Dbfetch
ID BX663532; SV 4; linear; genomic DNA; STD; VRT; 71992 BP. XX AC BX663532; XX DT 10-OCT-2003 (Rel. 77, Created) DT 30-NOV-2003 (Rel. 78, Last updated, Version 5) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-27K11 in linkage group 20 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-71992 RA Beasley H.; RT ; RL Submitted (28-NOV-2003) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 8d909b6713e6ba99987fa5b2ea1cd052. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC DKEY-27K11 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..71992 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-27K11" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 71992 BP; 22772 A; 12387 C; 12933 G; 23900 T; 0 other; ctgtgtaaat tgtaccctca gtttcctgtt cttagctgac aggagtggca cccggtgtgg 60 tcttatgcag ctgtagtcca tctgcctcaa agtttgacgt gttgtgcatt cagagatgct 120 cttctgcata cctcggttgc aacgaaggtt atttgagtta ctgttgcctt tctatcagct 180 ccaaccagtc gggccattca cctctgacct ctggcagcaa caaggcacag aactgccgct 240 tactagatat tttctctttt ttggaccatt ctctgtaaac cctagagatg tgtgaaaatt 300 ctagtagatc agcagtttct gaaatacttt gaccagcctg tctggcacca acaaccatgc 360 cacattcagt cacttaaatc accgttcccc cccattctga tgctcagttt gaactgcagt 420 agttcgtctt gaccatgtct atatgcctaa acacattgag ttgctgccat gtcactggct 480 aattaaaatt cacgttaatg aacagttgaa cagctgtacc taataaagtg gccactgagt 540 gtatcatcta gcatcagttg tgatgttttc atgaatcagc tgtgatttta ttcataaatc 600 ctctcctgtg gcctcaaagt ataaaaaagt ggccactgaa tgctcttatt tttgacaagt 660 acgattgttt aatactacta atataaatta ctactcggct catgtattgt ttttcatata 720 cttacagcac aatggaggta tgtgatatca gatgcagtgg tttattcctg attcctaaaa 780 tgaacaacca atcagagtga tctttttcac caacagccct aacaccaatt caaaaatgct 840 gaaagctgcc accaatgtga ctagaaataa ttagagccaa tatgtggaac atatggcaaa 900 aaataactca actgacactt acaaactgcc cagcattgta tgtagacaag gtactgtatg 960 ttagagtgca gtttggccag tttgtcactt accaaaccaa gaaaaaaaaa cagtgttaga 1020 tgaatgcctc tttcagtatt tactttcttt ttcaacaaga acaaaaccta cagcaaacct 1080 cccccccaaa aacacaaccc ttgcggacat gtcataacac ccgcgctatg gaatctggca 1140 ttcattattc cctcttattg cgatggatga gaactctgtc gtaatgcaat cagtctagag 1200 gggccaaacc gaaatgagaa ctgtgagcga tggagctcct gtaggcacct tagaagactg 1260 cagatcttta gagaccgtca tccatttatt cactttgaga actgagcgtg tggacgtgag 1320 cagaatacct cattctggat cattccacaa gggtcattta gcttctcagc agcatatgac 1380 taaaaatacc cagttacagt agccctgcgg aagcctccca cattgaagca cagtgagcgg 1440 gtctgccatt gttatcttgg cttcttttaa ccatgtctaa ggagagataa gaagctgctg 1500 acctcaggta ggggcccgct ggcatgtggc cctgtcttaa tgaggcaaaa tccaatagtt 1560 agctttgtaa tgagcgcggg tcagtctaag aaagacctgt gcctgtgggc taatctataa 1620 agtgttttct acgtaggagg attggaaatt gatttgtgtc cgcggtgcgc tctgtctagt 1680 ctttatctcc atacaaggtt gaatccgatc aggaagcagg tgggaaaaat gtagctgtcg 1740 ggcttagagg ttattttaaa tgctaattag atcatgcgct atgtagatag aggtgctgaa 1800 tgaagcttaa aaagggtcca taatgatcaa gatgaggttt attgctgtga tgcaacatat 1860 ggagagtgga cagaggatta tgctaaaatg aatgtatagc agcttaaagt aaagagcgtc 1920 tgtgagtgtg ggtggatggg tgccacaagt atgctgtaaa tgtgctgcat ttattagcta 1980 caaaacagca