Dbfetch
ID CR381553; SV 13; linear; genomic DNA; STD; VRT; 145320 BP. XX AC CR381553; XX DT 27-MAR-2004 (Rel. 79, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 15) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-154P8 in linkage group 14 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-145320 RA Leongamornlert D.; RT ; RL Submitted (02-SEP-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 543abb3afa68dc06cf03a2fe2a5c8d27. DR ENA-CON; CT993249. DR ENA-CON; KZ115466. DR BioSample; SAMEA3146246. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000116134; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; CR381553.13:1-145320; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000187178; danio_rerio. DR GOA; A0A2R8RMH2. DR InterPro; IPR002126; Cadherin-like_dom. DR InterPro; IPR013164; Cadherin_N. DR InterPro; IPR015919; Cadherin-like_sf. DR InterPro; IPR020894; Cadherin_CS. DR InterPro; IPR030714; Protocadherin-18. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8RMH2; A0A2R8RMH2_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-080804-1; pcdh18b. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-154P8 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..145320 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="14" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-154P8" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 145320 BP; 46507 A; 26537 C; 26831 G; 45445 T; 0 other; gaattctctg gaacataatt aaaattaaat caaaatctct ttttgtttaa tgtcctttgg 60 aagcccaaat agaaagagaa tgagctgttt tagagatgtt gcttagtttc acacatgaac 120 taaagtttaa aatataatat cggaccacct ctttaaaaca catcaggaat tgttcatatg 180 aaagtcaaaa ttaaatatac agtttatttt tgttgtttaa tctaagtcct cttttgtttg 240 tttaataaca aaaaatagat tcaatttaga tttgtattca catatgaaat tgaaacagta 300 gagataaaaa agttggtcag gagaagctca agacttggat caaacttctt gattcataag 360 aatttattag tcacacatta ttttgatggt ccatttgatt ataagtagac tgtctgctta 420 atatctgtta gttctgctct atcaacagac atttgactga ctataagaaa ttttgcaagt 480 acatgtcaat tacactaacc ctaaccccaa cctaacaatc tacttataat ctaatgggaa 540 ttagttggca tgtacagtgg atgcaatgta acttaaattc aacaaacgga tcatcaaaat 600 aaagtgacca atttgtttat ttatttattt atttattcat tcattcattt tcttgtcggc 660 ttagtccctt tattaatccg gggtcgccac agcagaatga accgccaact tattcaacaa 720 gtttttacgc agcggatgcc cttccagcca caacccatct ctgggaaatt atttatttat 780 ttatttgttt atttatttat ttatttattt atttatttat taatctcttt aagctatttt 840 ttagcgttat aaatgtgggt ctttaaatga aaatataaat atctctctca tattttcaat 900 tgtgttctga atatggatga acgttttatg aagttatgaa ggcgatataa ttttcagttt 960 gaggtttata cccctttaaa atttttcaac ctatttattt tgtttcggac agtaaaaaaa 1020 tgctaatctt acaagaatat ttttgtttcc atattcacat tcttgctctc aacgaaaatt 1080 cacaacaaat acatgtgctg gatctgaatg ggccattatt cttcacaatc tctcttatat 1140 gaacacttgc cctttaaaat tccaactttt tattttagtc atgagacaac cacattaatc 1200 acggaaagca gccaatggcc tccagtggac tccgaacaca aatcagtaag attcagattg 1260 atgataaatg cttcctctac tcccctccac aagcagatca gtgatttgca atctctgagt 1320 cgccccatag atcctgtgat