Dbfetch
ID BX322785; SV 6; linear; genomic DNA; STD; VRT; 176602 BP. XX AC BX322785; XX DT 04-APR-2003 (Rel. 75, Created) DT 31-JAN-2004 (Rel. 78, Last updated, Version 9) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEYP-78B1 in linkage group 24 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-176602 RA Beasley H.; RT ; RL Submitted (31-JAN-2004) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 4fa1faa2679afb03cc26fbc17056918e. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC DKEYP-78B1 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..176602 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKeypilot" FT /clone="DKEYP-78B1" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 176602 BP; 54475 A; 32086 C; 32840 G; 57201 T; 0 other; aagcttaaag ggccatgaaa cccccttgtt ttagcagggt gttttcacac ctctactttg 60 gaaaaagtca gaaaagtggg cgtgtccagc tctgtttagg ggggagtgtc ggaggaacta 120 aagtgggatg gtgtgggagt gtctatttgg gcacgcgtga gtttcagagt caaaataaac 180 acacaggaga aagtgatggt gtttaaccta catggacatc tgtagtggaa ttatttgcca 240 aattattaaa tggtggactt taactgcagt ttggctcttt gattcaggga attcattcat 300 gcccctcgcg acaaacgaga tatttgattc gaggagctgc tctaagcgtg tatttttcat 360 gcaatgtttg ataccgcacg gcgaataaaa gaaaaaaaac ctccgcattt cccggaaact 420 tagatgcaca cggcaggtag tgtcagaaag ccgcgtgtgt tattccggtc acaaaatgcg 480 gtaaaaaccc tacacgaggt taaagtttgg ttgtggtgct aacatgttta cactcggtgc 540 aatagttaac ttagttcgat acgaacaaac tgaataaaca aagagcactg gtcacccact 600 taccaaatct gtagagacag gacaatcacc agcaactaga gctgcgtctt tatttagaga 660 agactacaag cgaatccgga tctcagcgtt tgcagatgag aacagctctc aggtaaacaa 720 tattctaatt ctccttagac acgtaagtta ttgttgtcga gcgtcgcgta cactgttaat 780 ccacacatga ctccagctga gctctcacag agagaaaatg aaaacgaaac ttaactgcag 840 caaactataa aagcaactct tcacgcttgt tttgccaaca caacgtggcg tctctgtcgt 900 gtaaacacgg tgacagtaat gaatattaat gaagttgcac aatagagcgc gctgattggt 960 ttgaaccaag ctttactcat gcattaatgc aacacactgt aagacgtaat aagacacact 1020 ctggtacaga cgtccagtct gcacgctgga atacacgcta ttatctcatg accgtgacgc 1080 agcttcaaaa attcgtttca aaccggaagt acgaatttgc ttgaaataac gcaaaaacaa 1140 ccaatttaca ctttttagtg aaatataggt gtcctgatag tgtttttagc agtgtgggac 1200 acatatacga ctgtcaacag ctcaaaaaat gtgttttggt gtttcgtgac cctttaaaga 1260 ccatggcctc tagtgtctgt cactagagca cctttagagg ttcagaggag tgaggtttac 1320 ttgcaaagca cctactagct gtcccccgtt acactcagcc cccctaaacc tcactcccac 1380 acaggtcatg gcaccaatgt agccccgcca gtcctacacc atccaacccg ctccgagctg 1440 gtatcgaacc ggcgaccttc cgcaagggag tcggttgctc taacaaggag gctaaagacc 1500 atggcctcta gcgtcccccg ttacagattc agtttaccag aagcgcttga