Dbfetch
ID BX005387; SV 7; linear; genomic DNA; STD; VRT; 152617 BP. XX AC BX005387; XX DT 01-JAN-2003 (Rel. 74, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 15) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-97G16 in linkage group 7 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-152617 RA Heath P.; RT ; RL Submitted (05-FEB-2004) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 9b1de3c818342d0d8e925f4d5246923f. DR ENA-CON; KZ115690. DR ENA-CON; CT994520. DR BioSample; SAMEA3146246. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000021494; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000034568; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000112035; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000112985; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000115483; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000115592; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; BX005387.7:1-152617; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000028236; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000041833; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000145426; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000180359; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000180500; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000185399; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000188469; danio_rerio. DR GOA; A0A0R4I9B7. DR GOA; A0A2R8QQR0. DR GOA; A0A2R8RXL3. DR GOA; Q6PHH5. DR InterPro; IPR000504; RRM_dom. DR InterPro; IPR000536; Nucl_hrmn_rcpt_lig-bd. DR InterPro; IPR001628; Znf_hrmn_rcpt. DR InterPro; IPR001723; Nuclear_hrmn_rcpt. DR InterPro; IPR003653; Peptidase_C48_C. DR InterPro; IPR012677; Nucleotide-bd_a/b_plait_sf. DR InterPro; IPR013088; Znf_NHR/GATA. DR InterPro; IPR019388; FIT. DR InterPro; IPR035500; NHR-like_dom_sf. DR InterPro; IPR035979; RBD_domain_sf. DR InterPro; IPR038765; Papain-like_cys_pep_sf. DR InterPro; IPR039067; HNF4A. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A0R4I9B7; A0A0R4I9B7_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QQR0; A0A2R8QQR0_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8RXL3; A0A2R8RXL3_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; Q6PHH5; Q6PHH5_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-030131-1077; hnf4a. DR ZFIN; ZDB-GENE-040801-51; rbms2b. DR ZFIN; ZDB-GENE-050508-5; fitm2. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC DKEY-97G16 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..152617 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-97G16" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 152617 BP; 50196 A; 26720 C; 26988 G; 48713 T; 0 other; aagctttatt tgcactgcaa ctgatcatca acagtaaaaa accagcagca atcaagaatg 60 catgattata tggtgtcatg gatttgcaat caaaaaaatt tccttataat ggaagtcaat 120 ggggcaaaaa