Dbfetch
ID BX004805; SV 6; linear; genomic DNA; STD; VRT; 83537 BP. XX AC BX004805; XX DT 14-DEC-2002 (Rel. 74, Created) DT 11-APR-2003 (Rel. 75, Last updated, Version 5) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-196N8 in linkage group 5 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-83537 RA Lloyd D.; RT ; RL Submitted (11-APR-2003) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 06503ca2ff80a05e7c4234751c2c74ea. DR ENA-CON; KZ115135. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000017703; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000115681; danio_rerio. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000117061; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; BX004805.6:1-83537; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000020808; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000185501; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000187330; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000190400; danio_rerio. DR GOA; A0A2R8PYY6. DR GOA; A0A2R8QBV4. DR GOA; Q6PC57. DR InterPro; IPR000719; Prot_kinase_dom. DR InterPro; IPR004254; AdipoR/HlyIII-related. DR InterPro; IPR008271; Ser/Thr_kinase_AS. DR InterPro; IPR011009; Kinase-like_dom_sf. DR InterPro; IPR026105; BMP-2-ind_kinase. DR InterPro; IPR028182; BMP2K_C. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8PYY6; A0A2R8PYY6_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8QBV4; A0A2R8QBV4_DANRE. DR UniProtKB/TrEMBL; Q6PC57; Q6PC57_DANRE. DR ZFIN; ZDB-GENE-040426-1667; paqr3a. DR ZFIN; ZDB-GENE-041212-72; bmp2k. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see http://www/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC DKEY-196N8 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..83537 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-196N8" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 83537 BP; 27226 A; 14371 C; 15045 G; 26895 T; 0 other; aagtcttttt ttgtctccag aatgtgtctg taaagtttga gctcaaacac ccatcagatt 60 attttgtata cctttcagaa tattggaatt tcctgctctg aacagtatgt agctgtattt 120 gttgcctgtg cctttaatgc tagttctcac cacccaccgt tctgacgtgc ctgttggagt 180 gtgcctccgg ctgcgtcaca tcaacagtac agtgacagac gaagaaagca gatctcatgt 240 aatgtttgtg agaaatactg cagtaagaac tttaccaatg attatttgat gtatttgttg 300 tggagttaaa gagcccctat ttcgcattaa caaaaggtca tattttggtt ttaggggtct 360 ccaacaacag gctggtatgc gtgctaggtc aaaacacacg ttcattgtct tataatatgc 420 atttgttttt acctatttat cccagcgact cccatatgaa tcgttcagcg attcatttgt 480 tcccaaaccc ctccttagcg cgaagctaat ctgcgatgat tggtccgatg acccagtctg 540 ttgcgattgg tcgacagtgt tcagcacgag acagagagaa aagcccacca tggctataaa 600 atagcagcca gagaggatat gacaatccaa cgcaggaatg caataaatta atgcagttaa 660 agatcagtat attgctctac tcttaaacct aaccccaagt aataacaaca cacattcatt 720 attaatccac acagtggcaa aaaattgaac tattttgaaa attgaccgtg ccgcgcgagt 780 gtaggaacgg ctaatggcca tagcaaaaga aaacagcaga ggatcgacag ctcagaaaca 840 catttaaatc ggtaaaggaa gaagccccat acagatttaa cctaagagat tacagtacag 900 gcactgatct ataatagatc cgtgattaca agccaagctg agcgattaca agttacaaca 960 cacaattaaa cacatatttt gctactcaaa atgaggcaac aattttaatg gcacttacat 1020 gttatgatcc