Dbfetch
ID CR376739; SV 10; linear; genomic DNA; STD; VRT; 163471 BP. XX AC CR376739; XX DT 20-MAR-2004 (Rel. 79, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 15) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-44M2 in linkage group 24 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-163471 RA Howden P.; RT ; RL Submitted (13-AUG-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/faqs.shtml#dataeight XX DR MD5; 77a5b575c62bb378c033a3036e5197ad. DR ENA-CON; CT994638. DR BioSample; SAMEA3146246. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one subclone; and the assembly was CC confirmed by restriction digest, except on the rare occasion of the clone CC being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Any regions longer than 1kb tagged as misc-feature "unsure" are part of CC a tandem repeat of more than 10kb in length where it has not been possible CC to anchor the base differences between repeat copies. The region has been CC built up based on the repeat element to match the total size of repeat CC indicated by restriction digest, but repeat copies may not be in the CC correct order and the usual finishing criteria may not apply. CC CC CH211-44M2 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..163471 FT /organism="Danio rerio" FT /chromosome="24" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-44M2" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 163471 BP; 52258 A; 28858 C; 29275 G; 53080 T; 0 other; gaattctgag tcttattcaa taacccttga ttcatgagta tcctgattct gtttgatggc 60 ccttgattca ttggaattgt gattctgatt caaaagtcat tgatttaata aaattctgag 120 tctcattcaa cagcgtttga ttcatcttga ttctgtttcg aatgccctta attcgtttga 180 attctgattt aaaagtcctt gatttattag aattctgagt cttattcaat aacttttgat 240 tcatgagtat cctgattctg tttcgatggc ccttgattca ttggaattgt gattctgatt 300 ctaaaatcat tgatttaata gaattcagag tctcattcaa caactcttga attaggagaa 360 ttctgattct gtatagaagg tccttgattc attggagtac tgattcaaaa gcacttgatt 420 cattagaaca ctgattctgt tttgagtgct cttaattaat tggaattcta attctaaatc 480 cctcgattca acccacatct gattcaaatg agatttattt aattaatgtg gatgtattca 540 tattcatgta ttttgctcac agtaccaatg aggaatattc agtttgcaat tcagtttgct 600 tatgatgtaa tttaggcatt ttacagtctt gtaatgtact ttttacagta attgtattgt 660 aatttttagt gttttaatta ttatttgtag taactgttta tatcctgaca actttttaaa 720 aactttagtt gactacgtga accagttcaa tcagtcatta agttcagaat taaaactgca 780 ctggtgcgtg agtcattaga attaagaact atggaagaat cagttgcttt aggaatccag 840 ctacactgca ttattttgat tcactcataa gaactggttc atgagagtca ttagtttcag 900 taacttgaca tgtatagtgc atggtgtgaa tgaatcaaaa tcatccagtt tgtatgtgtc 960 atttgtttca agtttctgac tatactggta cactttagtt caatagagcc tttaacttga 1020 aaatgttcaa tagtgtcttt aatttcaaga atatcactgc acttctccgc tatatgtgtt 1080 tgatttacca taaaaaaggt taaaaggagt cattagttta agaaataaga ctgaactagt 1140 acactaaata gttttgattc tgttaaatgg acttggttat aagattgacc aaaatgaacc 1200 attcatacaa cttaattgtt ttgttaatca ggctacattt gtacagtaaa tgattctgat 1260 tcacttgaaa gaacaggctt tgccgaatgc tacataaata aacctgactt gatttggtgc 1320 