Dbfetch
ID CR762415; SV 10; linear; genomic DNA; STD; VRT; 179253 BP. XX AC CR762415; XX DT 11-SEP-2004 (Rel. 81, Created) DT 28-JUL-2005 (Rel. 84, Last updated, Version 10) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-39K23 in linkage group 1 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-179253 RA Johnson C.; RT ; RL Submitted (28-JUL-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 4429a8584c4d101bc77f6c5f039c538f. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-39K23 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..179253 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="1" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-39K23" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 179253 BP; 55634 A; 33077 C; 33480 G; 57062 T; 0 other; gaattcattt taaatgacat atgcatggtt aattttattt agataattaa gttcataata 60 cttaattaaa ataagtacag tcaacatata gcaatgtata agtaagttaa gtttaacaaa 120 aaaagtaagt ttatctgatt tgagtaattt tagaaatatt agttggctca acttaatttt 180 attgcatttg ttttaagcaa tgttttagtg tttaaaatac ttaaaaaacg ctggaagttg 240 aatcaaccta aaacgtccga tgcaaccact tgcctcactt tttataagtt agatctaggt 300 aacatttttt acagtgtagt tttgctctga gtactatttt tactttgaat cagaagtttt 360 catgtcatgt gactacatag gaaaaaatga aatgctgttc agtttttatg tgtttctaat 420 gtactgtatg cttgattatc atcttgcatg acatttaaag gcatactgaa agcacacgca 480 gataatttac ctcagatcat gaaagtaaaa taattagcat taatttagta gaaataaaaa 540 tgtgttgcta taaaagtaaa gaagtaaagt tgtactttga ttttaaagta aaaaatatat 600 gtttttattc caaaatattt tatttaattc atggtctata aaagcaaaag cactgtatga 660 cattgttttc ttttgatgga ataaatattt agatttttat taaatgacat ttttcagttt 720 ccaccgagtc aaaacaaaaa ttttataaaa aattatcatt ttaactgtaa caaattacag 780 taatgattta agcttggttc aaagcaaact ttttgttgta agggtaaaaa agatgcatcc 840 aaaataaaac tccatgtttt cccagaatac aagaggtcta tatattaaac aatattttta 900 ttttgtgtaa atgtattttt ttcccgacaa caataaatat ttttgctttg gattaaataa 960 aattttaaat tggaccaaag ttcaattatt tgaaaaaact acttaactaa aattttttta 1020 tttttttaag tatatttctt tcagcgtacc cgaagcctaa ccgtaactgt acattatacc 1080 taaaatcaga tgggattaat ggttggatat aaaagcaact ctctgtaact tattgtaaac 1140 tgtaaacttt tcccataaag tctatttcta taaaaaaaaa acttttccca aaaaaaatct 1200 aaatttactg tttattttgg aagcaaacta ttgtctattc actgtaagag aaatgtttgt 1260 tttggtaatc ttcagtctga ctggctaatt gaaaagctga tttgagatca accgatcatg 1320 acgtattttc gcacaattga tgtgatccaa gacctgtcaa gagatgatgc caaccaaaga 1380 ggacttctgg tctccataat cctggaccag gctgcatcct gagcaaatgc tgtggtggtc 1440 atggaggagt ggagagcacg agactgattt ctgaaagact ccagtggcag aagagtctcc 1500 gcattgatca agtgggccag cctgaacagc ggtgacctac tcacacctgc agcttcccca 1560 cgatggatct caagtctaga ctgcagctct gcacatgaag tatggtcgag accaactaag 1620 cctggtttat ctcgaggttt tgttttcctt cagttttgtc aattggtaaa gtttttcctt 1680 gccattgttg ccacaggctt gcttggtatg ggacttgtgg tgtcgatgga tttgctcttc 1740 aatgtttgga ctttcagcag