Dbfetch
ID BX571666; SV 10; linear; genomic DNA; STD; VRT; 115940 BP. XX AC BX571666; XX DT 12-JUL-2003 (Rel. 76, Created) DT 30-APR-2004 (Rel. 79, Last updated, Version 13) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-221F8 in linkage group 5 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-115940 RA Pelan S.; RT ; RL Submitted (30-APR-2004) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 9615cc32f436067fceaffdef2d34f548. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC DKEY-221F8 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..115940 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-221F8" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 115940 BP; 35989 A; 20725 C; 21128 G; 38098 T; 0 other; gtgacaccac gatcaagtca cattttccaa aaatattaca ttttttaata tatttttaaa 60 atattaatcc ctatataaat tccccctttt tgttatattg attcactttt gctcagtgca 120 gatttgcaaa tgtttttaaa tataaaaaag gtttctaata atttcaaaat tattctctct 180 tattctgttt ttaatgttct aaatttttca tcttccgccc ttcctcgact tctggatgca 240 aataaaaatc tgcatgaata ccattttttt actctttctt ttgttttaat aatttgcttt 300 ccacattcct tcatcctctt ccctcttctg gcccgcagtc cctcactcaa accccccttt 360 tctccttttc cgtcttgttt aaagacgttt cagttcagct gtcacaaatt atgttcgcct 420 gcccagctgt caaaacaggg gtgtgttttt ctctttgcac ccgatatact actaaaagag 480 agagactggg agatgtgggg gagatggggg gttaaagaaa gagagagaga tagaaagaga 540 ggaaaggagg gaggggtgga gggggcttta atgttcatgt ttggacacaa gcaattatct 600 ctaattattg tttttctttt cagtttccct gtcctgatgg aggtcccagg cagaccaaca 660 agcagtaatc cggcctcgtt gaagaggccc agcgggcccc atggtgcagc tcgtccgtgg 720 gactctcggg ctttcatctc aatgtgagtc tggagttgat tcaaacacag agcgatgggt 780 gaattaaccc caaagccctg gctttcaatg ggctcagcta agagattata tgtgttgatg 840 gcaggccttt tatataagag attatatgtg ttgatggcaa aacttttata tgttctggtc 900 tttaaagaaa cttctgctag atgttcagtg tggttgtggt ggattagaaa tcctcaaccc 960 ttcatttctg ctcacctttc tttcctcttc ccttctcctt ccgcattata tttctatata 1020 agttttatca ttttgattac atgaatatag gttacctcaa atttataaaa ctatatttag 1080 gaatgatttt cattatcccc ttattccctg ttgcataatg tgtattagaa agtgttattt 1140 agcccacaaa actgcaaaca tatgactttt tatttcaatt agttgacagg tacataggta 1200 tcaattagtt tctaaaacaa aaacagataa cccatcatat tggactataa aaatacaatg 1260 ccagaacaac aaaattacta caatttttaa aataatacaa ttcaaaatct gaatatttac 1320 gcaatcttgt caaaattaca gtttgagatc atcaagattt ctttatatat ccattgaaag 1380 gggtctctta tgctcgccaa acgccaattt cgacaggagc acatgctctt gattgacccg 1440 gctggcccac atcagctaat cacgatcctc taatcaaagg atctcaagtc actatacagc 1500 actgtatata tatatggata tatatatcct catttccttt ctacagctat cttcgtctgc 1560 aagaagtccc cctcctctcc ttcttccacc tttatcctga atgggtggca tagtggccca 1620 gtgactagca ctgttgcctc acagcaagaa caatggtgct gggccctcgc tgggctattg 1680 ggtatttctg tgtggagttt gcaatgtcct cctcgtgtcc gtgtgggttt cccccaggtt 1740 ccccagtttt ctcccacctt