Dbfetch
ID AL929306; SV 4; linear; genomic DNA; STD; VRT; 176222 BP. XX AC AL929306; XX DT 28-SEP-2002 (Rel. 73, Created) DT 30-JAN-2003 (Rel. 74, Last updated, Version 7) XX DE Zebrafish DNA sequence from clone CH211-145C5 in linkage group 11 XX KW HTG. XX OS Danio rerio (zebrafish) OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; OC Actinopterygii; Neopterygii; Teleostei; Ostariophysi; Cypriniformes; OC Cyprinidae; Danio. XX RN [1] RP 1-176222 RA Sehra H.; RT ; RL Submitted (29-JAN-2003) to the INSDC. RL Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, CB10 1SA, UK. RL E-mail enquiries: zfish-help@sanger.ac.uk Clone requests: RL clonerequest@sanger.ac.uk XX DR MD5; 6a5e848ec859954610538926e6d26d59. DR ENA-CON; KZ114923. DR Ensembl-Gn; ENSDARG00000115585; danio_rerio. DR Ensembl-Scaffolds; AL929306.4:1-176222; danio_rerio. DR Ensembl-Tr; ENSDART00000185904; danio_rerio. DR GOA; A0A2R8Q7E9. DR InterPro; IPR005809; Succ_CoA_synthase_bsu. DR InterPro; IPR005811; CoA_ligase. DR InterPro; IPR013650; ATP-grasp_succ-CoA_synth-type. DR InterPro; IPR013815; ATP_grasp_subdomain_1. DR InterPro; IPR016102; Succinyl-CoA_synth-like. DR InterPro; IPR017866; Succ-CoA_synthase_bsu_CS. DR InterPro; IPR034722; Succ_CoA_betaG_euk. DR RFAM; RF00001; 5S_rRNA. DR RFAM; RF00436; UnaL2. DR UniProtKB/TrEMBL; A0A2R8Q7E9; A0A2R8Q7E9_DANRE. XX CC -------------- Genome Center CC Center: Wellcome Trust Sanger Institute CC Center code: SC CC Web site: http://www.sanger.ac.uk CC Contact: zfish-help@sanger.ac.uk CC -------------- CC CC During sequence assembly data is compared from overlapping clones. CC Where differences are found these are annotated as variations CC together with a note of the overlapping clone name. Note that the CC variation annotation may not be found in the sequence submission CC corresponding to the overlapping clone, as we submit sequences with CC only a small overlap as described above. CC CC This sequence was finished as follows unless otherwise noted: all regions CC were either double-stranded or sequenced with an alternate chemistry or CC covered by high quality data (i.e., phred quality >= 30); an attempt was CC made to resolve all sequencing problems, such as compressions and repeats; CC all regions were covered by at least one plasmid subclone or more than one CC M13 subclone; and the assembly was confirmed by restriction digest, except CC on the rare occasion of the clone being a YAC. CC CC The following abbreviations are used to associate primary accession CC numbers given in the feature table with their source databases: CC Em:, EMBL; Sw:, SWISSPROT; Tr:, TREMBL; Wp:, WORMPEP; CC Information on the WORMPEP database can be found at CC http://www.sanger.ac.uk/Projects/C_elegans/wormpep CC CC Repeat names beginning "Dr" were identified by the Recon repeat discovery CC system (Zhirong Bao and Sean Eddy, submitted), and those beginning "drr" CC were identified by Rick Waterman (Stephen Johnson lab, WashU). For CC further information see