Dbfetch
ID CR792423; SV 5; linear; genomic DNA; STD; VRT; 154548 BP. XX AC CR792423; XX DT 23-SEP-2004 (Rel. 81, Created) DT 13-DEC-2004 (Rel. 82, Last updated, Version 7) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-190H10 in linkage group 5 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-154548 RA Holt K.; RT ; RL Submitted (11-DEC-2004) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; a862fe7956eaf943e7e1433ce63332a9. DR ENA-CON; KZ115112. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000028542; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000035557; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000109966; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000110497; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000110690; danio_rerio. 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DR Ensembl-Tr; ENSDART00000190600; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000192690; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000193719; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000193915; danio_rerio. DR GOA; A0A2R8Q2E9. DR GOA; A0A2R8QCX4. DR GOA; A0A2R8QD05. DR GOA; A0A2R8QFH1. DR GOA; A0A2R8QIH9. DR GOA; A0A2R8QJW0. DR GOA; A0A2R8QPV5. DR GOA; A0A2R8QUF2. DR GOA; A0A2R8RHX5. DR GOA; A0A2R8RPR6. DR GOA; E7F9F4. DR GOA; Q6PSS4. DR InterPro; IPR002117; p53_tumour_suppressor. DR InterPro; IPR004241; Atg8-like. DR InterPro; IPR006603; PQ-loop_rpt. DR InterPro; IPR007122; Villin/Gelsolin. DR InterPro; IPR007123; Gelsolin-like_dom. DR InterPro; IPR008661; L6_membrane. DR InterPro; IPR008967; p53-like_TF_DNA-bd. DR InterPro; IPR009071; HMG_box_dom. DR InterPro; IPR010991; p53_tetrameristn. DR InterPro; IPR011615; p53_DNA-bd. DR InterPro; IPR012346; p53/RUNT-type_TF_DNA-bd_sf. DR InterPro; IPR016817; MannP-dilichol_defect-1. DR InterPro; IPR018108; Mitochondrial_sb/sol_carrier. DR InterPro; IPR022097; SOX_fam. DR InterPro; IPR023395; Mt_carrier_dom_sf. DR InterPro; IPR026094; GPS2. DR InterPro; IPR026299; MRP-S31. DR InterPro; IPR029006; ADF-H/Gelsolin-like_dom_sf. DR InterPro; IPR029071; Ubiquitin-like_domsf. DR InterPro; IPR029917; CapG. DR InterPro; IPR036674; p53_tetramer_sf. DR InterPro; IPR036910; HMG_box_dom_sf. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8Q2E9; A0A2R8Q2E9_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QB54; A0A2R8QB54_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QCX4; A0A2R8QCX4_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QD05; A0A2R8QD05_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QFH1; A0A2R8QFH1_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QIH9; A0A2R8QIH9_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QJW0; A0A2R8QJW0_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QPV5; A0A2R8QPV5_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QUF2; A0A2R8QUF2_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8RHX5; A0A2R8RHX5_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8RPR6; A0A2R8RPR6_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; E7F9F4; E7F9F4_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; Q6DRQ1; Q6DRQ1_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; Q6PSS4; Q6PSS4_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-030131-3715; mrps31. DR