actatatggt tctgaaagat tcataagtgt cattagcatt agggaatacg gaggaatgat 1380 ttggtttggg tatgattttg attaacttat aagaattggt tcatgagagt cattcgtttt 1440 agaaacttca tatgtatatt gcatagtttg gatgaattaa aatcatccag ttcatatgag 1500 tcatttaaat tcaggactat gctggtacac tttattgttt tggttcatta acaagttcaa 1560 tagagtcttt aatttcaaga atatcactgc acttccccac tatatggttt tgacttacca 1620 taaaaaaagg aaataagact gaactggtac actatatagt tttgattctt ttaaatggac 1680 atggttttaa gattgactaa aataaatcag ttcatacaag taagttgttt tgtatataac 1740 tacacttgta cagtaaatga ctgtgatttc catgaaaaac atggctcagt atcagaatgc 1800 tatataaatg aacctgactt gatttggtgc acttagcatt aggaaatact gaagaatcat 1860 ttggtttggg tatgattttg attcacttat acaaactggt ttatgagatt cattaatttc 1920 agaagcttcc catatatatt gcagtttgga tcggtttaaa tcatccagtt cgtatgagtc 1980 atttgtctca ggaattgaac tatactggta cacgatattt ttttggttca ttaaaacgtt 2040 taaagggatt tggttataag attgactaaa atgagtcatt tgttttgtct attaggctat 2100 acttacagta aatgattgtg attcacttta aagtacatgc atggctaaat tttagaatgt 2160 tatataaatg aaccggactt gatttggtac actatatggt tcttaaaaaa aaaaagtcat 2220 ttgtttgtga atcattgata tgtgccatgt tatatagtta attgttatca ttgatatgaa 2280 catgaaagca gagtttgtgt attcagctaa aggtttgtta ctatcatgtg ttgtttacca 2340 gctctgagga tccagggtcc gttccgtgtc tggaggacca gcagtcaggg tggaggcatg 2400 tgcagtgact ctgagagtgc tggaggaagc agtgaatctc gctctatgga ctcgcctaca 2460 gcaagcccag gtaacagcga tccctcatgc tcctatactg taaatctact gtaaaaaaac 2520 acatgatcga cagctcacgt gtcacaattg tacatagcat aataatgata aacagactag 2580 tcacgctttc cggtgcatat ttacccagga tcccatctgt tgcttatagt aacattgtct 2640 tcatgcttgc tcttagaagg ttggcgtcat taagatgctt ttttaaacta aatgccagta 2700 aagacgttta caaagtaaca gaaaaaatat tattgttttt aaaaatagaa acttgctatg 2760 tatcagtgga tcacacattt tacatgacag taagcaacac agatgataat aagagagatg 2820 tttaaaagtg ttattttggg gtttccatct ggattttgcc tacccaaatc cacatgcaga 2880 ggtacaaatg caaaggtttg gtatcattta aaaaaaaaac actttgaatt ttcataaaac 2940 actgttaaaa gtgattaaaa ttgttgcata tgttgtctgt gttataataa acccttccaa 3000 aaaagagacg aagaagagaa gaagaggctt tttgtaaact caaatttaaa agtgtacctt 3060 ttagcttttg ttagctaatt ttggtggttt ctgcacattt tttttatgtg cttgtttatt 3120 taacagggac aataaacttg acactgttat acaaagacaa ccgatgtcgc gtacatacag 3180 tcagtaatct ctatgcaaac atgtcagtaa tcataggcaa aaagaaaaat atctctatca 3240 taagctatgc aaaagttatt ctattccaac tgatgagaga acgaaaccac ttatggggta 3300 ttgggcgagt acagacctct gaagtttaaa gaatgtgaaa gtaaaggaca tcagggaccc 3360 ggtaccgggt atattataaa gatttttttt aaggatctaa agacactgca gctttgtgac 3420 cacctgatta aattgcattt tataaacaaa ttactttaaa aaaattttat tttatttaca 3480 attgttattt aatagtttaa ttattttaat tgtttaatta ttattaatta tgtttttaga 3540 ttataataat taatatttta attagtgctg ggcaaagatt aatcgtactt aatcgcaaag 3600 attaatttac tatgtatata tgatacacat aatgtacata cataaaaaca aagtaaacaa 3660 ttttgttata aaggtattta aattattata tatagatttt gtcataaaca tatacagttg 3720 aagtcagaat taaaagttta acagcaattg gggaaaaatt aaacaggggg ctaataattc 3780 tgacttcaac tgtatatttt atatctaaat ataaattgaa atgatttttg tatttatata 3840 tgcatagtaa atgtacacag tacacacata tattatgtca