http://www/Projects/D_rerio/fishmask.shtml CC CC CH211-145C5 is from a CHORI-211 BAC library CC VECTOR: pTARBAC2.1 XX FH Key Location/Qualifiers FH FT source 1..176222 FT /organism="Danio rerio" FT /mol_type="genomic DNA" FT /clone_lib="CHORI-211" FT /clone="CH211-145C5" FT /db_xref="taxon:7955" XX SQ Sequence 176222 BP; 56223 A; 30106 C; 31548 G; 58345 T; 0 other; gaattccata gtatttgtat gtaattctgg atgccaaata gacaggtttc taacatgctt 60 taacatatct ttttgtgtga aaaaacaaga taggcttatt gtaaaaaatg tagccctata 120 tatattttta gagatcgcga attatgtagc cagagctacg tatggctgca tttcgttttt 180 taaactaact ctacatggca gtaggatgcc ttcccttttc gtgcttacca gctgaccact 240 tacctctcct gctgttatca gtttgtccgg ttagcttgcc atgtacgttg gcagacttaa 300 gttcaattct ggcaaagaac agtttaagaa agcaggtaaa actaaatcaa gagccaaaaa 360 ataaaataaa gtaaatggta gggtgataat gtggtaaaat cttaaagagc ccatattata 420 catgaaatag ggtcatatct tggttgtaag ggtcttcaac aacagtctaa tatgcatgca 480 aggtcaaaaa acactttcat ggtcttggtc ataatctgca tttattttta tctaattatt 540 ccagcgactc ccgtatgaat cgtccagtga ttcatttgtt cccaaacccc tccttagagc 600 gaagctaatc tgcgctgatc ggaccgatga cagtctgttg tgattggtcg actgccttcc 660 gtcagagagt gaaatgccca acagctaatc agcaatataa aattagtcac agttcataca 720 cgctcgacag tgtaggcgtg gattttagct gccagtgggt gaatgtaaat acagaagatg 780 gacttaaaaa gacagacgac taactatttt attgagcaaa aactccaaaa actgttaaga 840 agatctccta gcttgtctca ctctgctctt ttcacagata cacacacaaa cacacatatt 900 gccctcgtcc ttgcgtacac gcacacacac aaaaacacac acacacacct ccggacgaca 960 acgcgcgcac acacacacac aaacacacac acatacctcc ggacgacagc gcacgcacac 1020 acacacgcac gcacacacta ccctcgtcca cggagctcca taaacaaagc agcacgcatc 1080 acgtttttaa agtggctttg cacgcgataa gagaatatag ccagttaccc tgatacagta 1140 cacgcggtta caagtaacaa atcacaacta aatacatttg caagctagag taaacgaggc 1200 aacaacttta atggcatgta cttacagtta agaaatggag gaagaaaccc atcctgacgt 1260 ccatcagtaa cttactcttt actgatcctt cctttaacaa acgccgatga agtattcttt 1320 tagcatgtag tttgcagaag tttccagtag tttccaactg cttggttata atgctgaggt 1380 ttcatctttg ggtagagact cgataatatc catctgcagt gtgacttcaa tcgaccggca 1440 tgtttgtgtg tgtctgtttg taggtgtgtg tgtgtctggg tttctgtgtc agagggcggg 1500 gctgcaggtt tcaaatctcc cgggtttgag cgtgcacgtg aataacttgg tttcattagt 1560 acgtcatggc gaaacaccta atgactcgct atcaaggaga ctcgtttgaa gcactatgag 1620 tcgacccttt tatagatgaa tcaaccgttt taaacactgt actcttacgc ctgtttcaca 1680 ccgcaagcgt cagcgtgaat acttcacttc acttagagct gtgttacaca ctacatggag 1740 gggaattttc aaaaacccat aatatgggct ctttaaaaca tggtaaaatt aggcaagggc 1800 ttttcttttt ctggattgct ttttaaaact gtcagttggg tttagggaag tgggtaggct 1860 ggtcaatcag tgcttttgaa aacacaattg gtttgggttt agggtgggtg atttgattag 1920 ttagttagtc agtcagtcat tccgtcagtc aacagtgggc ttaaggtgta aggtggattt 1980 acttgagaac agcaggtgtg aattgcactc gatagagaga tttgagatct gaaaagtgta 2040 cacatcggct tttggtggat ttgccaagat ctcctaagac atatttggtg ctctctagaa 2100 tttatcgtta cgttttcaga atgaaataat aattatttat aacattttcc ctttaagatt 2160 ttggagcaaa agaatccaga atttttgtta catcaaattc aatttaaaga gaaaattctg 2220 tctatttact cacccttgtt tcaaacctgt ttgatttttt taatcgaacc