Dbfetch
ID CR339043; SV 11; linear; genomic DNA; STD; VRT; 173553 BP. XX AC CR339043; XX DT 03-MAR-2004 (Rel. 79, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 12) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-154I8 in linkage group 16 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-173553 RA Sycamore N.; RT ; RL Submitted (10-DEC-2004) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; be13141bae388b0eb02fc73e190a75e5. DR ENA-CON; CT993541. DR ENA-CON; KZ115503. DR BioSample; SAMEA3146246. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000104311; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000110119; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000114241; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; CR339043.11:1-173553; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000166606; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000180457; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000193196; danio_rerio. DR GOA; A3KNV9. DR GOA; Q90ZR5. DR InterPro; IPR004092; Mbt. DR InterPro; IPR007576; CITED. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR UniProtKB/TrEMBL; A3KNV9; A3KNV9_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; Q90ZR5; Q90ZR5_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-030425-5; cited4b. DR ZFIN; ZDB-GENE-070410-82; scmh1. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC CH211-154I8 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..173553 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-154I8" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 173553 BP; 55396 A; 31000 C; 32045 G; 55112 T; 0 other; gaattcactt agatcaatgg tttcaaactc aactcctgga gggccgcagc tctgcaaagt 60 ttagctccaa ccacctcaaa ctcacacctg cttaatagtc tctattagtc tttaacacct 120 cgatcatttg gatcagctgt gttagataag agttggagcg aaactgtgca gagctgcggc 180 cctccaggaa tccagtttga gacccattac ttaaattaat ttttaagaaa tgtgcttctt 240 aaatatgata aaaaaatatg atatcatgca acatgattct ttttttattg tattatttat 300 ttatttgttt atttatattt tcttcttctc ttcttttatg tttatccaat gtgaatattg 360 tgtaaaagga ttgtatttgt ttacagtatt ctttatattc attcaatttc ttttcgactt 420 agtcccttta ttaatcaggg gtcaccacag cggaatgaac cggcaactta tctagcatat 480 gttttacgca gtggatgctt tttcagctgt acactcttac attaacacac attcactacg 540 gccaatttag tttattcaat ttacctatag cgcatgtctt tcaggtgcca ccgaagcacc 600 tggaggaaac ccacgccaac acatgcaaga acatgcaaac tccacacaga aatgccaact 660 gaccaagccg gggcttgaac cagcaacctt cttgctgtga ggcgattgtg ctatccactt 720 tgcaccgtgc tgcccccttt attctttata ttgttataca gtttcttgga ataaaaaaaa 780 taaataaatg tacaaatttt tcatgaatct ggcttatgtt tttacttctg ttatttgaat 840 gttctattat cttgggaact tctgtttttg atgtctgttt ttctgtaatt gctattttca 900 aattaaaaaa aagtttcaca ataaaataaa taaatggctt acgcacaaaa cgtgtggaaa 960 tgtgtgtacg tcacttccca cgcaaagttt gagatctata aaagcaaaca aaactaaaaa 1020 caaacatatt taacttaaat attgatttat taaactacca aaccataata tgagccataa 1080 gcattaataa ataaaataaa taattctgac gaaggttcgc ttataagaag gtttctatgc 1140 aaagttttat aaatgagacc cctgatgatt actgcggtag tttgctgcat gctggtctat 1200 aattgtgatt ttattactta tatatgggtc aaagaccaaa tgtccaatgt tttggtctac 1260 attgagtaaa acaaaaaaaa gtgattttaa atttttacag acagcatact actgcaagtg 1320 aacagtctaa tgtctaaaag cattcattag aataaattgt catgagtgaa atgaggttcc 1380 acttttacaa catttagaac aacataagta tatttatgtc aaaattaaac