cagccactaa cagaacaaaa aaggtagata atttgctcag ggtgtatttc 180 cccaaaataa gatttgtcac caaaaattaa ttccatttgc tgaaacacag agaaagtaat 240 ggccaaatga agacacaaaa ttttctcagt gtggatgaaa agatcctgaa cagcacatga 300 gggttaaaaa aacaatacat tttttaatta cttttattaa tattgagaaa ggtatctata 360 actatacaaa caaaaatatc caaaattata tttatattta atatttttcc taggtttaac 420 atatttccta ggtatataca ttctaactta tcacttgaga ataaagactg aaataaaggc 480 agctttacca tcacataaat aatttacatt ttaaaacata atagattttt ttaggggggg 540 tgggggggca ctagaattcc tgttttagtg ctgtatttcc actgctgaag gccaaactgt 600 ttatcatctt gtatacatat gcaaatcaat agctcagtga ccttcatttg tccaaaaaag 660 ctcacaggct ctgcaaactc tcattattct ccctaaaacc caattttctg atattaccca 720 agctcaaatc aactgcaaga ctgaacccaa atgaactctt gccacatcat aaataattcc 780 cgaaaatgga gatatacatt tccagtgctg ttttgatccg agatatttct ttgagaacac 840 ccagcatggc tttaatcatt aaaatacaca aaacgtgtaa atacgtctcg acgtattaaa 900 cgctgtgcca acactattgg aatgtggcac gtaacgctta tccaaacata aacaagagca 960 aatgccgaag acctgcagac agaaaactgg aagcgacgca gtggtcaaac aaagaaagca 1020 gagttttaaa catctcttct cccacattta aacactcatc tgaactgaga taaacagtgt 1080 cggtgatgct ggaggagatc agatgactta ctgctggatg actggcttct gactcatcat 1140 cccaagtgtc ttctggcctt cgtcggctac acgttgatcc tttgcctaca ctttaatgag 1200 aaaatggtta aatggcaggt gtggttaaga atgtattctc gtaaaaaatt tggtgacggc 1260 gtttcaggcc acagccacaa ccatcacaga catcggctgt cctaaatgac gcagtgtgta 1320 cacaagtgtc tagtgtagca agtttatgag gttattttgt atgccccacc cactctggta 1380 agaaccgaat ttaagcagtc gcagttccat cataacacac tctgtttttt ccagttaatt 1440 aaataaatca tcatggcatt aatgtgctgt ctggaagttt ttcattattc ttaacagtat 1500 acaaaaaagc atgtaatata tgctaactgg gacataccaa ttgcctcact ggtctagtac 1560 ggtggctgag atggctcaaa tgtgctgcaa gatgagaaaa cacatgctaa aataaaactt 1620 taacaaactg agaaaagatc ttcatcagtt tgactaaaca catgtactca aatttggaca 1680 acacatgcaa atgcagaaat gcagtgcaaa tagcgcagac cacaatgaaa atgtgtctgg 1740 agacccccaa ttgtgacaat gctgacagct tcatgttaaa ggggtggtcc actacgattt 1800 catattttaa actgtagttg atgtgtaatg tagctgtgtg aacataaaca gcatctctga 1860 atgtaagacg ctcaaagttc aatgcaaagg gagatcttgg tttttacaga gttagcttag 1920 caaagcttgg catttctgtg tggagtttgc atgttctccc catgttggtg tgggtttcct 1980 ccaggtgctc cggtttgtgc tatgggtgaa ttgaataagc tgaattggcc gtagtgtatg 2040 tggatgcaag agtgggttgt ggctgttagg gcatccgctg agtaaaacat atgctggata 2100 agttggcggt tcattccgct gtggcgaccc ctgattaaaa aagggactaa gccgaaaaga 2160 acaaaagcat ctgctaaatg acaaaatgta agttcaattt ttgcatgaga acatacacag 2220 tagcatgatg gagagattct taattggtta aaatgttcca tttttattag aaagtcttca 2280 tttatgaatt tttcttcagc ttattccctt aattaatctg gggtcgccac agcggaatga 2340 ctcactatct tatccaacat gttttacaca gcggatgccc ttccagctgc aaccctgtac 2400 tgggaaacac ccatacacta cagccaattt agttcattca attcacctgt agcgcatgtc 2460 tttgcgctgt gggggacact agagcacccg gagtaaacaa tatagtatct tgatgcagcc 2520 tttatgatgc aagctgagat tgcatctctc agagatgcag