aatagtatat 2280 gttaagaaat gttcataacc agtggcgatt gacatccata gtatttgtgt ttaaatacta 2340 atatgaatgt caatggctat tgatttcaaa tttcttctaa aaatctcctt cagtgttcaa 2400 aataaaaaat gaaatttaag agttttggaa ttgaaaaggt ttggacctgc accttttatc 2460 aaaatggtta ttcatcattt tcaaagcaac caactggtcc ccgaactgag cctggtttct 2520 cccaaggttt attctcattt ccgtaacttg gtagagtttt ggttccttgc cattgttgcc 2580 tttggcttgc ttggtttggg gtcagtagag cttgtcttca gtggatcatt cttcaaaagt 2640 gacattctta ttacactgaa ctgaatcaat tttgaactaa atggagcgca ctgtagcatt 2700 agttctgaca ggtcaggtta atcaagctta catcagctga tccacatcta ccaataggaa 2760 aatgacacca atcacaattt cctttataag attcctctag ttcattattc aacagctatc 2820 gcttcactca gcagatatca ctgccaactt ctcttcttat aggcaaaact tggcattgaa 2880 aatttctcct cgagtcagac cactgagtta tgttgtttca taaaatgatc acttggaaca 2940 tttatgatat cttctacgtt attcattaat gttggtgtct gttctgaatt atttatgccc 3000 tccctgcttc tacagtatat acatgttatt ggctacatgg aaggacacaa agtgtttgtc 3060 gagaacagaa ccatacctcc caactcaaat tgatgctaat ctatgaaagg tatctttgat 3120 gatggtggta ttgacaaaac tagagctaaa caagcattcc tccactatta tcctgcctgt 3180 cttttatgct gaatatatac agttgaaatc agaattatta gttctccttt gaattttttt 3240 ttaaatattt accaaatgat gtttaacaga gcaagaaaat tttcacaata tttatgatca 3300 tatttttttc ttctagagaa agttttattt catttcagct agaataaaag cagtttttgt 3360 tatttgttta aactatgtaa agggtcaaaa tttattagcc cctttaaact ctatttttta 3420 gatagtctac agaaaaaacc attgctatac ggtaacttgc ctaattaccc taacctgcct 3480 agttaaccta attaacctag ttaagtcttt aaatgtcact ttaagctgta tagaagtgtc 3540 ttgaaaatta tctagtaaaa tattatttag tgtcatcact gtcaagataa aataaatcag 3600 ttattagaaa ttagttatta aaactaatgt ttaaaaatgt gttgaaaaaa tcttctctca 3660 gttaaacaga aattggggga aagtatacag gggctaatta ttcagggggg gctaataatt 3720 ctgacttcaa ctgtatgtcc cacaaaatta aatattgtta caatatctga ctttttatcc 3780 ttattctgtt gctccatgtt ggtctcaaca cagtctacac attgtatata aaaatataat 3840 aacaaaagaa atttcagata agttgatttg gatgagtaaa tggtgacaga atttaaatat 3900 ttaaaaagac agtcctatta aaactgtctt ttaataggac tccacaaaca atgttttcga 3960 cattcccaaa tctatattag gcacattcaa agtaacccac aggacactag ctgacaagta 4020 taatttacac ttgtaataga tttaatgcat ttgtatagaa ataaaccata aaatgttttc 4080 cttctaagcc tttatttctc tttagctgaa aaaaaataac atcatctgcg tttccactgt 4140 tgtatttaac aatgggccaa gtggagtctt tagccttgga ctgttccagc aacaagccca 4200 aaattaaact gttgaaaacg gttgagactg caacacaaac atgacagcag tagacatttt 4260 gtctatactg cctaaaaata cagcattgat atatgaccaa aagagaatca catttattta 4320 gaaagaataa gcatttctaa taatattcca cacaattgtg caatctgagg aggtttgaga 4380 actcaaatac aagttttttt ttttaattgt gattaatata aactctgcga gaacatttat 4440 tacacagtag aagttagcat aagaggcatt ttgcgttgaa ctgaaatttg tgaatttact 4500 aattttgttt agtagttgca aacaatgtat atgggctgaa tttaaacaaa ctaagttaaa 4560 tattacaaag tgtattggct tgtttaattt tagtccatat aaattgtttg caacaactta 4620 cctaaaaaaa ttgtgaatcc aattcatctt ttttcttcag tgtagctcag actctccatc 4680 agattgtaat acggacttat tcagacaatc aatggagtgc aaaagtgagt tgagttaaat 4740 cattttataa atcaaagctg aaaaacttat ttgaaaacat ggcgaatgag caacattgct 4800 aactttctcc