Dbfetch
ID BX537132; SV 8; linear; genomic DNA; STD; VRT; 132287 BP. XX AC BX537132; XX DT 04-JUN-2003 (Rel. 76, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 10) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone RP71-8L21 in linkage group 1 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-132287 RA Hunter G.; RT ; RL Submitted (02-APR-2005) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; dc2e630d2adc22f6f2bd9ad30c74076c. DR ENA-CON; KZ115746. DR ENA-CON; CT991214. DR BioSample; SAMEA3146246. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000037410; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000110508; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000110998; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000112588; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000113633; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000113762; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000115193; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000116006; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000116960; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000117136; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; BX537132.8:1-132287; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000054442; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000163355; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000176161; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000179968; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000180918; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000182472; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000183115; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000188448; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000189605; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000189954; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000191676; danio_rerio. DR GOA; A0A0R4ING5. DR GOA; A0A2R8QDB6. DR GOA; A0A2R8QH97. DR GOA; A0A2R8QS75. DR InterPro; IPR000276; GPCR_Rhodpsn. DR InterPro; IPR000351; NPY1_rcpt. DR InterPro; IPR000611; NPY_rcpt. DR InterPro; IPR001320; Iontro_rcpt. DR InterPro; IPR001508; Iono_rcpt_met. DR InterPro; IPR001828; ANF_lig-bd_rcpt. DR InterPro; IPR010651; Sugar_transport. DR InterPro; IPR012435; TMEM144. DR InterPro; IPR017452; GPCR_Rhodpsn_7TM. DR InterPro; IPR019594; Glu/Gly-bd. DR InterPro; IPR021640; Mediator_Med28. DR InterPro; IPR028082; Peripla_BP_I. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR RFAM; RF02095; mir-2985-2. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A0R4ING5; A0A0R4ING5_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QDB6; A0A2R8QDB6_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QH97; A0A2R8QH97_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QS75; A0A2R8QS75_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; F1Q682; F1Q682_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-020125-3; gria2a. DR ZFIN; ZDB-GENE-040822-12; tmem144a. DR ZFIN; ZDB-GENE-041121-4; med28. DR ZFIN; ZDB-GENE-080221-1; npy1r. