Dbfetch
ID CR381658; SV 11; linear; genomic DNA; STD; VRT; 159132 BP. XX AC CR381658; XX DT 27-MAR-2004 (Rel. 79, Created) DT 09-NOV-2005 (Rel. 85, Last updated, Version 23) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-245M20 in linkage group 3 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-159132 RA Smith M.; RT ; RL Submitted (08-NOV-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 2c9cbb2b7738bd2d65e1babe2f2b5cc3. DR ENA-CON; KZ115468. DR Ensembl-Scaffolds; CR381658.11:1-159132; danio_rerio. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-245M20 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..159132 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="3" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-245M20" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 159132 BP; 50479 A; 27887 C; 28655 G; 52111 T; 0 other; gaattcacat tacattgatt taaagattaa gcctttacgt atccgtagtg tgtaagtacc 60 tcagcctggt cgtttcagtg tagtgggttg tcagtttact gtttttttct ttcctacagg 120 taacctttaa gatatttccc ccagttaatg gttgtcattt aggttcaccg aaaggtcaac 180 atgaaacaga tgatgactta attttgttga cctttgaaaa tggtcagatt tggtcagata 240 tttgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgcgtg tgtgcgtgtg tgcgtgtgtg tgtgtgtgtg 300 tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtttgtgtg tttgtgtgtt tgtgtgtttg 360 ggtagagaag aacacacttt aggatttcat gaatgccaag agctctgtga caggagattt 420 attggagtaa tatcaccggt ccattagcag cagcacacca tgatagaaat ggccagatca 480 ttactcctaa agtttaaaaa ctacaataaa ttgatgaatt aatgtaggtc acaggttgct 540 aaaccactga aattgtgtgc ccaagcaggg tcggaaatta atgagcgcct ttggcaaaaa 600 tgtcaccaag gccctgtata caccttgttc tagcatgttt tttttgtggg tctggtcttc 660 agcggataag gctaggaaat gttttgagct tgtccacttt tgactacttc cagaggtggt 720 tgaaaatgtt tcggattggt ttcaaacagc ctcaacttga ataataatcg atttgattat 780 taaacttttt ttgttcatga tgttttgcta tcttaatctt aattttggaa ggtgaaaatt 840 tattgtgtaa aaaagtctcc actttcctta ctaatctgca tttccctctc tgacccctcc 900 actaactaca taaaaaaaaa aaaaattact actacaatta ttactactta cacttttttt 960 gcatacctga aacttgccta tagcacttat tcattgttgc ttttatagtt gtgtaaattg 1020 cttccttgtc ctcatttgta agtcgctttg gataaaagcg tctgctaaat gactaaatgt 1080 aaatgtaaaa actttagctg tgtctataaa acaccaataa acacttcccg gaactttatt 1140 tggtacacct aactagtacc gggttggaac accttttgcc ttcagaactg ccttaatcat 1200 ttgcggtata ggatcaacaa ggtactggaa atattccgtc taaatgtcca tattgacatg 1260 atagcatctc acagttgctg cagatttgtt ggctgcacat ccatgatgcg aatctcccat 1320 ttcaccacat cctaaatgtg ctctattggt ttgagatttg attactgtgg aggccttttg 1380 agtacagtaa actcattgtc atgttcaaga aaccagtcta agatgattca tgctttgaca 1440 tggcatgtta ttctgctaga agtagatggg tcagaagatg ggtacactgt ggtcataagc 1500 agcaatactc agtggcgttg atacaatgtt cagttggtac taatgggccc aaagtgtgtc 1560 aagaaaatat cccccacatc attacaccac caccatcagc ctgatccatg ctttcatgtt 1620 gttgatgcca aagtttgacc ctaccatcta aatgtcgcag caaaaatcga gactcattag 1680 accaggcaat gcttttccaa