Dbfetch
ID BX548030; SV 10; linear; genomic DNA; STD; VRT; 140638 BP. XX AC BX548030; XX DT 06-JUL-2003 (Rel. 76, Created) DT 26-MAR-2004 (Rel. 79, Last updated, Version 14) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-194H8 in linkage group 19 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-140638 RA Barker G.; RT ; RL Submitted (26-MAR-2004) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 8b53b5afddd6b35801287f98bbd3cd02. DR ENA-CON; KZ115213. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000117158; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; BX548030.10:1-140638; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000189053; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000193572; danio_rerio. DR GOA; A0A2R8QME4. DR GOA; A0A2R8QU31. DR InterPro; IPR000209; Peptidase_S8/S53_dom. DR InterPro; IPR002884; P_dom. DR InterPro; IPR008979; Galactose-bd-like_sf. DR InterPro; IPR015500; Peptidase_S8_subtilisin-rel. DR InterPro; IPR022398; Peptidase_S8_His-AS. DR InterPro; IPR023827; Peptidase_S8_Asp-AS. DR InterPro; IPR023828; Peptidase_S8_Ser-AS. DR InterPro; IPR032815; S8_pro-domain. DR InterPro; IPR034182; Kexin/furin. DR InterPro; IPR036852; Peptidase_S8/S53_dom_sf. DR InterPro; IPR038466; S8_pro-domain_sf. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QME4; A0A2R8QME4_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QU31; A0A2R8QU31_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-040901-1; furina. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC CH211-194H8 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..140638 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-194H8" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 140638 BP; 43968 A; 25913 C; 25928 G; 44829 T; 0 other; gaattcaaag aagcaacagt ggagctctac aagcgcagac tctgacatgc tcttctcttt 60 ccagctcaac tacgcatcac tctaccgaac ggtgagaaac tatggctgct gacagctact 120 gaagccaaca aatacattca gaaaatagac gcatagtatt tctcttctat gccttggact 180 atggcgtgat ataaactact tagtgcattt tttttatttc cttttttttc ctcataaaac 240 tcatgtcact ttaaagagtt actactggat gaatatatga tttacactaa cagatgtttg 300 actgtcgtaa ttggcagatt ttgttgcttt ttttaaggaa aaacttcctt aatattggca 360 ttttattttt taaaacaagt caatatgttt tgcttgtcta taaaaatgct tctttattta 420 agaattgtta gatatttaga ctagaaacaa gtaaaaaaaa tctaagtaag aacatttttt 480 ttatgaagta ataaaactga tgtgtttaaa tgcaccaaaa tatatatagt ctatattcaa 540 tgtaaaattg acaaaaaaat attcattttc aaaagagaga gtacttggtt atcttattta 600 tgctgagctc tgtagataaa ctgcagttat gatacacagt ttccttttca aaaaaagatg 660 ttggaaataa tggtgaatct agagtttaaa tatggaaaag catgtttcct tgaactcaca 720 tcaaggtctc gtttttgaag ttctccgtgt atgtcagaca ggtagtctgg gatgatgtct 780 aataaacagg cggacagaaa gacgcctcct gcgaaacagc tcacgaaact cagcacggcc 840 ttgtggagct ctgcagacaa agagaaacat taatcaatgc cacgttaaat tgattaatgg 900 tgctgctgat tggtgcaaat ggtgcaattt tactttaatc