tgaaaattaa accacactga actgaactaa actgagctta 1800 aactctgaaa attggactga tcatgtttta atttattaga acttctatgt taagctactt 1860 tgacacaatc tacattgtaa aagcgttata gaaataaaga tgaatttaat ttaatttaat 1920 ttaatgtttg taatatattc aacctggtga aatcacactt accaaaatca cactcatcaa 1980 gatgcaagaa tgctcattga ggctgtttat tatttgtagt tggtggtgtt ttttgggggg 2040 gctgaggtat aaagtctcct tcagccaagg gaggaaggac ctgacaaagt atttcagaca 2100 aaagagcatg aaatgcagca cagtaatcaa ataattaaag caattaaagt cttagagggt 2160 cagacactcc aaggtagaag aaatgacttc aaactaattg tcttttataa aattattctc 2220 ggtcacagag ctgtaaagag caacaggaat aggtcagaga ggggccttgg actaaattaa 2280 aaggtcattt ttttagatgg acagtactgt gatattaacc tagccacatc cctagatggt 2340 ctgatgaatc acatcagaat taaataaatc tgattataat tattatttct ataatttttc 2400 aaatcaaata tgtgtaatta tgaatatata tatatacaca gttgaagtca gaattattag 2460 ccccattttg ttttttgttt tttctttatt aaatatttcc caaatgattt ttaacagagc 2520 aaggaaattt tcatagtatg cctgatagta ttttttcttc tggagaaagt cttatttgtt 2580 ttatttcggc tagaataaaa gcagttttta attttttaaa aaacattttt ggaacaaaat 2640 tattagcccc tttaagttaa attttttcct gatcgtctac agaacaaacc atcgttatac 2700 aataacttgc ctaattaccc tagttcatgc ctagttcacc ttattaacat agttaagcct 2760 ttaaatgtca ctttaagctg tatagaattg tcttgaaaaa tatcaagtaa aatattattt 2820 actgtcatcc tggcaaagat aaaataaatc agttattaaa aataagtttt taaaactatt 2880 atgcttagaa atgtgctgaa acaatcttcc ctacattaaa cagaaatcgg ggggaaaaaa 2940 acaggggccc taataattca ggggggctca taattctgac ttcaactgta tgtatatata 3000 tatatatata tatatatata tatatatata tgcagggtgg gccatttata aggatacacc 3060 tatatatcag caatttatga atagctggtc ttgttgttcg ttgttgccat cgcaagattt 3120 tatcctttaa taaatcgttc attaattcat tttctttttt tggcttagtc ccttcattta 3180 ccaggggtcg ccacagagga atgaactgcc aacttatccg gcatatgttt tacgcagcgg 3240 atgtccttcc agctgcaacc catcactggg aaacacccat acactctcat tcacatacat 3300 acactacgga caatttagcc tacctaattc acctatagca ctggtctttg actgtgagag 3360 aaactggagc actcggaaaa aaaaccacgt gaacacgggg agaacatgca aactccacac 3420 agaaccattg acctttttgc tgtgaggtga tcatgctacc cactgcgcca ccatcaaacc 3480 ctccttttat aaatgtaaca gtatttctac aaatgttgat ttccttcttc tcagaagaat 3540 gttggccttt cttctttcat ttataaaatg taggattgct ggcgcaatag cttagtgctt 3600 agtgcgccaa cacatggtaa agtagcactt tagggtggat cgaggacatt tcccaaccct 3660 agccccccct ctctctcaca aaggccatat taaatcttta aaatttatat atatatatat 3720 atatatatat atatatatat atatatatat atatatactc tcaaaacaat cctgttcaca 3780 cacgtccaca aaaacaaaat catttgagcc tgcacaaata cgcaaacaaa atccaccatg 3840 gttgttttgc tttcaattac ttgtgcacag tctactcaca ctgtgtttac tgtgtacttc 3900 agatgaacac aacaacaata tcaatattaa aaattgcact ttagttggcg atatagtcca 3960 gtggatattg cgctgacata tggcgtccta agtttgaatc ttggcccatg gacctttgaa 4020 gatccaggtc aattcagaac taataatgaa tcagttattt ttttctttgc attctgttat 4080 aatgtcttaa tgatgacaat acaggatctt gctctcaaat gcgtttattt aggattattt 4140 aggagtgatt gtgtgaaaca aaattaataa attatcatag