tcttctgttg tccaattttg gtgagcctgt gcgaattgta 1740 gtcttacttt cccgttttta gctgacagca gtggcatcct gtgtggtctt ctgctgcttt 1800 catacgcctc aaagttcgat gtgttgtgtg ttcagagatg ctcttctgca tacctcagtt 1860 gtaatgagag gttatttgag ttactcttgc ctttctataa ccttgaacca gtctggccat 1920 tctcctctga ccttaggcat caacaaggca tttgcgccca cagaactgcc actcactgga 1980 tattttctct tttcggacca tcctctgtaa accctagtga tgattgtgca tcctagtaca 2040 ttttctgaaa tactcagacc agcctgtctg gcaccaacaa ccatgccaca tttaaagtca 2100 cttaaatccc ctttcttccc cattctgatg atcggtttga actgcagcag atcgtcttga 2160 ccatgtctac atgcccaaat gcaatgagtt gctgtcatgt gaatggctga ttagaaattt 2220 gtgttaacaa gcagtttgac aggtgtacct aataaagtgg ccgtgactta gcatgtggat 2280 gtgtcctctc tatttacata agtaaataaa tagactcaag aattaagtga cggactaaaa 2340 tgagcagatt ccttagtttt tactaacttt ctaatttgta attacaatgc aacctatatt 2400 caacgaatgg gcaaaaggga ccatccaact aaagtgatat tgatttaatt aatgtgcaat 2460 ttatagatta acttttaagg gacttttata ttatatatta tatgctattg gctcttatga 2520 aggtaaaaat gcccctggaa aggaaaggca aaggaagcat attgcagctt aatgtaaaag 2580 ttattatctg aactttatcc cgttctactt tcttctcgca ttagaaagaa atccaaaaac 2640 tgtgaagcta aaacatctac actgaaaact aatctctgct ggaaacaaaa ttaatattca 2700 gagcagatac agagatattc agcattttag gaccgccgaa gcctgtttga ctgcaggaac 2760 attacaaaag ttccttttga aaacacactg gcgaaataaa ccgtgaaatt gacttgagca 2820 atatcataat gctttgtgtt ttcaatagaa aatgaatcga ctgtcaggcg ctgtcagatc 2880 caacaagatc cgcctctgac acttcacagt gtaaagcggc actttcacac tctatgatca 2940 agttgtctga catttgcctg cataaatcaa gtctcctttc tttgacttcc tgtcacacac 3000 actcatgtat ttgtctcttg tgtgtcatcc tgaccttttg tttcctgaag gtgggcggca 3060 agagtcatca ctattacgta gtgacttgtc attcagcatg ttatagacgt gggaatgaac 3120 gacgttgagg tctgacctgt aaacatccag gatcgtatta tgggcagata tgctttgagg 3180 ggataatcgc ttgggttatt attgtattat ggaagatacg cacaccttat cttacacaag 3240 cccattccgc tgtggcactc tgggatcaga gatatactca ttgtgctcga taaatgcata 3300 tctgtatcca tgacagttgt caaagcaaca aaaaagagca attctggaaa agaccgtgat 3360 atgtcattag cgtggttcaa tttcactgcc tatttatgac atctttctgt tttcaaacac 3420 ggatatgtgc ctgttatata aaagatatat cgattcatat gaatggttat gaaacgttct 3480 ggcagactag ttgatgaaca ctgagtatgc actaacagaa ggaaacagaa aacctttctg 3540 atgattgaaa atggactcca attgattgta aaataattac ggtgccttga gaaagccaac 3600 atacagttat accacataca cttattattc ttcttccgtc ttctttagac aaatttctat 3660 atgcatctct tcctaaaccg ttcaagctac aaaaaccaaa ctaactccaa acctccaaac 3720 tgctctgact caggttacta tatcttttcc aattgatccc acttacagtt ttccaaaatc 3780 tgacccattg acttaacatt ggaccaaatg ttgtgacctc ataactttgc accaggctgt 3840 catgcagatt taaggctggt cttattaaac tcagactagc tatctgccaa tgactgatga 3900 cctttaaact tactagtcac actctagcaa ccgcttacag ccccctagca tctgtcccat 3960 agtcttccat tgtaaaaaaa ataaataaat gaataaataa ataaaaagaa aatgaactgc 4020 cattgacttt acatttgaca tactaacaat ataccaattc atactagcaa tatactaatt 4080 taatttacca attatactaa tagaaccaag ctaattaatg ttagcaactg cctagcaata 4140 tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata tatatgagca atatcacact 4200 cgtagcagtg cgatatggct gtatatcggc actggtggga ggcgtgcgtc ggcacgaggc 4260 cgcaagtcga gtgccttagt gcccccacca gtgccgatat acagccatat cgcactgtta 4320 cgactgtgat attgtgttta tacaacagtt tgacggcata attatgtata taaaaacgaa 4380 atcaaacatg gagagtctca aaaacccttt tgtatgagga actactttct tccagattca 4440 aatcataagc tgacagttaa acagctgagc gtgcatcttt taagctttag atctgtagtg 4500 tctgactaca aagacagtga tgatgtttta gactgtatgt gagcattttc aaaaaagcat 4560 tggaaaaaaa ataaggattc aaggcattgt tgtcctgcaa acacaccctg agtttttcat 4620 ccagacattt tgcttacaca ctgaattgtt ggcagtgatt tattgcacca aatcactgtt 4680 tatttaaatg gtggctatct caaaatcttt tcaaaacttt actcagaaca ttttttaata 4740 aatgaggcat cacttgtaca gtgctgtatg ttttatatat atatatatat atatatatat 4800 gtgtgtacac acatacatac acacacacac acacacacac acaagttatt aaagctatta 4860 cttttttact tcatacatta ggtttttagt tatgattatc ccaaaatcat tcagcataaa 4920 tccgcagatt tttaactaaa atctgcgcag aaatagcaaa aatgtcctca gattatgtct 4980 ggctctaatg ataagaaaca ttttatttta tgaaaacaaa ttactgcaag caaaagcaat 5040 atataggcat tcagtacata cagtgcatat tgatacaagt acatctttcc aactttctag 5100 ctgtggagat aaatatgaca ttagttgaca agatgcttcc atcagcagtg tcttctgata 5160 caacaatcct gtgtgaaatg actatgacaa ggacagtgat ttatcaaaca acagatacag 5220 tataaaagca taaaaacaac acttactgcc tgaattttgt gacaaaattg acagttagac 5280 ttcgaaatcg gagacaaaat ctaataaaaa taacacaacc atatgtttcc cttgcaaaaa 5340 actactactt gcatgattgt atgtctacaa aatgaaaata tgttgccgtt ttatcttgtt 5400 ttgtattgac acatctggct taaaaaactc tgattgcttg aggttatgaa atgaaatcta 5460 tttcaatacg tctatgccaa gcgtttcata tccgtgaagc atatcatctg ttgtagaaag 5520 aatacaaatc tgagaatagg aatttgttca gtcaacagtg atggaaatgc tattgtgatt 5580 gcaggcagag gaatatgagt tgtggatggg cacccactgc tcagatgtcc ttcaaagctg 5640 ctctttgaac tttcagctct gtggcgcaat gacgcccgca gagacgccaa cccaacctta 5700 cagatgactt ctcagagaga tccttttgga ccaaaacaag ctgctcgcca gacacaaatg 5760 ggaaaagctg atttccactg aggcattctg tctaaagaac ttaaacagac cttcctcgac 5820 ttttataaat gtgaatgaaa tgggaattta aacaatcatt tgaacacact cttttgaatg 5880 tcacgatgac atgcagctgc gtattataat gaaatacaga agtaatgtta agtcatgttg 5940 ctgaccagcg tgatcttgta aaaatcattc tcatttctat ttccatcaag gtctagtttt 6000 attaacagtt cgtgcaaaaa ttttgccatt aaaaatatga agagtttggt tgcaaaatgc 6060 aaaaaatgtt tgacatttgg attttatcat tggaaatcat tgttcagatg taccttaatc 6120 tatgtgtgaa ctgctgccat taataacatt taagaatgta cattttaggc cgggtacaaa 6180 tgtatttttt tcacaaaacg tgatatccgc cagaccagtt tctttacaaa gtgctatata 6240 acggatatag aacgttcagg atgatgtgcg agcacagcat cccctgggaa gagaggtgat 6300 gctggtgaag tgctccaagt ttgctcagta atgcgagtta cgttggtttg tgtcatgccg 6360 acaaactatt agataaagat gttgccttca actttgcaaa acaaatgtat aaaactctac 6420 aaaagtggac caagataaaa ttatcctgcg tctatcagtc tctgctgatg tcaagaagaa 6480 ggctaggggt tacagtgaaa aactgctttt tttcctgcgc tccttcccat cataagaccc 6540 ctgtctgcaa ggctacattt ctaagggtcc tttgtaagtt tattctttaa acaatttctg 6600 tgaatttcta