tgactcattt ataaagccac acctaggcct gattactgcc acaactgtac 4860 acaatcaaga aattacttaa ataggacctc cctgacaaag taaagtagaa caaaagatcc 4920 tcaaatctag acatcatgcg aagataaaag gaattcaaag acgaatgtga aagaaaacaa 4980 ttgggatttg ggggaaataa ctcactaaca cactctaata aaatgatggg ttgtcgtaaa 5040 ctagtgttgg gtcaaataca aacccaaact tgggttaaaa aatgtgtaat ctaagccaac 5100 atttcttttt ttttcttttt ctttttcttt tttttttttt gagcagaccg aggtaatcag 5160 gagggtaaat ccttgaccat atatactgta catctttgtt ggcttgaaac atgcaaaaat 5220 agtatatttt aatctctgag aattctcttc ctttaagtac aatgaggcca gccaatgcaa 5280 aaccatgtct ttttatagaa ctgcaattcc agttattcac tatctgtcag caatatataa 5340 agctccaggg cttgatgtga atcatactgg gtttggggta aaatacagtg tgattttcat 5400 ctgttcctgt attatccatg tgctctgata ctgtatcacc catgtgctat tgtagttttg 5460 tacccccttt tatatgttgc accactgcat cacaaatctc aagatggatg accagtgtta 5520 ttaaacttcc tttatcacac aacattttgg atgtgccgta aatcataccg gagatcctat 5580 tagctatttt ctcaccctat gagttgagag ttttcaagca ataagtccgg ttagccacat 5640 ggtgagccat ccacatgaaa gagcaaaaag atgaaatggt gtccatgtaa agtattctgc 5700 agcgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgta tgtgtttttg tgacatatca 5760 ggacacaaat ctgtataatg acatgggtat gacacaggta ttacaaaaga ggggtgaaat 5820 gtgagtgaca tcctcatttc ttaaaatgct tataaatccc acagaatgag tttaatcaga 5880 gagtaaagct gcacacagtc tcctgtgatg gttgggttta gggtggggtg gggtggggtg 5940 ggttgagggc aatataatat acggtttgga cagtataaaa tgaatggaaa ccaatgtaat 6000 gtccccactt ttcacaaaaa caaacatgtg tgtgtgtgtg tgtgtgttag tgatggcttt 6060 ttttgtctga gcatgtcgga tagctgattg caggatgaaa gcttatttag acatgcatat 6120 gccggtcatt ccatctgtaa gtaggaggtg caaacccaca ctagcataaa taggtcctct 6180 tgtttggctg tggaatggct gagttgtatt tactttgtag gaatgtaatc aatgtagtgt 6240 gttttgttca aaagtctctt tgccccatgc agggtcaaca attacaacca acaaaggata 6300 cggggtggta tgacgccatt ccttttctca tttaccagct gaccacttac ctccatataa 6360 acagctttcc cactgtaacc agtttgtcca gtggctcact gcatactttt gcagacttga 6420 gatgcagagc agagttcacc gtgctgatag gctagagtgt ggtaaagaat ggttccagaa 6480 agctagtaat acaaaatcaa aagccaaaaa taaaataaat tattaaataa aaggaagtga 6540 cgcagtggtg cagtatgtag tgctgtcgcc taacagcaag aaggtcactg gttcgagcct 6600 cggctgggtc ggttggcatt tctgtgtgga gtttgcatgt tctccctggg tttgtgtggg 6660 tttccgcggg gtgctctggt ttcccccaca gtccaaagac atgcggtaca ggtaaattgg 6720 gttggctaaa ttgtccatag tgtatgtatg tgtgcggatg agtgtgatga gtgtctcagt 6780 gatgggttgc ggctagaaag gcatccgctg tgtaaaacat atgatggata agttagtggt 6840 tcattctgct gtggcaaccc tggattgatg aaggtactaa gctgaaaaga aaatgaatga 6900 atgaatggat taagtaaaag ggtgaaaatg tggtaaaatt tgaaacatgg taaaaatcag 6960 gctgccacaa gggcttttct atttctggat tgcttttgaa aacactgcag ttgggttcag 7020 aaaagtaggt aggctggtca atcattgctt tttaaaacaa ttggttgggt ttagggattg 7080 aggagggtgg gtcagtcgat cggtcggtcg gtcagtcagt cagtcaacag cggctttagg 7140 tggatttaca caagaagagc aggtgcaaat gacactcgcg agagaaatat gaggtctcaa 7200 aaagcttaca cagcggcctc tggtggactc gcaaaaataa aaataaaaac gtacctcctg 7260 ctacatattt ggcgctatag gggtacatac tgagaataag cctgggatga ttaaaactca 7320 caagtaaaaa aaataaataa tcaaaataaa