ctcccaaaac gagatgcctt ccctcccggc gtccacttgg 1380 ccaacccccc cctccaacca tcatgtgctc gggatgactg acctatcttg ctactgacag 1440 aaggaaggtt ggggaaaaaa aatccaaatt aaaagattaa ggaaatacgt gactcgtacc 1500 gcacgaccag tggttcacct cttacatgct ttgcattttt ttcaatgcca gttcattttt 1560 actgtgccct tctacagcac atttataagc acaaatataa ttatataatt attaattaga 1620 aaacattgtg gttttgttgt attatgctaa atattaagtc taatattcat gtgaccatgt 1680 gcattataca atttgcttgt aatacaattt tgttttgtaa ttatttgcac agtcatttcc 1740 attgcattgt tgctgttgcg agtatatgtg tgtgaaacaa caatttaaag ttcacctaga 1800 aattgtctga gtctctcctg ttgaacacaa atgaagatat tttgctgaaa gctgaaaacc 1860 tgtacccatt gacatgtatg actatagata tcaatggttg caggtttaaa gctttcttca 1920 aaatatcttc tctagtgttc aacataagaa agaaactcat aaagttttat accaaattgg 1980 gaaaaagtac aaattgagta catttttatt tttgggtgaa ctaatcgctt taatgccttg 2040 tcggaaaaaa aataaacaaa tttgcatgtg aagttttata aacaaatttc gaaagaagga 2100 catgatatga tcgacttcaa ctggtcctta tgggtaatca ttagctagcc taatcttatt 2160 ccaaaattac tataaatatc atgcctaaac tgcattctct acagtatctt tgttttggaa 2220 attcctccct cgatacttcc cttctcctca attctaggat cgggcgacac ggcggctcag 2280 tggcaagcgc tgcctcgcag caggaggccc aatagttcaa gttctaactc aactagtcgg 2340 cactctctgc acggagtttg catgttcttc ccatgttcgc gtgggttttc ccacagtcta 2400 aaaacatgta acataggtga attgtaataa aagtcactgg cacttaacgc atacatactg 2460 aatggattct taaagaacca ccttattaat caaagtatag gtaaaaaaca aactgggggg 2520 ctctcaagaa atacctgatc ttgcatccct cctaatgctc attgaccaag tggaaacctt 2580 gcgctcatct atctccgagc tcagggttct ctcccgggac agcatgccaa acctgctatt 2640 atagtcgagc attatcttag tgtgaactat tgaaataata ttattttaaa caaattgcat 2700 aaaaaacact tttacgtaag cagttactta tcttcagcca gaaacacaga gaaatatata 2760 tatatgagga aagtgattcc gctccatatg tgatgtttta taagcaaatt tgggaggagc 2820 aggcagcact ataaataaga tacactataa atagcccact tagtattact cccctatctt 2880 cattttttga agaatccccc cgtccacccc atatcaccct tttccttctt taccaggagg 2940 agttcttgag aactacctga tctcgtacca ctttacatgc cccttaacca gacgggagtc 3000 ctggactcaa ttatctccaa gctcaggcta ctctccctgg cagcaaacct gcttattatc 3060 aagcatatta tcgagcaata tctaagtgta actatccgaa aaaatataca atttaaacaa 3120 acagtattta tcctttaatg cacctaacag aattctatta cagtaattga ataataaaaa 3180 taaaatgaat ttaatttagt ttagtttatt tgtttacagg gtcaatgcac attaataaac 3240 attaaaatgt aaatgtaaat gtaaataaat attaataaac tgtaaaatgt gccagaatta 3300 gccaagaatg gctatttttc atctgtagac cccttacaga ttgttaaaaa gtcgcaccta 3360 aaataaaata ataaaatgaa tcgttactaa cagtacaatt tattatgctt gaaatgattt 3420 aaaatttctc atacagtcac aggccacaaa accacatgca aatggtgaat tattatacag 3480 acaatattgg aaatcctgca aagcaaatat tgagaatgat cacattgcac tattgatgct 3540 gaaatcaaag tatataacaa ttttgagaga tgactttaca ctaaaacata cagtaaaaag 3600 ttaatacgct gaaaaagatc tattaaaata aaataaaaaa tcaaattaaa acatcaggtt 3660 aaacatgact catactgcaa aaccagtgct tcacctattg tacgctttgc atttttctca 3720 acgccatttc atttttactg tgccctcctt ccacacattt acgaaatgtt taaagattag 3780 aaaacagttt gtattcactg attcattcca tggccgttct gcaaaactcc tgtcaaaaaa 3840 gacgagaaat tttccactga gttgtttttg atgccaatgc acgtcttaca