ZFIN; ZDB-GENE-030131-5174; gabarapa. DR ZFIN; ZDB-GENE-030131-8522; si:ch211-114c12.2. DR ZFIN; ZDB-GENE-040426-1176; gps2. DR ZFIN; ZDB-GENE-040912-9; mpdu1a. DR ZFIN; ZDB-GENE-060526-34; si:ch211-137i24.10. DR ZFIN; ZDB-GENE-060526-35; slc25a15b. DR ZFIN; ZDB-GENE-060531-6; capga. DR ZFIN; ZDB-GENE-980526-102; sox19a. DR ZFIN; ZDB-GENE-990415-270; tp53. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC CH211-190H10 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..154548 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-190H10" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 154548 BP; 47989 A; 27920 C; 27770 G; 50869 T; 0 other; gaattctctc atcattcaca tacctcttat tctcttggtg tttcttacat ttactgagca 60 aaaagataac attttgtaga acattatttt acctgggtta caataaaaaa tcagtagtcc 120 tcgaattcca aagtattaat tccctattat gtatgccagg gtccactggt tttcagcatt 180 cttcaaaata tcttcttttt tttcaactga aacaaagaaa catgaatatt tggaagcact 240 taagggtgag aatattttaa tttataaatg aaccattact gtgcactgca ttcacacaca 300 gaatcgaact gctaatcacc aaaaacctcg catgttagtt ttgttcatgg cttgtcttgg 360 ggagaaataa aataaaagga agtagctaaa tgtgtgtcat tctaattgtg taatcggttt 420 tttgtgcttg gttacaagct ggttgttgga gaagcaacac tgcaggactg caactcaaat 480 gacacttgca aaattaaact ggaggaaaaa tataggtcac agtgatcatt aactgtttgt 540 ctgcacacaa gagatgatca agttgatttt gggctgactt ttggatgtct tttaggtcat 600 gacgagcaag tgtcctcaag aacaattaaa cttttttttt ttatgaagca aagttttgta 660 tttttttata caagtagcct actatggtta agatagcaag tgtagcacaa ccatattgca 720 tttgtggtta ccgtggttta acaaaactat ttttttggat ttttggtgga atcatattta 780 atttttgtga ggtgtcaatt tatgatctcc aaccacctgc ttgtgcactt caacaccata 840 ggctactttt gcctgacaga atttactcta atttactcta atagaattta atctactttt 900 ttcagcgttt actttcaggt tttgccacgt agttatcctg tcccgaccac ttggtctgat 960 gatcttcaat actgctgatg tcattacgca gctgacgtaa cttgacgtac gccgcctccc 1020 ttgttccttg tatatccctc cgccctccga cgcagttgtc aaaaaaccct gatctagttt 1080 gtaaacacta ccgacggcag gttttcttgg agattttgaa gatctcccaa accttgacaa 1140 tgaagtttat gtacaaagaa gagcatccct tcgagaagcg acggtccgag ggggaaaaaa 1200 tcagaaagaa gtacccggac agagtgcctg taagtcagac aaatgagttg tttttgttgg 1260 gccctgcgct cacagataat atagacctaa cgttaccgac gaattacacc gtgacaacgc 1320 tgatttataa tgttaaatct tatgaaaatg gcgtattcga ttaaaaaacg tgatgtaatc 1380 cctatatttg tttaatagat tgttgttttg aagctgtcct tcatggaaca actagcgtta 1440 gcgtcaatta acgttagcgt ttggaaatag tggcatcgtt taaactactg tgaatagaat 1500 atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatacacac acacacacgt 1560 ttaatgatac taacgtcaca tattaatgtg ttaaacgtac aaaaacatga actgctttgc 1620 ataacattta attattgaaa tgagctgtgc atgttttgac tgggctgaaa acaaaatgag 1680 taacgttatt cattaaaaat acagggtttt ctgacacgat accatgtggc ctcacaccag 1740 tttatttttc agttgcatta tgtgtcgtca gtacaaatat cagcagcaaa tctaggggaa 1800 tacccattac tcatgttatt atagcactga aagttgctgt tgttttcact tgactggcac 1860 attgttttca gcactgattt gttttctgca ggttattgtt gaaaaagctc ccaaagccag 1920 aataggagat ctggacaaaa agaaatacct cgtcccgtct gacctcacag gttagtttgt 