Dbfetch
ID CR786569; SV 13; linear; genomic DNA; STD; VRT; 138999 BP. XX AC CR786569; XX DT 17-SEP-2004 (Rel. 81, Created) DT 08-DEC-2006 (Rel. 90, Last updated, Version 16) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-267N8 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-138999 RA Kerry G.; RT ; RL Submitted (08-DEC-2006) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 2d4f9381eb5667647171ca5575a42b6c. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-267N8 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..138999 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-267N8" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 138999 BP; 46484 A; 24321 C; 23971 G; 44223 T; 0 other; gaattcactt ataaagcatg cttttggact gaggaaaccg gagcactcgg gggaaaccgt 60 cgccaaaatg gggagaacat gcaaactcca cacagaaatg acaactggtc cagttaaact 120 gtatttacac attttaaatg ctataataag taatatgtat tcaattacaa gcttttacac 180 acagaatgca tatttattgc aagtaaagtt taaagcattt ttaatttttc aaatattttc 240 tgtgaagata aaatgttaaa atatgtgtga aataatgttc caacacatta taaagtgtaa 300 aatctaaatt gaaacatcaa attaaacaat cttaattttg agcagttaat cagggtttag 360 cttctccttt tttttttttt tttgtatttt gtatttttta gtcagtctgt cttaatgtaa 420 gttgagatga ctcgaaacat ctatttgatt attggtaaaa cccaaaattc tgtatttcat 480 ggcaaaaaaa taaaaagtaa aacgcttttt gtagcttacg atataagaaa ataataataa 540 tataaaataa taaataaatt taaacaataa atacattcaa acaatacatt ctactgtctt 600 tgacccactc agcacattac ctcatactca aacattattt atgtatttat ttatttattc 660 attcattttc gttttggctt agtctcttta ttaagcaggg gtcgccacag cggactgaac 720 caccaactta tccagcaatt ttttttgcgc agcacatgcc cttccagctg caacccagca 780 ctgggaaaca tccacacaca cttattcaca cacatacacc atggacaatt tagctaccca 840 attcatctat accacatgtt tttggactgt ggaggaaaac tggaacactg ggaggaaacc 900 catgctatca cgagtagaac atgcaaactc cacacagaaa tgccaactga ccccgctggg 960 gctcaaacca gcgaccttct tgctgtgagg cgatcatgtt acccactgcg cttttcacct 1020 atttatttgt ttatttattt atacattatt ttttaataat aaaatataca agactttgta 1080 aattatgatt aagcaaatat caacttaaat tgaacttttt tttttctatc tacaacacac 1140 gcaagaaaaa aaaaagaggt ctaaatttca actaaacagt ttaatttgat ccaggtctga 1200 atcactgctg aattggatta aacttaaatt ggatcagtcg tctaaatgcg tagtaattgg 1260 gtgattactt gtgtttagcc agcaacgaac acaattcaat tactctatgt gtctacacct 1320 tcaaatgggt atttggcaat gaaatcagtg atgtatcatt taaagttgga tggctctgct 1380 gaattgatct gataagttca catacatctg cggtaggcga taaggacact tccctgcctg 1440 ctcctctttg aacgtggccc gtagtgcaga ggctgatggg aaatccgctg taatacttca 1500 gagacactct gatatgagca tctgtttggt ctaagcttcc cctcggtgag ttaaactgat 1560 aaacatgttc cttcaacgct cacgtttaaa atgtacaaaa catctgctgt gattaaatcc 1620 tcgcgatcgc acaagatcaa caggcaatat tggcactgcc attttcaagg caacgagatt 1680 aactgcggtc