ctctgaacag taaccttata 4200 accttataca gttataacag taaccttaaa aatgcaaacg caaacagtaa caacttaata 4260 caaagtaatg tgctgcaatg ctagaaagag aaagacatcg actgagaaaa tgtgattact 4320 ttcatctcta acaaattcat cttcagatcg atctcatctg aataaagcac tagatttaat 4380 gtttgcgatg cttgcgagta aagtgccccc ctttgcatgt tatatttccc attgacaact 4440 tttggtccat tttaagtctt tatgattgac tcgtctgatg gtggaacaat gtaacctgac 4500 ctgccaatca ccactatctg caccacaagt atagaccatt ttgcaataga aacaatgagt 4560 tttattaacc ctttacaggg cactcactga aatactcgtt ggaaaaaaac cttggaatgt 4620 tactggggtt attattatta agacttgaat tttaagactt tttaagattt gtgcttagat 4680 agacgaaacg caattaacaa agcgctgact tttagagtca cccaataaag ggtaaaatac 4740 tgctgtaatt tatctaaaat ataatatatt gtataacatt taacaaacat taatatttag 4800 atgctaagca aatctgtcaa agcaacaatt gacacatttt gttaaagcat ttaatttcta 4860 taaagggggg gggggggggg gtaataattc tgacttcaac tatatatgct ttccattgat 4920 gtatagtttg ttaggacagg ataatatttg caactattta aaaatatggt aactgagggc 4980 atactcacac tagacacagt tgcctaaaac cgtgctgaag cgcgattgtc ccccctcccc 5040 tctcctcaga tgaactgcac ttacacttag gggcggactt tataactttt tttttttaat 5100 taacagaggt ataataagta aatgtcttca tggaacatga tgttttcatt gtattctaat 5160 gattttgata attgatgaca caatgcattt ttggaattgc ccacaaacat gccaaggcaa 5220 ctggttttgt ggtccaggga cacatttttg ggtgaaccat ttcttgcaaa ataaacacca 5280 aattgccaca gaatcaactt attttttcct agtagaaaaa tagtagtgga catggaatgc 5340 aggacaacag tagccttttt ttgaggtatc ccttccagta caaaaggtca gagagcaagt 5400 gcaggggcag ccacctgctt ctgtcacaca gctggaagag ggagtgagaa gagagcgaag 5460 ggggacaggt ggcatgccgg ggacgacacc ggcaccagct tcccaccgta atcatttcta 5520 tttcaaaggc agttagagtc agaacagact aacaattctt catcttgaaa cttaagatga 5580 cctatagagt tgtgcagtac cttacactcc aaataaccga tgttacattg tagtcagcga 5640 tcaacttttc acaggctaat tagaagaact tcaacacaag aagtgtttac tgccattaga 5700 tatgtgtgaa ggaccccata tcccctgtgg caatagacaa cacagaagtg tgtgtcctct 5760 ctggttctag agtcaaatgt attttgaatg caacttcaag aagataatct gtgataatta 5820 gatatcgcaa acaagttgag cataggtttg aaaaacaagt gtattcaaat gatctgtaag 5880 aaatcacaca tttacacatt ctatgtgaga tttttgagtt gtgcattaaa gtcgggtcaa 5940 atttatggga taattgttct gcgaatttct gaaatcttga cattgtgaaa tcttgacaaa 6000 actgacaata aaactacacc caaaaaaaat gcatgacacc ttatgagaga taatatatag 6060 tgaaaaaaac agttaaataa cagaaaatgt caagctccca taatgcaatt caaaagcata 6120 aaaacagtgg gggattgtac tatggggaat aaaaaaaaat cacaaaatat gaaaaactgc 6180 tagtttatgg attttttaca gtgcatagtg ctttaaaatt aaaaaaaaat acatacagag 6240 aaaacgaaat acatgtagct cctgatgata cactgagaac ataagaaaaa tgactggtct 6300 gttccatctc ataaggacat ggtatatgca tatgttgtgt agtactacaa gttaaagatt 6360 aagggcttta ttttaatgat ctaggcgcag ggcgcaaaag cattaaaggt gtgttcgaat 6420 acacttttgt tattttaaca acaaaaaaat acactctgca tcgcggcgca tggtctaaca 6480 gggttgtgct tatactctta ctgagttatg ggtgtggttt gtgagtaaac caatcagagt 6540 ctcatctccc attcacttta tgagtcagtt gcatcgctcc atgacgcatt tgctatttac 