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC RP71-8L21 is from a Zebrafish mixed sex BAC library CC VECTOR: pTARBAC2 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..132287 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="RPCI-71" FT /clone="RP71-8L21" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 132287 BP; 43359 A; 24100 C; 23090 G; 41738 T; 0 other; gaattcactt cagtgaagct tcttaaaagc atctgtgctt acattaatta acgcttgatg 60 tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgcgtgtg 120 tgtgtgtgta tgattctgtt gttcaacagc tgttgtcact cttctgtcca aatgaattgg 180 tctctcaagg taagcacata gcagcagtgc ttgaggaaac acaaacaaac acctgcaaaa 240 tttccaaaat agcatattgg agtgttcaca caatgccacc agccatattg taatgtgact 300 cgtattgtgc acaacaggga cggggtggaa atatgtctgt tcctaacctg catgagtttc 360 tttcttcagt gaaacacaag agaaatgttt tcgtcagcac aatgaaagcc agcagggtca 420 aaaacaatac tggaccccat tgactttcat tgtatgtgga aaactgaaaa ataaatgctt 480 gtgctgtttt tccaaaacct ttaaaaataa ctttattcaa gttttaaaat gtaatgaaca 540 gatttacaga tacaagactt acatttacac aaacttaaac gaaacgaagt atgttcattt 600 ttagattgtc aatttaaatg gcgcagtagg tagtgctgtc gtctcacagc aagaagatag 660 ctggtttgag cccaggctgg gtctgttggc atttctgttt ggagtttgtg ttctgacgtg 720 ttaacatggg ttccctctgg gtgcttcggt ttcccacaca gtccaaagaa atataggtgt 780 ttgtgtgaaa gactgtatgg gtgttttcca gttgttgtgt ttcagctgga agggcatccg 840 ctgcgtaaaa catagctaaa taaattggcg gtggcatccc ctgattaata aaggaactaa 900 gctcaaaaga aaatgaatta atgaattgaa atgtcattta acactggtgg tgttttttta 960 atatatttta tatatatatt acttttttaa ctctcagatt catcttaaat atgaataaaa 1020 atattttatt atacaatcaa cattatgaag acatcctaaa tccaccaata cttcatttta 1080 ttttcatcag attactttac ataaaatttt ccccaaaaat aaatactaat attagatgaa 1140 aatttattat cattattagt attattatta ttatagtaat aataataata ataatagtaa 1200 taataacaat gatgatgatg ataattatta ttattatata attattatta ttattcatta 1260 tatcattata tcgttattca ttatattagt attatacatt tatttttact cctaaacaaa 1320 taatagatga acatacattt attaattttc cttcggctta gtccctttat tcatcagggg 1380 ttgccatggt ggaatgaacc gccaacttat ccagcaaatg ttttacacag tggatggcct 1440 tctagctccc tccaaatact ggaaaacact catacacaca tgcacacaca tacactatac 1500 ggtcaagtta attcaattaa ccgatagctt gctgtgaggt gacagtgcta ctgagccact 1560 gtgccaccca tgaacattca ttaatattat tattgttatt attattatta ttattattat 1620 tatattatta ttatgcatgt gtgggctatg ttttacacgt gtggttataa gtgtaagttt 1680 ttcatggggt aaaataattt attaataagt taatagttaa tgattatttg atatcaaata 1740 acaatgaatg aataaggaaa aaacatacat acagacagtt acatgtaaat acagtaaaca 1800 aatgaatgta tggtactgat atacaaatac atccgttaga tagctgaaaa tattagttta 1860 aaaagttctt tttttgcatt catcaaatat atatatatat atatatatat atatatatat 1920 atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatat atatatatag 1980 ttgaagtcaa aattataagc cccccccccc cttttaattt ttttttctca tttttaattg 2040 ttcccaaatg tttaaatccc aaatgttgtt taacaaagca aggaaatgtt cacagtatgt 2100 ctgataatat tttttcttct ggagaaagtc ttattagttt tatttcacct agaataaaag 2160 cagttttaaa ttttttaaac accattttaa ggacaatatt attcgcctct ttaggctatt 2220 ttttcaatag tctacagaac aaaccattgt tatacaataa cttgcctaat taccctaacc 2280 tgcccagtta acctaattaa gttaagcctt taaatgtcct tttaagctgt ttagaaattt 2340 taatgtggtg atatcattag cccataaaaa tttcctgcct gttgtaaaac tatttcaact 2400 gtaacaaggg gcaatacaat aataacttta cgttaaaacc cctaacatag gattatttat 2460 aaatatgtgg actttgttcc acatttaatt gtgtttaatt gttctatgaa atgattgtgt 2520 aattccttta gtagaatttg tctccacctg attttcggta aaagctaaaa ctgtccattt 2580 aaaattatgg ctttaagtca tgctgtgtag ataaatgtac accgtttagt acataaaaaa 2640 tttgttgaat aaaatgtaag gacttttatt tctttatctt tgcaaacctg tcttcccctt 2700 tgaaggattt gaatcatttt ggtgtttgat cctcaagagc agctgagctg gttgtatatg 2760 aaaataatga gctgggtctg tgatttgggc agcacttcaa aggctcatgc aaaaaccgtc 2820 tcctcatttg tgtcttcctc agagaacctt attaaacatg cagcatgctc acactgcttt 2880 ctgttgatgc tccagacatt tccatgtaaa ttataatcac ctttggcatt ttctgacaac 2940 aatatctgta tataacctcg tgttcaatca aagagctcaa tggatctagg tgtatcgata 3000 cagattcaat aagaatcagc agacaataaa atcattaaaa