Dbfetch
ID CR392362; SV 23; linear; genomic DNA; STD; VRT; 114516 BP. XX AC CR392362; XX DT 29-APR-2004 (Rel. 79, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 30) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-5B19 in linkage group 8 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-114516 RA McGuire S.; RT ; RL Submitted (31-MAY-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 6de4c008bd191fa1e917961e13d7e050. DR ENA-CON; CT992397. DR BioSample; SAMEA3146246. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC DKEY-5B19 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..114516 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-5B19" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 114516 BP; 36321 A; 20640 C; 21843 G; 35712 T; 0 other; ttgatatagt gtacagccaa gcacaagtgg tcagaacaca aacgagtcac agatgataaa 60 gtattaagca tttctcccaa agtaaagtgt gtctgaacca ggtccaagca aaatgccagc 120 aggcgtctgt agctccgctc actctccacc tctttgccct tgtttggtat cccgccgtgg 180 gtgtgatgac gcgtgaccaa aatggcgacg gttggccgcg cctacttgtg gcttcttttg 240 cgctatttag aaacctatgg gtgacgtcac ggatactacg tccatatatt ttacagtcta 300 tggaatagac cgatatggca cacaaatgat gctaaataac actcgtgcca cagacctctc 360 atcattccca aatatctctg ccccatccca cttgctacac aaacataaag ctgtggtcac 420 actgcactat tctccctata gatttccttt caaacacatg caaatgcgtc agaccggaaa 480 cacaagctgg tgcaacaaat tttgcagttt gctgagttgg aaagttcaag tttagtgaac 540 tctgacctgc aaaattgcat cacttaactg tgtgagacca atcgaggatc aaaacatgac 600 ttctctggcc aacaacttaa aatacggacc aattgctcac ttttaaaatg tctaatcatc 660 ttgtttaatc tcgtcccttt tacagcaccg aacgacagaa tttgcatact caaactctgg 720 cgtgatcgca gcttaagaca gggacagccc cagtaatttg taagaatgtg attaaagaaa 780 gaccctacac caccagacaa ccaagatccc atgaaatcaa cagtcgattt gatttttctt 840 ttaagcagta aaaaaaagcc tcattcttga atcattctct aatttacgca tgtacattgg 900 attgattcat gtagcaaagt tatagatcac cccccccccc taaaaaaatt tccataatgt 960 acacaccctt aaaccatcct tgtgtatatc acatctttct tctctcaggt gaataaagtt 1020 tcacccacta tcatggctct tctgtgctgt ataaaggaat tggataatgt gctggatcgc 1080 cttcaattca agagttcaca cttagatatt gcttgacagc tgtaagcagg tttggcatgc 1140 tgtcccggga gagaaccctg agctcggaga tagttgagcc caggggtccc gccaggtcca 1200 tagagcatgt gaggggagta cgagatcagg tggttctcga gagctcccct ttttgtaaag 1260 gagaaaagga ggagaaaggg gtggatgggg ggtttcttcg gaaaacgaag ataagggagt 1320 aatgtctagc taggctactt atagtgggtt 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cttcagggtc agctgcgcta gccgtatgca 2220 ttcagaggaa agaaggtcag ggcaaggtag gagtagatga gggtcagaga aagttaacat 2280 ctctctccct ctctgttcat tagtcttgcg cgccctcttt tggtcacatc gtgctcttcg 2340 cttacactag actgatacag ataaagttga gctctaaaat attggaatgt cagaatataa 2400 gagaggtttg cgtcagtatc ttcatcatct cacgttaata atggcaccat tcgtctcatt 2460 ggcaccattc attacaatag tgacttttat ttttgagctt ccaaatgctg ccagagggta 2520 aacaaatgtc ttctttagca gacccatgtg tttttaacaa atatttaaca caaataattc 2580 acattcacaa cttacggtgg aggccaaatg cacttttgca tgactgatgt ataaaacata 2640 ggacaggtag gcattcattc attcattcgt tttcttgtcg gcttagtccc tttattaatc 2700 cggggtcaca acagcggatt gaaccgccaa cttatccagc aagtttttat gcagcggatg 2760 cccttccagc tgcaacccat ctctgggaaa catccacaca aacattcaca