Dbfetch
ID CR385061; SV 15; linear; genomic DNA; STD; VRT; 79139 BP. XX AC CR385061; XX DT 04-APR-2004 (Rel. 79, Created) DT 09-NOV-2005 (Rel. 85, Last updated, Version 18) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone BUSM1-20K6 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-79139 RA Leongamornlert D.; RT ; RL Submitted (09-NOV-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 5681b8575647efb478c6be43bb17b63e. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC BUSM1-20K6 is from a Zebrafish PAC library CC VECTOR: pCYPAC-6 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..79139 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="BUSM1" FT /clone="BUSM1-20K6" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 79139 BP; 25455 A; 15249 C; 14257 G; 24178 T; 0 other; gatccaaaag tgctcaaagt tgtattttgg tgtgaggatt atccggctgg acaaaacgtg 60 taagtgttat gaacagtgtt tgaacacaga gcttattatt tgccatcttc gaaaagccta 120 tggggaaatc ctgtagtcat tttaatgagg gaaccagttt tatgctagca gccgattagc 180 ctacaaggtg atgtcatagt tcctccgctc tattggcaga tcatttgtgt aagtgtgtgt 240 gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgcgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt 300 gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgcat gtctgtatgt gtgcaagtgt gtgttgatat 360 ggccaccagt tcatgagaga ttaaggaaga ctgaacctgg ccacacagag ccacaactgg 420 cagcatgaat gtgtgatttt gccagatcca gtaagagaga gaaagagaga gagaaagggc 480 gatgtccttg agaggagatc aaatatgacc tctctacttt atctgctgac atcagagaca 540 cactataaga gcgcttcatt cactaaaaca cacacacaca cacacacaca caacatccta 600 acagcctgtt tctcacatct gaaaacatct tgcacaaaag aaagctttac tatcacacat 660 gcaaacaaac acacacacac aaacacacac acacacacaa aatgactcac aaccatatcg 720 agtgtctgga aacaggagct gatgttcgat tctttacaca tacacttaca caagcgcaaa 780 ctctttccat tgtgaatcaa cacactgctg cctacagact tggccacgtt ggatatatgc 840 actctctctc tctcacacac acacacacac gccaacacat tcacccacac acatcctact 900 taaacaaggc ctgacacata cacacatgcg ggaaaaaact gacaaactgt ttcatgacac 960 acttgtcatc ttaaactgat ctgagagctg tggaggaatc gatgaataat taacctaggc 1020 agtttgagtg tgcttctgta ccttttattt ataatgttgc aggggccaaa tgtccccaca 1080 agtatagcag gacctgtaca ttttgacctt gtggggacat ttttgaggtc cccatgagga 1140 aaacagctca taaatcacac attatggagt actttgtaaa tattaaaatg ctgattgttt 1200 ccggtgaggg ttaggtttag gaggaagggg aagaagaaca aaatatacag tctgtacagt 1260 atggtagaga agtccccata aagatttgtg tgtgtgaaag tgtgtgtgtg tggttaaagg 1320 ctgggatata atgtatgtcc cttaaagggc cagttcaccc agttcaaact tgttcaaagc 1380 ctttactagt ttctttcttc tgctgaacac aaattaagat attttgaaaa atgctaaaaa 1440 cctgtaacca ttcactttca ctgtatttgt tttacctact atggaagtct atagtttcca 1500 gttttcagca ttctacaaaa tatcttcttt agtgttcaac agaagacaga aactcgtaaa 1560 ggtttggaat agaaaaatat tctaagaaca ttaatataac gttctgagaa caataacata 1620 cttttattaa ataatgttaa caataaacaa taatgtaaat acatggtcta caaatctgag 1680 tgtttagaac ttattaaaga ccattgcaaa atcaacatta tataacttaa agggccagtt 