agcttatcag acaaagttaa 960 acaggttctg ctcttcaagg ggctttgacc cataagaaat aatcatcatt actgagcaac 1020 tgattagttt actcacaacc taaagtatta ctgtgaagtc atttcagact aacggtgtaa 1080 aaagaaacta accaaagtgc tgatgatgac gtttattcag ctgaactctg ataacgccag 1140 accacatcct attctggttt cacaagaaag tattcatgac atctctatct acagcacata 1200 aatactgaat acggtgtgat caaataaata cactcaataa atacactaca aaacctattg 1260 tagactaaaa ctctttcctc atatcatttt ttttatccgt atataaaccc atgatttatt 1320 actgaggtaa agttggtttt atattcgcac 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atttttctga tgaatcatat gttgagctgc 2220 atcccaatca tcacaaatac tgcagaagac ctattggaac ccgcatgtac ccaagattct 2280 cacagaaatc agtcaggttt ggtggaggaa aaaccatggc ttggggttac attcagtatg 2340 ggggcgtgca agagatctgc agagtggatg gaaacatcaa cagcctgagg tatcaagaca 2400 tttgtgctgc ccattacatt acaaaacaca ggagagggca aattcttcag caggatagcg 2460 ctccttctca taattcagcc tccacatcaa agttcatgaa agcaaaaaag gccaaggtgc 2520 tccaggagtg gacagcccag tcaccagaca tgaacattat tgagcatgtc tggggtaaga 2580 tgaacgatga ggcattgaag ttgaatcctg agaatgttga tgaactctgg gagtcctgca 2640 agaacacttt ctttgccatt ccagatgaat ttattaatca gttatttgag tcattgcaga 2700 gatgtatgga tgcagtcctc caagctcata ggagtcatac ataattttat tttttcactg 2760 cagcatgact ttatattcta tactgtacgt tatttctgtt aagtaacaag acttttgtct 2820 aagcaaattc agaccttact gtactaattt aataattaaa aatcaaggca tgatcatatt 2880 ttattttggt aaaatcagca taatccagag gcctttgcct ttcataaaaa acacttctga 2940 taaaaaaata ggatcaacaa gaagtcaagt tattatttgt tgttcctaaa acttggatag 3000 gcgacaagac ttttatcagg tagtgtactg tagatgtaat gacttttaca atgtacagac 3060 tgcacattct gtccccttac ccctaaacct catcagaaac attctgcaat ttttacttat 3120 aaatcactca gatttaagta ttttaagttg tttttctcat ggggaccaaa aaaaaggtct 3180 ccacaagacc aaaaatgtac tgatagtgct acatttgggg gaacatctgg tcaggaatac 3240 acacacaaaa aggatcacaa aataacaaac acaacacaaa atgtaaaaag aagtacacaa 3300 aaacttgttt ttttaggttg tgagaagtca acaaatgaaa gaaaacacag agtatactac 3360 aattgaggta aagttggttt atattcacac attctgaatt tctccctaat aatattattt 3420 cagaaagttg ttgttgttaa ctaattctga atagtggaat catattagca gccaatgact 3480 atcaaagtac aacattgaat acagtcagat aaatagtgct catgttgatt tgaggtctta 3540 tatacatgtg atttcagacc gaatattcaa agtaccatgg taaacaatat agggaacata 3600 tcactgactg aatgtgcgaa tgtaaatcca ctgttaccta aaatatacca cagtaaaatc 3660 attgaggtaa agttggtttt aaattcacac attttgactt tcttcttaat aacataattt 3720 cagaaaagta ttttttgcag atgttgaaat catattagca accaatggct atcaacgtac 3780 aacactgttc acagtcaaat aaattgtgct aatgttgttt tgaagtcata tttacatttg 3840 atttcagacc tgaatattca aagtaccatg gttaacaata tagagagcat gtgacaagtt 3900 gtcactgaac gaatgtgcga atataaaacc aactttacct caattatacc acagtaaaat 3960 caacaacaac tgctacacct caaaaataat aagctaataa tttacctgtt cccccagtga 4020 catgaaacca tttcatccgc gcaggaatga acccaaaaaa cagagttaac agcagcaggc 4080 cgaccagagc tccaactttc acctgaagca ggtaatccat cgtgactata gtacaactta 4140 ctcatataaa aatgaaacta