Dbfetch
ID CR388150; SV 14; linear; genomic DNA; STD; VRT; 170964 BP. XX AC CR388150; XX DT 13-APR-2004 (Rel. 79, Created) DT 03-FEB-2006 (Rel. 86, Last updated, Version 21) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-115A2 in linkage group 3 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-170964 RA Holt K.; RT ; RL Submitted (03-FEB-2006) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 5de74f18cb36fd769aacfaee50d5b553. DR ENA-CON; KZ115059. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000111415; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; CR388150.14:1-170964; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000184965; danio_rerio. DR InterPro; IPR011989; ARM-like. DR InterPro; IPR016024; ARM-type_fold. DR InterPro; IPR034085; TOG. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QP62; A0A2R8QP62_DANRE. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC DKEY-115A2 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..170964 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="3" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-115A2" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 170964 BP; 55216 A; 30537 C; 30083 G; 55128 T; 0 other; aagcttgttt ttaataaaac aactataaat atggatataa taaataatac tgctaataat 60 aataacatta tacaaaagca aattgttatg aatgaactga aaaagcctcc cgagatgaag 120 aagacataaa agcagtaatt tttcatattt atgtaggcta gaaaataata tgttttgtaa 180 tattttaatc ctttatattt atattctata tctattctta ttatatacta tatatatcct 240 taatatttaa attttttcat atgtaaaaat atttgccaat tgctctcttg tgcgtattaa 300 gcagtgtgta agcgaggtgc aactctgcac tggagtttag accgggttag ttttggtcta 360 atgaaaaatc tattatagat tcttaaaata gcaacgcgcc agcggtccgc ctcagaacgc 420 ctcccttttt agaccagaac gcctatgggc gctaaaatga gcgctaatgc atttgctatt 480 taaacagcgt agcgcaacgc ctcaaaacaa ctcttgcgcc aagctgaaac taccaaaaga 540 ctactgcgcc acaccttgcg ccacactgcg ccgggtgtat gatagggccc tttatatcaa 600 tgaaactgca gaaacttgtc ataaacacac acatccggac cgagccactc cccctgaaga 660 ataatcagtg tttagtgatc aatgattggc tcctttacta gaaggcgggt cttcttttac 720 cagagcgtct atatcgatca ttacatttgt ccccattcaa aactatatga gggtcacctc 780 tcgatcattc tatcgtcatt aacactgttc taacctgcat ttggcgtcat cacttgcaat 840 gacataaaca gacagaattt actaaaccta ccaatcacag ttaagagcat ttaaggggat 900 ttttattata gaatttataa caaagcagaa caacacatga gatacatatg tcaccaagca 960 tctgcacagt gctctgtaaa tgactgtttt catgtgcgaa tgcgcaaccg caaaatctaa 1020 tgagcctcct aaatcatcac ctcttctgct ctgctttaat tgactctccc gctttcaaag 1080 ggaaagtgtt aaaagctcca acattaggtc tgttttattt gtccacgcaa gcctgagcct 1140 gccttaaact cgcaaacatc acagctgaaa gcaaaggaac aaacaattca gcagtcagac 1200 agtaaaagca gtcaatgata tcaagattaa aatgaatgct ttagagctac tgaggaaagt 1260 gtgatgtgga tactattacc tttttatgtt atggacagaa actacgtcat atactcttgc 1320 ggtttaagat cagtaagatt tgttaatgtt tgtaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaagct 1380 tttgctcaaa gtaaaaactg tgaaattagg aaatattaaa atgtgttttc tcattgaacg 1440 aagcttgacg ttgtatgtat ttctaagatt ttttctaagt