1740 cacccttaac ttctttcaaa catgtatgag cttcattctt ctgttaaaaa gaagacattt 1800 tgaaaaatgc taagaacctg taaccattga cttcattagt gtttgtcttt cctactttgg 1860 aagtcagtgg ttacaggttt tcagcattct tcaaaatatt ttctttagtg ttcaacagaa 1920 gacagaaact tgtaaagttt ggtatagaaa cacactttta aaacattaat ataacgttct 1980 gagaacatta ccataacatg aaacttgact tccatattat ttgtttttcc cactatggaa 2040 gtcaatggtt accggttttc agcattcttc aatatttctt cttttagtgt tgttcataaa 2100 ggtttgcact taagagagag caaagagtga gagcatttta attttggggt gacctacccc 2160 ttaaatggaa acgttacggg aaccgtagct ctatatgtta tgaatatgtg tattatgagt 2220 aaaaaaatct attgttctat tttgcatagt atttgtttta ccaactatgg aagttaatgg 2280 ttacaggttt tcagcattct tcaaaatatc ttcttttgtg ttcaacagaa gacagaaact 2340 cgtaatgttg aaaacctgta gacattgact tccatagtat tctttgttct tactatggaa 2400 gctagtggtt acaggttttc accattcttc aaatatcttt ttttagaact taataaagac 2460 cattccaaaa gaacatcata tgacttaaag agccagttca ccgaaaaaaa aaaagaaatt 2520 tctgtcgtca tttacacaca aacatttgtg agtttctttt tttctgttga acacaaatta 2580 agatattttg aaaaatgcta aaaacttgta accattgatt tccacagtat ttgtttttct 2640 tactatggaa gtcaatggtt acaggttttc agcattattc aaaatatcgt attttagtgt 2700 tcaacagagg acaggaagtt aaagaaggtt tgagaaaaat aatgggtgtg taaaaattta 2760 agaacagaat ttttgtgtgt gtgtgtgtgt gagggggggg tatgggggaa ttattagcat 2820 ggtagtaggt cctttgtttg gctttatatg ttataaatat gtgaattatg agttaaaaaa 2880 tctgaagttc tacattgcat tgcatttgtt tttcctactt tttaagtcaa tggttacagg 2940 tttttagcat tctccaaaat atctcctttt tagtgtttaa cagaagacag aaactcataa 3000 aggtttggaa tagaaaaaac gtaaacatta ataaaacgtt ctgagaacag taagataaca 3060 tgaaacttga cttccacaga atttgttttt cctacaatgg aagtcaatgg ttaccggttt 3120 tcagcattct tcaaaatatc tttgttttag aacttattaa agaccattcc aaaacaaaat 3180 tatataactt aaagggccag ttcacccaaa aaaagaaaag tttgtcgtca ttcaaacaac 3240 ctttacaaat atttatgagt ttctttcttc tgttgaacat aaaataagat atcttgaaaa 3300 tttttaaaac atgtaaccac agacgtccat agtatttgtt tttcctactt tttaagtcaa 3360 tggttacagg ttttcagcat tcttcaaaat atcttttttt tagtgtttgg aatcacttga 3420 gggagatcaa atagtgagta aatgctcatt tttgggtgaa ctacccctta aatagaaaca 3480 ttaagggaac ctaaaactgt tagcatggta gtaggccctt tgtttagctc tatatgttat 3540 gaatatgtgt aaaatgagtt taaaaaaatc tgacgttcta cattgcatag tatttgtttt 3600 tcctactatt taagtcaatg gttctcgatt ttcaacagaa gacagaaact cataaaagtt 3660 tagaatagaa aaaccttaaa cattaatata acgttctgaa aacaataaca taacatgaaa 3720 cttgacctcc atagtatttg ttttttatac aatggaagtt aatggtcaca ggtttttagc 3780 attctacaaa atatcttttt ttagtgtttg gaatcacttg atggagatca aatagtgagt 3840 aaatgttcat ttttgggtga actacccctt aaatggaaat gttaagggaa cctaaaattg 3900 ttagcatggt agtaggccct ttgtttagct ctatatgtta tgaatatgtg taaaatgagt 3960 taaaaaaatc tgacgttcta cattgcatag tatttgtttt tcctactatt taagtcaatg 4020 gttctcggtt ttcaacagaa gacagaaact cataaaagtt tagaatagaa aaaccttaaa 4080 cattaatata acgttctgaa aacagtaaca ttaaacttga cctccatagt atttgttttt 4140 tatacaatgg aagttaatgg tcacaggatt tcagcattct acaaaatatc ttttttttag 