Dbfetch
LOCUS NM_116523 927 bp mRNA linear PLN 20-OCT-2022 DEFINITION Arabidopsis thaliana Ubiquitin family protein (UBQ14), mRNA. ACCESSION NM_116523 VERSION NM_116523.3 DBLINK BioProject: PRJNA116 BioSample: SAMN03081427 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Arabidopsis thaliana (thale cress) ORGANISM Arabidopsis thaliana Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliopsida; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae; rosids; malvids; Brassicales; Brassicaceae; Camelineae; Arabidopsis. REFERENCE 1 (bases 1 to 927) AUTHORS Mayer,K., Schuller,C., Wambutt,R., Murphy,G., Volckaert,G., Pohl,T., Dusterhoft,A., Stiekema,W., Entian,K.D., Terryn,N., Harris,B., Ansorge,W., Brandt,P., Grivell,L., Rieger,M., Weichselgartner,M., de Simone,V., Obermaier,B., Mache,R., Muller,M., Kreis,M., Delseny,M., Puigdomenech,P., Watson,M., Schmidtheini,T., Reichert,B., Portatelle,D., Perez-Alonso,M., Boutry,M., Bancroft,I., Vos,P., Hoheisel,J., Zimmermann,W., Wedler,H., Ridley,P., Langham,S.A., McCullagh,B., Bilham,L., Robben,J., Van der Schueren,J., Grymonprez,B., Chuang,Y.J., Vandenbussche,F., Braeken,M., Weltjens,I., Voet,M., Bastiaens,I., Aert,R., Defoor,E., Weitzenegger,T., Bothe,G., Ramsperger,U., Hilbert,H., Braun,M., Holzer,E., Brandt,A., Peters,S., van Staveren,M., Dirske,W., Mooijman,P., Klein Lankhorst,R., Rose,M., Hauf,J., Kotter,P., Berneiser,S., Hempel,S., Feldpausch,M., Lamberth,S., Van den Daele,H., De Keyser,A., Buysshaert,C., Gielen,J., Villarroel,R., De Clercq,R., Van Montagu,M., Rogers,J., Cronin,A., Quail,M., Bray-Allen,S., Clark,L., Doggett,J., Hall,S., Kay,M., Lennard,N., McLay,K., Mayes,R., Pettett,A., Rajandream,M.A., Lyne,M., Benes,V., Rechmann,S., Borkova,D., Blocker,H., Scharfe,M., Grimm,M., Lohnert,T.H., Dose,S., de Haan,M., Maarse,A., Schafer,M., Muller-Auer,S., Gabel,C., Fuchs,M., Fartmann,B., Granderath,K., Dauner,D., Herzl,A., Neumann,S., Argiriou,A., Vitale,D., Liguori,R., Piravandi,E., Massenet,O., Quigley,F., Clabauld,G., Mundlein,A., Felber,R., Schnabl,S., Hiller,R., Schmidt,W., Lecharny,A., Aubourg,S., Chefdor,F., Cooke,R., Berger,C., Montfort,A., Casacuberta,E., Gibbons,T., Weber,N., Vandenbol,M., Bargues,M., Terol,J., Torres,A., Perez-Perez,A., Purnelle,B., Bent,E., Johnson,S., Tacon,D., Jesse,T., Heijnen,L., Schwarz,S., Scholler,P., Heber,S., Francs,P., Bielke,C., Frishman,D., Haase,D., Lemcke,K., Mewes,H.W., Stocker,S., Zaccaria,P., Bevan,M., Wilson,R.K., de la Bastide,M., Habermann,K., Parnell,L., Dedhia,N., Gnoj,L., Schutz,K., Huang,E., Spiegel,L., Sehkon,M., Murray,J., Sheet,P., Cordes,M., Abu-Threideh,J., Stoneking,T., Kalicki,J., Graves,T., Harmon,G., Edwards,J., Latreille,P., Courtney,L., Cloud,J., Abbott,A., Scott,K., Johnson,D., Minx,P., Bentley,D., Fulton,B., Miller,N., Greco,T., Kemp,K., Kramer,J., Fulton,L., Mardis,E., Dante,M., Pepin,K., Hillier,L., Nelson,J., Spieth,J., Ryan,E., Andrews,S., Geisel,C., Layman,D., Du,H., Ali,J., Berghoff,A., Jones,K., Drone,K., Cotton,M., Joshu,C., Antonoiu,B., Zidanic,M., Strong,C., Sun,H., Lamar,B., Yordan,C., Ma,P., Zhong,J., Preston,R., Vil,D., Shekher,M., Matero,A., Shah,R., Swaby,I.K., O'Shaughnessy,A., Rodriguez,M., Hoffmann,J., Till,S., Granat,S., Shohdy,N., Hasegawa,A., Hameed,A., Lodhi,M., Johnson,A., Chen,E., Marra,M., Martienssen,R. and