaaat tcttcagtag 1020 tttctttcag tttctaaaag caaagaaggt caaggtgctc caggattggc cagccaagtc 1080 accagacata aacattatta agcatgtctg gggtaggatg aaggaggcat tgaagatgaa 1140 tccaaagaat cttcatgaac tctgggagtc ctgcaagaac actttctttg ccattcagat 1200 gactttatta ataagtgaaa aatcaaggaa tgatcatatt ttattttggt aaaataagca 1260 taatctagag gcctttgcct tccataatag ccacttctga taccaaatga tcaactagaa 1320 gtcaagttat catttgctgt tcctaaaact tggataggca acaagacttt tatcaggtcg 1380 tgtacttcta atattaggaa gtttttacac agtgatttgt tcatgtatta tttgcttgat 1440 tattcacaat ttcttatttt acaattttta ttttctggct attcatgcat tatgaagtga 1500 taaataaaat atttggctct aatatgtaaa taaaggaagt aaaaacaaat ctgtttcacc 1560 atatttaaga tgattttcaa ataataatga tctccactct gacgctccgc agcttgttac 1620 agtggctgat gtgcgcaaac taacacgaag tgttagaagt gagatatctt agtaaccttt 1680 ttttgctcct gaaatttgtt gtggttgaaa tgcagactaa attctaatta tacctgacaa 1740 aagagaccaa cagagatgta tttacaatgg ttttaattca tataaaagca gtatgtcaac 1800 atgtacataa acaaatgagt ttacgtattt tattttaata aaagtctcag aagaactgag 1860 tgatttacat taacgtactt tatatactta cgtttagctg tctgtgtgtg tttgttcctt 1920 cattccaaat atatgcggca aatgtcacaa tatacatgtt aaaataaaaa gagatcagtt 1980 taaacagacc ttatgtcttt ttgtggtggc aatagaatat ctgtatatcc tgcattttgc 2040 atgctgatgg ctcttcgctg cttgtttcac tctcacagaa ccactggtgt tttacactag 2100 caaggtttac atgataacga gtaaacaatg atttatgtcg tatatttgag gcttgtaatc 2160 ttcatgaact ttaatttttc aactatgtct aggtttatgc atattttcat tctgtggcac 2220 ctttaataaa gtaacagctc agttgcatat ttaaaaacca ttttagatag cttgtaatac 2280 gaaaatattt gcaacttcct aatataatca attaactggc gaaaatatgg tgataactat 2340 tagctaattt ctatcctctt cagcatgcag tgtcttgact gaagaagctg cagtgattat 2400 tgatattagt gctgctcgtg tggatgattt tcagcagatg gttatgagca tattatcagc 2460 atatgtaatt ggtttagtta accttacatt acctggatca agcagctctt tgtggttcat 2520 tttgtgtttg tgttctgctg tgtttcatca caggcttcag tgctttagga gtgcaggaaa 2580 atcattcacc taatgtttta ttactcaaaa aacgtcaagc tgtttgaacc tcaaataaat 2640 agaacatatt ttgcgacatt tcccttagtt ttactgaatt aatttagtgt tgatgtttat 2700 ctttctcttt tcaatggaaa tatttcaatg actgttaaat ttttttattt aaatgttctg 2760 aacaatattg tatattataa tgtatttttt gttatatgta tacagttgaa gtcagaatta 2820 tcagcccccc cccaaccccc cctctttatt attttaatat ttcctaaatg aagtttaaca 2880 gagcaagaac attttcacag tatgtctgat aatatgtttt ttcttctgga gaaagtctta 2940 tttgttttat tttggcaaga ataaagcttt taattaaaaa aaaaaaaaaa aacattttaa 3000 ggacaaaatt attagcccct ttaagctatt ttttctttcg atggtctaca gaacaaacta 3060 tcattataca ataacttgcc tataccctaa cctgtctagt taacctaatt aacctagtta 3120 agcctttaaa tgtcacttat agctgtatag aagtgtcttt aaaaatatct agtcaaatat 3180 tttgtactca tatcatagca aagataaata aatcagtaga atttaggtta ttaaaactct 3240 taggtttaga aatgtgtcct ttaaacagaa attggggaga aaataaactg ggttaatgat 3300 agggttaatt catttaataa ttcagggagt taataattct tcaattgtat gtacactact 3360 actaataact aatatgtatt attgctgttg atattaatat aaacatataa tttgaatata 3420 aaaagataat gacaatatgt attattatag ttattcttat aattaataaa ttataatatt 3480 tattgtacat tttgtatttt cattcattta ataactacta ttaataaata ttttatttat 3540 aaaatattta atagcatttt ttgtagttat gcaaattaaa atgtgttgta aattataact 3600 attaataaac attttattta taaaaatgta catctactat aatattatta ataataatga 3660 taacaatatt ttatatatta ccattggata cacagcaaat atccccacaa atactactac 3720 ttctgttact aataataata atatgtatcc ttattactgt tgttgttatt attattattg 3780 aattttgtta ttagtgttat tattcaatat gcaataatgt ataatgtaat atgaaaatat 3840 atttaaaatt attattttag ttattctaat tactattata tttattatac aatttcggtt 3900 atgattcatt taataagtac tactattaaa tattttattt aaaaaatatt taataatagc 3960 agttattaaa tgagttattc cattatatat tttatcaaaa aaaaattata tatatatata 4020 tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata 4080 tatatatata taaattttta tttttaaatt ttttttatgt tggtataagt aggtagtctt 4140 tggcttggtt tcagttggtg caacacgtct tctgacaggg atcctatttt atccccgctt 4200 cactggctgc ctgtacagca cattttattt tgaattgctt