1980 taaaaaactg cataaacttt tgtataattt ttaagggtat taaaatatga aaatatgttt 2040 tgacactttt tttcattatt tctgaagttg ggcagttcta cttccttatt cgaaaaagga 2100 tccacttgag ggctgaagat gccctgttct tctttgtcaa caatgtcatt cctcccacat 2160 cagccactat gggactgctc taccaggtac acacctcgta ccctttgtga taacgaactt 2220 gattatttgt ttgttacagc ttaccccttt gctacacgta tgctttcata agataattaa 2280 gcattcctct ttgtttctct tttaggagca tcacgaagaa gactttttcc tttacattgc 2340 ctacagtgat gaaagcgtgt atggggatgt tttgaaagac gtgtaaccaa tttgctccac 2400 attaccagtc tttaaaataa aatgatcaat acgttaggct acttgaggtg tacatgttga 2460 atgcactttc atatccccct cctagtctgt ttatgaaatc ttgtttgtac tccatgctgc 2520 ctgcattttg ttcttttcgg tttaagaatt tcccccttca gtcttgcttt actaagacgg 2580 acctataaaa atcttagctt tggtccgttt cagtaaattt tagtgggttt catatccata 2640 aaggctcttt caatgtttta cacttctcct ttcacttttc ctcattttta ctccgcaccg 2700 ccatgcatca tgcagttgtg ctactacagt ctagtttagt ttttttttag ccaccctatt 2760 tgcacagacc aaaatcattt ataatactgg actatcatac catgtaaagt gtgaatgtgt 2820 gtttgtgtac tgttgccaat tattatttta aaacaggttg ggattgctgt ttatttgaat 2880 aaactgttta aaaggtttca tttcagttga tgtaggagat cgaatgttta tttgattttt 2940 attattatta ttaaggttca tgagttgatt ggcttttttg cacatttgta ttatggattg 3000 gtgtgtttat ttttttcgtt tttttcccta aaagctttaa ttgtaatggc cacaaatctt 3060 aagcttgtca ccattataaa cctgatgtga aacaatattt gcctatgtgt gtctttgatg 3120 gtcttaattt ttttcatttt taatatcgag agtatctgca gtgtgtcttt tttgttgttg 3180 tttaagagat aaaagctttt atatcaaatt aagcatatga aattcattat gtgtagtaca 3240 tcaaatgtac ctgtaggata aaacattttc cttcggctta gtccctttat ttatcagggg 3300 tcaccactgc gcaatgatct gccaacttat ccagcatatc ttttccgcag cgcaagccct 3360 tcccagtatt gggaaacacc cataaacatt cacacacata cactgcgggc aatttagctt 3420 aatgaattta cctattgcgc atggactgtg ggggaaacca gagcacctga aggaaagcca 3480 tgacaacaca gggagaacat gctgcaaact ccgcacagaa atgccaacgg attcgggact 3540 caaaccagcc atcttattgc tgtgagtgac agtgccaacc actgagccac tgtgcggcct 3600 caaggtaaaa catacaaatg caaattgaat ttagcttaga ttttcaagca taattttaac 3660 attttgccat aatgattctg atgtattaat tcctgaggag aagcaaagga gtaaagcatt 3720 ttgttttgat gtatatgcat atacaggggt ggatttaacc aataaaatgc agagattgca 3780 ttacttaaaa atgttgaaaa gaagaatgag tgatataaga aaatacagca atataaaata 3840 aaattttata aaagtagaaa ggttgcattt taggacttag gccctatggc tgaaattgct 3900 tagggcccca aaatcaccaa atctgcccct gtgcatattt tgtgcaacac taataatgac 3960 ataaaaatta aaataataat aatgatatta tatcaaaatg tttacagata ttgttgatgc 4020 tttatgaaca cagccaagtt aaacagctgt ggttgtaaaa aacattttac cgattataag 4080 catgatatgc ctaattcagg gatggctaaa gctggcccac agtaaccttt catttgacct 4140 gccatccatc tgagaagaga ggaagaatga tggggatggt ttagaggttg tcattttaaa 4200 tctaatgtaa ccttttgttt gtttgtttca ttgttaaaag ctaacagaaa ttacatgctt 4260 caattaaatg gtgtgaatta atcggatttt gtttaaaatg tgcatactgt catccgccaa 4320 atcagggcaa aggtttattc tccttgacta gtattcatca ttgaacgcca ctgtgttcaa 4380 aatgtgattt ttataattgc aataagttat catcttaaat gttatactgg attagttaat 4440 acgattcaaa gtaatgcatt tctattcact tatataatat aataaaataa aataggaaat 4500 tatagctgct ttaatgtcat atagtttggt atatttacct tcggcccacg gttctcaatg 4560 atatttggct tttggccctt tacatgaaaa agtttgggcc ctgatctaat cactgaactg 4620 