ccagacccct ctcagaggaa 2580 acccacgcca acacgggaag agcatgcaaa ctctacacag aaatgccaac tggcccagcc 2640 gggacttgag ccagcaacct tcttgctgtg aggcgacagt gctaaccact gagccaccgt 2700 gttgcatatt acaaagtatt gtttaattat ttttttgtgt tagcaaattg taatcgtcat 2760 gagatgtgat gcaccagtca tgcacacttg taattctttt accgagagtc acaatacaga 2820 atacatgtga atttatgctc tcacataaac cccagcagtt cccataggtg cacatgtgac 2880 cagtaaatat catattcaat gctagtattt acacagctgg gagaattcag catagaatat 2940 caaccgagtt cacgaaaggg tctttcagtt gatggccttg ttttcaaaag aaaaaagttt 3000 atatgaaatt cgtactgaaa gagtgttata gccttcaata gtataacctt ttccccccac 3060 tgtgctaatg aagagcagtg tgtgtgtgcg tgtgtgtaaa gaacagctca atctcttcca 3120 cagactccag gctgaatgtc cccggtgacg tcagctgact gttttggctg tacgaggcgc 3180 tccggacaca cagcgcgctg ctgctgctgc tgctgtaaaa atgctgctct cggtgccgcc 3240 aaggacagga atcaacccgt ataacggcta caccagcaga accagtaaaa aggtaaaagc 3300 tctgttaatg cgcggcgccg tcagctactc tggccggcgg aaaacgcaaa tttccgagcc 3360 ttatctctgt tgtgtgtgta attgcatgag tgcgagctgc agtgtccttg aaagtggaag 3420 cgtgaaaata ctgaagtgta tgatcgcacg atcgtgccgg attaagcggc gatgttaacg 3480 cgagggtgta tttaaaaagt ggccatctga atgtagatct atctgagaag tcacagactg 3540 tacatagtga acttgcggtc cgaaatgttc gcggatagat acttattcat ggtgaagccg 3600 tcgcttgagg atacgttgca gtaaatcggg accatcctgt ggcatttttt ttaggaaaat 3660 tggtcttgaa ggggggaaag aaaattagtt taagcaagtt ttacgttgag tcatttgccc 3720 cacccctata aatcccacta ctatgacggg aaacatttag ctttcggatt gactttgcag 3780 agacagaaag tcaatgaagc cgacatagga tgcctttgaa ttattgactg tttattttcg 3840 gagagacaaa ggttaaaata ataaggcgaa aagctgcgaa ttttgctttt agcgcatata 3900 tttgtggaaa tgaacgcttg tccgatgtgt ttgatgaaag gttacgtgca atgtattatt 3960 gagtattgga aaaaaatcat attataaata gatattagcc tagttatgat tgtttttatg 4020 attgtcaatt aacctactcc taatcaaaag tagctttaat ttgattagtt tgaacacaaa 4080 gtgactaggt tataaatgat gctaaaaaca taacacgaca cgtagccttt tctgaatatg 4140 ctataatact gtttataata caataataac cagtgtgcaa attatatttt gctgatcggg 4200 ggaggtcaag tttttcagta gtagattctt caatgaatca aatttatgaa tgtatttaaa 4260 ttacaaataa tttattaata aaataaatac acctcagtta ttcagtgact attttagagg 4320 ttactgtagg tcaaactata caaattatga gtataattat aagtataata aatgataaaa 4380 atgtaaatat aaatgtatat ttatattata tctttttatt tattattatt taagatatag 4440 attagagaaa gctatttctt actatttaga ggctgacctc ctatacatca tgttttcatg 4500 tccttcagtg gggatcaagt gttaagtagg ggggtcaatc ccagaaattt gaaagtttat 4560 ttcacttgca tatttgcttt actgtattta tcaacatctg tgattgattt attgtatttt 4620 atgcagatgc acacctctac aaaatctaaa attattttta taaaaatttt ttccccaaac 4680 agatctactc cagtgacttg ttgaaattgc actcaatatc gcaatatgta ttacaggaaa 4740 aaagtattgc agtgtcagtt ttttacaata atcgtgcagc cctgatttct ataacacatg 4800 gggaaaatac tgtttcagat aacttttttg aagatgttaa aatatagttg aaagaatgct 4860 ccatagtcat tcagcataac atatacattt atgtaaaatg taagcgtata cttattttga 4920 actgtgctta ataaaacata taaaataata aaagatcata caaactgatt