atatggcctt 3900 ttcccgttaa atagtcatgc ttatattaga ttcaacccaa acttcattaa ctactcggtc 3960 ctcaagtgga actaatcaaa ttttattgag gcccggggaa tgcattctgt tcctcaacca 4020 aaacagaaac gaagtggtgc agtgagacca caaaaatgat cctaaaaccc ctgcaaatgt 4080 tgtttgagca cgataaggaa tcataccatg tcagttcaaa aatataactg cgctaaagca 4140 caacagctgg ctttgtttgg acatgtgctc ttgggtgctc tctaagcaag cggtggctgc 4200 tctggaaaaa caggaatgca gtggctggta gccggttgtc agagctagat ctcccagaag 4260 ggtagatgaa tggtatcgcc attcacaatc cacatatgtg ccatcaatta cttttgttta 4320 ctgtttccct ctttcagtct ttcattgtac agacacaagc acatgacctc acgcacacac 4380 actggcctgc agaaagtaaa ccttttttcg tcgagttcag cagaaaaacc acaatatcct 4440 tgtgggcctc tgacacgagc cattgaaaat cagagacaga atatacaaga gcaaatatga 4500 ggttgtgatg agccacatgc tttttaaagt tgcacacgct ctgtctgatt ttgagccaaa 4560 tgattttctg ctttattgca aaatcaaaat atagaaataa tcatcatcat cttgtgaaac 4620 agatgcacaa aaacactgta agtagatgca gatatctggc tttggatctt aaaaggatga 4680 agaaaccctc ttgaagggtt tacttttgtt atgaaaaata aatgtaaaca aagaagtata 4740 tgtctatttt aatatgattt aaaaaaatat attatttagc aagaaccaat tctggcagta 4800 gcctaaataa ataatagcat acatgcatac gtttaatgac ttttcacaat cctaaaattt 4860 cacataccat aatgtaacgt aacgttacat agcatagcgt agcataatga aatgaaatgt 4920 aacaacataa cgtaacaaac ataacataac ataacataat gtaacataac agaatatagc 4980 gtagcgaaac ataacaacat aacataacta acataaagca aagtaacatc atgtaatgta 5040 acgaaatgta ctaaaacata acgtaacagc ataacgaaat gtaacaacgt aacataacaa 5100 acataacgtg atgtaacaat gtaatgaaac ctaacgtaac agcaaaatga aatgtaacaa 5160 cataacataa tggaacatta tgtaatgtaa cttaacatcg catgacataa cacaatgtaa 5220 cacaaagtaa cgtaacaaaa cgtgatgtaa agcaacgtaa tgtaacagtg taacgcaata 5280 caatgaaact aaataacaca cacaacataa cataatgtaa cgcaacgtaa tgtaatcaaa 5340 agcaatgtaa catagcataa catagcataa tgaaatgaaa cataacagca caacgtaaca 5400 tagcataatg taacataaca taacacaaca tagcataaca ttacaaaacg tcacttaaca 5460 aaacaaagcc taacaacata acataacata acaaacataa cagcctgttt ttaccctgaa 5520 atgtgaccaa aattgttgcg taatttgatt ttcgattaga aaagaaccaa gagtcgttca 5580 ttcgaaaatt gaactagatt ggtcacagca tttcatcacc tcggaattat aaggttctat 5640 ctgcgttctg aatgattttg agatgttgag cttcaaagtt tttgtttttt aaataaaaag 5700 tcttaaatgt aaaaaaagtc ccataatgtc aatcagttgt catttaataa gaatgtcaat 5760 aaaacaattt tgacaaaaat gtcagataga accttataat tctaaggtga caatttattt 5820 ctgattcact tttgtatggg aatcaatggg aacagctact gtgaatcacc ctttcaggaa 5880 tcaagctaca atgtttaagc tctattcact aaaacgagtc ggtacaaatg agtcattcat 5940 tgtgtaatcg aatttaactc cactgtctgt ttcgcattat agattacatt ctgcagatta 6000 ttttaaacat tgtgacctat ggataatctg tttatccctt tattgtccct ttattaatcc 6060 ggggtcgcca cagcggaatg aactgccaac ttatccagca aatttttacg tagcggatgc 6120 ccttctagcc gaaacccatc tctgggaaac atccacacac acacattcat aaactacgta 6180 caatttagac tacctaattc acctgtacca catgtctttg gactgtgggg gaaactggag 6240 cacccgaagg aaacccacgc gaaggcaggg agaacatgca aactccacac agaaacgcta 6300 actgagccga ggttcgaacc agcgacccag cgaccttctt gctgtgaggc aacagcacta 6360 cccactgcgc cactgcctcg ccccgaatct gtttttgtaa gtcttaacta tttaccaaat 6420 taaaaaatat gctttacaat