catggaattc acacataaca cattcagata tggatattta tagataagtg 2040 attgttttgc ctaagcattg ttatgttaat tgctagtcgc aattgttggg tgacacattt 2100 tatgtacatt caaaacatga ttttttgctg cttgttcaaa caacaattgt tgagattttt 2160 ggggacaact taattgtttt atgttcaatc aacttaaatt tgtaaaaaca attaagttaa 2220 cttaattggt ttgtgttgtg tcaaaggaat tatgtggaac ccaacctttt tttttacaag 2280 agaatactgg aatagcctgg aatacttgat tctgattggt caatcacaac attccaaggt 2340 atgttattcc cagataactg tggaaaaaac tagtaactgt accaaatggt cagggtgata 2400 gagttgaggg tccaaatgca gtttgtttac aactttgtca ggcaggcaat ggtccaaacc 2460 aaacggtatc atgggggcaa tccaaaaaca tagtcatgac tgcttttgac tgcttggtgg 2520 catttgaaac cttactgcaa gtttacattt gattgtaaac tagtaaatta tagctcagat 2580 cagtgttttg tttctagttt accctcatgt taaatgttat aagtcagata acgtacatct 2640 actcagtggt tttccctaaa taaagtcttt gattttataa aacagatgct gataaaccgg 2700 tctggcttta ttctgcaaga acatccttct agatatagac tacctgacaa aggtcttctt 2760 gtcaattgca gttgtacggt aacaaataat aacttgactt ctagttgatc atgaaaagtg 2820 acagaaggta gatttttgca tcccgatcat cacaaacact gcagaagacc tattggaacc 2880 cgcgtggacc caagattctc acagaaatga gtcacaaaga aatgtttggt gaactaaaaa 2940 tcatggtatg aaaatcatac attcggtatg aaagatttgc agagtggatg gcaacattaa 3000 cattctgacg tatcaagaca tttgtgttgc tgctcattac attacaaaac acaggagagg 3060 gcaatttttt agcaggatag tgctccttct catacttcag cctccacatc aaagtttcta 3120 aaaagacaaa gatcacggtg ctccaggatt ggccagccca gtcaccagac atgagcatta 3180 ttgagcatgt ctggcgtaag atgaaggaat ccaaagaatc ttgatgaact ctgggagtcc 3240 tgcaagaatg ctttttttgc cattccagat gactttatta gtaagttatt taagtcattg 3300 cagagatgta tggatggggt cctccaagct catgggagtc atacacttat aattttaatt 3360 attattccaa aataatagaa gtattctaag tatcacagta tctgagatta ataagctcag 3420 aaaaaaaata agaaaataaa aggccttaga agcatgtgct aaaaagcaag agccagagaa 3480 aaacatttag caagagaact tacttgtctt cttaagttag cactaattct atgctgacca 3540 gtaactgcca aacaaatatg accattatgt cactaatata catattacaa gttgttttct 3600 acaccgaaat taggtcaggg tttaggctat aggtcatgtc aggataaccc aattaaagct 3660 aattaaaaaa attatgacaa cttgacataa ttatgacaac aaatttaact taattatgac 3720 aacagctaaa attatgataa aattatgatt ataactttag agattataca tattgtggtt 3780 ttgacaccct ttcagtaaaa acagcagatc agcacttttc aaatactgac ttttggaaag 3840 aacatctagt acagatataa agacaaacat ataacatatt tcaaaagtca aatgacagaa 3900 aagtacctta catctatgaa ctgtagatac aaaaagacaa taaaactcat aaatgagtaa 3960 tatcagaaaa atgtaagcaa catgcatatt attagaagta gagtcataat tattccttat 4020 aataatttat atattaatcc agaaaatata atagaaatgt ttatacacca aaatcctagc 4080 tatgataaaa accagttttt gcttctgtac ctatttctgc tgtctggtct cctcagtgca 4140 tgtgatttca ggtttttcag agtccttgcc gtaaaccaac cccctcccat ataaacatga 4200 acctgcaatg cagctgaaac tggccaaact tcaaacccac cgtggttttc tctgttgatg 4260 agagcctgca ggctgattct ctgaactcag tatatttgtg cctgagggaa tgaaaagtga 4320 cagcgtgagc ccagagggac atctagcagc tcactcattc tcacacgcaa ctgttaacag 4380 atcatgtcac cacgaaaacc ggctgagaca aagtgtgtaa agattcacgt gattcacaat 4440 ttcagtctgt tgatttcatg tgacggcaga atctctacaa gtctgtggat aaaatgttct 4500 gcatttacga gtgtttacca ccagggggag tagaagcata agcagcaaaa tcagagaacg 4560 tggtaaaccc tatgggtaaa ccaaaacaaa