cacatattaa 1440 ttcaaaactg tgttttttat taaacacgat tttatatttt attacatttt gtttaattta 1500 aaatgcattg ctgacaaata ggtaaaccta gaagtgggaa gaatagtagc aaagtaaaaa 1560 gaattataat ggcaattaat ttgtattttg gggctgcaat ttaatcccta aataatgtct 1620 tttaatatgt catcaaatgg tttttgttct aaatatgacg aacaagattt tttgtacacc 1680 aaaacaactt ttaagtggtg tcttaggtac attattgtaa aaaaaaaaaa atatacaaaa 1740 aagggggcgg ggggcaatca tagctgcatt gcatctctgt tttgatactg gaaaattttt 1800 gtctctgacc cataaatagt gggtaccgaa cgtattcaga cccccttaaa tttttcacac 1860 ttattgcagc catatgctaa aatccttcaa gtttcacaac ttgaatggcc cagccagagc 1920 cctgacttaa aaccaattga gcatctcggg agagaactaa aaatggctgt ccaccaacgt 1980 ttaccgtcta acctgacata actggagaag atctgcaagg aggaatggca gagaattccc 2040 aaatccaggt gtgaaaaaat tgttgcatct ttcccaaaaa cgctatatta gatcaaaagg 2100 gtgcttctaa ataccaatca gaaaggtttg aatacttaga accatgtggt atttcagttt 2160 ttcttattta ataaatctgc aaaaatgtca acaattttgt gtgttttctg tcaatatagg 2220 gtactgtgtg tacattaatt agaaaatgta aatgatttca gcaaatggct gcaatataac 2280 aaagagtaaa aaatgtaagg gggtgtgaac actttatgta cccactgtat gtgatttttt 2340 ttttcaacaa aagtactgat acctcctgga ctccaaacga agttctgaca gctcctttgc 2400 aagtgaactg taactggaga tgaggtcagt gggtaaactg ttgcatgtgg aatgaccttc 2460 ttcaggatct ttagtgataa ccaatgtttc tttgtccttg gcgaggggcg tgacggttga 2520 ttcagaatca gcctctgtgg gatgctcggt ttctggtgaa ccctcctcgt tttcaaatga 2580 agactgcagc tgaagcttga gctctagatt acaatgatag tatgcaaaat acaacagtag 2640 ctttaaattc ttttattgaa tcactaaaga ataagtattt tttcacacaa tacctgggag 2700 cagaactgtg attgcatctt gtacagcctg cctcagcaag ttgtccaaag caaacatcca 2760 gtgaggttta atctgctgtt tcctcagaac cttcttgacc tataaacaca atagacacat 2820 atacagttga agtcagaatt attagccccc ctttgatttt ttttcttttt taaatatttc 2880 ccaaataatg tttaacagag caagggaatt ttcacagtat gtctgataat attttttctt 2940 ctggagaaac tcttatttgt gttatttcgg ctagaataaa agcagttttt gattttttaa 3000 aactcatttt aaggacaaaa ttattagata ttattaaata aattagttat tagaaatgag 3060 ttaataaaac tattatgttt agaaatgtgt ggaaaaaatc tgctctctgt taaacagaaa 3120 ttgggaaaaa aataaacagg ggggctaata attctgactt caactataaa tttcagttca 3180 cacaaaaatt atatttctga attatgactt ccatagtatt tgtttttact gacaatggat 3240 gtcaatggtt acaggttttt tttttttacc acagttttat aaccacttaa gtctgagtta 3300 atagtacata aagtttcatt tttgggtgaa ctatcccttt acacgcctca gtaaagcaac 3360 atcatttacc aaaaaataaa acatttggaa aatcttcata ttgcaaaaca gacatgatag 3420 acagaaaagt ttggtctaaa gactttcagg tctactctgt tttttataag catattgtgc 3480 atttgttatg acaactgtta gcataatcaa cctttagcat cacatatcat tatgtttctg 3540 cctaatatca tcatcaatcc acatcaaatg gatatcaggg gttatttcag acactctctt 3600 tttgctttac atgcaatcag atgtcctctt aggtggtcct tggtaaataa aagccacaaa 3660 aggagtctag accttctgtc ttgagtttat aacagactaa ggtaaagaca aaaaacatac 3720 ggcatcctgg aagctgaaga gcaccgcctg caggctgctg agaggcacag aggagtttaa 3780 aaggctggag cgtaaagtca gcaggctgtt ggtcaggagt cttttgtctg gagagcggat 3840 gttttctcgc aggcagccaa tcagttcgct gatgtgatct gaggtgatgc acggctcctc 3900 cgcctgcgag gagagaaaac aatcctttat acgcctcaat tcagagtagt gttgtgacaa 3960 ccttcaacat cagacatctc tgatgataaa atctctcatg acaggggaga atgccaatct 4020 acctgcggca ttgtttcctg aatgttttga actacatggc tgatgtcctc tgtaaggatc 4080 ctgtgtagcg tatccctccg ctcactgtct tttctcagca taaacagacc tagattctct 4140 ccagaacctg atggacttgt ggtcatgtct atctgaggct catctggcac tctatagaca 4200 gaaaaaaaaa cagaaaaaat gtaggcgaac