cacatgatcc ttcagaaatc 1500 attgtaatat gatgactagc tgctcaagaa acgtttatta ttattattat tattattagc 1560 gttgaaaatt tttttactgc ttcaaaataa ttttactttg tggaaaataa tttactgcaa 1620 aaatgccatt aaaatgtctt tacttttatt catccagtca gtcagtcttt attaatttcc 1680 cgaaagcaat ttggttgcag catacaagca tgtcacacat aatacacaaa agcacattat 1740 acaatacaaa ttctacccta atattaaaaa ctttacagct gagggaatga atgaaagttt 1800 aaaccgattt gttttactaa aaggtgtcct gtatcaaata ccagaagcga gaagataaaa 1860 ctcgaggtgc ataggatggg aatcatctga cagaatactc tgagcattac tcaaaacttg 1920 tctatggtat aactgagcca tgttcatctg ttttctccct gttatttttc ctcctaggct 1980 cacaattttc tctagacaac tcttattttt cacacttaga gaattgaacc agcatagcaa 2040 agaaaaggat aacagtaagt aaatgtatgt actgtaaaac atgcacattg tagggatttg 2100 tctaaattaa aagatcttaa tttctgtaaa cagtatagtc gttgttgccc cttcttacac 2160 aacatattag tattaacaga aaaggacaat ttgttatcta aatcagttcc cagttaccta 2220 tactgatcaa cactctcaac acccactcca ttaatactag tttgcttacc cttaatcagt 2280 ctcctcttac gattaaaatc aatagtcatc tctttagtct taagaacatt cacttgtaag 2340 aaagcctcct gacaccagct ggaaaaataa tcggatagat aaaaggataa ataaaaggat 2400 aaatgaaatc actcaagagt gaaattgaag acatttataa tgtaaaagta cagtcatttt 2460 aaaccttctt ttacactgta aaaattgtat tagtattatt tgtcagtaat acaaaaaaca 2520 tttagttagg ttaacattag ttttctggag tggactgctc tgtaataaaa tttaaattgt 2580 gtaaactgaa catttttcgt ctgcagaact ggaataccta aagatgaata aacaatttcc 2640 tttcgttttt ttctcatgta ctcaacattt ttttttcacc tttaattgat aggacagtag 2700 agagtataga caggacagtg tggggagagg agagagaagg atcggcatag gaccagagtg 2760 ccatgtgtcg acgcactaac cactactaca ccattggcgc tgacgtgtac tcaacttttg 2820 aaaacatcaa ttgtactgac ctcaaatgtc tgtagttgag tgaacaaaaa aaagtaacat 2880 ttttcatagt gtaataaaga aacccaaaga ctgagttata gagtttttta caaaactaag 2940 caccaagaaa aaaaaaacgc aacaatgatt cttataagaa tcattaataa acagagtaac 3000 aataataaaa aatgatcaaa acagcaaata ttatatcata atgactctga aggtttatgt 3060 gacactgaac atctttaaat cacagaattt atcttgataa tagattcaag aagaaaacat 3120 ggttaaaaat ggttaacata atactttttt gacccgtatg tataccagat tgctagtggg 3180 tagtacacac agtaatagag caaatagcat accattataa atatgaaaag cactgtcaga 3240 atagattaaa tactctattt aaatattaaa taaataaata aaataaaaat aaatcttttt 3300 aaatattatt attattattt tagggtttta cctgcatttc accatagctg gccactgtta 3360 cacatatagt gcaggtttga aacagaacta gaatgagtac gcgatggtgg tgtaactttt 3420 acttaatcag cagtaaggtc acacatcaga ggaacttctg ctttagagga tgtgatgagt 3480 gtttgtttgc gtttcgagca tgagtgaaag ctgtaacacg ttgtgtgtta aaaacagata 3540 agaggctcac accctcgttc acacacacct gtgtgctttt acaagacgtg taaagaagtg 3600 tcggcctcaa gatgcctgag acacacagtt gatgaacaag gacagatatt tacagacagg 3660 tctccgaggt tgcatctgca caaaatatat agacagtatt agcactagat gtagatatac 3720 gtagatgttc tgatcgacta gaaatggaac agaagtgtct tctgtgtgat cagtctgaat 3780 ggctgattcc agacggaatt cattctatta gcagtgatga aggcaatgac atcatagggg 3840 aaactcacat tcacagtcgc atgataacat gtcatcagtg tggaactttt tcagtgagac 3900 tataacagca catctgagct atggatggga tggtttatgg gaaaaaaaat catttgacag 3960 caaagcgagt gtttggagtg ttttggtatc