ctagttctgt tcagtcgtta aggatttgtt 4620 gtacaaaaaa aaaaacaaca acaaacaaac actttttttt ctgaaaagtg gcattcagta 4680 agttatagtc atttatttag ctattaaatg tcttgatttt tgttttgttt ttagcatttc 4740 agctaaaatt agcacgtgga tgtagcatgt aacgttagtg tagtactaac ttgctatatt 4800 attttattgt gcagaactaa tttaccaaaa aaaattcaat catgtcctca tatcttttat 4860 atagtcatgg tgaagaatga tgaaaaaaac tacgaggcct gttaaaaagt aaaaaggtaa 4920 cataattgca acttattgtc acaattttgc ctattttctt attttatttt cttcagaatt 4980 gcaaaaaacg tttaatattc ttaaaacaac gtctaaattt ggaggataca tttacagtca 5040 tacatttaca tacattgcac ataaaaaccg aaaatgtttt atttttttgg tgatacaaca 5100 gggatttgac taaataatag aaatatgttt ttgtgatatc agtgacatca tgcatatgca 5160 tattaaatta tcagtctgag tatgcatcag tccttagttt tggctgaaag gcctccctat 5220 ccacagtaca gtcctatcaa ctatatagtt ttatccccta tttaaaaaaa aggatcaaac 5280 ggttgcaagt actttgttat tttatttatt gcatggtaga tacaagtttt catataaaac 5340 cgaggaggga tgaagggcaa aactcactgt agacacaagg cttgggaaag tgaagaaata 5400 aactgaagga aagggtaaga caggggagtg aaggaaagga actgattaaa aaccatctga 5460 ttaagacctc aggcagtctc tctcgttttc tcttccctct ctgactgcag actttggccg 5520 ttttctgcag acagttccaa tttcaaccgt ctaaatttaa ccttgaagaa aaatgaacag 5580 ttgagctgag tagaagggga gaccaggggc aaaaggaata gaaaactgta aatgtcggat 5640 tttctaaaag ttatttttgt tcttaaatta ttgttattat tatattttta gggcagcaca 5700 gcggtgcagt gggtagcgct gttgcttcac agcaagaagg ttgctggttc gaacctcagc 5760 tgggtcagtt ggtgtttctg tttatagttt gcatgttctc cctccctgtg ttggcgtggg 5820 tttcctccgg gtgctctggt ttcccccaca gtccaaagac atgcgctata ggtgaatagg 5880 gtaagctaaa ttgttcatag tgtatgtgtg tgaatgagaa tgtaaaggtc tttcccagtg 5940 atgggctgca gctggaaggg catccgctgc ataaaacata tgctggataa gttggcagtt 6000 cattccgctg tggtgacccc agattaatga agggactaaa ccaaaagaaa attaatgaat 6060 tctattttta atattgactt tgtaaggcct cgtttttagt cttgctatgc aattaaaaac 6120 atttttccca aatatatcac aagtgatgtt taacagagca ctgacatttt cactgtataa 6180 cactataatt tatttttctt ctggataaag tcttatttat ttagtttggt tggagtttaa 6240 tactattaaa cataattaga atttaagctg aatagtattt tgcaaaatac agttgaagtc 6300 agaattatta gcccttctga attatcatcc cctgtgtatt ttttccacca atttctgttt 6360 agcagagaga agatttcttc aacacatttc caaatataat agtttcaaga actcatttct 6420 aataactgat ttgttttatc tttggcatga cagtaaataa tatttgacta gatatttttc 6480 aagacacttc tatacagctt aaagtgacat ttgaaggctt aactaggcta attaggttaa 6540 ctaggcaggt tagggtaatt aggcaagtta ttgtataatg atggtttgtt ctgtagacta 6600 tcgaaaaaaa tatatagctt aaaagggcta ataattttga ccctaaaatg gctttaaaaa 6660 aatttaaaac tgcttttatt ctagccgaaa taaaacaaat aagactttct ccagacgaaa 6720 aaatattatc agacattctg tgaaaatttc cttgctctgt taaacatcat ttcaaatatc 6780 aaagatttaa ataatcaaac aaaaaaaatc aaagggggtt taataattcc gatttcaagg 6840 gtaactagta aaacattgtc tgtcatcttg cagatatcaa aattaatcat tttaaatgat 6900 ctattaaaac tgtcatgttt tttaaatgtc ctgaaaaaaa aaatttctct ccattaaaca 6960 gcatttttgt tttttgcttt aaataaaact aaaagtttgt cgtaatactt aagtaattct 7020 aaaaataaat ataatattaa tttactaaat tactttcaat taataaagta ttaagaaatg 7080 tcagaaattt tgggttaatg tgatatttat tttggtacta taattgcttg aaaaaattgc 7140 gttttttttt ttacattcga ttatcaatat tcaatatata ttcttaattt aactgagcca 