acagggttac 1560 tgaaaatgaa acgtccgtct gcatataccc cgctggaagt acatcaacat acttaaatag 1620 aagtcccagc aacgtccggt tttacaaaag ctttaaactc tctttttaac aattataaat 1680 gtggcatttg agccggaaaa actacacaat gttttacaga aaattctagc aattttatgt 1740 ggccaacacc cacccaaaat aatgtaaaaa aagacaaatg tacatttctg ccactggttt 1800 acctgactgt atgagtttga actgtctgtt tttctcctct tcaatcttct tcctgtaatc 1860 tccggagatg gctctcatca cctgcctctt cttcaccagg ggtgctttag agctgcgcag 1920 tgtcttcaaa gcacggctcg cttcttctcc taaagtgaga catattgaat gatgggtgtt 1980 tttaaatcca gagtttgtgc aagagatgtg tatatataga tgtatgtgca aacactcact 2040 ttgtttactg gatgttttct gagttctcaa gccgagctcc agctgttcaa tgcaccaatc 2100 caactctcga ctcagctgct catctggagt ctaacaaaca ggttagttat ctatacatgt 2160 tatataacag gttatatagt catcggttgg cccacacaga acctgcagaa atctgcagat 2220 ttacagccca tcgtggagtc tatttagtta cttgtgtaaa tgtgtgtaaa tttatattta 2280 ttcagttttt tttttattaa tttcagtagt attattgact aatatgaaaa tgttcatctg 2340 attgatttag aatagatttg tacagtagag aaattatatg agggacttgc cttgtttacc 2400 acataagtgg acctaactgg atttgcattg taaagattaa ataaaaagtt taaaatttat 2460 tattattttt atttaataaa ttaagttttt ggttatgata ctcccaaaat cattccgcat 2520 aaatccacat attttttaca aaattctgcg cagaaatagc taaaaatatc cgcagattct 2580 gtctggccct attcatcgga agggagtcca gtccaaccgc gggaaaatgt aatgggcgtg 2640 gccaacctgt gacctcaatc aagattgacc aatagaataa ggtgtttcaa aagatccagc 2700 ccactgagct gcagagtttt caactcgcaa gcaaagattt tagatccgca aaaatgaaac 2760 aaaaccgaaa gcaaaatgaa tgagcacaca attaattaat ctggtggtaa ctgcataaaa 2820 tggcgatagt ttattttttg cagtgtgaat ttttttaatt agcgctattt aattgactct 2880 gaacaatgtt gtactttaat agtcattggc tgctaatgtg agtttgcaat gcatactttt 2940 ctgtaaaagt ctaaatgtac aaatatgaaa caaactttac ctcaatgttt tcataaagtt 3000 tgcagcaaat tctgacccca ccatcctagt gctgtagcac atttaggtaa agttggtttt 3060 acagtcgcac atttggactt aaaacttcca aatataactc cagaaaagta tttttgaaaa 3120 ttctaaatag ggaaatcata ctatcagcca atgactatca atgtacaaca tcgttcacag 3180 tcgattaaat agtgcgaatg ttgtcttcaa gtccttcata catgcaatta tagacccaat 3240 attcaaagta gcatgtcaca aattgtacct ggtcaaaaat aaatgaatgt gcgaatataa 3300 aaccaacttt atctctagca cagacactct gtcagactag aaaaccaatt ttctgcatgt 3360 tttagtaagc ctttgtgaat tgtagcctca gtgctgtttg ttgttactgc tgtgtgagag 3420 gttactgcag gtgtacctaa taaagtggcc aaagagcaca ttcaagcaca aaataatgcc 3480 caaatcaagc ataacgtagg ctgatatttt taaatcttcc ttgttagcaa tgaaaattaa 3540 tgtgtgcttg ctcagttgaa atagtatgta ttatgtatgt gcttacaagt tcagaggttt 3600 cttgtttggc tgtttcccct tctgtggttt tagtctctct ctgctgatcg tcttttccct 3660 cacctgcttt ctttttcttc ttcttcttgt gttttttagc actggcagaa gccacagagc 3720 ttggagttat ggcggggtca