tgactagatt atgtgatccc atcgcacagt 4020 atgcctgatg ccggctgact cttacgaccc acctattcca tcctatcaca gtttaactta 4080 gttaattgtt cacagcatct ctttcacagc tactacagct tcaggtttta tcacttcaaa 4140 tattcctgca gcagatgtgg ctctgaaccg acaactttgt gaagcctagt tcacactaca 4200 ggattttaag cttcatttga gcccgatttg gaagttcaca agctcgccga cagatcgggc 4260 agtgatcggg aagaaatctg cgggtgctcg gcagtcttta tgtgttaact actgaagaat 4320 gcatcaaaga ggctcgctga cgcatcgccg atatctcgca gatggaaatc caatatctcg 4380 tatgctgaat attccagagc agtcggctga ctcgacccta cgtgcggtca gatgtagtga 4440 caagctgcag ccaatgagag agcatatcag cgtgagctga atggccgtgt gctgaggagc 4500 tcaacagaaa catctgtttt ggtcagaatg ggcatcgatg cactcgcttc attttacgtt 4560 aacacagaca caagagtagg ctaacagtgg aactagaatt ctgttactat tagatttacc 4620 atactggtca tataagacgt catattgtca cgtcatattt actttcaaaa cttctattga 4680 gatattcaag ttaagctttg catgtctgtc atcatatttt atgacaccat gaccctaaaa 4740 atattatctt ttttggtaat acagcctaca aatatgtagc taagatacta aaacaggcct 4800 ttgtctcgct ttcgttttca ctttcaaata tgagctattt cgcagcacag aatgttctgt 4860 tatctgaaat aattttaagt ttttgatatc ataaagttat gtttatgtta gcaagagggc 4920 aaaaaatgca tgcatatttt aagtcacagc aaaaagtaac agacatgcat ggtcatttta 4980 aacaaaatgg taattaaagg tagaaatgct cagttctttc ctgtttagtt atttaaaaaa 5040 aataacaatg ttagatagaa atacacagat atttaggaaa cgccaggttg ttgtagataa 5100 gtacgttttt ttttttcaaa gagttattaa attacaaaaa ataaaaaatc tctgtgtatc 5160 tatttacttg aaccttgcag atgactaaat tgatccgctg aagcatcaaa cattgcattt 5220 aattgaattg aatacaaatt gtaatatttt atattattaa aaacaaaaaa aggtcactct 5280 ttattttgag gtacagttct ctatatcaac aaacccctaa ccaagactaa gggccaatcc 5340 caattatatt attgtaaatc gcgaaattta gcaggttttt tttatagttt ttttatttat 5400 tttttaaagc atgagggtaa acacggacac tgttatgaac atattaaaac attaaaaata 5460 aaaattcatt cctccttact tccgggttca gcaatactgc tgtagtggca agtgtatttt 5520 gggaaatttt cttaccactt ggttttaagt gtggttctta aaaatcttcg ttcgttcctt 5580 ccccttcaag ctaaagagaa tttggacacc cctacccctt ggcgtgtacg cacaaaacga 5640 ggggtagggg taaaggaaag ggctaagggg tagaattggg attgggccaa agattcagct 5700 caataaactc ctaattgctg cttagcagtt tggttgagtt ggattagaaa tgtagaatat 5760 gataatactt tctacttaac ttttgactta atactggctt attaagacac agtcagtgtc 5820 ttaacaatag gcaggtaata agccactagt taaaagggga acctaaacta aagttgttac 5880 ccaaattgga atcggcaaaa actgatttca gcaaacaatc gattaaggct ggtacacaac 5940 ccagctgtgt tgttgcttca cgttggctca cttgtgattc tgaataaccc aaaaagctgc 6000 ccatgaacac accaaatgaa ggccagccga ctgatacgag agagtgtgtt ctgggatgac 6060 gtgtctttcc atactcagag gggtaagtac ttctcgtagt tctcgtttac aacggttgag 6120 cagaacttca gacacgaatg tgtaaagtgt aaacaaagca gcatgtaata ccattacatg 6180 tcaaccatag ccattttgtt cgcgcgtaat cacacccaca gtcggatacc aaactagtgc 6240 aaagaggcgg agagtgagcg gagctattga cacctgctgg cattttgctt gaacctccct 6300 tagacagact ttactttggg agaacgctta atactttatt ttctgtgact tgtttgtgtt 6360 ctgaccacac gtgcttggct gtatgctata tcaataaagt gtttagactt ttaaaaacgc 6420 tgttataaca cattgagcca ctaagcattg tacttaggat gtttttctac aggatgaaaa 6480 agcgaagtac gtccaaacac ttcaaatata