7200 ttttcaatgc taatagtttg ataattgcca tacagtattt ttttaaaaag ttgtagatat 7260 atatctttta aacatgtaat agaatgtaca cgtgtaaaaa atgtacacat agtcccaatt 7320 tcctactgat ttaatggcct aaacacattt attctatttc caaatgaatt aattaatctg 7380 ccgagctcct aatcagctta agaagagcct gtggagacag ttagccatga tgagtctgag 7440 cagacacaca tgctcaactc aaataaataa gtcatgatca tttccaacag acagcatatg 7500 tgtgaatgat aatgatgggc atttcattaa caccatcgtt aatgtattat tcatcactcc 7560 aaatcaaagt atatgagctc atacgagcat gtttactttc gtggaaagga cagccttgta 7620 tatttgtgtg cacgctttta taaaaaatga ggtaatcggt tttaatctgt ttcagattac 7680 agaccacagt caggtgataa ggcttaaaac cagattcgcc ctccccctaa aatgtctcac 7740 agactcgggt ttataaaagc atagttgttg tcaagcccga atggattagg gatttgtcac 7800 acctgataag agtgatcctc tacacgttga tgggatctgc tccaaaacaa cacatgtata 7860 gatcatccag accaaggcat atggggcacc agtcgaaaaa acatcatgtc cacctcaaag 7920 gtccagacac cttcagcatt ttcacattcc atccacatga ttcactgtct atagaaggac 7980 aattgtgata gatggcaaat gactgagttt cacaacagcg atggatcttt tctccagatg 8040 cagtgtgtca ggaacagttc aaataaccca aatagttgta acagtgggta ttagtgtaga 8100 taatcaagtc agtctaagtt agtgtggttt ctgtacaagg tgtttaatat agaggagaca 8160 gggagagaaa gagctgcagt gggttaatac tccacatatg gccggcttgg caagccagca 8220 acaggtttgc ttgtatttaa gagatgaaaa gaaatcgggg gaaggctggg aagagaagcc 8280 tctattcatt tacttcactt tttggaagag actctgcgta tttttgaaga aaggtagttt 8340 tatgatttat gatgagaatt taaaacattt aacagctgat tgtgatgtat gtaaataaag 8400 agcatatgtg tccagtgtaa gcaacagtat atgcatcaca ttaaagcaga gtcaaccgaa 8460 agttgctgag agtttttttt ccccagtatt ttgatgtatt accaactgaa atggaatatt 8520 tagtaggggg cggaacttgt ttttgttgca tcattccctc atagcaaaca aatggtaaga 8580 ggggcgtagt tagctgaagc cgtcaaactg acttcaactg aaaaccatca gtcaaaatgt 8640 ggaagcaaat ggtcagactt tgattaccaa acaaaaaata ataataataa aatagtggat 8700 ttgcactgat taaatctcca ccgaaagaat aaccacatgc acttgcaaaa taaacacatt 8760 ttgatttcac atggccttta aacttttgat taagattgtt aactcaaaaa tttaaataaa 8820 atcctcatta tttactcaaa tttaagtgtt tgaaaccatc caaaaagaaa cgtctccata 8880 ctatacagta tgtgaaaaaa tacaatattt gatccacgtt gtatgtctaa atttaaagta 8940 ttcaaagagc agttgggaag gtgtgcccag actatctact acttctgaat tgtgcagcca 9000 ttggacactt tactatccca tgaggccaca caagagaatt tatgactgtt tataactgac 9060 ttgggtaggc catatgatgc tgacaacatg gcggatgtag tatgttctac atttcattca 9120 tactacttat actgctctta actcataagc cacttttcta atggtcatga agtaaattga 9180 aatgtagtac caactttatg aaacccattt caaagtttgt gatgttagtc ccctcaaaca 9240 ctgttgtcat gtaaacaaac agctgaaact cataaccatt ttgtttacaa atgaaaatga 9300 ttacaaatat tctattctaa tgagagttca aaagcatgag ttactttata gtaaacaatc 9360 ccatgaatat aaagtgtaac caaatattta tcagatattc aatgaccttt ttaagcatag 9420 agatgcatat ttgttgaatg ttgatagtat attttaaaca ttgcaattga ctttttatta 9480 caaaaaaaaa tttaagcaca ataatacact aggtaaaatg attttgctgt ttgttcaaac 9540 tacttattta aaatgagcga gaaaaaaaac acaatgcttg tttatagtgt actttcacta 9600 tatacagttg atttcctttt tttacaagct gtcaaaacaa aggttttggt ttcagcactt 9660 attcacagat gctgataatt aacaaaattc ctaatatcag tcaatatatc aatgtataca 9720 ttggttcaaa tttgacagca cttaaaaaag 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