ggagaaagaa gaaactgaac tgtaaaattt actgacaaag tcattgtcaa 1080 agtttgagaa agtcccatag tctctgctgc tccttcaata gcaaattgct ggcaaatccc 1140 gggctgcagc ataagttatt gtatcaaaaa tcaaaaaaat aacaggaaca aaaacagcac 1200 taagttggct atactgtgat gttgttgtga aaatgaactt taacccttta ttccccacac 1260 cagggccggt gcgtccattg aggcaaccca ggcagccgcc cagggcggca gaatagagtg 1320 agggcgtcag cgtcatattc cttacttttg tgcataataa tcctctcact gtcgtgctcg 1380 catttacaac cccatctctt gtttacactt ttagtttgag gacgacatga tcatcttttg 1440 cctacagcac cagttcagtt tgctccggcc ctgcccgcag ccaaatctct gtcagtgatc 1500 gtcatcttcg cgccatgatc ctatatatga attaaatatt aaataatgta aaacttattc 1560 agttattaga ttctctgata acttatttta tgcaaaaatg tcatgccata taggtaaaaa 1620 aaaaaattag tctgaatgac aagcagcacc taattatgtt tttaaaatat gtaaacgaat 1680 ttatactcca tttcgaaagt aaaacaaact ctaataggta gtgtaagctg cacaacatta 1740 aatgcagtgt gtgagtgagg gggcagtgtt tcgatgtgat tgggttatgt tgtggtgctg 1800 tgacagttgt ggttctgtga cagtgaagta actagattca tttagtttta aataaattaa 1860 atcttactct aatattttgg gctttttttg tgcatttggg tgggttttgg acagcaattg 1920 ggctggaaaa agtcagcttt atctggcaac actgactgca tgttggcaac tgttatatat 1980 accctagtag caaagaattc tggcccagat ttggcaaaaa gctggcacat ctggcattca 2040 tccggcactg gcatacagca tgtgggccaa acatggcccg ggtttggcag aggtggcacc 2100 gtttttaagg cagcacacaa gatttgggcc agatgaaaaa cgtagtattt ggcccagatt 2160 taaaaatttg ataagtgggc catgtgagtt tggccagtct tgacccacat ttaaaataca 2220 ctaaaatcat ttttgagtaa agaaaaaaaa tgctaccaat caggtcactt tgtgaaaaag 2280 cgtgcccata gtgtgcctaa agcgcatcac tccatgggtt tatcaatttc attgtaatcg 2340 tgaaacacca acctatctgg cccagttcag gcccagttat gagttattaa cttggctaag 2400 acttggccca gatatggtct gtgtttggcc cttgtctgga agccagattt ggtccagtca 2460 tgtaccgtaa ttcactgcgg catgtgggcc aagcaaaacc tgattgtgtg ggccagagaa 2520 attttgctat gtgggtaagc aaccagaaaa aaaattattc caagatgatt ccttggattt 2580 acaaaaaaaa attaagtggt tgtaaaaatg tatttggact gaatttaaac caacaaatta 2640 ggttgaacat tactaaattt aattggtttg tttaaattca gcccatataa attgtttgca 2700 acaattttgc agaaataatt tttcagtgta gatacatgag tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg 2760 tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg 2820 tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgta caggtttatg 2880 tggtttacag ggacacaaag ttgtcttatg acatggacat gacttagttg tattcgaagt 2940 tggtttgcag aaaattcaat gctttaaaat catacttaac tgggcctttt ttgccaaaat 3000 tttgcccgag gttttcttat gagggttggg tttagagata tgggtgatgt agggccatat 3060 aataagcttt ttttttttac agtataaaat ttattgggtg tgtgtgagag agtgagaggg 3120 agattttgtt tatgcaactt aaaaatatgg agtgaatata aagcaaagaa aatattatat 3180 tttccaacag tcttcaaaat atcttctttt tcaattcaac agtaaaaaaa taacctttta 3240 aagtgtttta accctcttgc gggtttattt ttaggcagtc tacctcttta actgcagttt 3300 tattttgaga gcagcggtgc atactttcgg tactgtatat aatactaaaa gtaggtgctc 3360 tctgcatgta tttaatgaat ggtcttgctc agctcttagt gccgcgatag ttcaaagtta 3420 ctgaacgttt aacctgctgg gtgggatttt ctgtcccaga aaagcttaat tagctaatta 3480 aagctcttct tcattaaaca aaatgaggaa aagagatgga gtggttgttg ttacacagat 3540 gtccaccgac cttattaact cccagtaaat cccacatgta cgtacatgct gaacaaggaa 3600 cattctagga tgcaggagcc tccactccct tttaaaaggc tcatactcag tgcatataga 3660 