gtctgcgtta gtaaatgcaa gtctattgat 6540 gaaatccagg cataacactg tatgacaacg cttcagatga ctattctaga gtctacagct 6600 aatcagtctg tcagattctg gagtgcttta aagctctaaa aaaacattat aaatggtaaa 6660 taaactcaaa taagaccaat gcatttatag agatggtata taaatatata atttcactca 6720 cctgggaaac agaggcaacg tgaatggttt gtgagcacaa ttaagtgcac acagcatccc 6780 atatcacctg ataattgtaa gaaataattc caaaaagcta ctgactgtgt aaagcctaaa 6840 aacaaaaata tgatgtgtat gccaagttca gcacctaatc tgccggagtt agctgaggtg 6900 aagtgacggc aaccagacct agctgtcact caagtggcca cgccctcaat tatgcaaact 6960 taatataacc taatataaag aaaacggttg agttataaaa aaaaaattca tcctctcaca 7020 gttgtcataa agggtaatat tagctatatg gaccgaaatt gttttttgta ccaggctgta 7080 aacacctttt ttctgctgta aagttggcca ttccaacagt gggctcactt gaaatttgct 7140 ccatatggag ccaagacttt atagagccct ggctcttaac atttatgtgg tgcaaaaatt 7200 gacaacactg actagtttta tcctatatta gctaaatgtt gtatttgaaa gaaaatgcaa 7260 gtattttgtg acaaattaag ttatatctta ttacacaaat gactgttaaa tgaatacact 7320 catgagggta gcatatattt gattaaataa caataatact gtacaatact cattcattca 7380 ttcatttatt ttcttttcag cttagtccct ttattaatct ggggtcgcca cagcggattg 7440 cactgccaac ttttgaaaca tatattattt acacagcgga tgcccttcca gctgcaaccc 7500 attactggga aacatccata cacactcatt cacacacata cactacagac aatttagcct 7560 acccaattca cctatagcac atgtctttgg actgtggtag aaaccagggc acccggagga 7620 aaagcccacg ccaacacggg agaacatgca aacttcacac agaaccacca actggcccag 7680 ccgaggctcg aaccaccaac cttcttgctg tgaggcgatt gtgctaccca ctgtgccacc 7740 gtgacgcccc tttaaaaata ttatgctaca gtttttttta aaacaactaa acatctcttt 7800 tccacccatt ctcacttgaa acatttttaa ttctctcttt agatcaattt tattttattt 7860 gttaattcaa ttagagacgc ggctgaattg tgtctttctg tgtacaatat agattatatt 7920 tttactgcat taataattca cagtctatcc tcaaaactag aaaggttaca cttgccgtcc 7980 cacgtaagca acactacaat gctccgagac gaaactcaaa gtgtgaacgt gtttacaaag 8040 tgctgacctt gtttcacagg caatgccatc tgtaacagag aggaagggac aaagtcagac 8100 tgataaagcg tcattaacaa ctgatctcac tgtacgagta tcactgcaga ctggtgaaaa 8160 gcacaccctc taacataaac acatataaaa cagcacacac acacacacac acacacacac 8220 agctcttatc aatcatgagg cgcagacgtg cagatctgtt tatccacaca ctgcacaggg 8280 ttgctatgag gcagggaaaa cccgcattta attggccacg agctccatgt ttttatgtgt 8340 aagattgcag ctgttttgga tgcacttttt cctttgggat ccatctgtct gtctgagctc 8400 ggagtatgca gtctgtgtgt ctagtctata cgtctgtctg tctgtcttca gtgatggatg 8460 gattcatcga cacccatgct gaatgcaagc caaaggagta aaacctgaat gaacaccagg 8520 ctcaaactaa aacgtaatag tatttatttt taaatgctag attgtagctc ttatttatta 8580 cattctggca tttattcagg ggcaatatag tggctaagtg gttagcatgg ttgacaaatt 8640 aagaaggtca ctggttactc caagaacttg aatataatac aaaatcaagc ccatttttta 8700 attgccgcag atttcccata tattttggga gttaggaccc cgatcaaatt ttcattgcat 8760 aatctgcata tagttttaca ttaatcagtt cagtttcatc atttaattgt aagtcgcttt 8820 tgactaaaat gtctgctaaa tgtaaatgta aatcaaaacc agcagtgtat ttgcgaatat 8880 aatgtatgca tctggtgtgt aaaccgttga tttgtcaata catgtttctt atccagtgtg 8940 tgatctgtgt tatatggaga tgtcaaaatg tgcattcaaa gcctgtttga actaggccat 9000 ataagtcaat aaataaatga