ataaggggat gtttgcacat 3060 caccacatat cacagctgga tggaaccaac agcggcacta gagtctgagc tggacagaag 3120 aggcactaga gatgctcaaa cgagggtctg cgtgccaacc tttcattttt tagagtgtat 3180 aggttgtgat atcatcattc atttttaata tatactgtta aactgatagg ccctgaataa 3240 cttctactag gagtgtaatg cagcatactt gccaataata cattggtgtt tttcacccaa 3300 aaatgaaaat taccccataa tttactcacc ctcaagctat tcacagtgta tatgattttt 3360 ctttctgtca ggcaagcaca ttcagaattc catggtacat aatggcattg gatgacttct 3420 atgtgaagct tcaaaaatca gcatatttca aatccattgt ggatatatgt attcaacaaa 3480 caatggtcag gtaagcaact gtccccaggt gagaagaaag tgtacttaag ttgtactttt 3540 tttggacata cttatcatat tttaatttta ctgtagtagg tggatattaa atgtgttaat 3600 ttagaacaac ttcaagcata ttaattgtta ttttatatat atttaagatt aactttaagc 3660 tatttgaaat atgttgtaac atacgtattt gtgttaaaat gaacatactt tgagtacaat 3720 taaagtttac ttttaaaagt gtattttatt taaagtgcat tttaactata cgtatatttg 3780 aaatatagtt aaagtatatt ttaaacacag ttcaaatata ttttaagttc agataaagtg 3840 tatttttagc ccagctgatt gcattattaa aaccaattaa agtatagtaa aagtccagtt 3900 gaagtatact ttaagttcag atgaagtatc attgaagcac agctgaagtg cattttaaaa 3960 ctagttaaag tgttgtttaa gctcagtaga agtatatttt aagcttcaca ttaaggtgtt 4020 attactatgc ttactataca tttacagaga actacaagac ctactttatt ttaacaaaaa 4080 ttaactaaat tatttaggag aatgtatttt aattatatta aaaatatgcc ataaaagtac 4140 tgtacaatac aaatacaaat aactgcatgg tttttgaatg cttgaaaact gtaattttca 4200 actttttcaa atgacaacta actttgtaaa atagtgtgat ttacaatatt ttaaaataca 4260 ggctaaagca tgctcatttg cagtatttaa aatatgtttc atcattatgt ctaaaacaat 4320 tacaaataac atgtatatac tttaaacaca ctcaaattgg cactgtttca caatgttctt 4380 atacaaagaa cacataaaac atactttaag aaaaaaaaaa ttagtgtgtt ctctgtaaat 4440 acattaaaat gcatagatag tatgcttgag atccagcatt gtttttttaa aaagtgcaat 4500 tacgcatatt tttttttttt accaatgtac ttgtagtaca cttgataata aatacattaa 4560 aattcaaacc aacacattta gaatgcactt taaattattt gtgctaattg tgctcaaaac 4620 ctactatcta catttcaagt acatttgtaa tatatttaag agcacttctt tttcacctgg 4680 gtcaacacag aaacaaacag atgtatacgg gcaatccaga gttgtggaca atacacagtc 4740 gaatgatcaa aaggcaggca gcagacaaag taaaacaaac aaaacaaagc aagggtcaaa 4800 cacggaaggc aaggaaaacg tatcgcaatg ttcacagtac agataaacaa gacttagccc 4860 tgatgcgagt gttttgtttt taaagtcaat gtaatcagta cttgacgatc ctctggctgt 4920 gtgtttgtgt gtgtgcaatc agcagaatcc agaagaggtg catgtgagcg gtgtatgact 4980 gaatctgtag tccatataat ggcacatttg tagttctctg gcgatctgca tgttttctag 5040 tgacctgaca ggattagctc gctggtgatt gtgccaatta attttcctct ggctgagttt 5100 cttatttatc cggggttaac aaagtggaat gaaccaccaa ctattccggc gttcgtttaa 5160 agcagcggat acccttccag cagcaatttc tagcaacctt tttgctgtga ggtgacagtg 5220 ctaaccactg agctgccatg tgcatatcaa tataggacaa tacgggcgag gcagtggcgc 5280 agtgggtagt actgtcgcct cacagcaaga aggtcgctgg gtcgctggtt tgaacctcgg 5340 ctcagttggc gtttctgtgt ggagcttgtt ctccctgcct tcgcgtgggt ttccttcggg 5400 tgctccggtt tcctccacag tccaaagaca tgcggtacag gtgaattggg taggctaaat 5460 tgtccgtagt gtatgagtgt gtgtgtgaat gtttgtgtgg atgtttccca gagatgggtt 5520 gtggctggaa gggcatccac tgcgtaaaaa cttgctggat aagttggcgg ttcattccgc 5580 taaggcgacc ccggattaat taagggacta agccgacaag aaaatgaatg tatgaatgaa 5640 tgaatgaagg aatgttcgac aatacaattt ttatgtttct gtgagggaca ggttcagggt 5700 tgggttacat gttaataaaa ctaaatttat tgattaattt aacatttaat ataaataatt 5760 cttgttaact tttgaccaga gctgtatccc ttctagcaac aaccatccat catcaactaa 5820 ctggccgaaa aaaaacattg tatacactga ggatggcttg agggtgagta aataattaat 5880 tttcattttt cattttggtg tgaactattc cttcaagttc accattttta gacaaactgt 5940 ggcaagctcg tcagcaaagt aattagaaca tgattaacta aacagtactt aacgtgatta 6000 attaagcatt cgttttttaa