ttaaatctat gagtgggtca 4260 gcgccttcat ttatatcaca actgctacac acctacgtaa cttctcgctc tcttacatca 4320 gctgcttctt agagtgccta atgctaagcg taagctcaga ggaggccgag cctttgctgt 4380 ggctgctccc agactatgga atactctgct tctttacatt aggcaggctc cctcattgtc 4440 tttattctaa tctcatctca aaacaaacaa aaactttttt ttttttccct tggcctttga 4500 cacttgattt tttattttat ttttattatt ttaaatagca gttagctata tcttaaatat 4560 acgttttttc cccctaattt taaatatgtt ttataagtct tgtgtcgtgt tgtgaactca 4620 ttttaatgta cagcactttg gtttgctctc tggtgattgt taagtgctta tttataaagt 4680 ttgcattgtg ttttatttat acaaatgtac atattttaaa ataatattaa taagaattat 4740 tattaaacaa aaatttacaa ttatcccctc aaatttgata ggttttacaa acaaaacctt 4800 attgctttaa aactaatttt aaaaacaact aaagtcgtca tttcatttat cagatcaaaa 4860 agaatatagt gttaaagacc acaggtatat agtaaagcaa taaaagcaca tgcgtctaga 4920 aagaagaaga catctaaaag agtggggctt tttcagtgtc atctaggctt tttacacaca 4980 cacacacaca cacacacaca cacacacagc agcatcgctt caattaacag agcagcaggt 5040 gctcgacttc tcttgatttc tctgtctgct tttttcctct ctttttgacc tgtaaatgtg 5100 actcttcaca ctctgaatgg ctctgctcct ccacctattt gcgaggtgtt aatttaactg 5160 tgtgtgtgtc aggtgtcgag tctgaagagt aagctgaaga agcagtccac ggcgaccggc 5220 gctggtgtgg cccgggcctt tctgcacgct caggccgcgc tcttcggatc ctaccgggac 5280 gccctccgat ataaacccgt aagactgatg cacttcactt acaattacag tacagtatct 5340 gtacattagc aatacttgat gcatcactga agtgtgggat gcagtaagat aatctataag 5400 aggtttttta aatgggtttt taaattttat ggcctaaaaa tttgattctt ttcatcttgt 5460 tttatgcaag caggcattta tacacttaat actttttaaa ttaaattaaa tttatgattt 5520 aatttaatgt ttaagtcagt ttgtttaagt aagaaatgtt taagtcagtt tgagctttat 5580 aattaaatga ttttttcagt tttaagttat gttcagttaa tgactaaaat gcgaaatgat 5640 ttttaccata aaataaatga aatatttttt tctgtaattt ttctgtattt ttaacgttta 5700 tttttcaatt gtttttttta tatttacata tgcatttata aaaaaaatac ttatacaaat 5760 aatttttttc taaaaataaa ttcatatttc caatcataaa tatgaacata tttcaaaata 5820 ctattacact tacaaatatc ctgttttttt ttttctatta aagaaaaatt tgttatttaa 5880 atttagctaa ttattttttt aaatatacag catccggaat gttattttaa gggtttataa 5940 agccagtttc ttattaatat tgtattatta agttaattaa ttattataag tctattaaat 6000 aatatttaaa tgatatattt atatatctag aaaattttac ttaaatatat attaatattt 6060 acatttttta aaatgtatat ttatatatat ttatatagta ttatatttct ttattacata 6120 taaatttttg tgtaatatat aaatatttat acaaacatta ttgtttgtat aaatatgaac 6180 atatttcaaa attatataat atttaacaaa aatatcccgt ttctaaggtt ttttttaatc 6240 aacttttgct ttttttttta tatacaccat ctcaaatttt attttaagga tttataaacc 6300 caatttctta taaaattttt attaatcaat caatcaatta attattcaaa gactataaac 6360 tataatctga ttagtgtatt tacgactatt tatattatat ttttaaactt aataaaagtt 6420 tttatttcta aattcttttt tttctgtaga ctttattact ttattatata tcaatattat 6480 aaatacagtt aaagtcagaa ttatttgccc ccctgtttat ttttcccccc aatttctgtg 6540 taacggagag aagatttttt ttcaacacat ttctaaacat aatagtttta ataactcatt 6600 tcttataact gatctatttt atctttgcca tgatgacagt taataatatt tgaccagata 6660 tttttcggga cactctatac agcctaaagt gacatttaaa ggcttaacta ggttaactag 6720 gtttacaagc aaggttaggg taattaggca agttattgta taatgatggt ttgttctgta 6780 gactattgaa aaaatatagc ttaaaggggc taataacgtt gaccttaaaa tggtttttta 6840 ttctatttat ttattgtagc caaaataaaa caaataagac tttctccaga agaaaaaata 6900 ttatcagaca caaacagttg aagtcagaat tattagaatt atctatttta tttatctaat 6960 aataaaattg taagaattgt attttatttt attgctgatt tcatataaac cttaaagctc 7020 agaggtgtaa gatttgtctc agaagccatt ttcctcacaa aggcggtctg aaacagaaag 7080 ggtgagtgca ggttgcaggt gggcctgtct gcatatctga aatgtcagat gtttaaagcc 7140 ccgcgtgtct ctctgaagtc tccggccctt cgtgctcctc tcagaccttc gaaactcctg 7200 aaaacaaagt gcgctttctg tttgtcaaat gtggccgtct ttgttggcaa gccagagagt 7260 aattggtttg tgtaaaccca cagagccaag atgcattatt gatgtttcag cgcttgtgca 7320 caaactggct tttcgccgct cgaaaaacaa aaaaaaaaaa aaaagaaaga agaagaagaa 7380 aaaaatacac acatgctcca agtcagagtc tgcgcaactc 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