gcttctccac tctgggcatc cgtgattttc tcattttcca 3780 gcattctggg gctttctatg aatcatgaac aaaaagacaa caaatccaag gcaacaatat 3840 aaacgtaaag tcatgcagta aaagtattta aatatataat gtaaattaaa agtgccaccg 3900 aactgttctg ctttacacaa aacatcctac ctgttccagt tgatacccct gcataagttt 3960 tattcgtctg aaaaaacaaa ctaaagagta gtctatgcca atagtaaaag acacaaaaca 4020 gcgtaaatta agtgtttaat gacttttgct ctaagtttta tatatttaaa tatattctag 4080 acactgaaag tatgcatgtg tgaatatcgc gaatttgtgc agcgttcaaa tagttccgct 4140 gataacaaat tcaccctttt aaaggttccc actgcagcgc tttttaatta aattcaccgt 4200 ctctaggcaa tgataacaca aagactcgta caatagttga tctcaaaatc attgtattgt 4260 tttacttagt cgtttgaatg acaactgtcg tcgctatatt gttttaatta tgttttgtat 4320 tgtcaatcaa aaccgtgaga atgagaagaa cctggcggta atgaaaattg ttcttacata 4380 atcgacacca aactggtgca gggcgaggaa aggattttta aagcatctaa aaaagatgtt 4440 tcacttttgc ttgttgatta cacgttcata taaagacatt ttaattgttt aaaaaaagtt 4500 tctgatttat ctattaaggc tgatcaaaat tagcttttat aaacaaacca gtctctttac 4560 tgttataaat actaaagaag ggttaaatta tacttgttct ctcttccagc caatgagagc 4620 atatgtgggc gtgtctaatg tacgtgcaga cgtcactgac tatataaatg tagaggagct 4680 cgtactgcgc gtgaccgacg ttccttgttt tggctttgac ggattaaccg aaacagaaaa 4740 tcgtaagtat cgataatgat tgatcttaaa cttactaatc acgtctaatg tttctttcag 4800 cttactaaaa atcagttatt tagaatattt gagaacaccg acagcctttc cagctcgttt 4860 tgtgtgttta aattcgcgga tttagatcac ttttcgtcgc ggtagcaaca agctaagcta 4920 acaagcgcgc ttttatattt actcgagctt ggtctctgta gttatttaac caattttagc 4980 ttaaattggt actttaaacg catactctga taaaacgcgt cgtttgttca aattttaacg 5040 gttacacgtg gtgttattga attgtcggtg tagacaaaga aaaggctgta attggtgttc 5100 ttgggcgcca tgttacacgt aaaggcagaa acgtgtctgt gtctcatcct gagatggtgg 5160 acttcaaaac tgcataaata cgagtttcta tctcatcgat ttactgttgt tttttcgccc 5220 ttttcgcaat attttaaccc aaatggggtg tttatgtaat actagtgtgc ctgaatagtt 5280 gaatgaaccc gaccgccgct taagatattt gcctcctggc ggtctgtgtg tgtgtgtgtt 5340 gaataggagt ctgttgagta tccgtgtgtg acccagtgtc ccactgcgag atcttcaggt 5400 tatctattct acacaacaac acgcgctttc tacttgttta tatacatagt taacacttgg 5460 ttgcacttta aaagcacatg agacgccttt tagagtggcc agccagctca tttatcttta 5520 acgtcacaca tttatatttt aatctcttta atggtgcccc catgttgtaa agctcctagc 5580 tggtaataaa ggagactgag agcctcgact tttaatgttt gactgtagta ttattattat 5640 tattataatg ggcgggacga ggaccggagt tttgttattg attacgtcag cgcatgtgga 5700 agtccccgcg gctgtgctgt ttctcttatc ggctcttgtc cctcattcag gccgcttcat 5760 tgaggtgcca tggcacgtac aaaacagacc gctcgtaaat ccactggtgg taaagccccc 5820 aggaagcagc tggccaccaa agcggccagg aagagtgcgc cctccaccgg cggagtcaag 5880 aagccccaca gataccggta aggcaaacac cgacgcacgt gtgtgtgtgt