McCombie,W.R. TITLE Sequence and analysis of chromosome 4 of the plant Arabidopsis thaliana JOURNAL Nature 402 (6763), 769-777 (1999) PUBMED 10617198 REFERENCE 2 (bases 1 to 927) CONSRTM NCBI Genome Project TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (19-OCT-2022) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA REFERENCE 3 (bases 1 to 927) AUTHORS Krishnakumar,V., Cheng,C.-Y., Chan,A.P., Schobel,S., Kim,M., Ferlanti,E.S., Belyaeva,I., Rosen,B.D., Micklem,G., Miller,J.R., Vaughn,M. and Town,C.D. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (17-MAY-2016) Plant Genomics, J. Craig Venter Institute, 9704 Medical Center Dr, Rockville, MD 20850, USA REMARK Protein update by submitter REFERENCE 4 (bases 1 to 927) AUTHORS Swarbreck,D., Lamesch,P., Wilks,C. and Huala,E. CONSRTM TAIR TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (18-FEB-2011) Department of Plant Biology, Carnegie Institution, 260 Panama Street, Stanford, CA, USA COMMENT REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by TAIR and Araport. This record is derived from an annotated genomic sequence (NC_003075). On Apr 24, 2008 this sequence version replaced NM_116523.2. FEATURES Location/Qualifiers source 1..927 /organism="Arabidopsis thaliana" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:3702" /chromosome="4" /ecotype="Columbia" gene 1..927 /gene="UBQ14" /locus_tag="AT4G02890" /gene_synonym="T5J8.21; T5J8_21" /note="Polyubiquitin gene containing 4 ubiquitin repeats." /db_xref="Araport:AT4G02890" /db_xref="GeneID:828148" /db_xref="TAIR:AT4G02890" CDS 68..757 /gene="UBQ14" /locus_tag="AT4G02890" /gene_synonym="T5J8.21; T5J8_21" /inference="Similar to RNA sequence, EST:INSD:AV532652.1,INSD:EL223324.1,INSD:EH916683.1, INSD:DR374007.1,INSD:EL211918.1,INSD:EL215147.1, INSD:EL990435.1,INSD:ES160335.1,INSD:ES010206.1, INSD:EL309689.1,INSD:ES183940.1,INSD:EL143030.1, INSD:ES123974.1,INSD:EL140825.1,INSD:EL184594.1, INSD:EH817377.1,INSD:EL272762.1,INSD:ES094819.1, INSD:ES071728.1,INSD:EH886819.1,INSD:AV556074.1, INSD:AV561685.1,INSD:EH839573.1,INSD:ES105038.1, INSD:EH943818.1,INSD:EL171616.1,INSD:EH927258.1, INSD:EL128959.1,INSD:AV538183.1,INSD:ES198934.1, INSD:ES155295.1,INSD:EH849954.1,INSD:AV560261.1, INSD:ES143079.1,INSD:EL266275.1,INSD:EH966595.1, INSD:DR355515.1,INSD:EL010613.1,INSD:EL201600.1, INSD:BP784619.1,INSD:BP785306.1,INSD:EH933238.1, INSD:ES209093.1,INSD:EH956141.1,INSD:EL215939.1, INSD:EH903689.1,INSD:AV808012.1,INSD:ES120790.1, INSD:ES062508.1,INSD:EL093467.1,INSD:EH915906.1, INSD:AV789888.1,INSD:ES024888.1,INSD:ES170703.1, INSD:ES006429.1,INSD:EL049844.1,INSD:EL003700.1, INSD:AV782322.1,INSD:ES098461.1,INSD:AV799650.1, INSD:EL226384.1,INSD:DR196448.1,INSD:ES162356.1, INSD:ES089114.1,INSD:AV561401.1,INSD:EL072025.1, INSD:AA597627.1,INSD:AV558305.1,INSD:EL098581.1, INSD:EL085289.1,INSD:ES125343.1,INSD:ES093406.1, INSD:EG462506.1,INSD:EL031915.1,INSD:EH814268.1, INSD:EL987961.1,INSD:EH813165.1,INSD:EL052672.1, INSD:ES121842.1,INSD:ES188364.1,INSD:ES137186.1, INSD:EH948500.1,INSD:EL972952.1,INSD:AV520606.1, INSD:ES039429.1,INSD:ES149952.1,INSD:EL038633.1, INSD:EL077517.1,INSD:EL029652.1,INSD:EL206386.1, INSD:ES048879.1,INSD:EL003404.1,INSD:AV558222.1, INSD:EL059358.1,INSD:AV565391.1,INSD:BP586706.1, INSD:EL110252.1,INSD:EH965678.1,INSD:ES186756.1, INSD:EL103176.1,INSD:EL335232.1,INSD:ES138533.1, INSD:EH796723.1,INSD:CK118474.1,INSD:ES176164.1, INSD:EH948621.1,INSD:EH979307.1,INSD:ES041824.1, INSD:EH838708.1,INSD:ES107244.1,INSD:EH964504.1, INSD:EH863403.1,INSD:EL015511.1,INSD:EL325806.1, INSD:EH960096.1,INSD:ES149038.1,INSD:BU635078.1, INSD:ES192304.1,INSD:EL213874.1,INSD:EL082366.1, INSD:AV559508.1,INSD:ES119470.1,INSD:EL120073.1, INSD:CD529983.1,INSD:EL973055.1,INSD:EL086858.1, INSD:EH854672.1,INSD:AV565778.1,INSD:EL046228.1, INSD:BP596885.1,INSD:ES104184.1,INSD:ES172577.1, INSD:AV530949.1,INSD:EH924488.1,INSD:Z18378.1, INSD:ES014871.1,INSD:EL073554.1,INSD:EH881520.1, INSD:EH951968.1,INSD:AV562479.1,INSD:ES158678.1, INSD:EL114483.1,INSD:EL116004.1,INSD:EH841194.1, INSD:ES033389.1,INSD:AV808295.1,INSD:AV559050.1, INSD:DR377475.1,INSD:CA781347.1,INSD:ES041692.1, INSD:EL123868.1,INSD:ES073581.1,INSD:EL250524.1, INSD:ES155733.1,INSD:EL975202.1,INSD:EL218128.1, INSD:EL258208.1,INSD:ES068184.1,INSD:EL163507.1, INSD:AV786379.1,INSD:ES162952.1,INSD:EL273237.1, INSD:EL327197.1,INSD:ES086135.1,INSD:CB258123.1, INSD:EL984542.1,INSD:EH836136.1,INSD:ES037237.1, INSD:ES171677.1,INSD:EL238724.1,INSD:EL059443.1, INSD:DR376930.1,INSD:ES159499.1,INSD:ES135270.1, INSD:BP595666.1,INSD:EL134073.1,INSD:ES036822.1, INSD:EL312790.1,INSD:ES186417.1,INSD:EL068458.1, INSD:ES015011.1,INSD:EL114141.1,INSD:EL337662.1, INSD:EL136716.1,INSD:ES108551.1,INSD:ES162644.1, INSD:EH841802.1,INSD:EL039495.1,INSD:EH874730.1, INSD:ES087410.1,INSD:EH904703.1,INSD:ES058595.1, INSD:AV559681.1,INSD:EL108285.1,INSD:AA712886.1, INSD:EL015056.1,INSD:EL129864.1,INSD:EL143677.1, INSD:EL280136.1,INSD:ES117610.1,INSD:ES120280.1, INSD:EL972925.1,INSD:EL304582.1,INSD:ES181253.1, INSD:CK118890.1,INSD:ES146291.1,INSD:EL207995.1, INSD:EL994845.1,INSD:EH804847.1,INSD:EL994201.1, INSD:EL975257.1,INSD:EL251508.1,INSD:AV797841.1, INSD:EL130306.1,INSD:EL295945.1,INSD:EH830686.1, INSD:EH957975.1,INSD:EL972930.1,INSD:ES184991.1, INSD:EH826086.1,INSD:AV556291.1,INSD:EL091011.1, INSD:EL095323.1,INSD:EL201956.1,INSD:ES208849.1, INSD:EH950591.1,INSD:ES061631.1,INSD:EL222368.1, INSD:EH817788.1,INSD:EL013294.1,INSD:ES150992.1, INSD:ES187102.1,INSD:EL002608.1,INSD:EL129194.1, INSD:EL306289.1,INSD:EL046820.1,INSD:EH822791.1, INSD:EL174