tcacgagggc agagagccca gtttagcttc aattctggag gacttgatgt 1740 ttttaattta taatatgttg ttggtggacg gcaggggcat aacggggctg cgtaagccta 1800 cagtgattag actgtaaaaa cgattgtgcg actaatttta atgttacgga ctgttttcca 1860 aaagtatcaa agtatcactt gaaaactatt gtcgatctac aaattctctt aaataatcat 1920 tatgcagttc tacacaaaag tctgaccata tacgaaagta tacatacact cactggacac 1980 tttattaggt acacttacta gtacctggtt ggacccactt ttgacttcag aactgcctta 2040 agccgttgtg gcatagattc aacaaggtac tggaaatatt cctcagagat tttagtccat 2100 attgacagga tagcatcact tagtccacca catcccaaag gtgttctatg ggattgagat 2160 ctggtgacag tggtatatgc ttttctgcac aacttgtttg taaagagcgg ttattttagc 2220 tactgttgcc tttctatcag cttaaaccag tctggccatt ctcctctgac ctctggcatc 2280 aacaaaaggc atttgcgccc acagaactgc tagttatggg atattttctc tttttcggat 2340 cattctctgt aaaccctaga gatggttgtg aatgaaaatc ctagtagatt agcagtttct 2400 gaaatactca gacaagcccg tctggcacca acaaccatat accacgttca aagtctctta 2460 aatcaccttt catccccatt ctgatgctca gtttgaactg cagcagatca tcttgaccct 2520 gtctacatgc caaaatgcat tgagttgctg ccatgtgatt ggctgattat aaatgtgcat 2580 taatgagcag ttggacaggt gtacctaata aagtggccgg tgagtgtaat attgtagcta 2640 atatatttaa aaatatatgt agcctatttt tgtcatttca gtgattgaaa aataattgta 2700 tgatataaaa aaaaaacttg caatattttg aaacataata tgacatttta tatatatggc 2760 aacttattct taatagatta tttgtggact gttaggttgg cgttagggtt agagttagtg 2820 tagactacta atactctaat gagaagtaat tggcatgtag tcaacaaaat gtgcaatagg 2880 gactttcaaa aaaaagtgct ccccaataac tagcttcgat tcaattgtat tatcctataa 2940 agtttaggtg accaaactta tattttttgt tttaatgccc caaaaataat tgcatatatg 3000 gagtgtgatt ataattaaag attttctatt attagacatt agaacgttat tttcattgta 3060 atttttattt aatgaaattt gtttggtaga tatatggtga tatatatata gaacaaataa 3120 acaaaaacat caacaataaa caaaaaggca cagtcctagt gcagtaatag tgcagtaaag 3180 tgcatggggc atgagttgtt cttaccttca gtcccttaga agttacagtg ctcagtaaaa 3240 ctgagtacat cctgttttga aaattaatat ttttatcaat ttctcagtga atataggcaa 3300 tgtatttagg tgcatttcaa caaaacagat ttaataaaca gatatatgta ttaaaataat 3360 aatatatata aataacatat tagtcaccag acatgggaca aatgtaaaga aaatacaact 3420 aaatttaagc aaatattgca caaaaaaaaa aaaaaaaaac agtcattgat taaaaccaac 3480 aaaattttac ctaaatttaa tatttttctt ctcttgagta ttcctctgtt ttaaatttgt 3540 atttttatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat 3600 atatatatat atatatatat atatataatt aatatataat taatatataa ttaattttat 3660 aattatatat atatatatat atatatatat atattaacca atttaaaaga ttaatattgt 3720 gcattttccc tgtaaaacac gcagacacac actaacatat atagagtgct cagcatatat 3780 aagtacacct ctcacaaatc tatcttttaa attcatgttt ttaataggaa gctatacagt 3840 aatatatttg tgcatataca ttagattata cagtactgaa gaaatctgga gctaatctaa 3900 caaaataact tacaaaaaaa ggtccaaaaa ctatatagca cacccaaatg tatgttatag 3960 aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaatatatat atatatatat atatatatat atatatatat 4020 atatatatat atatatatat atatatattt aaaagaaata cacatttaaa taaaatgact 4080 gaacacaaca tttatttaaa aaactaaata tatgcttcaa agagatcacg attatagggt 4140 tacatgttca atatatgact ccatatgaag ttatatttca gcactttaga aatgaacagc 4200 gaccccttaa ttgcatggag aatgacttct caaacaatca tcttatgtgc acttttggaa 4260 aatgcatgta tatttgcaac gagtgctcat aaccttgcac gtacagaatg ctcataaggg 4320 ccaagacaca tcgttatctg gaaacccggc ccagaacagc ctgtaatgcg tccgctttcc 4380 atggataatt tacagtgctt gtttggcgtg gagcaaaccc acgctctact gaagtataac 4440 actaaatgtt ttttcctctt tgtttatgaa ttcccttgag attcaagttt tctgtgagga 4500 gagcccaaca aaataaagac taaagttttg tccttggagg gatgatttct gggccgtaac 4560 ggtgtagaag tttggacaaa atctgactca cagtctgggt tttcgctgat cagccactcg 4620 actctgacgg ctggagaata aaggagaatc tcaacctgtg tttgttagac accacaggaa 4680 ggccgcttca aagagcacag agaagcgggc cgattcacat ggggtattca tttaatcatc 4740 agaagaaagc agaagattca cttgtccctc ttggtttatt atagtagtaa tctaatgtaa 4800 gcttttaaaa ttggaaatga tgattgcagc tggaaggtca tccgctgcat aaaacatatg 4860 ctagaatagt tggcagttca ttttgctgtg gtgacccctg aactagagac taagctgaag 4920 gaaaatgaat gaatgattag aatagttttg attagattat tttattttgc ttattgtcca 4980 ttctgcacaa aatgcctaca ttctagggat gctcaaaata accgttaacc aaaagggtgc 5040 atttttaacc aattaatggt atgagttaaa cacttaaaaa tattaataat atatattttt 5100 tattggctgc ataactgtaa cacatatttg ttaactcacg ggatggtaac acgtgcctac 5160 agacattttt tgctaaagaa gcaaaatgaa agaaaactat tgctggtcac agtttgacac 5220 agacgagttg atgtcaaacc agagctgatg ctgattgcct ctgttctgga tccgcgtata 5280 aacacttctg tttatttgca ctattggaga agtaagccac aaaataaaac tttctgaaat 5340 gtatgctgct ttgtaaacaa gctggccaca agttgggatt ttcaatccaa caaagcatgc 5400 tctggcactg ctcgtaaaca caacgaatag gctatagttg tgatgattta gtgtaaaacc 5460 tacaaaccga tctttcatca acttggaaaa tgacagttat taatagttct tatgaaatat 5520 acatttttat aatagcctac ataatctacg aatcaaacaa aaccaaagat tttcttgctt 5580 ttttgcataa tgatgattct gcaccaaact aaggctttcg ctttacagct tataaaacat 5640 gtatgcaaat taatgcaata tcatatgtaa acaacaattt tttgtgtgct atagtagcct 5700 atactttaaa aaaagttaac atatgagctt tgttattgtc tgtcattgca cgcagcgcac 5760 ttacatgaac cgtgagtgac agattaaaat aaaggcacac aaggtaaaac cagacactca 5820 agacataaac ttcaaaataa taacttctat taaaaatggt tacagaggtg tgtgatatga 5880 taattacaga ggagcattaa ttaaatgcat gtttacatgg aacgatcgat ttaaggtagc 5940 ctgccatttt tattttgatg gaaaaaaaag atatgatggg aaaaaaacag cctaggccag 6000 ttcttaaaaa ggattgtcag tgttttcgtt tagtgataaa aatttgacat ttacgtaaaa 6060 acatatctag ggcaagccta tttgttttac tccttttatt tggtttattt tttttttctc 6120 agctgttgga aacactgtgc gtgaagatgc tctgttgtta atatgttcga atgttgaagt 6180 attttaaaat gcaatattta atgtgtcaga cacaaaatag acacgtcatt tctttaaaat 