Dbfetch
ID AL954842; SV 7; linear; genomic DNA; STD; VRT; 169016 BP. XX AC AL954842; XX DT 23-NOV-2002 (Rel. 73, Created) DT 05-MAR-2015 (Rel. 124, Last updated, Version 9) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone DKEY-33E5 in linkage group 8 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-169016 RA Giselle H.; RT ; RL Submitted (13-NOV-2003) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 40bb9c700cb335135dffe02f887de795. DR ENA-CON; CT992398. DR BioSample; SAMEA3146246. DR RFAM; RF00151; SNORD58. DR RFAM; RF00322; SNORA31. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC DKEY-33E5 is from a Zebrafish BAC library CC VECTOR: pIndigoBAC-5 CC CC Clone-derived Zebrafish pUC subclones occasionally display inconsistency CC over the length of mononucleotide A/T runs and conserved TA repeats. CC Where this is found the longest good quality representation will be CC submitted. CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/fishmask.shtml XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..169016 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="DanioKey" FT /clone="DKEY-33E5" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 169016 BP; 52685 A; 30667 C; 30955 G; 54709 T; 0 other; aagcttattt gttcaaaaag tgatgcatac atctcaattt taaataatga acacttatat 60 gtttgtggtc catggtcaca attatggctc gttttgtttt tctctgcatg acgcaatgca 120 atgcaactct catttctatt ttccctcccc cctcttaaat ttgtctaccc aaaatagagt 180 tgctggacaa catgttcacg gagctctcaa cagaagggta aaagagcatc tgtcgttttt 240 gcccttaatc gagcttctct gtgaatgtga gcaatccgtt ccccgaggca gaaaaacgta 300 gggtatgccc aacaactgtg cgcagagtat ctgctggtat gcacggcatg tgcctggagc 360 tcagtgacac cataagcctc tcggatgggc aaataaggac tgaccactca caagaaagag 420 gaggggccac aacctgcacc tctagacaca tcagaagaca cttcattaaa aacaaaaaga 480 gagagaaaga gaaaaagaga gataaatcct aaagtagtac cagcaaacca ggagaacaaa 540 gtccaggcag cttaacaata aaggtttagt ttactaaaaa aaaatctata tttttttaaa 600 ccatcgcttg agtgcttcct agccttaact agtctctttc ttcctgctaa acacaaacaa 660 atatttttta aagcaacata gtgaacggta gccactgact ttgtttacat ataaaaaaaa 720 taaaaatact atgaaagtca aatatccttc aaaatgtctt aaagtgtgtt taacagaaga 780 aaaaatactt cagcacaagt ttgaaacaag aggctaagta aatgataaaa gagtttacat 840 ttttggttga accatccgtt taatccttgt tacttgtatc aactcttact tatttatttt 900 tttagtcatt tacttaacaa tagaaaatat atactgtggt tttaacttta aaggcaagtt 960 tttcctagct ttattagata atattttgtg tcaacttaca aaaattgtat caataaacat 1020 tttttgaact tcaaaaccct acaaaatttt taaaaaatga atgcatttac agtgcaaaat 1080 taaaactggc taagttgcac ctacgaggta ccatagattg aaaatttgta tatacctacg 1140 catagatggt tattaagttt agagaatgga aatgacatac catgagcatc aaacacaatt 1200 gtttccttat tctcatgtaa ataccatgag tgtaaaatcc cagacaaaac agaccaactg 1260 gaacaaaaca cagaactctg accattgacc tgaaattgtt