atattttaaa 4980 taatataaaa aaataataaa aatctattgc ttacaaaagg gtaaaacata ttttgaagaa 5040 ttatggcaaa atattttaaa ttattttggg tctgcagtgt gattgttgaa tagttttcaa 5100 aacaatttat aatcaaattc ttgttctaaa tacaacatag gcttattctg aaaatgtagc 5160 cctatataga tttctggaga tcacaaatta tgtagccaga agttcgtatg actgcatttc 5220 ctccttaaaa caaatgctac ggggctcaat gacacagttt ctttttgcgc ttacctctgt 5280 atggacagct atcccactgt taccagtttg tccagtcagc ttgccatgtt gtcggtggac 5340 ttgagacgca gagaggagtt taccatgaag tctgacaaag aacggttcca gaaagctgct 5400 aaaacaaaaa cagaagccaa aaaataaaat aaacaagtaa ataacagcgt gagcatgtgt 5460 taaatctgaa aacatgttaa aaatcaggct agggctttgc tttttctgca ttgcttttta 5520 aaactgtcgg ttgagtttag ggaagtgggt gggcggctta gtctgtgctt ttgaaaacac 5580 tattggttgg gtttagcgaa ggaggagggt gggttagctt aacaatcagt cagtcagtca 5640 gtcagtcagt cagtcagtca gtcagtcgac agcggcctct ggtggattta cgtgagacga 5700 gcaggcttga atggtacacg tgaaagaaaa ttgagatttt aaaaagtgta cacagcgccc 5760 cgaggagaat ttgcaaaaac aaaaactgaa aaaaaagaac ctcctgggac gtatttggcg 5820 ctctccaaga aatgtatata gtgatacatt ttcataatga gcctgggttg tctaaatatg 5880 cccatactca ttattttttt agtttgaaaa ttactttttt taaggatgaa aaccattgtt 5940 acaaagaaac ttagtggctg tcttttgcaa atcaaagtaa taaatatgtt gtttttgaga 6000 ttctggcaaa attccactat ttttcaagtt caaaacgaat aaagaatctc aaactgaaca 6060 ccttctaatg tactgagaat ataagcttaa tttttgttgt tacattactg aaaacctctt 6120 tcatctttca taactagcta aaattgccca ctatttaaac catgaatgaa tcaggtgcgc 6180 tttaatgaaa attctccatc tgtatcatct gccatcttca ttgcccttac aaggtcatca 6240 tcatagatac gaaaattact gtacaacctg aagcaaaact attaacatgt tgatcatttt 6300 atgaataact ggctgataac atttaaccag ggagatcaga tgaataggaa agcaattttt 6360 gacaacgatg gtctatctac tcattaacag tttcataagc ctacacactg tgatctgatc 6420 cagcttggct ctctaaatgt tctctaaatt tcagcttcac acccatgatc acggcagaat 6480 ccaagagcaa cgcatagatg caagcagttg tcgggtcact gatttcatac gaccttgtag 6540 tttatgaaga aataagagaa gatcgctgct attgggaatc acggttgcat gtttaaccac 6600 aaattcccat tgtccttttg ttgtagaatt gtttgtaaaa attttttaac caaagacatg 6660 ttatgcttat aaagtgttgc tctagaaaca ttgaaatgac tgatagcagt gcttcctcca 6720 accgagccgc tgagcaggca ggtgtccgag cccatggtgc atctcttctc aataacttgc 6780 acagcggggc gagttgctgg aggtggaagt gtaggtagta gctgaggaag tcagccgtgt 6840 tgggcaggtg ggctccatat ccctcggcca tgaagaagac atgtttgtca tcatcaaaag 6900 gtcgtatgtt gccaatggaa tgtggatatt atgctatcaa tcactccagg gatgccggtg 6960 aagggggtag actgtgtttg tggaagtcat tttggaccga attgaattct gggcatctgt 7020 ttgtaatgaa aaatagcctt gtgatgtcag gttgcacttc acctgctgga atgggccgga 7080 tgaacgagta tttattgggt ttgagtagag gttgtaggcc aaaagcctgg aggcggctgt 7140 atcagctgag taggttatca gggctccaga ctgtgagtaa atggatgcat gactgtattt 7200 tctcgccagt gctacaaatt ttttgttaga ggagctggta acagctgaaa cattgtgatc 7260 atgaaagatc agtttagaat tccttgcatt ataaaaattc caactattat tattgatttt 7320 ctgtagtaaa aataaccgaa tatatgtggg atattagaca aatacattta attgaacatg 7380 