catgtaaata aacagcagac agagaagacg ggcgcctctg 4200 tcaaacacta tctaatataa tactcataaa cacgtccatg tagagcgctg tttgtgagtg 4260 ttaagcccca taattgtgta gtttatgtta gtttagcggt tcattctgtc aaatttaaca 4320 tcttgctgct cgacacttca tgtttatcag tcgttcgctc cgccctttac gtcatgacgt 4380 aaatttccgg cttcacgtgc ttgtacgtag cgccaaggac taatccacat aatttgtgaa 4440 tttatccata atttttgaag gtatattaga ttatatatta gatatattta aacaaatgta 4500 ctatttttac actatattct tcttaggaat atgtatttgt gtatatttaa agatcaaatg 4560 tggttgttat gagccgccga acgccccctg tgggaataac ttggcatttc aatgaggagt 4620 gtgtttatct ctactgcctc cagtacagtt ttgactgcat ggcatggatc tgcagttccc 4680 ggtatgacta aaaccgcaca tgactgcctt gtgactgaaa aaaagatcta gtcatatcag 4740 cattgttctt tttaatggtg ggttgtggtt gtgcatcgtg gtttacatta catttattta 4800 tttcacagtg ggatttagaa tgaatgcaga tcagtttcaa gtagtctact tttaatattg 4860 tgcttacact ttacaacaat gttcaattag ttaatgtatt tagttataag gactaaggat 4920 gaataagact tgtagatcat ataataataa taatcatagt ttgacattta ctaaagcatc 4980 agagttgtac tgtcagtgag ctaacaagaa ctaaccgggt gttctgacat tttatcccac 5040 ccatcagatt atgctaccac tactgtattt gaacagtact gtggttaggg ttaggtaggt 5100 tagggcgata ttacagcttc atatcacact atttgacacc tggggatact catctcaagg 5160 ccccaaagac catgcatccc aagtttccca gaagttccgg gagtctccca caaatgcata 5220 gagcaggggt caccaacatg gtgcccacga gcaccaggta gcccacaagg attacatgag 5280 ttgctcacag gcctgttcta aaaaaagctc accattgcac cacataccag taagctgaat 5340 gtagtatttt ttgaagctat tctttttaaa tcacacctgc attggtgtaa aatgtattaa 5400 tgatattaag gtatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat 5460 atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatataa 5520 actaaaacta tttgaggcat ataaagtgtt ccatattgat gtttttgttt cttaccttgt 5580 taaaattatt gttgagaact attgtgagaa atcattaaca tgatcagtgt cttcacatag 5640 atgaatatca ttaatcatta ataattacaa catataatta aaagtaaatt gaaaaatttt 5700 ttatataagg agtgtgtatc aaactggtag cccttcacag tgattggtac ccaagaagta 5760 actctcagtt tcaaaaaggt tggtgacccc tggcatagag actcccggat gccagcaaat 5820 gaatgataat ctcccggaaa tcgcacgtct cctgccaggt cctttaatac atcgcacacc 5880 cctctccaca gcatcctttc caactcttca tgtacgtagc gcacaactca cccccaccgc 5940 tatttaggta tgtcgcgcgc aactcaccat cgctcttcaa gtacatcgcg tgcacaatca 6000 ccatcataac ctctttttaa acctcttttt attgtggatg ccctaagaca ggggtcacca 6060 aacttgttcc tagagggccg gttacctgca gattttagct ccaaccctaa tcaaacacac 6120 ctgaacaagc taatcaaggt cttactaggt atacttgaaa catccaggct ggtgtgttga 6180 ggctaaaccc tgcagggaca acggcccttt aggaccgaga ttggtgacca gtaccctaag 6240 acatcaaaca aacaaacaaa tacaagtgtt ctaaaatgct ttattataaa atatttcttt 6300 aatataaaac aatccatcga aaaaggcttt aagaccaaat gaaatcctct gtcagctgtt 6360 gcatctgtac tctgatgtga gaggagtctt ctttcactac tgtattgttt ttaagcagag 6420 aaaacatttt acaggtaact tttattttaa atctgggacc atatttcaca aatgaaaatg 6480 agcaataaaa tggtgtgaat catcagaagc agaccataat aaattaattt gaatatattt 6540 tggctgttgt tgatatcgag gaattttcaa ctgtattttt