agggccctat catacacccg 1320 gcgcagtgtg gcgcaggacg cggcgcaata gtcttttggt agtttcagct tggcgcaaga 1380 gtcgttttaa gccgttgcgc tacgctgtta 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gcgtcctgta aatagtaaat gcgctcttgg 2280 cgcgacgcag ctgggtctta aaggtaatgg gaaatgagac tctaattggt ttattctcaa 2340 aacacaccta taactcatta agaaaataaa ctcaaccctt ttagaccatg cgccttggcg 2400 caaagcagat ttcccgtcct taaattagca aaaacacgtc ctgacatgcc ctgaaagcat 2460 ttgcgccctg cgttttgcac tttgcgcatg gacagtcaaa atagagccct caatatgcat 2520 gacgtaggcc gcattttgga tatgcgcaaa aaaagcggtt ggtcgaaacg ccaagaagca 2580 catatatttt gaaaatgggc ataaaaatac atgcacataa cagagtagga taaacttttt 2640 atacgatcag aaaagatgca ctttaactgt gatggaaaca cttttaccaa acaaattcca 2700 gtatgcgcaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa agtcatgtga ttgataaaat 2760 gtgatgataa aatgtgtgta tggacaaacc agcaggctga ccactttgta aaacatctga 2820 aatgttgttt tggtcattct aaaacacctt aactgtttca gtattattat tatataaagg 2880 tattaattac ttccagaatc aagtgtgtct gtgctccgtg tctgacacct tcaaacgcta 2940 ccgcacattt acaccgcgag tgtcaggatt gtgttttgag gtaaaactta tttattgcat 3000 aaagaaaaga ttcacgcagc ttctcctacc aaagcaaatt ccatttttac tgctgatatt 3060 tggcaccagt taattgactc gttggatgga aacactgctt tactcgcaca acttttatgt 3120 gataatccag ttttgcacat aaaggtgatt cgcatttttg gatggaaaca cagctactgt 3180 caaaatttat agagcattag agcagaactc attaatattc atgatggttc caaatatggt 3240 aaaagctgag ctttttattt taggtgtgat tcctgtggac ataaaagagt atataaagcc 3300 atttctggat actttctgaa cttacctaag ctctagacat actgtattta tatcagagaa 3360 caatttaaca aattgaatgc actttatggc ccattaatat tttaaatatt attttgaata 3420 cacaaattca caatgttggc caaaatgcaa taataataaa atatgtaaca agttccactg 3480 gatgacagcc atgacgtctc attacttgaa tcagtcatag agttagtaat ttacaagagc 3540 aactccagtg gctttgctct gaaccatttt cattggcgca atgaagcaaa acactgtcag 3600 tattgttttt aaaacataac ataaagtaac ttaacattgt acttgatcag ggactctgat 3660 ccccattttt gttcatttat taatctctaa ttaaataaat tgatgagtgc aataaattgc 3720 tcatctttat ggtaatatta tgaaatgaac tagatgcatc aaagcatatt agaatgactc 3780 tggagcatcc tgtaacattg aagactgaag taccagctta acagccacga aaattgaata 3840 atagtgtttg catacactag ctcgacattt caagtatgca atattttaac cacttcaact 3900 gtctatgttt ggactgcaga catgtaaaat gaaaataccc atcttgttct gttctagcca 3960 gtttagcatg ctttctcact catgacattc accagcactg taaaaacaaa gttcacaagc 4020 taaattagcc cgtcagacag ctttcacaac gctgtggtaa ctctctgctt ttttcttatt 4080 ttgttcttta agtatacatt tagtcttgaa gagaaccctg gatattaaga tgcacataat 4140 ccaatataat gtaaatgtca ataaaaaaaa aaaaatgtat aaaataaaca aataattaaa 4200 aatccacata ttttcctaca tattttggac tatgtagacc tctgttattt ttgatggcat 4260 catacggttt caccatcatt ggcacttcac ccattactgc tattaacgca acacaactag 4320 gaatacaaaa cactgataca atgcagtggt atatgtgctt tccttgtgat gagaagaaga 4380 gaaaagaatg agaagatgcc tgattgatta ttacgtttag