4200 tgtttggaat cacttgaggg agatcaaata gtgagtaaat gttcattttt gggtgaacta 4260 ccccttaaat ggaaacgtta agggaaccta aaattgttag catggtagta gttcctttat 4320 ttagctctat gtgtaaaatg agtttaaaaa atctgacgtt ctacattgca aagtatttgt 4380 ttttcctact atttaagtca atggttctcg gttttcagca ttcttcaaaa tatcttcttt 4440 ttagtgttca acagaagaca gaaactcata aaagtttaga atagaaaaac cttaaacatt 4500 catataacgt tctgaaaaca ataacattaa acttgacctc catagtattt gttttttata 4560 caatggaagt taatggtcac aggttttcag cattctacaa aatatctttt ttttagtgtt 4620 tggaatcact tgagggagat caaatagtga gtaaatgctc atttttgggt gaactacccc 4680 ttaaatagaa acattaaggg aacctaaaac tgttagcatg gtagtaggcc ctttgtttag 4740 ctctatatgt tatgaatatg tgtaaaatga gtttaaaaaa atctgacgtt ctacattgca 4800 tagtatttgt ttttcctact atttaagtca atggttctcg gttttcaaca gaagacagaa 4860 actcataaaa gtttagaata gaaaaacctt aaacattaat ataacgttct gaaaacaata 4920 acataacatg aaacttgacc tccatagtat ttgtttttta tacaatggaa gttaatggtc 4980 acaggttttt agcattctac aaaatttctt ttttttagtg tttggaatca cttgatggag 5040 atcaaatagt gagtaaatgc tcatttttgg gtgaactacc ccttaaatag aaacattaag 5100 ggaacctaaa actgttagca tggtagtagg ccctttgttt agctctatat gttatgaata 5160 tgagtaaaat gagtttaaaa aatctgacgt tctacattgc atagtacttg tttttcctgc 5220 tatttaagtc aatggttctc agttttcagc attcttcaaa atatcttctt tttagagttc 5280 aacagaagac agaaactcat aaaagattag aatagaaaaa ccttaaacat taatataacg 5340 ttctgaaaat agtaacatta aacttgacct caatagtatt tgttttttat acaatggaag 5400 ttaatggtca caggctttca gcattctaca aaatatcttt tttttagtgt ttggaatcac 5460 ttgagggaga tcaaatagtg agtaaatgct catttttggg tgaactaccc cttaaataga 5520 agtgttaagg gaacctgaat tgttagcatg gcagtaggtc ctttatttag ctctttatgt 5580 tatgaatata tgtattacga gaaaaaaaaa atcagacgtt ctacattctc tgtgttgtca 5640 ttagatctta aaggctgttt ttctgcgtga ctctgtgacc tagaattggc caccctatga 5700 cagcaatgta gaaaactatg atttgaaaca tttatcattg cataatggcc actatctcac 5760 atgctatttt taaagcagta gtagtaggaa gtgtacagtg cattctgctc atgtagtaag 5820 cttcaatcct gaacatggca acacactcag aggcggtagc taaatataca atgctatgct 5880 ccctcaaata taatctggct ttggtacgta gagattttag aaaagtaaca aggacgtttc 5940 tgtgaatgta agcgtactgc aatccctctc tcgactcaaa agagaagcgg tctggtttat 6000 gaggacgcag gacatggcac agatcagcac agctgctgac attcaccaac ttacatctct 6060 tacatgtatt attcatctaa acacgctata atgagagaga gagaggacgc acaaagagga 6120 cagagagaga agcagacatg aatttaaaag aaataataaa cagggcattt taaaactcat 6180 gcgttctccc aaaaagagca ctttttaagg cagcatcaca tgtataaacc ccagaatgca 6240 ttgtggttag caaaattagc tcatagaaaa attaaaaaac acccaagata gcagatatag 6300 tgagagaaga tgcttttttt tgcaaagttc tccacgttaa tgacgacaca atccccataa 6360 atctatgagc attcaggttt aagtcctcac ttggacataa aaacaagaac acacaccttt 6420 ttaggatttc ctataaacgt tatgattttt atactgtgca gatggtatac tctcattcat 6480 tcattcattc attcattcat tttccttcag cttagtctat ttcagaggtc gccacagcgg 6540 aatgaaccgc caactgcata ttctgtcctc ctaaacccaa tcctaaagaa acaatctgcc 6600 tttttacact ttcaaaatac ttaattttgt gtgatttaga agcatattta cacataggta 