aaacaaactt ttattttgga 3900 tgcaattaat ctttgacaag cactaatttt aatatattat ttaattcaaa aataacatat 3960 gcatataaat atttaaaatg taatttatca gtcttatcaa gatataattt tggagcacaa 4020 gttctaataa aaaaatggac ctacattgaa atcctatatt gtagtgcatt tgattgcact 4080 gaaatatatc caataaaaat aagaagaata ttaatattta aatgtatatt ttctaaagcc 4140 ctttatatgc aagcagtcac aagaaaaaaa aacacaacag caagctttaa tgtttttgtg 4200 aagtgttttg aaatgtgcat tttttattca atgtttgaac aatgtttgta atctcaaatg 4260 aaaaaaataa tgagagggcg ggacataaag tagctcctcc cctttaaaaa cacagcctat 4320 agctgtagtt gagcttaagc ctaacaaata aaacgagatt agccgagtgc aagcgggggc 4380 gaagctgaaa attgtccgtc aggtcggaca tttcggggct tgtacctgca gtcatgactc 4440 atgacagatc acttatttac ttatttattt attgcaataa caacaagagt tacagcacaa 4500 ataaaactga atatagtctc tacaaattac acttgggtta attttataat ttacaaatat 4560 agaatttaaa tagtttatga agctgaatac agtatatggt ctgtataaaa aaaggttgaa 4620 aataaatcta cgcaaataat ttagttttta taaacaaatt atttaacaaa aaaaatgttg 4680 tagtctttgt acaagattga gatggcataa aaaataattg tttatttgga attttttgag 4740 atgaacgttc cagtaataaa cccaaaacat acgtagttgt tgtcatgcag tgaatgcagc 4800 caattgtgta aaatcggtgt tgtcagcaga tcagatgctg cattggctga gtctgccatc 4860 tgaactcagt gcggggtatt ctgtcgctgt attttaatgc cacatgtgac gtcgttacag 4920 cgtttaatcg gacagatttc gatttatctg ctcagcgcag catgaagtca aatgcaccta 4980 atgtgaagta ttttgaaggg ggcggggtat gtcagaaact tcacagcata tgattggtca 5040 agatgtgatg agaaactgaa gtatgaggtg acatggaaaa aaaatcattg atccatttag 5100 gtggaagtga caaacttcaa gctttggatg tttatatcag tttcatatgt tctaaacatg 5160 aattgtgtca ctgtttcaga gcacactagc taatagatat ccttaaagct aacagactga 5220 aagtaacata aaaaaatcat ttaattttag gaaaccgtta aatataatgt ttttttgatc 5280 attaaattcc accattgata agcattagat tgactttcaa aacattctca aacatgtaat 5340 catcactgta tttatttgta aatgacctgc ttaattgcat tcaatctgca atttaccagg 5400 cgactttaag agaaggcttc ccaggacccc atccacaggc accatgtctt cagcagatga 5460 tctggacgag agagaacctc cgtctccttc agataatggt gagcttttag tccgcttatt 5520 aacacttctt ccaaacatgc tgtgtgacat tgcacacaca gcttttatta ctgtaaccca 5580 cggacaatgt agagaatgca gtccgagcat gttgtaggct gctggttaca tttgtcaaag 5640 tccaaaaaat gaaggcagcg aatgtcgtct cttaggtctg agcgaaatgg tgacagaggc 5700 ggccagttct cccggacctt tccgcaacac acagatgtcg aaagctgcac agacgcacaa 5760 actgaggaaa ctgagggctc catcaaagtg cagggagtgt gacagtcttg tggtgtttca 5820 tggtgctgaa tgcgaggagg tgagatcatt gactgaataa tatttgcaag atgttattat 5880 aaagttgttt ttttacgaat gttatttggg tgtggcacgg tggctcagtg gttagcactg 5940 tcgcctctca gtaagaagaa tgctggttcg agtcctggct agcccagctg gcgtttctgt 6000 gtggagtttg catgctctct tgtgtttgca tgggtttcct ccgggtgctc cagtttcccc 6060 cacagtcaaa agacatgtgg tacaggtgaa ttgaataaac tagattggcc gtagtgaatg 6120 agtgtgaata agtgtgtgtg ggtgtttccc agtagttgca gctggaagag catccactgt 6180 gtaaaacata tgctggataa cttggcggtt cattctgctg tggtgacccc tgatgaataa 6240 agggactaag ctgaaggaaa attaataaac aaaattaata tctaaaaaaa gtcagattta 6300 aaattcatgt ttaatttatt tgttgtacat atttccaagg ctttcaagca gggcttattg 6360 gcagcgtatt gccgttaagc ttatagtctt aagcttgttt ttttattaat attaaatcaa 6420 atcacaaaat