ccaaatatgc tctatattat agacaaaata agcttaaatc 1800 ttttttctaa atgtcttaat ctcaggaagt tcaccttcgc ctcagcagcg ggagattttt 1860 gagatcgacc tgagctcaat ctgccctcgc cctgcgaaag ggagggagcc ctggggccaa 1920 ggatcccttc agctcagggc tttctccctg gacagcatgc taaacaagct atgtataaat 1980 catgagctaa gtgtgaattc ttgaagcctg catttattca atcaaaaata cagtaaaaat 2040 tatttttgat tagatatgat ttcatacatg attagatatg atttcataca tgtatgatga 2100 aatatgatta caattaaatt cacaattaaa ttaaattaac aataaacaaa tgaacacatt 2160 tactaattaa attaattaat tgaatgaatt tttattttta ttctaatatg cttaaaagat 2220 cattaattat tgcgattttt ttccattttt aacatccaaa aaagcattct ttagtgttgc 2280 atgatctttc agaaatcatt tgaatttgct gatttggtac ttaaaaaatt cccaaatttt 2340 ccttggattt agtgcctgat ttatcagggg tcgccacagt gaaataaact gccaattact 2400 ctggcatatg ttttatgcag cggatgccct tccagccaca acccagcact gagattacac 2460 tcatgaactc cacagtgctg ggaaactgcc cgtactgcag cctgtacact cttgacatta 2520 acacactatg gccaatttag gttatgtctt tggactgtgg gttaaaccag aggaaatcca 2580 tgaaaacaga gggagaacat gtcaacttca cacagaaatg tcatctaacc ctgccaggac 2640 acaaaccagc atgtttcttg ctataaggtg aaagtgctaa tcactgagcc accatgccac 2700 cagttgtgct accaattttc aaagtacaaa actagacaga tagacaaata aatagataga 2760 tttaaagaca gacagatggg agaataaaca gacagatata gagacaaaga acagcatgaa 2820 acaaaatctc aactttctct gtttctgact gagaaaagta agaggtaaaa tgacaaataa 2880 tataacagta agctgtcatt gattctttcc acctgcaact aatgaccctc tgaaagctgt 2940 ccaaacacac tgaccccagc cttttctatt tagtcaagct cacaattgtc tttctgtcac 3000 actctctttc tgaataactt catccacata accgtttcat caggcagttc aatccagtgt 3060 tttaattgtc atcacatagt cttattaaaa gtctctgctg aaatgggctc ccctaataat 3120 gaagactggc agacatcttg ttggcagcag atttaggagt ctagcatcaa tgctgtggaa 3180 gacaaaagag aaggagagtg tgtgtcactg agactccaat aaagtgctga cctgcgactc 3240 atctggtgct caccgtcccg agcgcagtga cacgaccacc tgcgtgctcg ctgaggacga 3300 agccacacac acaaatgtca cactgtgcgc ttattgtctc gattaaattt gtcaaactaa 3360 atgaattttt ctctatcaga ctttggggat aaatggagat tagctcccct aaattgcgtg 3420 ggatgatctg tgtgtgtgtc tccagcctct ccaatcactc agtgcgacct ctcacccacg 3480 acccttgacc cttcctctgt ctgcatgagc acagcgttta gagattacag cagatcagac 3540 ctgtgctctt ttgttgcgtg tttgcatctg tgtgcgtatg cagatagaat gaggcctata 3600 ggcttctctc gatgctgtca ttggctgttt aagtcaacaa gagacattgt taacggcttt 3660 atcgtattct tcagactgtc tgcacgctag tgttcaaggg cttggggccg ctcatgttca 3720 atattcattt gatccaaaat acagttaaat aataatatta aaaaatatta ttacaacttc 3780 aacttttaaa atgtagttta ttcttgtaat gcaatgctgt gttttctgca ttattacctt 3840 tttagtgtca catgatcctt cagatatcat aatgctgatt tattgctcaa gtcacattac 3900 taaaaaaaaa acacacttga aaaagaaaaa cttttttttg gaaaccatga tacttatttt 3960 tttgtgttct ttattaaatt gaaagtttgc taacactaaa gtaaagtgca attttgtatt 4020 gtgcacaaac taattaactt aatctaattg cagtatgtat tattctattt ttaacatctc 4080 atagtgaaaa tactgttcat aaaaatagtt taaaggacac cttactctgg