aagagaaaaa cacggtttgt acccctttta cttgccgtca tcaagacacg cccagcggaa 4680 gtgcgccaaa ctgggtttcc tgtcctcctt attttggtta aatactgata tacttgttta 4740 ttttttcttt acggaaagcc ttcagacaag ctcagcatac ttttaatctc agaaacggac 4800 aaaagtgcgt tatatgaaga ttccaagagt ttcattgcaa gagttttttt ttttattcag 4860 tgcgctgatt ttgcaagcta gctgactaag ctgttacttg agccgttagc ctgatggtca 4920 agcctgctag ccttatagtc atgtgttaat cgattttact gtaaaaagaa aatactgaac 4980 tcactttcgc ctgtaaaagt ttgtctattt tttatcaatt attttcttga acatcttggc 5040 acaatcgatt atcgaaacat taaggttact gcaagcatag ccagctagct tgttaagtcg 5100 ttacagagct aatagggagt ttgctgcatt ttattgcttc tcattaccac ataccctttc 5160 ttttaattca cattttgctc taactcgtag tcttttgttt ttagaattga tatggtaagt 5220 tggtttatta aacaacgtca gcaaggcttg tcaacttttt gacagatgcc tttagtttgt 5280 gtttgtgact tgtcagcctg aaacactgtg aaataacaaa cttaaattgt gctgttcagc 5340 aatagtaata atgttaatag gtcagttatg cgtttaacac ctgtcattta gcaaggtaaa 5400 ataacaaaat aatgaattgt agctggggta agggcactaa agtccaaaat tatttttttg 5460 tgttgaaaat atagatgtta atgcttaact gtaggtttta aaatatggag tttgtaattt 5520 gtatagacta tagtatgatt ttcttttttt ttttactcct gccatctcta cttcagctgg 5580 caccaccaat ccctaccatc atgccggctc ttctggagag gcccaaactg tctaatgcca 5640 tggcacgtgc cttacacaag cacatcatga gagagaggga gcgcaagagg caaggtgagt 5700 cctggagtct gttgtacagg gtgtccgcgg ggtcttaaaa tgttttaaaa ttcaaaaaac 5760 taattttagg ctttaaaacg tcttaaatcc actgaaattt ttacttgtat gtcttaaatc 5820 attttaacag gttttaattt tccatacagt caccagcaat ccatctcaaa aaacctttaa 5880 cactctattt ataagactaa ataccaatag gttgtgttca cttgatgtca ttgatgacgt 5940 gtgaaattca gatggagggc tggaagtgat tcttctatat aggaatcgct atcagaacat 6000 acaaatgttt ctgttttatg ttgtttatca ttgttaaatt cgctaaaata agaaatgccg 6060 aacagccctt cttgacttcc aaatatttta gctcatgaaa aggaaaaagt tcaagaaact 6120 ggctgataaa tggaagaaaa gacagcatgt aataatcatc catgtgtaca aacttttctt 6180 gaatgcagta attcatttga cagcaccaat aaagattact tacaggtcta gctatgtgta 6240 taaatatgtt aatgtgtttt atttaaatca gatacagaca ccaatacact tatacaaaat 6300 ccaggagaac ataaataacg taatttgcca tgtaatcgat gtaatgaaat ctccttcatg 6360 ttttgcagta atcaaaagtc attactggca ttttggtgga ataaacaact gtaacatgaa 6420 cattgagatg cgcagcagcg gttattgttt gttgttgtta agttcatcga ctgaacaaaa 6480 aaagaaatgc aacccttgca actgaactag acggttatta ttgtgaagca cttttccccc 6540 tttacaaaaa taaatgaata ataatgtaga caatgtgccc acacttttgc atgctttcat 6600 ctgttatttc tttatgtctg gaagatatcc gcatgaggaa aaactgtagt aatttataat 6660 atgtttttga accacatatt gaagtgtata atgtgtataa ctcttttttt aatgacttct 6720 acagaatgca gcagcataag ctgtaatact gttagtgtta gctgtggtgt attgtaatta 6780 tagcgtagaa aattgaatcc ttttgaataa tttattacta cagtcgtgtt gtaccacaga 6840 aacaatatta ctacaatagt ttaattcaag taattgtcta tagtatgcat ccaacactat 6900 agtactttac tacagtattt ttaatgtaac ataattgtta tacactatgt accgcatcga 6960 tgactggcaa atgaatcagt tcagtgaaaa ctgccctctt catgatacaa ggatcatgcc 7020 taacatatgt ggttattttt gtatttatat ctcctttgaa atatagtatg catcgcaaaa 7080 atacaaactt tgtcttccaa tcgttttttt atttcctgcc ctctatctga tttacgcgtg 7140 tcaccagaac tacatgattg aaaacagcct atatgattta aatatcttcc tcgcaataag 7200 atttgtacat tctcaatgtg tttatagacc 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