aagtgatttc agtacctgaa agtaaagtac 4260 cctcccaata ttggcacctt ttgtaaatat gagcagagat gcctgtgaaa aacaaatctt 4320 tattgttcaa ttatttgata tttttgtcca aaaaatgaag atgcttaagt ttgtttttgc 4380 ataagggagg aggctttttt gagagacact ttcaagcact atttttggtg aatacagtga 4440 tgtgggtgtg ttttggatgc tttctgaatc ttcagaccct tggcgtttgt ttttacctct 4500 caaaccacca ttttcctaac attgtgtttt gtcaagatca aaacacatat catttcaggc 4560 tgattcataa cacttccagt tccctagaat ttctttaccc tttcacattt aatttttcaa 4620 cactcccact gagttttttt aatatgacca ttatttagag cgcatcactt ttttgaactt 4680 gacgtatcaa gttaatcaca acactgcagc cctgaggatt ttttgcctca acatattttt 4740 gtttcttttt gctctttact gcaaatattc acaaacatcc aaattatatt gtaaaatatc 4800 tgatattccg attctcaatt atttgtagga acgtgttttt tgtatgtgct tataacgtac 4860 ttacatgtac tcaatacact tcattgaaca tatacacata gacatcacct atatacacac 4920 catataacta caggttaact attcttaaat ttaataactt taattgttaa aagcgattag 4980 ttactagtta attagttaaa attattagta actactaaag ttatggtaac ttataaacat 5040 aactttttag attttaattg taatgcaata atgtgtacct tgtgtaaagc tgctttgaat 5100 caataattat tgtgaaaagt aaaaataaat tttaattgaa ttgtatatat ttatgtcatg 5160 attaccagcg atctaaccac cagaggtcac tggtaaacac tcacattcac atgaactaca 5220 aatctgctgg taaatggact acaagaacca gtcatgctcc acacacataa ccggatccaa 5280 atcctgacta atttgaataa acacatctga tgctgctcaa gtactgatta cacacacata 5340 tatacagctc actttgagac actcagtctt gttacctgtt ttagtgacac tacaacacat 5400 tttcctttgt cttgtttttc catgtttttg atccttgcct tgtttatttg ttaaatcctg 5460 tttgctgcct gccttttgac aatctgcctg ttattttgag tagtggtggg catgaaacat 5520 gaaacagtga tgattcatga aacactgaaa cagttgaagt aaatatgtcg aagcttcgaa 5580 acgtttcgaa accccactct acaatgacac ctagtggtca tttttcatgt attgcactga 5640 aacggcttca gcaaaggaca gttgagcaaa tggaggtatt aaaccccttt ttgtataaat 5700 aaactgtcaa gtgatttaga ggagtggtta aggttttcga ccaccatgca gggatagtgg 5760 gttcgaatcc aggctgatac agctattttg aaatgcttta atatcagttg gtaatgcttt 5820 gttcttgtat cgttttgttt caacattggt ctgacatcca aataaacact gtgaataaat 5880 gtgtcttgtt ttggtcataa aacagagttg ttgctagatc agacacagaa tttatttata 5940 ttattcatta aatttccctt ttattgtatt ttattaatgt ctacccaaac cctagacacc 6000 ttagtcacat gacttgggtg tttcggatca agcttcggta cagtttttcg aaacacttgc 6060 gcttcaggat ctcgatactg tgatgaaacg tcagtttcac gtcagccatc cctaattttg 6120 acttcgactc tggattgccc tcatacatct gtttgcccct gtattgacca ctacttggct 6180 gaccattcta ataaacctgc atgtggatcc gcacctctgt tgtcagtgtc acatccctgg 6240 ttacaatttt gtcatttaat taacttaatt gtaaaaaagt tatttgatcc atgatgtatg 6300 ataccatgcg aatttgcgct tcaatggaga gatgagagct gctggattta taacatgtta 6360 gtttctcaac tactcctgaa acacatcaat gtacagtaag tgactgttta acttgaagaa 6420 taacgttcta gtaacctaaa cagaataaaa gtgtgcaact gacataaagc actttgtccg 6480 attatgttta caaataattg tttttgccat ctttgaaaac atactagcac tttttagaaa 6540 accataaatg ttattctctg ctatatttat tgcgatgtga atataatcat gtcaccagct 6600 cacttgaata gctcaatttg gaaagaactt ataattttat gttgattagg atcatttcat 6660 aggccagatg atctgtataa atctgcataa atgtatttat tttggtgagt ctaactgttt 6720 ttaagtatga gttgaataat caattgtaag caaataaaac tgcgtagtct tcattgtatg 6780 aaaattaaat gtaatcaaat gttcattgtt gtaattcttg gccttaaaaa caaatgaaaa 6840 aacactcttt cgctctattt taaggttaaa tatcacaatc actcaacaat gtggttcctg 6900 gtcagttata attacactca aatttcttga gggatgaata aactaaagca gattttgaca 6960 ttgcgaatcg tgcaatgcga ctaatgcgag tgatcacatt gcaatttcga tgctgaaatg 7020 atatattgtg cagccctagt