tttttctcac 4140 aaaagttgcg tgagatctgc ttccttaatg tctcactgtg ctggttatct aacacagcct 4200 gacaggcacg tggaaacagt gggcagggag aactagcatt aaaggcacag gccacaaaac 4260 agctacattg tattcaaagc agacaattca atattctgaa aggaatagaa aataatctaa 4320 tgggtgtttt gagctgaaac tttacagaca cattctattg acataaaaga cttatcctaa 4380 atcttaaaaa atgggtaaaa tgggtgcctt tagttaaatt ttttaaattg tttatgttag 4440 ctcaggcttg tgaaataata tcaacatatg caacttttta tttaaacaat gcattaataa 4500 ataatcaaat aaacattcaa ttatactatt ttgctttttt tttttttttt caaattttac 4560 atattacatt ttttaaaccc ctttacgtta ccaaaataaa taggacttgt gcatggaatg 4620 acatgcaaat aagctctgat atgtatagtt taaacatcta taggcccacc ttataataag 4680 tgtttctctg tgcctgttct tgccccctgc 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tatctatcta tctatctatc tatctatcta 6420 tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatctatcta tctatctatc tatctgtctg 6480 tctgtctgtc tgtctgtctg tctgtctgtc tgtctgtctg tctgtctgtc tgtctgtctg 6540 cctgcctgtc tgtctgtctg tctgtctgtc tgtctgtctg tctgcctgcc tgcctgcctg 6600 cctgcctgcc tgcctgcctg cctgcctgcc tgcctgcctg cctgtctgtc tgcctgcctg 6660 cccgcccgcc tgcatgcccg cccacccatc cacctaccta cctacctacc cacccaccca 6720 atcctgtacc caatcctggt tttaaataca ttttaaataa tttatttaaa ataatgttta 6780 tattttttgt aagtaatgta agtattttta agttttttgt atttaaaatt tattatataa 6840 aatatgcaaa tatgtttctt actatcacat cacttgattg accaccagtt agtattgcat 6900 acagtcctcc aaaacattgc tctttctaaa aaaacaataa tcataattct aaaaaggttc 6960 attttaaagt tattaaatgc tgcactaact ttctgaagaa gtgatgacac taggtaaagt 7020 acatatgtca tatgtaataa aatgcaaccc aaaagttccg atgggatttt gtttatcagt 7080 ctactaaatc tccacatttg ttcagattag ctaaaaccat tcaaagatta gaaatggagt 7140 cttttcctct cactgtcttg ggttttctac tgtttgatat tcgttgtgag gtctgagaca 7200 gtgacgagtg tgtgtccact atccactgcg gccttcgcag caaaaccctc cgtgttttcg 7260 aaaggattga agggaaaaca gaggtctggg taatttggtg acacaggagg cccctggcgt 7320 tctgttatct gaagaccacc catccgagtc tttcctggac aaacagaaga gctgacgggt 7380 gtaatacgta gcagatggag agatgaggag agactgaggg agagagagaa agtgagcagg 7440 agtgagagag acagagacat cagaatggat ccactatggt ggtggtcatt tggtcatcct 7500 ggtctcccat tagccacctg ggctccgagt gtttagtcag cctacacgac ggcttaggtt 7560 acatttacat tgctttgaaa gagcgcgcct gttctctctc acacatgcac actttctccg 7620 actctcttct ttacatatag atttgaatga gaacttgtac agcgattgtc cagtgtgaat 7680 agtggtgcat ttgagggggg attaagagaa tgaaggcagg aaatgttatt tattatgcag 7740 atttgttaac tgttttttca ttcgttttct tttcggctta gtccctttat taatgtgggg 7800 tcgccacagt gaaataaacc accaacttgt ccagcatatg ttttacgcac tggatacttt 7860 tccagctgca acccataact gggaaacacc catagttgct ctttcacaca catacactac 7920 aggcaatttt attgaaattt tattcaattc acctatacat gtctttggac tgtgagggaa 7980 agtggagcat cctgaggaaa ctcacgccaa cacggagaaa ctccacacag aaatgccaac 8040 tgacccagct ggggttcgaa ccagcaacat 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