6240 ttaaataaca atttaaaatc aatctgacta gttgaccgtg gtggttgtcg gttgtcaaaa 6300 ttaactgaaa tgagtcgaag tatgtcctat atatatataa attaataaca ataattttca 6360 aactgtataa tttgtgatat taatagaata ctaaaagaat actaactaaa aaaaaaaaaa 6420 aaaaaaaaaa aaaatatata tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata 6480 tatatatata tatatatata tttatataaa tacacacaca cacacacaca cacacacaca 6540 cacacacaca cacacacaca cacacacaca caatataaat atatattgta tatatatact 6600 gtatatatct atctatctat ctatctatct atctatctat ctatctatct atctatctat 6660 ctatctatct atatctatct atctatctat ctatctatct atatatatat atatatatat 6720 atatatatat atatatatat atatatataa caataatttc caataagcaa ctgtataatt 6780 tgcaataata acagaataga atccaataat aatagaaaca aaaataatga tgataataat 6840 aataataatt ataacaataa taataataat aataataata ataataataa cactattatt 6900 aataaaatta ctattatatt attattatta ttattattat tattattatt attattatta 6960 gtagtagtag tagtagtagt agtagtagta gtagtagtag tagttgttgt tgtagtagta 7020 gtagtagtag tagtagtagt atctatgtat ttagtacact atataatatt atgatgctaa 7080 taatgattat tacaaataaa aataagcata taaaagtaaa aaattaaaaa caaaatgaca 7140 aaataatgta aaatgtaatt atttaaaata ttattgacat aaagagatta tatggcataa 7200 aatacctata caacaacaac aacaacaatg ataataataa agcttaaaaa cataagcata 7260 taaaagtata aatattgcaa catcacatga caaaatagtg tgtttgcata tattattgac 7320 aaataaaaaa actctgtatg aacttgtgag tgatcttatt actgataatg ctgataatct 7380 tatcaacaac acgcatagtg gcatcaccag tattgttcaa tagtatctgg atgcagcctt 7440 tttgaagcaa gctgatattg tatctcttat caatgcaatt ttagacacaa tgcactcaat 7500 ggagctagtg acgtcactgt gaggggtagg gttagcggtg gggttaaggg tgcatgttaa 7560 aaagcattgc aagcagctaa gtttgcatct gcaccaagtc tggatccaga cccctctcat 7620 attgttggcc atgaactata atcacatgat ctttttgtta atagattatt actttatgct 7680 tttctcctta atggaatata aaatgacaaa ctaagcacac catcacaact ttctcatcat 7740 cacgaaaaca atcataatgg atacatacca ggtttggagc cttcagcgac tgatccgttg 7800 taaacctggt tcttaaactc gggtctgttg tcattcatgt caatgacata aatatacaga 7860 tcaataggag gctccatttg gttcccgtta atatccaccg catgagcttt gagctgtgga 7920 agagacaaca ataaaagcgc attaattaac aattcataat tcacccataa cttcacgtct 7980 gcagaggcac agcgctgata ttaaatcaga tttaagaaac tcagaggcat taaagatctc 8040 tgcgtactcg gtggaggcgc tgaatggaaa ttgcattcat atttcataca tgttagatac 8100 gggatccggt gggacaccat tgacttgttc ctatctaaaa tccatgagtt attattcagc 8160 gaggactttg agaagaagag tgcgggttca gcttcacaca cacacacaca cacacacaca 8220 cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca cacacacaca caaactcaaa 8280 aaaagactgt tttgcttaga tctctgaaaa aaaagaatgt gaggcaagat aaagctttct 8340 ctaattcaga taaacagccc cttaaaaaat aaaatacttt tttttttagt gatagaacat 8400 tcccaacgga aacaggataa gaaaagagga aacgagaaac aaaagatagc acaagaaaaa 8460 gaccgagagc gaggggaaaa aagagggata gagggaaggt