cacacacaca 2820 ctcatacact acggacaatt tagtctaccc aattcacctg taccacatgt ctttggactg 2880 tggggaaaac cggagcacct tgaggaaacc ccacgcgaag gcagggagaa catgcaaatt 2940 ccacacagaa aagccaactg tgccgaggtt cgaaccagcg accttcttgc tgtgaggtga 3000 cagcagtgcc tactgtgcca ctgcctcacc cacaggtaga cattgttaga gtaatgtact 3060 gaatgagatt atacagtatt gccaggccaa gtgatttctt gtttgccatt gacttatttg 3120 atgaacaaac tctgtggtaa gtggatcacg caagatctat ttccggtgat tcctctatga 3180 attcacctta attcatttgt tatatttgtc agtcacacaa aatggccagg caaggcaaac 3240 tttattcata gaggacaatt ttacacaacc gtagttgatc caaaatgctt tacaataaaa 3300 taaaaatata aaaactggta ttaaaaatgt aaggaaaaat ataatactaa aatacacata 3360 agaaataaca ggcatgcgtc actcaaaggc aagagagtaa aaataagttt tcacattaga 3420 tttaaaagca tccaatgaag gagaaatcct aatgttcaga ggaagattat tccagagcct 3480 tggagctcga tcaccttttg ttttgcagtg agaccgagag acagacaaaa gggatcttaa 3540 cagtctacaa actatacaaa gcctaataag ttcactgaca aaggccgggg cagaattgtg 3600 caaagtttat aagtgaaaat aattatttta aaatcaactc tgaatattat aggaagccag 3660 ggcaatgagg cgaggacagg ggagatgtga tctcttttct tagttcctgt tataaatctg 3720 gcggctgcat tctggaccaa ctgtagccaa gagagtgttg gctgaggtag accaatgtac 3780 aaagagttgc agtagtctaa ccaagaggaa attaaagcat gtgttatgat ttctaaatct 3840 ttttagaaag aaaccgttta acttttgcca ccaagctaag ctggaaaaag ctgctcttca 3900 caactgcatt tacatgtttg tcaaactgca agagtggatc aaagataaat cccagattct 3960 tggcgtgatt gtgcagattg tcattcagaa agcctagctg agttttaaaa tcattctaaa 4020 cactcacatt taaaacactt ctgttttatt ctcatttagt tgcagagagt tattggtcat 4080 ccaggtctta atgttggtta agcataagac aaagtgttct aatgataaat ctttttctag 4140 tttgatagga aaatgaaggt ggagatcatc agcatgtcag tggtagttta tatgtttgca 4200 gggtgttgag cttaaaggaa gcatataaag agaaaataat agagggccaa gaatagatat 4260 gtggaacacc acaataaatg ggtttaggtg gtgaagtaaa ggattcaata tttacaggaa 4320 aagatctata ataattataa atatatacaa atataaaaat ctaaatatgt catatgacat 4380 ttgattgctc cgagtaccac tgaaaggaag cctgcgtacc actatagtgg tacacatacc 4440 acagtttgag aaccactgat gtagagcatg gccttgttta tgagtggggc tggaaacagt 4500 ctgcactaaa tttaatggct ctaacaggct caaagtttta accacaaggt tagattggca 4560 acatacatga atgttaaaac cacctaaaac caacatcctg tcacaacgag acaccagatc 4620 agacaggaac tcagaaaatt cattaatgaa ggctgtacta actttgggag gtctatacac 4680 cagcacacag acaaaggggc catttagatc agtctttagt atttatgctt caaaacttga 4740 aaggccgtca acatgctgaa gcctacacct gaaagtgctt ttaaaaactg tggctaaacc 4800 accaccaagt ccactaggcc taggagtgct gaaaaaagaa cagtcagaag gagataactc 4860 accaagagat gacatttccc catgtgttaa ccaagtctct gtcataaata gtccagagca 4920 tgtgaagtaa aaaaaatcat ttaggataaa atatttattt gacaatgagc gagcatttac 4980 tagagccatt tttacaggac gttgaaccgt tgttgcgatt cctggtaaat tttttaatga 5040 gactaatttt aaatgacgaa gatttctgaa atgtccatgt ccatcatggc ctgaggacgt 5100 gaccggcgaa agggagccca gagaacaggt atatctgatg acccatcaga tgaagttgta 5160 cacgtttatc tagaacaact tttgggacgg gaacaccgat gtatgtagcg aggggcagtg 5220 cgtgattcca agaacaacac agtgattgta gagactgaca ggcaggttcg accggggttt 5280 acggttaagg taatgcagat ccagtgagga gtaaaaaagc atattagtaa tccacaagca 5340 ataagcccac cacaagcatc aatgcagaca tccaaaaaac cacgttagcc agcacaccaa 5400 acgaaaactg cgcaagtaga tgggaaagta gcccttactt agaccaccta caccaaaacc 