ccatataagt ccatctttgt gcagtggcat gaaatagatg 6060 aattttccct tagatgaaga ttgtgccagg aacagcacac tttatcttac ctcctgacat 6120 gcacagtccc tccacacaca aattcacaga cacagatgta gagatttttg atatctagac 6180 atattaattt aggaaacact tcctgttctc agcctgcaag gaatgattca aaagagttca 6240 gttactctca aagagacttt atcgattttg tacaatcaat aaatattaaa tcttacaatg 6300 tctgcttctg ctttgtgttt tcactcaatt aatgtgtctc tcacaaactt atatttgtga 6360 gtgttgagtg tttcttcaat atatgtgact ctggactaca aaaccagtca taagtcctaa 6420 tttgttctta catcgcctga aagctgaata aataagattt ccacaacttt aacatagaca 6480 ttgagtgcat ttttattaga tatcactttt aaaacccagc caaactgttc acaacagtgt 6540 ccaacacgag acatacctgg atcacatttt aaatgataag cttattacga aatttaatag 6600 tgaacatgcc attttaaaca ttgtgtaata acattctata ccacttcatc caaactaatt 6660 gaaagatatt ctgtttgcga gtgtatttgt tgtattacaa gtttattttg taattatttc 6720 cttttcaatg ctttacgtat ctaaaatgcc gtggttgtgc actggtaaga agttatgcca 6780 actttaagat ttctttagaa tttagatctt tttctcttta ttttattaat ttcatgacat 6840 attttaaatc tagttgtgtt ttgcatgtac tccccgtgtt cgcatatatt tcttctgggt 6900 gcttcggttt cccccacagt ccaaacacat gtggtatagg taaattgaat aagctaaatt 6960 ggttgtggtg tatatgtgtg aatgcaagag tgtatgggtg tttttaagtg atgggttgca 7020 gctggaaggg catctgctcc gtagaacata tgctggatta gttggcggtt cattcctctg 7080 tggtgacccc tgattaataa cgggactaag ccaaaaagaa attgaatgag ttgtgttttg 7140 gttaaacagt tacagtatgt tatgtaactt taaaaccatt ttattttcat tgtataaact 7200 atatctaagc ataatcactg taaatatgta tataaacaat ttcagaaatt aatgaattaa 7260 ttaatttccg ctatttgctt aagtgattgt gtcttaaagt aaatttaatt atttatttta 7320 acaaacaaac aaacaaacta tagccattat agctaaacat tttaaagctc tccactgcac 7380 aacagattta cacagttttc acatcaaaat tagtataatc actgtatgat taaactgtaa 7440 ctaaatgcac tacagaatgt tatgtttaca aacacaaatt acatgtaaat acataagcct 7500 tttacagtgt aaaacacact actcactatt cttgagtact tttataaggg ctatttttta 7560 gtcacactgt gagtgatatt tacaacagat acttttactc tactcgcact ttattttggg 7620 gtaaataatg atacttttac ttgagtatga tgtttcagta ctctttcaaa tgtatttccg 7680 tagttcatgc aataacttat ttgtttcagt tttagactaa agtagtgcaa gaatggtttt 7740 cagaaagaat gttttaatat tcagaatcct agaatgacta tgttaacggc tataaatctg 7800 agtggacctc tgtaaactgt acagttcccc agggctcagt ctgtggaccc ttccggtttt 7860 gtctatttgt catttttaag ctataaaaac aaaaattaag tctataatta aacataacat 7920 aaaacataaa tcagtgcatt gctgaaaaaa gatttcatgt taactacagg ctaggaatta 7980 tttagggtca tataaagggc aaattaccat taaatctcag aagggagcga agtttttctc 8040 agatgttttt ttttccaggt gatctaaaat 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ccaacctctc catttcaagc gttcacaagt 8940 agggctaggg gagttttgga gaggggttaa ctacaaatga agaggtatga gaaatttccc 9000 tgaatacacc agctacagca acaacatggc tgccctgtga gcaaggaacc ccacaattgg 9060 aagtattttt tgtcgttgat atactttttt tctcttacta tctcttatga gaaagtcctg 9120 acacattttt aattattccc gagaacatga cagaatgcac agtactattt tgtgcaagtg 9180 caacatgatc cacaagctga aaacaaacaa catttttaaa aagaccaact aaagtgcaaa 9240 acaactctgg gagtgaggta aacattactg taactgtgcc ttctggaatg actacagcac 9300 tgaaggcttg acttatgatg acgtttgtgg ttgtagtgct gtcccatttc tttaggaaat 9360 ttttgatccc tacctctttg aaatttgatt caatggccaa agggaggaga tatttattta 9420 tttatttatt ttcattgtaa tagttttact taaatcttta cttgtttact ttaggaacta 9480 ctggcgatgc agtggcgcag taggtagtgc tgttgcctca cagcaagaag atctctggtt 9540 cgagccttgg ctgggtcagt cggcgtttct gtgtggagtt tgcatgttct ccctgcattc 9600 gtgtgggttt cctccgggtg ctccggtttc ccccacagtc caaagacatg cggtacaggt 9660 gagttgggta caggctaaat tgtccatagt gtatgagtgt gtatggatgt ttcccaaaga 9720 tgggttgcag ctggaaggta atccgctgca 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