6660 tttcaatttt ggtccccgca acgacacaat ccccataagt ctataagcat ttaggtttaa 6720 gtccccactc ggatataaaa acaagaacac acacagcttt ataagaattt cctttagaca 6780 atatgatttt tttaccgttt aaactgcaaa ttggcattca ttcattcatt ttgctttggc 6840 ttagtctcta tttcagaggt tgtcacagcg gaatgaacca ccaacggtat attctgtcct 6900 cctaaaccca actctgaaag caaacaatct gcatttttaa tctatcaaaa tacttaattc 6960 tgtgtgattt agaagcatat ttacctattg gcatctcaat tttgatcccc acggtgacac 7020 aagtccccat aagtctgtat gcattcaggt ttaagtcccc acttggatat aaaaaacaag 7080 aacacactca gctttatggg gatttcctat agacattatg ctttaaatac tgtacaaact 7140 gtatattctc attcattcag tcaatttcct tcggctcagt ctttatttca gaggtcacca 7200 cagcggaatg aactgccaac tgtataatct gtcctcctaa acccaatcct aaggaaacaa 7260 tctgcttttt tacactttaa aatacttaat tttgtgtgat ttagaagcat atttacacat 7320 aggtatctta attttggtcc ccgcaatgac acaattccca ttagtctata agcatttagg 7380 tttaagtccc cacttggata taaaaacaag aatacacaca gctttaaggg gatttccttt 7440 tgacactatg attttcatac tgtacaaact gcaaatttcc atttattcat taattttgct 7500 tcagcttagt ctctatttca gaggctgcca cagcggaatg aaccgccaac tgtacattct 7560 gtcctcctaa acccaaccct aaggaaacaa tctgcatttt cacactttca aaatacctca 7620 ttctatttga tttataagaa attttaccca ttgggatctc aattttggtc cccacgatga 7680 cacaatcccc acaagtctat gagcattctg gtttaagtcc ctacttggat ataaaaacaa 7740 gaacacacac agctttatgg gaatttcctt tagacatcat gattttttta ccgtttaaac 7800 tgcaaatttg catttattca ttaattttgc ttcggcttag tctctatttc agaggctgcc 7860 acagcggaat gaaccgccaa ctgtacattc tgtcctccta aacccaaccc taaggaaaca 7920 atatgcattt ttacactttc aaaatactaa ttatgtgtga tttataagca tattttacca 7980 atggggattt taattttgta ccccacggtg atacaagtcc ccataagtct gtgtgcaatc 8040 aggtttaagt ccccacttgc atataaaaac aagaacacac aaagttttat aggaatttcc 8100 tacagacaat tagattttta tactatacaa aactgtatac tctcattcat tcattcattt 8160 tccttcaact tagtctctat ttcagaggtt gccacagcag aatgaaccgc caactgtata 8220 ttctgtcctc ctaaacccaa cccaacggaa acaatctgca ttttcaaaat acttatttct 8280 atgcgactta ctgtatgagt tgtttttcta atgaaaacaa agcaaagcaa ccagtatccc 8340 cacaagtatc gcaataccac tccattttga ccttgtgagg acactggttg gtcctcacaa 8400 tgttaggaat acaaataaca cacactagag gttgtcaatg gacaggatga atgtgaaagt 8460 caatctctca gtcacagttg catcatattc atggcttcag tgagtttctt cagtctcttc 8520 ttctccctgc agtcatttct cacatcttta ttctctttct tgcatgcagg gttttatttt 8580 ctatggctca attaaataag attggttaac atgttgattg cttagcaaca agtatttata 8640 tttaaaaaaa tatatgaaaa tgcactgcgg ctactcagtt tttgctacag gctttatatt 8700 cgcatgatgg tctgtgaaat agagtgggaa accattttag aacattaata tggattttaa 8760 tattacattt aatatataat caaattatta tttggcctaa acattgcttt atcaaatatt 8820 tggatatgta aactgcatgt attgttacac tgaatatcat ttaagcggat gtcttctgta 8880 aatcatggtc aaaataaggc aatgttatga atttagttac aaaacaatac agattctaat 8940 gtataggaac gggggtgtcc aaacttggtc tggtcctaga gggtcaatgc cctgctaagt 9000 ttagttccaa ccccaattaa acacgcctga accagcttat caagctcttt ctaggtatac 9060 cagaaacttt caggcaggtg cgttgaagga agttggaact aaactatggg acggtggttg 