taaatttggt aaattaaagt tgtggagtgc 7380 tgtaccgaca acactgatgc aaatattata attaaatgta aaaaccctcc gtttgggaaa 7440 cagcatctgt ttatcactat ggaatgcgtc agctgacagt catacaccat tatatgactg 7500 ttttgaggat tgtataggat gggcgacagc acctgaaatc aaaaggaatt ggaattgtgc 7560 cgtttttaat atttatgtat aagtgttttc attcctaaac aaagcgaaag cacagcagtt 7620 ttagagcaag gggcgacccc tggtggttca gcggtatggg ttgcgtataa ggaggcacag 7680 ctgttcagtg aaagattgaa aataagggag aaatacgggt aaataccttt acgtgataat 7740 agcgggatag aacagtaaaa tatgggagaa ttccgggaaa aacggaaggg ttgacaggta 7800 tggcctagac acttcttttt actaaaatgt attattatta tacatatttt aaaaattaat 7860 tgatgggttc tgatgtagat caattattta attgatgtag ataattaaat tctactgttg 7920 tgttttgaat aaattattta aacaatgtat tgaattagaa ataatattta aaataactga 7980 aacattctga tagttaattg ccaatcaata acataaccaa cccagataat aagcactatt 8040 ctttcaaaat actggaaata aaagtcactt ttatttaaac 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ttggttgcaa gtgctctaca 8940 aaaatataaa ttgagctgag ttgatcatcg atttaattaa aactgcacag agacgcttat 9000 ttctgttatc gcatgtcatt gcttgactgt gacaacaagc ttgatcagtc gcattacaac 9060 agccatctac actaggttta gccagttaat tttagttatg attagccctt actaatacac 9120 cgtctacctt ttttgacaac cattaaaaag taactgtttt gctaacagat actgttctcc 9180 aggtttatta aaaaacattt ttctcttgag tcaataaaca gctatttaat ttccattgac 9240 tgactccaag agcacaattt atcacaaaac agaagccaac gtctttccac ttttttaaat 9300 gatattttag gtattattaa cattagttta tattgtgttt taaatgtatt aaataataaa 9360 catccataat tttttaatgt ttagcttaca tttctcaatg cttaattttc tctaatattg 9420 tttaaaattt gttaaatctg cttcgtttat ttcatttact ccaattgaac tcgccacaat 9480 gaacaaatct tcaaacagaa agactcggat tcacatgcag attacaagaa acccctgcag 9540 ctccatgtcc catcaaagtc atcaatgtgg acccgctctc gtcctgcaaa cagcctcgct 9600 ttgatgtcga tactgtaagc aagataaagg agctgcttag ctgaaataca ataaagacat 9660 ttttactccg gaaggatgag atcaatgtgt ctctctaggc gtgttttcct gtaatgggca 9720 tgcataaata acttgaagaa ataagcagtt aatcataacg 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tcaggttaag tttctggagg agtttatgag 10620 ctcacagagc tggatgcacc tttgaaagga tgtagtggac ttacacacgg tcctaaatgt 10680 atcgacgctg tttttcagtc ttcataaagc acaaaaacac tgttattttt ttcataaaat 10740 ccatgttagc catttagcta tgaagctaga gtcttcgggc agacagaagc cctgcccatc 10800 acgcgaatcc gcgtctgttc tgaagtaaat ttgacacgca aatgaagcgg ggtttgacgt 10860 gcgaatgaag cgagtaaact caaatgttca tgtggctatt tacgcgcgaa tagcgcgatt 10920 tatccgcgcg ttccacatct ggtgtgaaca tagcattaaa aattcaactt gattaataaa 10980 atgtgtttat ttattatgtg atttttaaaa ttttaagcca cttctgataa agtgttggaa 11040 aaacagtcaa aattaggttt ttatccctgt atttcaccat tgctatagta tattgtatac 11100 tgaacatgta atacacatgt gcatggcatc actattttca ctatttaaag ggctcctatt 11160 ttaacccttt tacaaaatgt aagataagtc tttggcaacc taggctaatt ttaaatacat 11220 actgctatat acatttctag agagtgccat atatgtctca ggaggtacgt tttttttgca 11280 gtttttgttt tttaaaatcc accagaggca ctttgtacga cttttgagac ctctggctac 11340 ataattggtg atctctaaaa aatgtatatg gggtacattt tcagaacgag cctatgtttg 11400 tctttggtgt atccagaatg 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