6600 atggcagact ttgtaagtaa aaaaactgaa cgcttcacta gcaagaaaac agttaaacag 6660 accatctgca gcgcaaggat aaagaacaag cctcttccaa tcggcctctt tactttctct 6720 ttctctttca tggatagttg tacactccac tgaagatatt cgtcagccta catatttaat 6780 tttatttgtt aagcgcaaaa cttaatttca aaactatttc ttatttcagg tctaaattcc 6840 agcaaacgaa taaataaaca atttatatcc aaacacacgt cctatgctcc atttggtcca 6900 aaacctgaca ggtggacaaa tctaagcttc tttttaataa aacagatata aatatgcaga 6960 taataaataa caacaataat aataataata ataataataa taataataac attttacaaa 7020 agcaagctgt cataaataaa ctggaaaaag ccccccgaca tgaaaaaggc atagagccag 7080 tggttttcat atttatgtaa atggtaatca tttttgtatt attttaattg catattgctg 7140 tacatcctgc gtgtttaaag caatgtgtac aagaggtgca caactatcgg ctgctttcag 7200 ctggtctgtt gcacagtcta ttttagttcc tcacaatagc aacgttccaa caatgtgcct 7260 taacacacca cttttctaga ccgtaacatc catgagtcaa aaaagtggca caaatgtatt 7320 tgctatttaa acaacgtggt ggaaaactgg atagttagga tttctctggt ctgaaaatag 7380 caacatgtca tggcaaacaa gtcttgtgcc ttattgcacc gggtgtatga tagggcccca 7440 agtttacatc tcgcaatgtc aaccaaaaag atggactttt tacatattcc ttacatttga 7500 tacacatcat tatttaacag gaagatcaca cttaagactg tgcttaagac catttgccaa 7560 agctgtggat taaaggtaat aatgttgaaa atgatgttta atgtgttcct catgattttt 7620 ttatttttat ttttcaaaat aaacacatat ttcaattttg gtacaatagt aggtcttcat 7680 tgacacattt tgcacttcaa aatgcgccac acattctcta ttgaagacag gtcaggactg 7740 caggcaggtc agtcaagcac ctggatcctc ttcttccaca gacaggactt tataatgtgc 7800 agaatgaggt tttgcattgt cttgttgaaa tatacatggg catccctgga aaataaggca 7860 gcatattgtg ctccacaatc cccatgtact tttcagtatt gatggtgcca tcactaaagt 7920 gcaagttgcc tttgccaagg gcactaacac aaccccatac catggcagac cctggaattt 7980 tggacttgtt tctagtaaca gtctgatcct tttgtttggt taggagcaca cggcatccgt 8040 ttctcccaaa aaatacctga aataccagcc tgatctcaca tgaaaacata agtatcttac 8100 attttgtcaa tttgttggct aattcttatg aatttagtag catgaaaagg attttataaa 8160 agaggtgtgg cacccaacct tacccctaaa cccacgtttc cacagtgtga tggtctatcc 8220 cagatgcctc tgagcccaga gaagtattct agataacact tctggacact gttattatag 8280 ggcttcattt tggcacattg cagttttaaa tggcatttgt ggatgtaact acataatgtt 8340 gtcgacaaag gattgtcaaa gtagtcctga gcctatgtgg taataatgtc tatagatata 8400 tgatgattct tgatgcagtg ccgcctgagg gatcggagat catggttgtt tagcttaggc 8460 ttgtgccttt gtcctttatg cactaaaatt cctccagatt ccttgaatct tttaattatg 8520 ttatgcaccg ttgaaggtga aatatccaaa tgtcttccta tctttgtttt ttggattttt 8580 tttaagtttt cacatatttg ttggcaaact ggttatcctc tgaccatctt tgctcctaaa 8640 gcactagact ttttttgaaa gctgcttttg taccaaatca taattacaat cacctgttga 8700 catcacctgt ttgaaatcac atcattattt aacaaattta cctgactact agccctaaat 8760 ttctcctgct ctaacttttt tgaaatgtgt tgcaaaaacc aaaattggaa tatgtgttta 8820 ttttgaagaa aaaaaactaa aaatgatagg gaacacatta aataatgtta aaaaatattt 8880 tctgcaataa aatacaagtc caagttaatt aagaaatcac tacttttttt atttgcattt 8940 ttcatactgt cccaactttt ctgatttggg 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