agccaccttt tgattttatt tcgtttccgt atacttttat caaacaaaaa 6480 atgcaatgag atgtatttag gttttaattt tattagaaat tgaatagccg tttaggcaac 6540 actagcatag ttctacataa cattggctct gattgcgttt ttacagataa cctatttaca 6600 aagatgttta ttaaacaagt gcactgccac aatatttttt gtaggtgtta aaatataaaa 6660 agtatcattc tcatattctt gccttattta tctttaatat aaaattgtaa acattcattg 6720 caatgtgtgg ttcatatata agaaaaaaag gcgagagccc tctattgaat agattaagtg 6780 atagattgtg tgtgcatttt aataacattg acactacttt tgcgattgat taaactaggg 6840 atgctaatga ttactctatt gatttactgt cgttaaccct ttaaaaccga tagacgtaat 6900 cgatgaccga ttaagcatgg gcatttagta agttatgctt tgcgctgtga gacgcgtctt 6960 cgatttcaca cattacataa tcaagtgtgt gcagtttacg ttaccctata gagtcgcgca 7020 ccctcttgac tgcatattgc tgacacataa aaccctgtta tgcacagatc ttgtttatgt 7080 ccgcttgtac cattaatcca cgggtcaagt aatcaaaaag taggctgcat gatgtttaat 7140 tatgggcagg ttaataagac caaacactgg ttgtgcaaac ttaattactt tctctaaaat 7200 attaaagtgt ttcaagctat attatctttt tatagactgg cataggccta aatgcgcgtc 7260 acggccagac atttatggtt tatataaaaa cgagcgctta cctcatttga ctgtaatcat 7320 tatgcggatc attttgcata ttcggttaat tcttcagtag ccttgtaaat aatgtatttt 7380 attaaataat gtattttatt aatggattgt ttataaggac taagctttta aatactgtaa 7440 ttctccatat ggaaagtgct tgagtggttt gataatatat cgtcattcaa tctttatgcg 7500 tcatgtttat gatctgcccc tcatcctgca atattacaga gcgatttatc agatgatttg 7560 ttatagagaa atattaacaa aaggattttc tttatggaga cccatctaaa aataatcata 7620 aaagaataaa aaaataaaat aatttattta ttataaatac aagttttagt tacaataact 7680 taaaccgaaa catacctttg tacataagag caggatctcg gtaaccttta agacaagttc 7740 gttgcatcag aaatgactct cccttatgac gtctgcctta aacgttgtat gcatcaccgt 7800 cgcgtttgta cacatgtttt aaatgaatgc tttttgtctg ccaaattcat ataataaaga 7860 gatcgattaa ataacgttat taaccgttaa ctgtaaacgt ttctgttcag aaccattaaa 7920 gttgatcttt tttccatttt ttgtttctgt tcctgaaaaa tgtcattcat ttctgttttt 7980 cgtttccgtt ccttgaaccg gttagaatta tctaaattga tctttttttg ttttgcttgt 8040 actgtcttgc tttaagatga agaataaatt tagttaattt ggaccattta atcatataat 8100 ttaatcttca ttctcatgtt tttttagtgt tctctggctt gccataagaa gtgtttggag 8160 actctggcca tccagtgtgg tcataagaag ctccagggaa aactacattt atttgcgatc 8220 gactttgctc aggcggcgaa gaacagtcct gatggaatcc ccttcattat caaaaaatgc 8280 acctcggaga tcgaaaacag ggcgcttaac atcaaggtgt gaacttcctg tctttatctg 8340 atgtatttcc tggaggatat gagatgtaga tattgatcga gactgaaaga tggttttgtt 8400 tttgtttgtc tctaaaaggg aatttaccgt gttaatggtg ccaaatctcg ggtggagaag 8460 ctttgtcagg cttttgaaaa tggcaaagac ttggtggagc tttcggatct ctaccctcac 8520 gatatcagca acgtcctcaa actctactta cgccaggtga tttgatgtgt agccattcta 8580 ataatgtttt ttattatttt cttttaataa tacaatttat atttacatgt gtttttttct 8640 ttttaacttc cctcagctcc cagagcctct cattctcttc cgatactata acgacttcat 8700 cggactggct aaagagagtc agagtatcat tgttgatgaa gtggaggcat cgagaggatg 8760 tccaacctct gacactccac agatcagcgt agagctcaat cgggtcctct tcaagattaa 8820 agacctgctg cgccagcttc ctccagccca ttataagacc ctgcagttcc tcattcagca 8880 cttgcacagg tctttgactc ccacacagag atgaaaccta ttgcatatgt gtgttttaat 8940 cagaatttta atgctaacaa caccacgttt cttttctaaa