9120 gatgcccctg gcataggaaa actatacctg tatcacacct ttattgtttt gacacaagag 9180 tattatatga atgcatatta attttaaaaa gcaatactat caaattcaca ttatcattca 9240 ttttctttcg gctttttccc ttatttatta ggggtaacca cagtggaatg aaccaccaac 9300 tattcctgca tatgttttac gagccggatg cccttccagt ttgcaaccca gtaatgggaa 9360 acacccatac acactcattc acacacatac aaattatatt aatcgcacag ccctattaag 9420 gcagctgtca gttatcagac gtaaccgaac aaaagtgaat attaattgca atatcactgc 9480 attatagccc gtcacgtcca aatccatccg tcacatccgc attgaagtga tgtgagtgtg 9540 tgagacatgt gaaacgctgg tctggatctg atgggtttca gagcctaatc atggagagtg 9600 aacagcagtt tacttggccc gccggtaaag tcctttccat tttaaatagg ccatctgcct 9660 cctgtatgtt agccaaaccg gccctgtcac agccactctt tacacacaca cacacacaca 9720 ggtacacaca cacgcactta tttttatcta cgtaatcaca gactgtgcca atccccagcc 9780 ttttctcact ctcacagacg tgtgaaggct ttttaaaaaa gccttgttaa tatccatgga 9840 gacgctcttc agtctgtctc aaatcgctct ctaaagttct gcttcaagag tacatggcag 9900 aagcgttcgc tgcatgcggc ctcctcctca taacaaacga gtctgaaagc agacagccga 9960 tgcatttgtg caacacttgt accgtcagtc agaagtttgc atgaagatct accacttgag 10020 aagtttgggc tgcgtccgaa atcgcacact tccatactat tcattcattt tccttcggct 10080 tgatctctag ttatagtctc gccacagtgg aatgaaccgc caactattcc agcacatgtt 10140 ttacgcagtg gatgcccttc cagccgcaac tcggtattgg aaaacaccca tacacttgca 10200 ttcacaccat agctgccagc aatcggatca taaaattcag aagtttttat acgggggtgc 10260 acacaaagtg aatagcgagg gggaaggtgc gcgcaaacag aaggtcgggt atgaagatgg 10320 ttgctcatgg ggctcggtgt gcatggggac tgaaccaaaa agctagccgg actgtaccaa 10380 aaagctgagg agcgggcggg ggggggcgga ttccgtgagt tttccgggag acagaacagt 10440 aagggagatg gctgggggat gggtctgaaa caattttgtt tatttatata taataaacgc 10500 atagcgcatg tgtttggact gtggggggaa ccggagcacc cgaaggaaac ccacaccaac 10560 acattccata ctactgtata tagtatgcaa aagactagag gtgtgaacct atactggtct 10620 cacggttcgg tttggttacg attataatgc catcgattcg gtccaattcg atatctcggt 10680 gcatcatggt gcattgacga tgctttccat acagtgttat attttggggg gtggctataa 10740 caagctgtct gtataaacgc cagtgttggg cagtagcgtt gctacaagta gtgatgctac 10800 tagcttaact acattgctca gtagcatggc ggtagcattg ctactttcta aatcaaatag 10860 cttttcagta gcgaagctat tttattagtc aagtagtgca gtagtgtcca caaagctaca 10920 tttaccaatc gcggatcaat aagtgacggc actgacattc atggagctgt gaggccggtg 10980 tgtagcccgt gaaagtaaat ccatatgatg gctagaatga ggaattctac ttcttcctgt 11040 tttacggtgt tcgacaacaa acttttttat gcgttactgc cacccctggt tggagatgtc 11100 gccaaccgaa acttgcttga tgactgaggg agaggagtta tttctgaagc aggattcctc 11160 atgaccatac ctcgagaagt acatgttaag atccaataac tttaataacc tttactatag 11220 tattttaaat gtgtaacacc tggttttatt agattttttt gttttagctg ttataatata 11280 atgtgtttct gttaagtaca gtatactatt tacagcaggg gtctcaaact caatttacct 11340 gggggccgca ggaggcaaag tctgggtgag gctgggccgc ataagggatt tcacaaaaaa 11400 aagtcctcaa atgtcattat taacagtttt aattatttct tctgaacatg aagtttcctg 11460 aacattaata aacattgagt gaagattatg aacagttctt ctgaacatgg 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