tattttacac atagacaact tttgcacata gacaacttct ttttcttacg ttatatacac 7440 aaaagtcttg tcgtctatcc aagttttatg tacaacaaat aaaaagttga cttatagtgg 7500 atcatttggt atcagaagtg gcttatataa aagtcaaagg gctctagatt gtgcttattt 7560 taccaaaata aaattagatc atgccttgat ttttaattat ttaataaaga cagacctaac 7620 ttaacagaaa taatgattag tttagaatat aaggtcaagg tccagtggga aaagaattaa 7680 tattgtgtac agtatgactc tcatgagctt ggaggactgc atccatacat ttctgcaatg 7740 actcaaatag cttagtaatg aagtcatctg gaatggcaaa gaaagccttc ttgcaggact 7800 ccttgagatc atcaagatta tttagattta tcttcaatgc tttctccttc atcttatccc 7860 agatttgctt aataatgttc atatcttgtg actgggctgg ccaatcctgg agcaccctca 7920 ccttcttttg ttttaggaac aaaacaagaa aggaagaagg aaagagcgct atcctgctaa 7980 agaatttgcc ctctcctatg gtttataatg taacgggcag cacaaatgtc ttgatacctc 8040 agattgttgg tgttgccatc cactatgcag atctcttgca tgcccccaaa ctgaatgtaa 8100 ccccaaacca tctttttttc accagtcttg actgatttct gtgagaatct tgggtctgtg 8160 tgggttctaa taggtcttct gcagtatttg tgataactgg gatgcagctc atcagatgat 8220 tcatctggaa atttgacctt ctgctacttt tccaaatgat caactagaag tcaagttatt 8280 atttttttct tctacaactg ggattgacaa caagactttt gccaggtagt gtactataaa 8340 acagcaggct tactatgttt atatactgtc caccgtacac acaactcctt aacttttcta 8400 attttgactg taatgtagta ataatgtgaa ctttttgtac aaaaaaaaaa aaaagggcta 8460 cacaaataaa cttgtatatt gaattgtatt ataatgtatt aaaaatgagc gtcacggtgg 8520 cccagtgggt agcacaattg cctcacagca agaaggttgc cagttcgatg agagtgtatg 8580 ggtgtttccc agtgttgggt tatggctgga agagcatgcg ctgcataaaa catatgctgg 8640 ataagttggc agttcatttg gcttgggcga ccactgattg acaaaggtac taagccgaaa 8700 atgaataaat gaatgtatta aaaacttgtt ttattaagtc gtattagttt tgcatttatt 8760 tgtaatgagt cttgaggtta tttgtttttc ataagaggtg tcattaaaat cataatattt 8820 agctagtttt tgtaattagg ttgttgtgct tgtggttatt gtgatttaca aatatataaa 8880 acataaggta gtttttttag gatgttactg ttttacttca caaagatact tttacatcag 8940 gatctgaaac gaaatctgca ttactataag acaaaactta ataataatgt agtgataata 9000 attacattaa cttaatagtt atgaaatcaa atggttacat gtgcagcacg accctctcag 9060 gtgttgatgc caccatctgt agaactgatt gctctcaaaa tgttagcttg tgttcattag 9120 ggatgtcaga attaattgtt tctatagtgc attgtgatgc agatgaggac aattcggtat 9180 tggttgagtg acagccctta acaggctata atgtactgat gattttttgg aggtgaggaa 9240 agcgggacat gagcagcaaa ctatggtgag ggtggcgaga aacgtgtgta agtaattaac 9300 atgctccaac tattttaaaa gcttacatct gggtacattt agctgctttt gagtttcttt 9360 gttgagacag tctttcactg acactgtgaa ggtagagtag agctcaagat cccctatagt 9420 tcattgttaa actgttttct ttgagaaggt gaaattaaag gttcagttca tacatctaac 9480 tgcttgaatt taatggcaaa actgtataca caaattaaaa ctcaaaattt aggatgcatt 9540 gaatcatcaa tgcatcatga tactgaatta aatgaaatca gtgacatgat tattgtaatt 9600 taaccaaacc atgagaccag tgtaggtaca cacccctagt gttcatgtca tgtgtatgta 9660 tgatgcagtt tttttttaat tgaaaacttg tgaggagatt atgaaatgtg tacaggagtc 9720 aaaccagcac cagggatttc tctttcacgc 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