5460 agcaataaga ggcggcaacc aacactccaa agaaagtgtt tactttctta tggaagatgg 5520 agaaaacaac ccactttgta attgttgact cagagaactt gcattaaact gctagagaag 5580 cagggttcaa actaaacagt gttttattaa cagcggacac aagagacata cagcagcttc 5640 acttagtatc gacgcacgta caaactgaat gactgtgatt gagtgagagc gaggtagagg 5700 gggaggagct acacagaaca ctacagatcc catatataca ctgtcataag gatcaatgca 5760 ctactgtggt ggcaagagct tgcgtttgga tggtaagaca gcttgagtga aaggagttat 5820 tcagtcaaaa tgttagaaaa acattgtgtt aaaaggtaat aaagccaggc aaggataaaa 5880 caaaaacgta gaaagtaagt caaggtaata ataaaaacca gtcccaggga gcagcgacag 5940 tcagacacgc cagcgtttgc tcaactggaa acatcaccaa tgtacattgt taaaaattga 6000 tacaaaaaca cacaaatctg cttcatataa cgtgttaacc ctctggagac atatcggtta 6060 gtatgatgac agatttttat acagcatgga aaagccagga taaaatgtaa aacccagact 6120 gtatttgtct gacagaaaaa ggccatatat aggccatata aagctctgat gtttgcttac 6180 aaatcgattt cttgctgcgc cccttcttat ctgctcttac ttctgcagat ttatgtgccc 6240 tccagaaact tgcgttctgt gaatgaacgt cgcctcgtgg ttccatcaca aatagggaag 6300 aaaacgcttt ctcgaactct catgctcaat ctgcccagtt ggtggaatga actccctaac 6360 tgcatcagaa tggcagcgtc actcgctgtc ttcaaaaagc gactaaaaac tcaactattt 6420 attctccact ttccttactt atatgcaact acctctctga ctcctcaact aactacaaaa 6480 aaaaaaaaca gagactaacg ctttccttct tagactttac acacctgaaa cttgcctaca 6540 gcacttattc attgttgctc ttatagttgt gtaaattgct tccttgtcct catttgtaag 6600 tcgctttgga taaaagcgtc tgctaaatga ctaaatgtaa atatgtgttg aggatggctt 6660 gacgttgggt aaattatttg atcattttta agttttggtt aaatatgttt tttgaagcta 6720 agactgaaat tgagttaggt ttcatgaggt cttcaaaaca taatataaaa tataagtaat 6780 ttaaaaggaa taaaatgtta catttaatat taaaaatatt gatttggtta tctagattta 6840 agcatttaaa acaacacaag accttgaaac attcctacat tttaacagaa acatctccag 6900 gtctttcaca cctaatagtt tctgcagatg aagttgagtc ggtcagtttc aggacggctg 6960 atccaggtct gatctcctcc agactgaact gctccagatc tcactgtggg ctcacagtcc 7020 tcctctgatg tgccgttccc tggagcccag ttctgatagc acacggtctg tccactcacc 7080 cagaaccaga tgcccaaagc acaggagtga cgtaaaccca accacaccgc ctcagtagac 7140 gccagtttaa ccacgttcat cacacgatgc tgcgtctcca ctgactgaac cgagaccaga 7200 tccacatgat tctgtctgca gtatctcaga gcttcagacc acgacagatc ctgttggatc 7260 acaatcagtt tatctggaca caaaacaaag cagaaactag agagagtctg atcaacaaca 7320 acatgcagaa caaacactgt ggaggaattt gacatgtcag acatgtagag tcaactttaa 7380 gagatcaggg gcctcatgta tcaatgctgt gtgcacacaa aatcattgcg tacgccaggt 7440 ttcacgctca tgtttggatt tactaatgat gaagtgaaag tgaaaattgc attggtccac 7500 gccaacttca tgtctggcat atgtgtattt ctagtgtgtg tttttttcat tagcgactcc 7560 tagagtcagt catgttaaat tgcacactac aaagcatctt tgagccatgc aattgcagct 7620 gtatgagacg ggattatctg catgtctagc aggcatataa ggtttccata ccaggcagtt 7680 gaccagccaa agattaaagc tcaatttgca gcgattgccg gtttttccaa tgtaatcgga 7740 gtgatcgact gcacacacat tgctataaag gggccatctc aagacgaatt tgcatacgtg 7800 aaatcggaaa catttccatt caataaatgt gcataaatat atttgatgct caaatctgct 7860 taacataaca cacacacttt taatgattcc tacttgtctt actcgtaatt aagagtaggc 7920 aaaatttgat atgtagaggg gggaaaaaag aataatgctg gatttgaacg gggttcatga 7980 atgatatcac tcaactagat cattccaagg aggtgtgcca ttttttttaa ttcactcaca 8040 gtactatgtt cagaccccac tgcgttaaac 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