atagagtgtc agaaagggca 9000 gatgagaaca aaatgacttc cagtaatttg ggcatcatct tcggtcccac attgatcaaa 9060 ccccgacagg ctgatgctga ggtgtctctg tcctctttgg tggactatcc ctatcaggcc 9120 ttgatcgtgg agcttttgat ccgccattat gagatgatct tcgacactcc tctgagtccg 9180 cttccacctt cctcgcctgt agcagagagc tctccgctgc ccgtcaaatc acgcttcacc 9240 cctcaggaga aggggcaaca gcttagcaga cattcaaagt ccctggtgga catcaaggag 9300 gtgaggcaga ctgatatttt aggatattgt gcatttaatg ataatggaag ttgctttaaa 9360 gttggaaagc acatcaaaat cctggtactc tggtaggatt caaattttcc caatcttgtc 9420 aatacctgtt caagatagat gcttatctgg attaccagct gatggacctt gtttcgcaaa 9480 cttaactgag ctaaataaaa ctttagacca cttttgataa ataaacattt tgaattttgt 9540 ggtgcaagat gatctgcgag ttctatccag cttgcctgaa aaaaaaaaaa aaaaaagaga 9600 tacaccagtt ggttttagct ggattgtcgg tttatggagc tagttttggg catcttgatt 9660 aagctaatta gaacgtgtga taccactagt tagacaactt ttgactagtg acaattgggc 9720 ttttgagatc caagatctac ccgtgttttc taacttctca caacaaaacc aagtttatca 9780 atgtgtttta actttactgc cagtgggtga gactggttct attcttgata aagctagtta 9840 ggactgtgta gaccgaatct gacaaaagtt gggtttttgt gctccaaaat ggtcttatca 9900 gttgtaacca gcaaatggta gtgttagctg aactgttgat ggacctggtt ttgagcatct 9960 tgaaaaagtt ttaagttcag tttatttata tagcacgttt tcaactgcca caaggctaca 10020 caaagtgctt tacagaaaga aaataaacac atgatatgag cataaaacag taaaaacagt 10080 aataggcaca taatagaaaa gaacatcgag tatatcaata aaagagcaaa ataaaataca 10140 ataaagaaat attaaaaaga atttttgcct aattaaaaga tggtaccaca gttgaccaac 10200 actaaacatg attaagaaca tgaccgtttt gatccccctc cccactccca acaccccctc 10260 cccttcttag gggaaggact taagcttcaa aaaacctaga aaataaatgc gtctttaatt 10320 tagactaaag aataggcagc gatgaagcct tttttagttc taatgacagg gtgttccaga 10380 ggcgaggatc tgctatggca aaagtacgtt cgcccctact tttgaggtgg gtctttggaa 10440 cttttaataa aaactgatca gtagaacgca agtgtcttgg aggagtgtaa ttaacaatca 10500 gttgggataa ataatgaggg cctagaccat gtagggcttt atacacaaag agaaggattt 10560 taaattcgat tctttgtgtc acgggtagcc aatgtagaga cctcagaata ggagtgacgt 10620 gcatatttcg ggctttttgt taagaatcta gctgctgggt tttgcactaa ctgtaggcga 10680 gtaatctgag acttaggcag cccaaaatag agaaagttgc aatagtttaa ctggaaggtt 10740 ataagcacgt gcatggcaat ttctagtgtg aaggaagaga ggatttcatt tttgagagaa 10800 ggcggagttg gtacaaacta tttccaacca cttctgagat atgttgatca aattttaagt 10860 tctggtctaa tgttatgccc aggttacgta cctggggtga tctgaactcc tcttgaaaag 10920 ctattttgaa ctggttagaa actgttgagc agtaacagtt gggattttta agtccaagac 10980 ggtctacgag ttttaacaga caattccacc aattgggttt tgctaaactg ccagctggtg 11040 aacctggctt tgaggatctt tattattgct tgttcaggga agcccaaact cagtcctgta 11100 ggcctggtgt cctgcatagt ttagctccaa cttctttcca tacacctttc tggaagtttc 11160 tagtatatct agaaagagct tgatttgctg gttcagttgt gttattgggg ttggaacaaa 11220 actgcaaaaa atttgggcac ccctgtgcta gttagaccag ttttaaacag ttgggttttc 11280 ttgctcaaga tgtcttttcc agcttagctc atcaaagcta ggttcatcag ctgtttcttt 11340 ttccagaaga aagaacttca aagactccac aaataccaca ttgaacactt ctctaacaaa 11400 aatattacat ttcctaactt atttgcattt ttgtctttgt tttcaaaaag cagcaacagt 11460 caaaagctaa 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