ttatacacat 5940 tttttcatga gcatttagag cgtatatatt atatacacgc acacataaca tttgaagtgg 6000 atcagcagag tctttaagct attcaacaca tttagagaca attcttgaaa aactggatgg 6060 aaaaaagtca acattagaac ttttatattg tacatattta gcagtgacat tattggagta 6120 tgtaaattag agtgagtcac tgaatagatt taatacatag aagaaatccc aaacaaatta 6180 gtattttttt ttttcatatc tttatcaaac ttcattatgg actgcgtttg acaaatctga 6240 tgtaaagctg gcttaatatt cgtttaccgc aatattttaa atatgcagtc tgaaatggca 6300 ggtttgtatg tcttcagaat aacattagca cggtttaaac gaccataaac gatgttatag 6360 gctacgttga tagctgtaca tttccagatt tagaattggc aaatgttatt tttctgaagt 6420 ttatattatt gagtcagaat gtgcgaacat gaaaccaact ttaccttaat acgatcggcc 6480 tgggaactgc caactaactc agcaagaaaa cattcatttt ttacaaggct ttaaaacttc 6540 acatcttcaa caaaacacta cacaactaaa gagtaaagga cttcaattaa ttaaattaca 6600 ccgaatacgt agctcataac atgtactccc ttttagatca aaatcatttt taatttttct 6660 ggtgttcaac attttttgga gcaaatcgaa actaggtctg aacaataggg cagtcaaaca 6720 tttgatgcaa taggccgaag actattcaac acattattct tggtttggga tcacttggaa 6780 aaaagtaagg ctgaagaata cagtagtcaa catttgcagt ggttaaaaac cattgttaga 6840 atggtcctgg ttttcaccac atttttggca caattttaaa aaatagggct gaacaataca 6900 gtagttaaca tgtaaagtgg attgaaactt ttcttatcct aaaactgttt aacacatttg 6960 ttttgggacc attttgaaaa actagggttg tacaatactg tagtcaacat ttgatgcaag 7020 tcaacctcag tcctaagact atcgaacaac acccattctg gtctttggaa aacttaaatc 7080 tttattttta tttatttttt tgatccactt taaatgttga ctactgtatg ttgtatgagt 7140 atctattaca atgtgtttct gcaatagtca taagacagga ttgaatataa agaaaataaa 7200 tgcattactg tgtaaagttt acattttgat tgttaatttc tttttttttg agtactgtca 7260 gactccacac aaccttatag tgtttacgta acttgtattt tttttatctg tgtttgtata 7320 tgattgtatt tttatatata tattttatgc agatcacccc aattgatcca agttcgttta 7380 gaatatcttt ccaaatagag ctaatcaaat ctagtaaaac tgtattcata tcgcaatgta 7440 gattgcagca aaactaagca ttgcagtgtg agatttgtca aatatcatgc tgcactgaca 7500 agttgatcca tttcatgttt actactttac atgtaaatct acatgtgtat acgtacaaac 7560 gcatacatat ggctcatgca ctaaaagtac atatgtttca tagccatatg ttggtgtgtg 7620 tactatacat gtacgcattt ttggatttca tgcgtgtata tatactccat gttttataag 7680 tgtatataat gacgtgcata taaacttgtt gcatataatt gtgtaaatgt tatgtttgtg 7740 tacgtttgaa tatgaacatg cacttatggt ttgtcaggtg tttatactta ttaaatgtgc 7800 aattttatac aattatacag ttatatataa tttttttgta ttagttattg tatattaaat 7860 gtatgtaaat gtattgtata ttgaataatt tgaatagtgt gtatgattta gggtgtctgc 7920 attgtgtata aatggtattt caccataata taaataagca ttaggcatat ttgtggtttt 7980 aagtgtgtgt tttatatagg atttagaagt aaacaaagca tttattctta atgttgcttg 8040 gacggactga tttatttttt aatgcacaaa 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