gggcaagcga agtgaagatt tctgtccagc agatcagctc tttaaaatcc tattcagctg 3720 ccagttccag catataaatt tcctctccat ctcatcccag agctgtgcgg cacagcctcc 3780 tctgactcat attagctcat catacttaat cttgagtaaa atttcctagt ctgtgctaaa 3840 tgacttgcag ccttcataga gaagagatat ttatttttct cagggctaat gacctgtccc 3900 ttggacccac cctctgatgg ttatttacta gggcccagat gcttgggctc aaaatgagtg 3960 gttatgtcag caggggccat ccgtcatggc tgcttcctga ttgaatctga gagatcccat 4020 tgacattgac tctgtgactt ttaaggccat tacctagcac cactgcaaaa tgatcgcctc 4080 atcatcactt gtgagctgac agctgattag caacaaatta ccatcaggac ggcgctctga 4140 catccagggg ggaacgaggc agacgaggac taaacagtct gaagtaatag gccacgtctg 4200 ggcttcagca gtagctgttg tactgtatgc gtcatgaatc ttatgatgat gtcgtttgtt 4260 tgcagaaata gcaatgttga tctggttaaa gtgtgtttgg tatgtatact gggttacaga 4320 tgagagacac atggtacact gttaatatta gatgtgattt tcataaaggg taatctgtaa 4380 aaatgctacc aaaaaaaatg tctctttaat ggtttacagt aagtttctat aactagtgaa 4440 taactgacat tcctggaaat cccagaatga ccctaaactt ttttatgctt taacattgtt 4500 ttataactga ggtcagacaa aatctgaaga tgttttttgt tatttttgca cagaattttg 4560 tacaaaaaaa attcagattt atgcgaaatg attttgggag tatcgtaact aaaaacgtaa 4620 tacagtataa tttcatgaag aagtgtgtgt ttggaaatat gttctttacc acagttgtaa 4680 attgtttaca caatttaaaa ttgctgggac aattttaaaa attcacctgg aaggtgcttg 4740 aaaagtcatt aaatttgact ttggaaaagg tgtaagagct ctgtgtcttt gaaataaccc 4800 atcagaggtt acagtataga tcaaaatcag ctcgttatcc atcaaaacac caaaacataa 4860 ataagtttga ttaacaaatg agatgtaatt gaattaaatt tattaatttg gttcactgaa 4920 gcatgcatat tgatttacaa aaactactga aaatagctga cccccgatag taagtttgca 4980 gaagaattgt gtcctcctga gcctcacata cataatattt aaaatggaaa atattacctt 5040 tttaactttt atttaatgtt tacagtgcaa acccaactta tttggtaaac aaagcaagtc 5100 tcatataata tatgtactaa aatattactt tacaaactgt attgtaaata aatcaaatga 5160 acatttccat attagtcaat aatattgctg aaattaattt aacaacggaa taagtatatg 5220 ataatataat attataatat aatataataa ttatatataa taaagtttac acacatttac 5280 acaagtaaat aaatactcaa cgtaataatg ggctaatctg tggaaatctg tagatttctg 5340 tgatcgcaga ttccgtgtgg gcctactttt gacttatttt aatgtcataa gtaagtgttc 5400 tgtgttaaca gggtgtttag tagctgtgcg aatgacacaa agtgccttct acatattaga 5460 actctgcttt tcatcttgaa aaaaagttat ttatgatgag ctttggtttg tcttgtgatt 5520 ctttcatcac catctacttt ctgtgtactg catataagta ctgcaataga gtgatgtaat 5580 tacattgtat tagttaatga aatgtggtag gtcattgtac aaatgttgct atcatatttt 5640 cattattttt taatcacagc tgctcctttt taacagtaaa tttaatgtat gtttggtaat 5700 acctggcaca aattctcact attaatttat ttgaagggca cctataatga aaatcatttt 5760 ttgtaagctg tttggacaga actgtgtgtt ggtatagtgt gtccacagtc atattgaagt 5820 gttataaaca caattttttt tttaatttcc taatgttaaa acaggatcca aatccctttc 5880 attttgaagc tcaccacatc gtgacgtagg agtgtagttt ccccacccat ataattgatt 5940 gacaactgcg tatttacatg tctctttagt accgcgtata atcatgtcaa caagacagga 6000 cgtgcgcaaa gcaactggga tgaaaagatc tgttgagctc tctgggatca tcaatcatca 6060 tcaaatgtgt acaagaatga gttttaaaag agtcaaatgt ttttaaaaca gagcatgttt 6120 ataaaaaatt acagtgattt taccatcttt atcatcacag tgtctgtgtc agtacagtta 6180 taaaagaaga cgcttcaatc ccagtttgtg gacgttaagg tttattttgt acattaacat 6240 aacagatatc catacatgat ctttgtaatg gcattgtgtg tgactcatcg ttctcatcga 6300 ctcattaact ccacaacaaa