ttaaggctgg attagctcca 8520 aattctcttc tttgaattta ttcactgcag aattacatgc gcatgcacta aataaaacta 8580 ttatcctaaa atccctccac ggaattacat cccaaataag aggtttgcat tgctccatac 8640 ggaatatcaa cattctatat gcatttctgt ggtaatacga cacctgccgc caaaatcttt 8700 catttaatat cacccgagac gacaggcttt tgttgtgcgc ggcaaaacta actgtcaagc 8760 aaacaaataa ataaagacgc agaacaggaa aatctgtttc ctcagctgct gcgcttagca 8820 ttctgtatgg gctgctgagg cgtctgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgag catgtagaaa 8880 tgtgtgagat tgtctgttgt tagtggctga gacactgcat ctttgatctg tcgacccatg 8940 agagcgtgtg gactgcaaat gtgcggctta atggcattat taacatgcta gctgacaaaa 9000 ccgaaacgct cgacagagat ggagcgacag agagagagag atgggcagag gaacagaatc 9060 ctcttctagt tctttatccc tttgtttatt ttcttccctt gccagtgtgt caaagccatc 9120 agctcttaaa ttctgcaaca cactctagtg gtgggagact cgtgggcagt gaagaaaaac 9180 tacgggaaac tcacaaaatg agtggaagct acaaaccatt gaaaagagct agagggtcag 9240 tgtcatgcct gcagctaatt caccatggtt attttttagc acaggacaat gttttctgag 9300 ctgatttagt gttatagcca cgtctgaaag cctttatcat ttgtatcatt aatatttaag 9360 attaaatgtg accctggaac tgtataaata agcattgcat taatgtatac tgtgtacagc 9420 agcagaagac cacaccgggt gccactcctg tcagctaagg acaggaaact ggcacaggct 9480 caccaaaatt ggacaataga agatttaaaa aaacgtgcct ggtctgatga gtctcaattt 9540 ctgctgcgac atttggatgt tagggtcaga aattggcatc aacaacatga aagcatggat 9600 ccatcctgcc ttgaatcaac ggttcaggct gggggtgtaa tggtgtggga tatcttttta 9660 gcacactttg ggcccattag taccaattaa gtcgcgtgtt aaagccacag ccactgagta 9720 atgtttctaa ccatgtccat ccctttatga aaacagtgtc ccaatcttct gatggctact 9780 tccagcagga taacgtgcca tataataaag cacgaatcat ctcagactgg 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ttcaaagtac tgtaacatgt 10680 cactttacgt attgaactgt aagttagaca ctgtctcttc gcatagctga atctggcatg 10740 agaattatca acattgcaat gttgtcctta gcaagacacc ttggaaggaa gtgtcttgaa 10800 tgtagaatct tgtattgctg ctacctccat ttggtcacag gcctcctcca tggcttggat 10860 gaggggtacc ttagcctaaa gacggagatc atataccttc caccactatg ccgagaaaaa 10920 ctcttctata gggttgagga atggagagta tgctggaaga tataggacgg tgaaatgtgg 10980 atgttgctga aaccagttct gaaccagagc agaacggtgg aaagatacat tgtcccagac 11040 aacaatgtat tacgtatgac cgatttgatt tgctgctgtt atgttgtgca attggtccaa 11100 gaatgtacgt atatgtgctg tgttgtaagg gcccaaatgg tcatggcagt ggaggacccc 11160 attctttgta atggctgcac agagtgttac tgcatatttc ccccatgttg ccctgggaca 11220 ttgactatag ccctgtggcc aatgatttct tctactctgt gttctcgtca ggttgaacac 11280 accatcatct acgtaaatga actcatgctg gatctcctct tcatctattc gtaaaactac 11340 ctgaagaaca gtgtcaggca aaattgtata gttcattgta gatctagtat tacagtacag 11400 taaaagttta tgagacagta tgcaagatca caagtgaata cataactctg cataatcatg 11460 ccagtctttt caccctttcg aaattgtgct 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