943.1,INSD:EL043145.1,INSD:ES088234.1, INSD:ES060717.1,INSD:ES068318.1,INSD:ES183040.1, INSD:ES130914.1,INSD:AV565370.1,INSD:EL013621.1, INSD:EL051989.1,INSD:BP781003.1,INSD:EL143306.1, INSD:ES141375.1,INSD:EH814682.1,INSD:ES128479.1, INSD:ES028710.1,INSD:EL057787.1,INSD:ES098127.1, INSD:EG481280.1,INSD:EH970630.1,INSD:ES194632.1, INSD:ES204831.1,INSD:EL165149.1,INSD:ES139923.1, INSD:EH934069.1,INSD:EH838512.1,INSD:EL059485.1, INSD:EH927813.1,INSD:ES052009.1,INSD:ES099174.1, INSD:AV528004.1,INSD:ES167277.1,INSD:EL250076.1, INSD:AV557186.1,INSD:EL014451.1,INSD:AV534316.1, INSD:EH969828.1,INSD:AV539991.1,INSD:ES084167.1, INSD:ES125040.1,INSD:BP785406.1,INSD:EL050550.1, INSD:EH834990.1,INSD:ES068756.1,INSD:DR371778.1, INSD:BP651209.1,INSD:EL178212.1,INSD:AV562374.1, INSD:ES162628.1,INSD:ES149619.1,INSD:EG503374.1, INSD:EL078132.1,INSD:EH969272.1,INSD:ES164974.1, INSD:AV565390.1,INSD:EL333471.1,INSD:DR376167.1, INSD:ES038890.1,INSD:AV521211.1,INSD:EL201952.1, INSD:ES063403.1,INSD:ES073646.1,INSD:ES102350.1, INSD:EL079063.1,INSD:AV560995.1,INSD:EL332492.1, INSD:EH932956.1,INSD:EL310310.1,INSD:EL306816.1, INSD:EH851580.1,INSD:ES177641.1,INSD:AV789007.1, INSD:EL098472.1,INSD:ES196642.1,INSD:EH933740.1, INSD:ES008383.1,INSD:EH848312.1" /note="UBQ14; INVOLVED IN: protein modification process, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyubiquitin 10 (TAIR:AT4G05320.4); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink)." /codon_start=1 /product="Ubiquitin family protein" /protein_id="NP_567247.2" /db_xref="GeneID:828148" /db_xref="TAIR:AT4G02890" /db_xref="Araport:AT4G02890" /translation="MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLI FAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNV KAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTL TGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKEST LHLVLRLRGGF" ORIGIN 1 acaaattcag attccaaatt tctcaaactc tgaaatcgtt ctttcaaatc tctcaatcgg 61 gatcaagatg cagatctttg ttaagactct caccggaaag actatcaccc tcgaggtgga 121 gagttctgac accatcgaca acgtcaaggc caagatccaa gacaaggagg gtattcctcc 181 ggaccagcag aggttgatct tcgctggaaa gcagttggag gatggcagaa ctcttgctga 241 ctacaacatc cagaaggagt ccacacttca tcttgttctc aggctccgtg gtggtatgca 301 gatctttgtc aagacgttga ctggaaagac tatcactttg gaggtggaga gctctgacac 361 tatcgacaat gtcaaagcca agatccagga caaagagggt atcccaccgg accagcagag 421 attgatcttc gccggaaaac aacttgaaga tggtagaact ttggctgact acaacattca 481 gaaggagtct acacttcact tggtgttgcg tctccgtgga ggtatgcaga ttttcgtgaa 541 gactctcact ggaaagacca ttactcttga agttgagagc tccgacacca ttgacaacgt 601 gaaggctaag atccaggaca aggaaggtat ccctccggac cagcagcgtc tcatcttcgc 661 tggaaaacag cttgaggatg gtcgtacttt ggccgactac aacatccaga aggagtctac 721 ccttcacttg gtgctaaggc tccgtggtgg tttctaaaaa cttatctctg ttatgaatca 781 gaagaagttc atgtctcgtt tcatttaaaa ctttggtggt ttgtgttttg gggccttgta 841 aagcccctga tgaataattg ttcaactatg tttccgttcc tgtgttatac ctttctttct 901 aatgagtaat gacatcaaac ttcttct //