tgcatcaaac aatcatccct aataactgta ctatttctta 6360 caaatgttac gtgagatctg cttccttcat gtctgtcact attctgttta tctgacacag 6420 ccggagactt aaggggcatc acacgccgga tgcgccactc agcgccatga cacgcacatg 6480 acagttaaaa gtatcgcaca ccagacgcgc acattcgcat gatatttaaa atgaaactaa 6540 tcagatggca ctctgtagcg cagcagaaat atgaacagtg tcctgattcg tggctgggtg 6600 ccgccgactt acagcgccag tgtgtaccct gattgaaatt gtttacgtgt cgccgagtgg 6660 cgcttctggt gtgtgacccc cttgaggcac actctgacag gcacatggga atgggagaac 6720 tagcattaaa ggcacaggta acaaaaacag ctacatggtg ttcagaaaag aacattttta 6780 tgttctgaaa ggtgtaataa ataatcttat gggtgtttga gctgaaactt tacaaacaca 6840 ttctggagac acaaaagact tatcttaaat cttgaaaaag gggtcaaata ggtgcccttt 6900 aatatatact atatgtaata ataggcaggt ataaagatac tagatcttaa tacctgcctc 6960 ttattacata cagtataaag tacatattca gcatgatctt attcacttcc ctaatcctac 7020 ccaataccga aacctaatta ctaccgtaat atatgttaat aagcagctaa ttagaagttt 7080 attgaggtaa aagttacagt ttgttaaaaa caagaattgt actttaaaaa aagtatgttt 7140 acagtttaaa gtgaatttaa taatggagat gatagaaaaa attttaaatt gtcagtgttt 7200 tgtatcacag tttgatgact catcggggcg tcaagagaaa agtttttgaa atgcttgcaa 7260 ttccacatgc agacagaagc actcctgctt tcttatgctt gtgtacgtag ttatgcgcta 7320 aaatataagt gaagtctttt cttaacagct gtcacagttt tccagtagga gctgtataat 7380 ctttgatgag tgcaggggac agtccattta gtgtctggga ttcattttta atgtctctgg 7440 tgatataaaa ctcttttaat tgcacaaagc tcccattgca cctaaagtgg ggtagtgcaa 7500 ttcgcttttc atctttcttt cagaatctga cttgaagtga tggaagttac tcaatgggtt 7560 tttttttgtc ctatttgaaa cccaagtaga cacttttttt gcataattac caaacaactg 7620 ctttaaagtc aaaaacaaaa ctacagttct tgacaaaatt cttgtcactt atccaagttt 7680 aggaaccaca aataataact tgacttctag ttgatcattc ggtatcagaa atggcttata 7740 tgaaaggcaa aggcctctag attatgctta ttttaccaca ataaaatgtg atcatgcctt 7800 gattatttat tttttcattt ggacagcaag gtctgacttt gcttagacaa aagtattgtc 7860 acttaacaga aataatgtac agtatagaaa ataaaatcat gcagtggaaa aagagttaat 7920 gtaatactgt atagctccca tgagctttaa agactgcatc catacatctc tgcaatgact 7980 taaataactt attaataagg tcatctggaa tggcaaagaa agcattcttg caggacttct 8040 ggagttcatc aacattctct ggattcatcc tcaatgcttc ctccttcatc ttaccccaga 8100 catgctcaat aatgttcata tctggttact ggactggcca atccgggagc actttaatct 8160 tctttgcttt caggaacttt gatgtggagg ctgaagtatg agaagaagca ttatcctgct 8220 gaggaatttg taataggcgg cacaaatgta ttgaaacctc aggctgttga tgttgccata 8280 cactcttcag atctctcgaa cacccccata ctgaatgtaa ccccaaacca taatttttgt 8340 aaaaaaaaaa aaaaatgtaa ttaaaaatta aaaatgttaa aacaaaaaaa aacggaatgt 8400 gaaaaaacag acactgctta aaattctcat tttaaaatat ttcaaaatgc agtatgacat 8460 agttcttttt gttttggttt gttacatgta gggggaaaac attttaagtt tttcaaatct 8520 taaggcattg tcaaagctct ttggttcagt tctcaaacta tgcatgcact ataaagtaca 8580 tcaatactca caaatgtctc ccaaatatat atatctgtta agattttttt aattttttac 8640 atgtttacgt cacatttaat gtttttttta tttaatgtgg ttcatcattc tttttgcaaa 8700 agtcacacta tccgttttga taatggatct tacttttgta gaaaaaataa aaacaatggt 8760 gaaacatcat taaggtctca tgcagagctt atgcagcaag ttatttacag agcccctatt 8820 atgcatgata aaaggtcata ttttggtttt gggggtctcc aacaacaggc tgatattcat 8880 gcaaggtcaa aaacactttc gttgtcttat attatgcatt tatttcaacc 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