atgagacgat gataacttgc gcaaaaggct gttgtgatgc gcaagactgt 6660 aaaacgcgtg catgctccct ttttgttgcg tgaaattgtg actggaaacg caactatagc 6720 cacagtggct ggtcaggccc tgatgatgat tattgttcac attattatta ttacagtgaa 6780 ataattcatt aaatatgacg gggcgaggcg atcttgcgtc acagactcga tgcgatgtaa 6840 gaactgtgac accgcagctt cgcccgctct gatcatacag gtttggtttt cagcagtggt 6900 gtggaaggag cctccactct ttctgtaaca aactacaagt cgtttatcta actaacttaa 6960 tctttcttat caaacaaaac attgattcac tagcttttct taatggtatt acagtagtag 7020 aatatagcct aaggtggata tagcgttttg ctaaaaataa ataaaataaa aaggttatgt 7080 tatgcacgtt ctgtccaaat ctaactcaga atcttattat tattaaaaaa tcgttgtatt 7140 tattatttca tatatttatg atgtatagtt tttctttttt aaccaattta agatgtttaa 7200 caatgttaag ataaatatgt tgtatttatt tttggcatga tttatgattt atttatgaac 7260 tatttataca ctgaaaaccc taataagttg actgaactaa atgaattgag taaactcatt 7320 gcctaaattt aattgagtaa tggagtctcc cagaacttgc ttatttaagt ctatttaact 7380 tgccggtttt gtagactata ctgaaattgt tcagttcacc aaatgtagca cttaggactc 7440 cattactcaa ttaagttgag gcaacgagtt tactcaatta attttgttca gtcaacttat 7500 ttaggttttc agtgtagaca taaagttaaa taaaaaaata tcctggattt gaaaatattg 7560 tgtacctggc ctttactgag ctcaagtaat agtttaatgt ataaaaatag tgaataaact 7620 tgactgttga tgtcttaaat aataatgtca cataaccaac atttctgaaa atggaaatat 7680 cttgttttac aacgaaactc ttcatatatg gacttacgga gaccagatta ttgtcaattt 7740 ttggttttcc ttcttcctag ataggtgacg gtggcccagt gtgactttta agcaatttaa 7800 atgtctaaaa agttatcggt atgatggtta aaaaaaactg tacattctag tcaaaccatc 7860 cttctacaat cttataccaa aaaacaaaaa taagggcagg attaatagat taaaatgtgg 7920 aagagcattg gtattatgtg actgtattgt attgcaatgt ggagcaatta agtgttgaca 7980 ttaaatcaaa agtaattcac aagtacttga aaatgaaatg atttaatgac agtaattggt 8040 agacaaagag agtaagtagg ccttaaagaa agcctgaagc agtagagcca gataagatcc 8100 agagcaggag aggagcagag ctggacaagt gcagagcagg aaaagagacc agctatattg 8160 tatctttttt gaccatgtga ccaaagccta aatactgagg catttgaact aaccaagcgg 8220 caacctcccg ctctctctca ggaatctgat acataaactg caaatcatcg aaattccgct 8280 attcctgggt ccatatggag caaatttcaa ttgagcccac tgttagaatg gccaacttta 8340 caacagaaaa aaagggtgtt tacagcctgg tacaaagaat gattctgctt tatatagcta 8400 atattaccct tcttgacaac tgtgagggag gtcttttttt tttataactc atttgtttgc 8460 tttatattag gttatgtgaa gtctgcataa ttaagggcgt ggccacttga gtgacagcta 8520 ggtcttgttg gtcgccatca cttcacctca gctgactccg gcagattagc tgctgatgtc 8580 ggcatgttca tcgtattttt gtgttgtttt atgtggcttt acacagtcta ttgcattttg 8640 gaattatttc ttacaattat cagatgatat agcatgctgt gtgcacttaa ttgtgctcac 8700 aaacctttca cgtgacctcc atttcccagg tgagtgaaat tatatactta tataccatct 8760 ctataaatgc acgggtctta tttaagataa tttttcattt atcattttct ttagagctga 8820 tattcactcc agaatctgac agattgatta gctgtaatct ctataacagt catctgaagc 8880 attgtcatac actgttatgc tggatttcat caatagtctt gcattttact aacaaagact 8940 gtatctgaag catttggaag taattcacac tttcctcctg tagaaaaact tcctaagaac 9000 aatgcttagt ggctcaatgt attacaacag agtttttaaa agtctaaaca ctttattgat 9060 atagtatata