atttctatca attgtaaata agagtaaata ttctctctct 9060 cacagtttct ttttggaatt ttagtcacaa aaatgactga tattaagtcc tcatactttg 9120 aaagtacatc taaaggtgga aaaattctat gctgcactgc atttcccacc agtgtttggt 9180 gcaggggtta cactctccta ccagctgttg taactgtgca gtctgaagca gctttcaaac 9240 cgcatgtgga aatcgctgtg ctatgaaacc catttatttc aatggcttgt gccatgcatg 9300 gggtggtttg ttgctgcaca agagcagcag agcacatcgt tagctcattt attcattcat 9360 tttcttgtcg gcttagtccc tttattaatc cgaggtcacc acagcggaat gaaccgccaa 9420 cttatcgagc aagtttttac gcagcggatg cccttctagc cgcaaaccat ctctgggaaa 9480 catccacaca cacacacaca cacacacact catacactat ggacaattta gcctacccaa 9540 ttcacctgta ccacatgtct ttggactgtg ggggaaaccg gagcacccgg aggaaaccca 9600 cgcgaacgca gggagaacat gcaaactcca cacagaaacg ccagctgagc cgaggctcta 9660 accagcgacc cagcgacttt cttgctgtga ggcgacagca ctacctactg cgtcccttcg 9720 cctcattagc tctatgatca aatttcaagt aagctcaata ttctgttctg taaatattcg 9780 ctcatgtaga tttaaaaaaa aaaaaacatc ttaatattaa aaaggaatca taagtttaat 9840 cctatcaata taatgccttt aaataatgta ggctagttgt ctttttaatg attatttagg 9900 gaactataat gctttgtttc attgtttatc tttatttaca tgtagcagag tatttacagc 9960 taatgtatgg gatattttgg tccgttcaac caatcaaggt tttcaagaat actagacaca 10020 ggggctgcgt ccgaaattgc cttctactca gtagttactg catttgaatt gaagcgtact 10080 acttggttgc tatttaagta tgttctatac agtatgaatg ttagcagtat gaatggatct 10140 tggatgtact acatccacca ttttgccatg ttcatgtgac ctactgtacc catgtcagtt 10200 gcgtcgcttc actcctattt atgaattctc tcaccgtgca tcatgggata gcgtagtgtc 10260 catccgatgc aatagtatct ggatgcagcc tttatgatgc aagctgagac tgcatcactc 10320 agcgatgcaa tgtcagacac aatgcactca aatgaagcaa gtgacgtcac tgtaatgggt 10380 agggttaggg gtggtttagg tgagcccatt aaaaagcatt ggatgcagcc cagattgcac 10440 agcaccaggt ctgcagccag acccttctca tccgatgcgc gcttcaaaat ttcgccggaa 10500 gtagtgggtt ctttgaattc agacatacta ctctgctcgc atagtgtttt taaaatacta 10560 tatagcatgg aagtatgcaa tttcggatgc agctttgttg tcttgaacac cttcatttgt 10620 tgaatcagct gtgtttgatt aaggttggag caaaacttgt agagctgcgg ctctccagga 10680 attgtgtttg agacctaaga tataaagtat gatcttctcc ctaatccaac ccaaaactta 10740 aacccaactt actaactatt aataagcagc taaataccag tttattaagt taggccccgt 10800 ttagggttag aaatttcgat ttgttgccta tatctgcttt tttgtttttg tctgtccatt 10860 tacacgtttt tttaattgtg acccatatcc aattcatttg tttacacatg ccatacaatt 10920 aatgatgtca cacatccata aaggcgggtt ctagcatctg tgtcacacta gccacgatgg 10980 atgaaattgt cttgttttta gctctgcgaa atgtgcaaag tctattataa gcagtgaatg 11040 gtttagtcca gatttacgca gtttatgtaa tggtatggcc ctgatgtgtg tgtgtgtgta 11100 gttgaagatg tagcttttgc ctgtgtgccc actggtgttg aagagaataa agttgttcta 11160 tgtgaagccg cagtgcgtcc attagtaggg acaaaaagca aaagttacaa cacaaagttt 11220 gcccaacttt aaaatgattt tgaggcggag aaggtgggaa agggccatca tcgcagcttg 11280 cgcttatggt ttatatgctt tacgatgtcc tccaccattt agaggaattt gtgggtacga 11340 gagagatatc aggtctggtg ggagcaaatt gtggcgactg actactttcc tccatgtttc 11400 ctctgttgtt gattaccgcg ttggtatctc cacacacacg ctcttccttc tacgtcatga 11460 atgcctcaat 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