ctgaaaccta aaatgaacgt tatttgtttg aaaacactga 7080 taaactgtga cttatgacag caccagccat ggcggaaaag cagatttgaa tttagcagct 7140 gatcgtgtga cgcactgagc attctaatca caccattttg tttgtaataa aaataattaa 7200 cactttaaag ggttaattat tgtctctata gtgaaaatga gcattttttt taggtaaaaa 7260 tgtaaaatat taataggaat acacttcaaa aatagttttc tgtgctatgt atgtctacag 7320 aacgagtcaa tgtttgttat ttcttgttct gtgtatatat aaaaccttaa aataaagtaa 7380 caaaaaagat aattctcata taaatttata tatgtgccaa taattttgac atttatttat 7440 aaagctgctg tttgttctca atcagagcag tgttttagtt aacaatctaa gaaaacaaaa 7500 caaaagatca aacaataaag acatttttca cagccttctt tgctcatatt taccctcatt 7560 tcagtattag tggaggacat agtgctttaa atgatatgga catataattg caggaatctg 7620 ggatgtgata cgtggactca cgtcaggaag ccactggtgc ttggaggact ttcagcaata 7680 ttgtttcctt tgaaggcaga agtggctctt ctcagatcaa aagagcagga cagttcattg 7740 tgctccacat ctgtgttctc cacacgcaac gcaacaggaa ccgacatgct cctgtgaaat 7800 tctcctataa cataggacaa ataatctcaa acgtctaata tccaatgtgg ataatgtcta 7860 gcacattaaa gtattttttt ctgtttctga gttcatttta aattaagatt agctttttta 7920 tatataaaga tcaaaataca acggtccgga aaactttgtg gacactttag aaggaatata 7980 tttatttaat tattatttgt tgtacatttt taattaaata atatattatt taaaaatatt 8040 ctataaaaat gacccatttc agacatattt caaatgtaaa taatttgatg aaatattaca 8100 ttaacttatt atgaaatgta gtatgatcat gttatatatt tttaaaaatg cggtacttat 8160 taaaatttat aacatgatca tactacattt catacaataa tcagaataag catgtttttt 8220 tcaccaaaat ctaaaataaa tatatcatct tttgctatat gatgatggaa cattttttct 8280 cttacatttg agctttattt ttacacaagt aaacacttta catccattta ataggtttta 8340 catacaaaac cacttcatta aatttaattt gatgcacaca actaaatctt tttgaccaat 8400 gaagagctta ttaaaactcc caggaaaata tatcatggct tcttcttaat gttaaaattc 8460 ttttattttg gtggccagtt ttgaaaatga ccagtttttt taataaaatc attctgacca 8520 gtgaacagct tattaaactc aggagaaaat atatcatggc ttcacctaaa tgttaaaagc 8580 cttttatttt tgtggtcagt agtaaaaatt acactttggt ggaaactaag gctgcgtcca 8640 aaattgcata cttctttact atgtagtaag ctaaaaacag tatgcaagcc aagtaatata 8700 tccgaattca tagaattcga aaaacaatat gcgagaagta cccagatgac ctactacttc 8760 cgatgacatt ctgaagtgtg catccgatgg ttgttgttag aacgaatata gctgaaagtt 8820 aatgacaatt atttatatta tttatcaaat ttccaattta ttgtatttta ttaacgtcga 8880 cccccacccc aaccctaaac tcaatcgtcg 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aaaaacaatt actcactaaa cctcatcatg 9780 tcatgtttta tagctgattt tcacatttat tagaaattag acttcagcta cttgccagag 9840 aaataagaca gaaataactc attaaaaaaa gcatgtatga atttaatggc atgtaacaga 9900 cattgtgaac actaatttat attaactcaa aaaacaacta aaaagactac tatatatata 9960 tatatatata tatatatata tatatatata tatatataaa taaactaaat taaagaatta 10020 aaaggcaaaa ataaaacgca ataactgaaa tggcaactga aacttaaata gaaatatcta 10080 taaaaccata gacttaaaag aaggcaaaaa cacaaaacaa aaactaaaac taaaactgta 10140 aaattaaatc aggaaataaa tgtctgttta tatatttaag aataacagta ataattatac 10200 tataaaaatg tatagatatt taaaaaaaat tatcaaggaa atgtcaaaaa cagaaaacaa 10260 attacaataa aaatgtaaat gaataagcaa tacaaaaaat gtccatataa ttaactttta 10320 acaaactaat aaaaattgga atgaaatata ttgtatgaca tgtttttaaa aaacaataac 10380 atgcataaaa aaataaataa taattgggaa tattaataaa atatttttaa ataattattt 10440 agaaagggct gtgcaattaa tagaaattga atcacaattg cgatttgaaa tgttacgatt 10500 agctatcgca agaggctgca atatgaaata tgtttattta attttccccc gccaggctta 10560 ctagccaatt gagtgagcac 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