accaagcaca tgttgtcaca atacaaacta tccgcaggta atgaagaatt 9120 aaacgattct ccaattggaa aatccgtcta agcagaatgc cagcatgggg gtgtagctcc 9180 gtttacgctc cgcctctttg cccttttttg gtatacctcg gttggtgcca tgatgagcga 9240 acaaaatggc aacagttggc cacgcctatt ggtagcttct tttgggttct tcacaaacct 9300 atgggtgaca tcacggatac tacgtccata tcttttacag tctttgtaac tgaccaatca 9360 gcatgtgacc acatcgtaaa acccccaaag tccacacacc aggctctgat cttatcagtt 9420 tctgcctttg gagtcagcat ggactgtcct tcgtggaaaa agacttgttt tgccatacaa 9480 acaaatgcat atgatcattt tcattcctac atttgtaata tgaaacctaa gacgtaaaac 9540 tgtttgtgtg tttatctgaa aataattgca caaagcagaa tctttatcat ccaatcagaa 9600 tcaagcattc attggtagtg gagttataat tcacacactc caacaactca tttaatctca 9660 ctcttctttt ggcttttttt gtactttttt ggcagacctt gtacatccat gcacgcacgc 9720 tgtgattgac tgtaagatcc aaagggatga atgctgtagg aaacactgat ttttgctggc 9780 catataatga aaaatggcat tctgaagtag ttgcttgtca ttggtgccct gctggcggtc 9840 ctggtttctg gggctggttt ttggaccctc cgcggctgca ccacgggtgg gctcagtggc 9900 agcatatggt cagcaggctg tcataaccac acaaaggttc ctcttgctgg cactggcttc 9960 tgaattccaa cacttttatg tgcatcatct aatagggctg tcttaattag tcatagcaga 10020 tatagctgac ctgaaggatg ttttcatgta tttcattatt tcaataatat tttgctgtgc 10080 tgctgaacag gctgctcagt actattcagg tcattaacac ttaaaaattg tccttcatca 10140 atttctatgg ctctcttcca atgcctagtg agtggtcttg ctgtgtgctg cccacatagg 10200 cagctgctta gacagcgtcc tatctgaaat gaaatctttt aaatgactca tctgaatgct 10260 tgttgtttaa tcagaccaga caactgctta tatttgtcca tcctattgga catatttttg 10320 gatccatttt cataaggatt atgtttgtat gatgagttat atttcttttg ttttgcatgc 10380 tcatttcttt tgaataaatg actgaattga atcatttatt taatgtcttt ctttttttta 10440 aataaacatg ttattatatt aaaatcacct ggttcttaaa tacattttta aaatattatt 10500 attattatta ttattattat tattattatt attattatta ttattattat tattgatact 10560 aatatcatgt tacttacatt tatataataa taatacttca taatgtttat tattattatt 10620 attattatta ttattattat tattattatt attatggata atattatcat gttatctaca 10680 ttcatataat aataataata ataataataa taataataat aataataata ttaataataa 10740 taataataac aataattata atacttcata ttgttattat tagtattatt attattatta 10800 ttaaatacaa atattataaa ttattattat taatgttatc actataattt ttattataga 10860 tataagcatt tattattatt attattatta gtagtagtag tagtattaaa tacaaatatt 10920 ataagttatt attattattg ttgttattgt tttaattttt attattctta atattattat 10980 tattattaat attattacta tcattattat gttactatta ttaattatta tattgctgac 11040 attgtactat aataataata ataataataa taataataat aataataata aatcttattg 11100 tagtaaaaat aataaaatct taatattatt actcttatta ttattattat tattattatt 11160 attattatta ttattattat tgttgttgtt gttgttgttg ttgttgttgt tgttgttgtt 11220 gttgttatac atccttatta ttgctactat tattattata attattatta ttataattat 11280 tataattatt attattatta ttattattat tattattatt attattatta ttattattat 11340 tacttattat taccctgata ataatattat tactaatatt attactttat catttatcac 11400 tatttattat tattattatt tttttattac tttattacat caatttgtca aagtgtgttt 11460 ttgtttctct 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