ttctctgaat caccaaaaag aacacttgcc atagtaaaaa 6480 aaaatgggac aaatgcaatg tcaattacag aagaccatgg taaacacttc ttacctgtaa 6540 aaagcggcac cctaaactcc attatagata tgtagactac aagctgatta aagcaaactt 6600 attaagtcct gcagtgttgt gtatactatc tatattttaa atacaagtta atcagcacct 6660 gttgtaaagc gcaagcatga cagatgacac actactgtga tacagaaata tgattggttt 6720 gaaatgtaac atcgggacaa tgattggctg catgcaaagg gatgattttt catatttata 6780 tcttactagt ttatttaaac tggagtaaac tgattgctct tttcttaata catgacatta 6840 tactgttgtc cgcttacata aaggactgct agttactata aggttcagta ttatataccc 6900 tgtggatgag gctgtttagg tttatagagc taatatggtt tgagcctttt cacccattta 6960 gtcattacca gtaaatcagc tttaagcatg gtgtcatcat cttaattaca aacagtctcc 7020 tttaaaaaca gtcaagcttt tcgttctttt attgtgacaa acagagaaat acacagcttt 7080 gtttcattac agcggtcaca gcagccacat cagcaaaaga agcgagcaga taaacacata 7140 cagaacggaa tgtaggacaa aaaaaaagtg agtattggaa caggaattta atgaaagact 7200 ggcttagtcg gcaataaacg caagaaatca gtggtgcaac tctggattca tttttcttaa 7260 tccaatgtaa agttcaattt tagctgaagt ttcaaaaaaa gttaaaggca tgtttaatac 7320 attttgcata cacttttttt aaagcaagta taacaccaag ggctgtgctt agtgctacaa 7380 aataactaga aaacaataat caacattttt tcatgaagtt atgcaaaagg gaaagcaaaa 7440 actaaaataa tgttgaagaa attaattgta aatactgatg aaaagaagat gctaatatct 7500 cttcagttta aaagtataat ttcataacat tttatgacct gtagatgaat taccatgttt 7560 gtaaacattc aggatgcgtg tgcagtgagg ttacagaaaa aaaacaacaa caagagcgct 7620 agcatagtgc caagtttgtt gttgtcttag aaataagtta tattgattac atattatata 7680 tattatatac ataatgcttt cagtgtatta taacagcttg tcacccagcg ataagcacag 7740 ttattctgca aaattaacgt tcaagtgagc ggcgttcatc tgacaggtgc atttgtgata 7800 gcattctccc aatggatact ggataagacg aaatggccaa gcatccattt acatttacat 7860 ttagtcattt agcagacgct tttatccaaa gcgacttaca aatgaggaca aggaagcaac 7920 ttacacaact ataagagcaa caatgaataa gtgctatagg caagtttcag gtctgtaaag 7980 tctaagaagg aaagtattag tacttttttt tttttttttg ggtacagtta gtgtgatatc 8040 cagagaggca attgcagatt aggaagtgaa gtagagacta aatagttgag tttttagtcg 8100 tttcttgaaa atagcgagtg actctgctgt tctgatgcag ttagggagtt cattccacca 8160 actgggcaga ttgagcgtga gcgtgagcga aagtgatttc ttccctcttt gggatggaac 8220 cacgaggcga cgttcattta cagaacgtaa gtttctggag ggcacataca tctgcagaag 8280 tgagagcagg taagaaggag caaggtcaga agtcactttg taggcaaaca tcagagcttt 8340 gaatttgatg cgagcagcaa ctggcagcca gtgcaaacgg actagcagcg gagtgacatg 8400 tgctcgttta ggttcattga agaccactcg tgctgctgcg ttctggagca gctgaagagg 8460 cttgatagag ttagctggaa gcccagctag tagagagttg cagtttggag agaacaagag 8520 cttgaacaag gagttgagct gcatgttcag ataagaaggg tcggatcttt ctgatgttat 8580 agagtgcgaa tcttcacgat cgagcagttc taaaaatgtg gtcagagaag attagttggt 8640 catcaatcgt tactccaagg catccaacct gaaatataca actatcttat tgatactcca 8700 agtgatttta caagagaaaa gttaaaggtc aacaagtctt ttgatgcctg caattttgtt 8760 ctgtttgata cgttcgttgt ttcatctttt tgttattaac aatttcttag caaatcttga 8820 gtttcttcag ctggattatt tatgtcaatg tcttctaatt ctataatttt ctgttccagt 8880 tcaacttgat gttatttcgc tttattttta ttttattttt ttgtaaacag agtatgaaat 8940 tatttttcct cttaatactg cctttcctgt ttcccacaga agagatgggg