gcctttagta gaacacagct 4440 actgaatgac tgaacaaagc gaacagctgg gcacaggtgg acatagatgt ggtcacttaa 4500 accaaacatc ttaccatcag tgattctcca caaaaagtct aaacgccctc aggtatcaag 4560 tgaaatttac actgaggaat gaaaggttgt aagcatgcca aaagtcacca taagagaaag 4620 tttaagctta tttgccaagc atcagaatgt ttattgtatg gtgtttgttt acttcacctg 4680 ataccagcag catttacagc tcttgtacaa aataaataat caattagtaa tccttaaagt 4740 aaaattatga tgattagaaa tcacaaaacg tttacaaata aaaagtgata tatatatata 4800 tatatatata tatatatata tatatatata tatatcagca ttttgtgatc aaacttccaa 4860 gttgtgttgt ggtaaaaaaa aaaaaaagct acagccattg tagctcaccg agtgcattca 4920 tttgatatca cacactgtgc acataaaaat ggtgctcctt ataatacaaa ttaaatgtga 4980 ttttcttttt taaataatgc gaatccacaa ttggttttct actacatatt tcagtaaaag 5040 acatcactta tgttatatta agccatgcta gtcctctctt tcaaggcata gttcaaccaa 5100 aaaaagaaaa tttgctcacc atttactcac tggttctaag ccttaatatg tttatttttt 5160 tctattgaac acaaaataag atatcttgaa aaatgttggc actaggttgc ctttaacatc 5220 catagaagga aaacaaatta ctatgaaaat cattctgact ggtatctgta atcgccctta 5280 agtagcgcaa tatgtaacga gtcagccata tggagtgctg tgcaaaacca tagtggacat 5340 tctaaagtgc actaaaacca ctccacaatg caccaaaaca agtgtacaat caaggaacac 5400 tcaacggcaa gggaaagccc ataattcatt gtaaaattta gcaaactgaa taaattattg 5460 ggtctgaata caagaaggca cctgcagcag aatcctattg gtgtaaattt cgaaataatt 5520 aatttcttaa ctgctaaatt accatttgta cacatgactg aaaaaaacaa cctttttatt 5580 gctaatagac agctgtgtta ctaactatta 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ctaaaaacaa ataaaacaca acaaaaaaaa 6480 aaaaaaaact aaaaggttat tttcacagat ttaaaatcca tgcaaattct ttaacagact 6540 aaatgccaca tctcaaaagc aagacattta agtgatatag ctctaccggt ttaaaaaaaa 6600 aaaaaagact tgtaaggctt tttaaaaaga aaatgtctca ctgatgttgc atttatttga 6660 tcaaaaatgt aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa agcgactcag tgatgtgttt tatattattt 6720 aaagtctgtt ttctgcagaa acacaaatca aattgtaatt tacttctgtg actatctgta 6780 aagctgaaaa caattactcc agtcttaggt gtcaaacaat ccttcagaaa tacctgacaa 6840 aagttttgtc gtcgattcta attataagag taacaaataa taactcgagt taccagttga 6900 ttatttggaa aagtggcaaa aggtagattt ttccgatgaa tcatctgttg aagtgcattc 6960 caatcatcac aaatactgca gaagacctat tggaacccgc attgacccaa gattctctcg 7020 gaaatcagtc aagtttggta aaggaaaaat catggtttgg ggttacattc agtaaggggg 7080 agtgcaagag atctgcagag tggatggcaa catcaacagc ctgaggtatt aagacgtttg 7140 tgctgcccat tacattacaa accacaagaa agggattttt ttttttgcag gatagagctc 7200 cttctcatac ttcagcctcc acatcaaagt tcctgaaagc aaaaaaggtc aaggtgcttc 7260 aggattggcc agcccagtca ccagacatga acattatcga gcatgtgtgg ggtaagatga 7320 aggaggaggc attaaagatg aattcaaaga atcttgatga actctgggag tcctgcaaga 7380 acgctttctt tgctgttcca gatgacttta ttaataagtt atttgagtca ctgcagagat 7440 gtaaattatt tctgttaagt gacaagactt ttgtctaagc aaagtcagac attattgtcc 7500 taaataataa ttaaaaatta