tttttccaaa gagactagaa 6600 aaattctttg cagttttttt ttactttaaa actttaacag attgctattt tttcgtaatg 6660 atatatgaca taataaattt gtattttaaa aattcttgtt tcaatttttt tattgcagtt 6720 taggaaatat tttagtacat gataaagagt ggttattatg atgacatctg actagttaat 6780 ccagcaaaaa aataaataaa aaatcactaa aatgcagtat ttaaatctca aagttaaata 6840 gaaacttagc catataactg caaaaaggta aactttttag gaaaaaaagc ccaccccttt 6900 cacctggcta cgggcctgta aaagcatttg gggagtaact ggtgaattta gcctacatgc 6960 tgaatcctgc atgttttgct tttttataaa tgaggcaaac gcgcggccgc aaataaacat 7020 ggcgacggcc atctcgttta tgccaactgg caaaacttct gttgttacag tattttaggg 7080 gttgcgggct gacaagtttg ggaacccctg gtttacaaca ctattttgct ccaaccaaag 7140 tgatttgaat gcaccagact tcataaatat gacttgaaaa ctcttaaata gaattactta 7200 cctacttttc tactaatttc tactaactta ttaattcaga aataagaggc atgaaatcaa 7260 aatccaaccc aaacttctgc agacccaatt gcatacactg taaatgaatt gttgtagaat 7320 cttggcagcg gttcgcctcc ctgtaaatca gtcacagcct atatatatat atatatatat 7380 atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatacacac acacacacac 7440 acacacacac acacacacac acacacacac atatatacac atatttcgag ctcactgttc 7500 agttctgtct gaagttattc tatattgtga gtgctttaca caaataagaa taaaagaaac 7560 aaaaaaaaaa caacaagtat aaatagtaaa aaacgattaa aatgtgttta aaatcagata 7620 tataaatgag aaaacatctt agactggcaa ctggtgctaa tttccttcat tatctgacaa 7680 atcctgtctg actggcagcc tcacgttaca gttttcctct tattatttta atataggtta 7740 tgtgccttta tgtttattaa aacaataaaa caattaatgc atatgctaat ataatacgta 7800 tgaaaaaatg tattttacaa aacatgtctc agcttaaagt tgacagaaaa acatatgcta 7860 aatatctgaa taaataatat tccatattta aagttgatat ccaaaacaaa aaaaatagct 7920 taagattttg tttggccgca gtaccagaca tgaccaccag gtgacctcca gtttccattg 7980 gtgaacatac aaaggcgccc cctatgtttt gaggaatatg aatagtattt tttcatactt 8040 ttgacaatat ttgtaaagta gacatgaaat 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catctgttat gttttttatt aagttttatt 8940 aagtctgcat aattaagggt gtggccactt gagtgacagc ttggtctcgc tgcttgctgt 9000 ctcctcacct cagctgattc cggctgatta gctgctgaac tctgtatata catcgtattt 9060 tagttatcag attatatggc atgctgtgtt cacttaattg caggcccgga ttggctaatc 9120 gggaggaccg ggagaattcc cggtgggcca gtccgttttt tggccgcgag ggccggtgtc 9180 cctagctcca gaatctgttg ctctcagcag tcacactttt taaattaatt tatttattca 9240 cttgaccaca atttttttat tcattatttt accagctctg ctctttttat ctattttctt 9300 gcagcctcgt gggcatcagt ctgcaggtta atgatgatac aactcagatg agtcacttct 9360 cactgtacag ctgttttagt ccagtggtta gcacgttagg ttacgacgac accgacccgg 9420 gtttgatcct cgtctgagta atttattttt ttcattttta ttgttaagac atataatact 9480 gttagagttg ttgaacattt gaagttctaa agcagctgtt ttctcaaaaa aagacgtgat 9540 agtgtaatta gaatctgaat aggaaattac cttattttaa tatagtcagt gggccggtct 9600 gaggcttgaa actccagggc tgaaaaggag tcccactccg gccctgctta attgtgttca 9660 caaaccgttc atgtggcctc catttcccag atgagtgaaa ttatatactt acataccatc 9720 tctagaaatg tatttgtttt atttaagttc 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