atgtttcaga 9000 cgttgtttca tcttaacaat aacatgataa catgatatag gaaaccgcta ttttcatttt 9060 gatattaaca acttaacaga cagcagaaat gttgaggcgt caggctgcat atatgagcgt 9120 catcttcact gtatacatat ttataacaaa gcggaaccta taacataact gcctcctttc 9180 attttcattg aaaatacgaa acatactctc ttttgctaaa tatcagtttt aataatcaat 9240 aatggccatt ataaaagtat aacttacaat aagtttatac attatggcaa ataaaggcaa 9300 acaatcagtc aatataaaga atgaacatgg ttacattaat tattaactta tctttgcgcc 9360 tagccaaaac atgttaccta agaacaagta atagatttaa aacaccaaag tcggggaaaa 9420 tgtggttaga tatagacaac aagatgaatt aaatatcacg tttaacaaat agtgagattg 9480 gatccagcgg tagatcctta atgaacaaaa cacagctctc atctgactag atatgctaca 9540 gcgcatgcca gagtttgtgt gtgtggtcaa gagatgtgcg ttttctgtgg tttggtgtag 9600 acggagagtt gttcagaaat gctgggtgaa acgctagtgt ggatgacaca ttctaaaatg 9660 ccgttttaaa actaaactac attaaactag tgtaaacggg gctttaaatc ttaaaaaggg 9720 agtaaaatat gtgctcttta agtaattgtc ttgataaata ataggcattc tttgataatg 9780 atatttgcac aatgtatatt actccacctc tctatattaa aactgactgt tattaaatta 9840 ccaaataaat tgaattaata ctttactttt tcaaagcagt gaaactttgt aacttaatac 9900 aaccaacact acgaccaagt gacagtggtt ttaccgtcat ttctgagtgt ttataatata 9960 gctatccaac gtaaattcta aatgaattat aaaaaataca tatgttgaat ttctgacgac 10020 aaatccattc aacaaaaccg tacacaatca attaccaccc tcaaagctaa caacagatct 10080 tttttgaaat gaaaatcact tataattcaa ttcagaatgg agttttttct gtcagaggcc 10140 ctttgctact tgcattgtca gggtaatcgt ccaatcacat tgagctgcaa atcccatgct 10200 attttgcata tatttgtcat caccccacct ccacattcaa gccacacttt ggcatcttag 10260 tgagaccaca atgagctcaa gggagacaaa agagaccctg tcacacggca ttaaacaaat 10320 tagtgcctgg aatcatttcg gcactgtcaa ttattttctc atttgctctt ccgataaagc 10380 gcacctggtg gaactgaatg tttatgggaa cgaatcaagt gatgagaggg gaaaggagtg 10440 aaagagttca ttgtcctcca tcagacggag gagacttggg tttgtttaga gtagactgga 10500 atgatctgct catgcttaaa gaaaaagggg gttgggaata acgggagatg atatacagct 10560 tccagacaat gttcatcttc aaacacttcc tatgaaaata cccccccccc ccaccgcccc 10620 tctaacccat gcagtacccc actacgcgtc cagatgtgag cgagaaagaa aaacgacggc 10680 tggcagagat atgtaaacca gtggagaggg tgagagagac cgaaaaagag ccttctgaag 10740 agatttcggt ttgcagtttc cagctgagtg ttcagacagc agattctctg ggtgtccttt 10800 atgtgtgttc agagagaact tgctacggat gccctgagac tggaatggag gagagttgta 10860 attatgcctc cccctaaaca gcttgtaggc tgcgagccag agtgccttct gtgaactgca 10920 gtgtgtgtgt gtttgtgtgt gtgtgtgtga gaaagtgtgt ataccagtgg gtccgccagc 10980 tggacagatg attcaagagc ctttaatatc ctgtggagac cctgttaaca cataagcacg 11040 tgtgctcaca ttcagacaca gacatatgtg tgtggactcc aataactgca accggtgcaa 11100 atcctgtctc tgaaagattt gtactttttt ttaataataa aatgagtgca aaaaaaatct 11160 gaggcagaac ataaaaggaa tattttgggt ttaatgaaac ttaagctcaa ttcatttaga 11220 cctatttgtt ctttcttttt agtaatgcaa caaaataaaa gtttaaagga attatatagc 11280 caaatgtaat gggaatgaca tttctgaaag ctattagttt tatttaaagt tattttctgc 11340 tttaaatgtg taaaactaac atctatttag caccgttatg gttaactaaa cctacctaaa 11400 gggatagttc acacaaaaat gacaatgtac ttgctatttt ctctctctcg agtggttata 11460 aatctttatg 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