aggcatgatc atattttatt ttggtaaaat aagcgtaatc 7560 taatggcttt agcctttcat ataaaccact tctgatacca aatgatcaac tagaagtcaa 7620 gttattattt gatattccta aaacttccaa caagactttt gtcagcaagt gtatatgctg 7680 tatacatatc aattggtcat ctggaagatt tgtttttaat acaaatactt gttttttgtt 7740 tttttaagaa aagtatatat aagaaaaaat aatcaaattt tgtctgccta tttactctca 7800 ctgctgatca atatcattta tccttgctga aagattgaaa aacttcccaa gtccaagttt 7860 tggaatggta gtctactctg atatcacatt ggaactgata ccgttgaaat tatgttcgag 7920 ccccaatact gattgacatt tacaaaacag ccatcctgat ttcagaatgc ctcgaagggt 7980 cttgcatctt cagtgacgaa taaagatttc actactttct gaaaagtgaa tgattacaca 8040 aactttcagc agttaccaac atttacgatt tttccaatga atgagctgtc aagaattact 8100 gcacatgcat ttgctcaata gtttttgcgt acttttgtga aatggcagtc atacaataat 8160 aacagttcag actgtcacgc atatgtggga ggtgtgaacg aacttactga tctaagagct 8220 gatcatattt ggcttgagtt tctctttccg cgtttagcgc tcggtctctc tcaataacag 8280 agttatctct ggtctcacga agacttctgg aaaagtaaaa aaaacacata tcctgaaatg 8340 atactgtaca taatgcatta taagtttttt tacaggcatt gtccagacat tgcatacaat 8400 acaacctaaa caggcaaacc ccaaaatttt cttatttacc actggttttg gtataatata 8460 ccttaggcta tgaaccctta aacagggcaa tatttaagag gacaggtatt tgaaagcagt 8520 gtctgaaacc atagtgcttt actcaattat acaccacaat agcgagttac atgacaaatg 8580 ttaactcaga ggctacagaa tatcctttat gtcctttgaa ggatgtgctt aaagaattcc 8640 tgcacctcac cagaagatgg tgcccacagc tgattcatcc atttttaaag tgctatgcca 8700 tgtaatctca tacagccttc aattataaac ctatttgatt attaaattgc ttaattaagc 8760 tttttacaca gttacattat tattactgct gtatttacta gtttacaggt tcaaatgctt 8820 attaagcatc aaacatgaaa gatctcagcg gctgaccttc cagagcagta aaagttcaga 8880 ttttctcact agttttcatt cactgcttta agtagacaat aaacctgtaa gttgacaaat 8940 attgggaatg ttttcaaaca cagctttggt ttcattggtg gagtttcact taggctcact 9000 gggataacct tgttggttgg ttaagagtgc aagagtcttt gatacatagc tgctacacac 9060 tcaggtattg attgataatt cttgtgcata gctgagtgca cataagacat cagttttcaa 9120 acaaactaat actgtaaaag tgcaaaagca acagtacaat gcaagtgtgt aatgttttta 9180 tagattgcaa tgtttgcgtg caaagattgt tatctgatat tataatttca tttgaacaac 9240 tattcttgta ttaatcttgc attttatttg ttaccatctt gtcttcagta ttaacctgtc 9300 taatgggttt gcagtactgg ataccttata ccatgctttc tctctctgta aatatatata 9360 tatatatata tatatatata tatatatata tatatatata tatatatatt tttttttttt 9420 tttttaattt tgatcttaaa atgtttctaa ataaaaaaat aaaactgctt ttattcttgc 9480 tgaaataaaa caaattagac tttctccaga ggaaatatat tatcagacat actgtgaaaa 9540 ttcccttgat ctgtttaaca tcatttggga aatatttaaa aaagaaaaaa aaattcaaaa 9600 gggggctaaa ataaatatgc ctaataactg cctattaatt ttgacttcaa ctgtatataa 9660 aattcttgta catgcgtgaa agtctgtact gtatgcaaaa actattgagc aaatgcatgt 9720 gcagtaactc ttgccagctc atcatttttt ttttttaatt gtgaatgttg gaaactgctg 9780 aaagtgtgtg taatcattaa cttttcagaa 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